View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13867_high_11 (Length: 378)

Name: NF13867_high_11
Description: NF13867
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13867_high_11
NF13867_high_11
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (19-357)||(4726599-4726933)
chr8 (36-330)||(4745960-4746251)
chr8 (19-361)||(4737147-4737490)
chr8 (70-234)||(4689501-4689665)
chr8 (19-234)||(4996924-4997140)
chr8 (19-234)||(4775937-4776157)
chr8 (19-300)||(4900473-4900753)
chr8 (19-234)||(10447863-10448073)
chr8 (11-235)||(4681922-4682147)
chr8 (72-235)||(4923585-4923745)
chr8 (19-306)||(4912879-4913164)
chr8 (70-235)||(4716045-4716207)
chr8 (57-234)||(4889458-4889632)
chr8 (19-235)||(21438819-21439039)
chr8 (25-233)||(4704011-4704220)
chr8 (114-230)||(4874756-4874872)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 19 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 4726933 - 4726599
Alignment:
Q  19 tcagaggataatttaagtttttgaatttatgcatatgctttaaggaattacaaacttacaaagatgtgattcttggggggttatttccatcatcaatact 118  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||  ||| ||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  4726933 tcagaggataattaaagttttggaatttatgcatatggtttatggttttataaacttacaaatatatgattcttttggggttatttccaccatcaatact 4726834  T
Q  119 gcagtttaggccttcccacatatacttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcatagtatca 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4726833 gcagtttaagccttcccacatatatttcacgggaccacatggatctccctgccaattcctagtcaccccataagcattcttgatgtttgtcatagtatca 4726734  T
Q  219 acttgtatttggtattcnnnnnnntaaaacagtttaaaggatttcaagccaatttgcac--agtttactttacaccacaaatgagactaatatactacct 316  Q
    ||||||||| |||||||        ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4726733 acttgtattcggtattcaaa-----aaaacggttaaaaggatttcaagccaatttgcacatagcttactttacaccacaaatgacactaatatactacct 4726639  T
Q  317 tcgtccttaaatatgttgaccaaatcactggaattaagcaa 357  Q
     ||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||    
T  4726638 ccgtccttaaatatgttga-ataattactggaattaagcaa 4726599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 36 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 4746251 - 4745960
Alignment:
Q  36 tttttgaatttatgcatatgctttaaggaattacaaacttacaaagatgtgattcttggggggttatttccatcatcaatactgcagtttaggccttccc 135  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||     
T  4746251 tttttgaatttatgcatatggttgaaggaattataaacttacaaatatgtgattcttggggggttatttccaccatcaatactgcagtttaggcattcct 4746152  T
Q  136 acatatacttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcatagtatcaacttgtatttggtattc 235  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||     
T  4746151 acatatactgcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgcaaccccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtatttcgtatt- 4746053  T
Q  236 nnnnnnntaaaacagtttaaaggatttcaagccaatttgcac--agtttactttacaccacaaatgagactaatatactaccttcgtccttaaatat 330  Q
            ||||  ||| ||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4746052 ----aaaaaaaatggttaaaaggatttaaaggcaatttgcacatagtttactttacaccacaaatgacactaatatactaccttcgtccttaaatat 4745960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 19 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 4737490 - 4737147
Alignment:
Q  19 tcagaggataatttaagtttttgaatttatgcatatg----ctttaaggaattacaaacttacaaagatgtgattcttggggggttatttccatcatcaa 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||| |   |||||     
T  4737490 tcagaggataattgaagtttttgaatttatgcatatggtttatttaaggaattataaacttacaaagatgtgattcttggaatgttattgc---catcac 4737394  T
Q  115 tactgcagtttaggccttcccacatatacttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcatagt 214  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4737393 tactacagtttaggccttcccacatgtaattcacaggggcacatggatctccttgccaatttcttgccacaccataagcattcttgatgtttgtcatagt 4737294  T
Q  215 atcaacttgtatttggtattcnnnnnnntaaaacagtttaa-aggatttcaagccaatttgcac--agtttactttacaccacaaatgagactaatatac 311  Q
    ||||||| |||||| |||||         ||||||||| || |||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  4737293 atcaactggtatttagtatt---aaaaaaaaaacagttgaacaggatttcaagccaattttcacatagtttacgttacaccacaaatggcactaatatac 4737197  T
Q  312 taccttcgtccttaaatatgttgaccaaatcactggaattaagcaagttg 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4737196 taccttcgtccttaaatatgttgaccaaatcactggaattaagcaagttg 4737147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 70 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 4689665 - 4689501
Alignment:
Q  70 aaacttacaaagatgtgattcttggggggttatttccatcatcaatactgcagtttaggccttcccacatatacttcacaggaccacatggatctccttg 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4689665 aaacttacaaagatgtgattcttggggggttattggcatcatcaatactacaatttaggccttcccacatataattcacaggaccacatggatctccttg 4689566  T
Q  170 ccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcatagtatcaacttgtatttggtatt 234  Q
    ||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  4689565 ccaatttctagccactccataggccttcttaatgtttgtaatagtatcaactagtatttggtatt 4689501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 4997140 - 4996924
Alignment:
Q  19 tcagaggataatttaagtttttgaatttatgcatatg----ctttaaggaattacaaacttacaaagatgtgattcttggggggttatttccatcatcaa 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||| |   ||||||    
T  4997140 tcagaggataattcaagtttttgaatttatgcatatggtttatttaaggaattataaacctacaaagatgtgattcttgggatgttattgc---catcaa 4997044  T
Q  115 tactgcagtttaggccttcccacatatacttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcatagt 214  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| | |||||    
T  4997043 gactgcagtttaggccttcccacatataattcacaggggcacatggatctccttgccaatttctagccaccccataagtgttcttgatgtttatgatagt 4996944  T
Q  215 atcaacttgtatttggtatt 234  Q
    ||||||| |||||| |||||    
T  4996943 atcaactagtatttagtatt 4996924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 234
Target Start/End: Original strand, 4775937 - 4776157
Alignment:
Q  19 tcagaggataatttaagtttttg-aatttatgcatatg----ctttaaggaattacaaacttacaaagatgtgattcttggggggttatttccatcatca 113  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||     ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  4775937 tcagaggataattaaagtttttgaaatttatgcatatggttaatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggggattattgtcatcatca 4776036  T
Q  114 atactgcagtttaggccttcccacatatacttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcatag 213  Q
     | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||     
T  4776037 gtgctacagtttaggccttcccacatataattcacaggggcacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatat 4776136  T
Q  214 tatcaacttgtatttggtatt 234  Q
    |||||||| |||||| |||||    
T  4776137 tatcaactagtattttgtatt 4776157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Original strand, 4900473 - 4900753
Alignment:
Q  19 tcagaggataatttaagtttttgaatttatgcata----tgctttaaggaattacaaacttacaaagatgtgattcttggggggttatttccatcatcaa 114  Q
    |||||| | |||| ||||||||||| |||||||||    |  |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||   | |||  ||||||   |    
T  4900473 tcagagcacaattgaagtttttgaagttatgcatacagtttatttaaggaattgtaaacttacaaagatgtgattcttggaatgctatagccatca---a 4900569  T
Q  115 tactgcagtttaggccttcccacatatacttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcatagt 214  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  4900570 tactacagtttaggacttcccacatatatttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctagccaccccataagcatccttgatgtttgtgatagt 4900669  T
Q  215 atcaacttgtatttggtattcnnnnnnntaaaacagtttaa--aggatttcaagccaatttgcaca--gtttactttacaccacaaatga 300  Q
    ||||||| | |||||||||||        ||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  4900670 atcaactagcatttggtattcag------aaaacagttcaattaggatttaaagccaatttgcacattgtttactttacaccacaaatga 4900753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 10448073 - 10447863
Alignment:
Q  19 tcagaggataatttaagtttttgaatttatgcatatgctttaaggaattacaaacttacaaagatgtgattcttggggggttatttccatcatcaatact 118  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||  |||  ||||||||||||||||||||||| |   |||||| |   ||||||||||    
T  10448073 tcagaggacaattaaagtttttgaatttatgtatat--tttaagtgattctaaacttacaaagatgtgattctttgaatgttattgc---catcaatact 10447979  T
Q  119 gcagtttaggccttcccacatatacttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcatagtatca 218  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10447978 acagtttaggccttcccacatatacttcactggaccacatggatctccattccaatttctagccatcccataagcattcttgatgtttgtgatagtatca 10447879  T
Q  219 acttgtatttggtatt 234  Q
    ||| ||||||||||||    
T  10447878 actagtatttggtatt 10447863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 11 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 4682147 - 4681922
Alignment:
Q  11 atatagcatcagaggataatttaagtttttgaatttatgcatatgcttta----aggaattacaaacttacaaagatgtgattcttggggggttatttcc 106  Q
    ||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||    ||| |||  ||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||    
T  4682147 atataacattagaggatacttgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgcc 4682048  T
Q  107 atcatcaatactgcagtttaggccttcccacatatacttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgttt 206  Q
    ||||   | ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||    
T  4682047 atca---agactgcagtttaggccttcccacatatagtttactggaccacatggatctccctgccaatttctagccaccccataggccttcttgatgttt 4681951  T
Q  207 gtcatagtatcaacttgtatttggtattc 235  Q
     |||||||||||||| |||||| ||||||    
T  4681950 ctcatagtatcaactagtatttcgtattc 4681922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 72 - 235
Target Start/End: Original strand, 4923585 - 4923745
Alignment:
Q  72 acttacaaagatgtgattcttggggggttatttccatcatcaatactgcagtttaggccttcccacatatacttcacaggaccacatggatctccttgcc 171  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4923585 acttacaaagatgtgattcttggggggttatatccatcaacg---ctgcagtttaggccttcccatatatacttcacagggccacatggatctccttgcc 4923681  T
Q  172 aatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcatagtatcaacttgtatttggtattc 235  Q
    ||||| | |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||||    
T  4923682 aatttttagccaccccataagtcttcttgatgtttgtgatagtatcaactagtatattgtattc 4923745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 306
Target Start/End: Original strand, 4912879 - 4913164
Alignment:
Q  19 tcagaggataatttaagtttttgaatttatgcata--tgctttaaggaattacaaacttacaaagatgtgattcttggggggttatttccatcatcaata 116  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||   |  ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||   | |||  ||||||   |||    
T  4912879 tcagaggataattgaagttcttgaatttatgtatggtttatttaaggaatggtaaacttacaaagatgtgattcttggaatgctatagccatca---ata 4912975  T
Q  117 ctgcagtttaggccttcccacatatacttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcatagtat 216  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||    
T  4912976 ctacagtttaggccttcccacatataattcacaggaccacatggatctccttgccaatttctagccaccacataagcatccttgatgtttgtgatagcat 4913075  T
Q  217 caacttgtatttggtattcnnnnnnntaaaacagttta--aaggatttcaagccaatttgcac--agtttactttacaccacaaatgagactaa 306  Q
     ||||  |||||||||||         ||||||||| |  || ||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4913076 taactattatttggtatt-----tgaaaaaacagttcaataaagatttaaatccaatttgcacatagtttactttacaccacaaatgacactaa 4913164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 70 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 4716207 - 4716045
Alignment:
Q  70 aaacttacaaagatgtgattcttggggggttatttccatcatcaatactgcagtttaggccttcccacatatacttcacaggaccacatggatctccttg 169  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  | |||  ||||||   ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4716207 aaacttacagagatgtgattcttgggatgctatagccatca---atactacaatttaggccttcccacatataattcacaggaccacatggatctccttg 4716111  T
Q  170 ccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcatagtatcaacttgtatttggtattc 235  Q
    ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  4716110 ccaatttctagtcaccccataagtattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtattttgtattc 4716045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 57 - 234
Target Start/End: Original strand, 4889458 - 4889632
Alignment:
Q  57 tttaaggaattacaaacttacaaagatgtgattcttggggggttatttccatcatcaatactgcagtttaggccttcccacatatacttcacaggaccac 156  Q
    |||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||  |||    
T  4889458 tttaaggaattgtatacttacaaagatatgattcttgggatgttattgccatc---aatactgcagtttaggccttcccacacgtaattcacaggggcac 4889554  T
Q  157 atggatctccttgccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcatagtatcaacttgtatttggtatt 234  Q
    |||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||    
T  4889555 atggatctccttcccaatttctagtcagcccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtatttcgtatt 4889632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 235
Target Start/End: Original strand, 21438819 - 21439039
Alignment:
Q  19 tcagaggataatttaagtttttgaatt---tatgcatatgcttta----aggaattacaaacttacaaagatgtgattcttggggggttatttccatcat 111  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||   | |||||||| ||||    ||||||   ||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||   |||    
T  21438819 tcagaggataattgaagtttttgaattatatttgcatatggtttatttaaggaatagtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgctatatc---cat 21438915  T
Q  112 caatactgcagtttaggccttcccacatatacttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcat 211  Q
    |||| || || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||| |||||| ||    
T  21438916 caatgctacaatttaggccttcccacatataattcccaggaccacatggatctccttgccaatttctagccaccttataagcatccttgacgtttgtgat 21439015  T
Q  212 agtatcaacttgtatttggtattc 235  Q
    || ||||||| |||||||||||||    
T  21439016 agcatcaactagtatttggtattc 21439039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 25 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 4704220 - 4704011
Alignment:
Q  25 gataatttaagtttttgaatttatgcatatgcttta----aggaattacaaacttacaaagatgtgattcttggggggttatttccatcatcaatactgc 120  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||    ||| |||  ||||||||||||||||||||||||||  | ||||  |||||   ||| | |    
T  4704220 gataattgaagttcttgaatttatggatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgctattggcatca---atagtac 4704124  T
Q  121 agtttaggccttcccacatatacttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcatagtatcaac 220  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||| ||  | |||||||||||    
T  4704123 agtttacgccttcccacatgtaattcacagggacacatggatctccttgccaatttctagacaccccataagtgttcttgatattcatgatagtatcaac 4704024  T
Q  221 ttgtatttggtat 233  Q
    | |||||| ||||    
T  4704023 tagtatttcgtat 4704011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 114 - 230
Target Start/End: Original strand, 4874756 - 4874872
Alignment:
Q  114 atactgcagtttaggccttcccacatatacttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgccaccccataagcattcttgatgtttgtcatag 213  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||     ||||   ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4874756 atactacagtttaggccttcccacatgtatgcttcagggtaacatggatctccttgccaatttctttccaccccataagcattcttgatgtttgtgatag 4874855  T
Q  214 tatcaacttgtatttgg 230  Q
    |||||||| ||||||||    
T  4874856 tatcaactagtatttgg 4874872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University