View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13867_low_1 (Length: 763)

Name: NF13867_low_1
Description: NF13867
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13867_low_1
NF13867_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-748)||(44208162-44208907)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 713; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 713; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 44208907 - 44208162
Alignment:
Q  1 cacaggctaacattaatttcaatttcatttttagacggaatatagcaaatcagtgtattatattgcatggttttcattatgtgatggatgatatgtcatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  44208907 cacaggctaacattaatttcaatttaatttttggacgaaatatagcaaatcagtgtattatattgcatggttttcattatgtgatggatgatat--catg 44208810  T
Q  101 cagcttagaggaacaaaatatagttcatggttttgagacagctatttgcttacgtgaatcttatgacctctattacagaagatgggtggatgacctcaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44208809 cagcttagaggaacaaaatatagttcatggttttgagacagctatttgcttacgtgaatcttatgacctctattacagaagatgggtggatgacctcaac 44208710  T
Q  201 aatggcagtgaaggaagaagttttccactttcaaatagtactccagcatccaaccgtggtcgaaatggtggccgtggatctcgtggtaggggtcgcaatg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44208709 aatggcagtgaaggaagaagttttccacgttcaaatagtactccagcatccaaccgtggtcgaaatggtggccgtggatctcgtggtaggggtcgcaatg 44208610  T
Q  301 gatctaattcttctaatgggacatttgtgtcagccactggtgatcctatttctgacagaaggtgctatacatgcggtgatccatctcactttgctaatgt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44208609 gatctaattcttctaatgggacatttgtgtcagccactggtgatcctatttctgatagaaggtgctatacatgcggtgatccatctcactttgctaatgt 44208510  T
Q  401 ttgccccaatcgtggtggactctgatgccttaatgattcttatcagtcatatagaaggaaaaacttggtgttttgcatgtgttttttgaagcagtgatac 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44208509 ttgccccaatcgtggtggactctgatgccttaatgattcttatcagtcatatagaaggaaaaacttggtgttttgcatgttttttttgaagcagtgatac 44208410  T
Q  501 agacataattatgtcaaatgtagcatgcttattgaaaaccatgaatcatgagttcaattggatctttttggttaaggggaagatataatccccggattcc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44208409 agacataattatgtcaaatgtagcatgcttattgaaaaccatgaatcatgagttcaattggatctttttggttaaggggaagatataatccccggattcc 44208310  T
Q  601 atgacttatggaatacttatacatgtttcaccggaagccatttgatagtgatgtaacaaataggtattaggacactttgattcctgtcaaaattctttct 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44208309 atgacttatggaatacttatacatgtttcaccggaagccatttgatagtgatgtaacaaataggtattaggacactttgattcctgtcaaaattctttct 44208210  T
Q  701 tcagtaggtcatatgtaaactttttaacattaaatgctttctttaatg 748  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44208209 tcagtaggtcatatgtaaactttttaacattaaatgctttctttaatg 44208162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University