View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13868_low_1 (Length: 1620)

Name: NF13868_low_1
Description: NF13868
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13868_low_1
NF13868_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (12-1620)||(44208916-44210528)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (618-689)||(38479977-38480048)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1469; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1620
Target Start/End: Complemental strand, 44210528 - 44208916
Alignment:
Q  12 catcatcccaacccaaggcaagcagtttgttcgcactgtcaagaaacagggcattcttctaatgactgtccttcacagactcgacgctccaggaatcccc 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44210528 catcataccaacccaaggcaagcagtttgttcgcactgtcaagaaacagggcattcttctaatgactgtccttcacagactcgacgctccaggaatcccc 44210429  T
Q  112 aatatcctggaatgaaccaacaaaatagtaagatttctggaattttaaaatgccacagcagaatagacagcctagagaaataagaattgtaaattttgga 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44210428 aatatcctggaatgaaccaacaaaatggtaagatttctggaattttaaaatgccacagcagaatagacagcctagagaaataagaattgtaaattttgga 44210329  T
Q  212 cattaggaaattagcaagcagtgagagtcaaccatgcagatcttggtcctgtagtttgtgatacacaaatgttaattttggattttgtagatgaattgac 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44210328 cattaggaaattagcaagcagtgagagtcaaccatgcagatcttggtcctgtagtttgtgatacacaaatgttaattttggattttgtagatgaattgac 44210229  T
Q  312 atgtgataattgatggtcctagagatgaatctgccctatccaagcctcaccatgttattgatgtgctgatgattgtgaataatgctgcacaaagtgttga 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44210228 atgtgataattgatggtcctagagatgaatctgccctatccaagcctcaccatgttattgatgtgctgatgattgtgaataatgctgcacaaagtgttga 44210129  T
Q  412 aatttaattcaatgcaataacaactacgctttctcccactaggtgggttggcttcatgggtcaattgatgtcatacagtcttgacatgtattttggttca 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44210128 aatttaattcaatgcaataacaactacgctttctcccactaggtgggttggcttcatgggtcaattgatgtcatacagtcttgacatgtattttggttca 44210029  T
Q  512 aagttgatcatttacacctaactcactcttattgattttccaatagttttccttggtttctgtctccgattgtttgactatcctccatttgatgtactct 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44210028 aagttgatcatttacacctaactcactcttattgattttccaatagttttccttggtttctgtctccgattgtttgactatcctccatttgatgtactct 44209929  T
Q  612 ctttactggtgcttctacaagttttctccgtacatgccaaaaccacctaagatgagattctgccatcttctctactatagaaattagaacctaacccaat 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44209928 ctttactggtgcttctacaagttttctccgtacatgccaaaaccacctaagatgagattctgccatcttctctactatagaaattagaacctaacccaat 44209829  T
Q  712 tttgtctatagtatttgtatttctaattctatattttctcgagtaatcacttgtccaactagcattctcatcccgacaacaccaagtttactgtttttgt 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44209828 tttgtctatagtatttgtatttctaattctatattttctcgagtaatcacttgtccagctagcattctcatcccgacaacaccaagtttactgtttttgt 44209729  T
Q  812 cgccattagactgtctagtcttttgttccacccatcattgttggtttgaagtgcttaaatttatttatttttaattattttgaaatgtcattatgatatt 911  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44209728 cgccattagactgtccagtcttttgttccacacatcattgttggtttgaagtgcttaaatttatttatttttaattattttgaaatgtcattatgatatt 44209629  T
Q  912 acaagtataataaagaaaga----aagatgtgtttgaacctatgttggaaaaggtagtactctctaaggggcttctaacttctaacacgcaaaaaatcta 1007  Q
     |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44209628 gcaagtataataaagaaagaaagaaagatgtgtttgaacctatgttggaaaaggtagtaatctctaaggggcttctaacttctaacacgcagaaaatcta 44209529  T
Q  1008 aaggtaaaaagaaagacttcaatagttttattattnnnnnnngttactataaaactttatggattcgtttatccactgaatcgacctcacccagtggaaa 1107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44209528 aaggtaaaaagaaagacttcaatagttttattattaaaaaaagttactataaaactttatggattcgtttatccactgaatcgacctcacctagtggaaa 44209429  T
Q  1108 agggctattattgttgtttactaatttctatatcccattgctacactagtcgaggcaataatttgtgttcgtatgtatannnnnnnacctggatgttaaa 1207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  44209428 agggctattattgttgtttactaatttctatatcccattgctacactagtcgaggcgataatttgtgttcgtatgtatatttttttacctggatgttaaa 44209329  T
Q  1208 aataagaactgaattattctcttaaaaaaggataggagtcttaacttttgtcttagttttagaannnnnnngcaaatcacttactatacatttttccatc 1307  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44209328 aataagaactgaattattctcttcaaaaaggataggagtcttaacttttgtcttagttttagaatttttttgcaaatcacttaccatacatttttccatc 44209229  T
Q  1308 attgtttagcagctgccaaaattgaaattcaagggaatgcatcttgtaataaacctttttacacaatgcaggggaatcttctgttgcatgcagctcgtgt 1407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44209228 attgtttagcagctgccaaaattgaaatttaagggaatgcatcttgtaataaacctttttacacaatgcaggggaatcttctgttgcatgcagctcgtgt 44209129  T
Q  1408 ggaaccccgtgtggtttgcaaactgcaaatacagatagtaacaggggcaggaagttctactcatgtcaaacacaggggtgcagattctctgtgtacgtga 1507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44209128 ggaaccccgtgtggtttgcaaactgcaaatacagatagtaacaggggcagggatttctactcatgtcaaacacaggggtgcagattctttgtgtacgtga 44209029  T
Q  1508 actcctaatccatgccaaaattattgtgactatcacatcattgacacttagcaatgtctagataacagaatcaatagcctaccaacctctttccccttga 1607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44209028 actcctaatccatgccaaaattattgtgactatcacatcattgacacttagcaatgtctagataacagaatcaatagcctaccaacctctttccccttga 44208929  T
Q  1608 ttgctttcaatcc 1620  Q
    |||||||||||||    
T  44208928 ttgctttcaatcc 44208916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 36; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 618 - 689
Target Start/End: Original strand, 38479977 - 38480048
Alignment:
Q  618 tggtgcttctacaagttttctccgtacatgccaaaaccacctaagatgagattctgccatcttctctactat 689  Q
    ||||||| ||||| || |||||| |||||| | |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  38479977 tggtgctcctacaggtcttctccatacatgaccaaacaacctaagacgagattctaccatcttctctactat 38480048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University