View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13869_low_4 (Length: 741)

Name: NF13869_low_4
Description: NF13869
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13869_low_4
NF13869_low_4
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (12-724)||(34931212-34931924)
chr8 (13-722)||(34926307-34927008)
chr8 (82-454)||(34896187-34896559)
chr8 (78-467)||(34909673-34910061)
chr8 (79-439)||(34919629-34919992)
chr8 (82-296)||(34913939-34914153)
chr8 (602-708)||(34896620-34896726)
chr8 (596-709)||(34920055-34920168)
chr8 (602-708)||(34910117-34910223)
chr8 (167-269)||(34918962-34919072)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 664; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 664; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 724
Target Start/End: Original strand, 34931212 - 34931924
Alignment:
Q  12 tgagaagaagcagttatattcatgggaattggagagggcgttcaatcaaacttataacttctgaaagggaggtggctttctgatcaaagttgcttgctca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34931212 tgagaagaagcagttatattcatgggaattggagagggcgttcaatcaaacttataacttccgaaagggaggtggctttctgatcaaagttgcttgctca 34931311  T
Q  112 aatgaataagcaatttcaatcaactttggctctgaccctttcaaacctccaaagaaaattccaaatggctgacccttttcatatcctgctggaacactca 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34931312 aatgaataagcaatttcaatcaactttggctctgaccctttcaaacctccaaagaaaattccaaatggctgacccttttcatatcctgctggaacactca 34931411  T
Q  212 gtccaggataacctccaatagcaagtatatggctaaaggaccaaataggtgttactacagcatcaagtttatttcttttcatcagtttctcaaacccatt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34931412 gtccaggataacctccaatagcaagtatatggctaaaggaccaaataggtgttactacagcatcaagtttatttcttttcatcagtttctcaaacccatt 34931511  T
Q  312 ttgtgaccatcttgtcatgtttaataatgcttgtttttctgctttaccaattccatttgtcttttcagcttgcaccataacatcttggccatactcaagt 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  34931512 ttgtgaccatcttgtcatgtttaataatgcttgtttttctgctttaccaattccatttgtcttttcagcttgcaccatgacatcttggccatacccaagt 34931611  T
Q  412 ttctcctacaatgtttatacaacaattaagatgctatcgtgatcgatgttaattaatgaaaaatgctttatgtaacaaataggcatggcacaaatagtaa 511  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34931612 ttctcctacaatgtttgtacaacaattaagatgctatcgtgattgatgttaattaatgagaaatgctttatgtaacaaataggcatggcacaaatagtaa 34931711  T
Q  512 caatcaaatgttatcagctgattcgtacagttcctgaagcacattgattgtnnnnnnntaacatagttcttatatacaatatacatactcaccaattttg 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34931712 caatcaaatgttatcagctgattcgtacagttcgtgaagcacattgattgtaaaaaaataacatagttcttatatacaatatacatactcaccaattttg 34931811  T
Q  612 ggtgtttcttgttgaaggctatcacatctgccaagcttttcactggtgaagcaactaagtctttcaggtacttattcaaggataatttgaattcaaaact 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34931812 ggtgtttcttgttgaaggctatcacatctgccaagcttttcactggtgaagcaactaagtctttcaggtacttattcaaggataatttgaattcaaaact 34931911  T
Q  712 caatgcaatttct 724  Q
    |||||||||||||    
T  34931912 caatgcaatttct 34931924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 722
Target Start/End: Original strand, 34926307 - 34927008
Alignment:
Q  13 gagaagaagcagttatattcatgggaattggagagggcgttcaatcaaacttataacttctgaaagggaggtggctttctgatcaaagttgcttgctcaa 112  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34926307 gagaagaagcagtcatattcatgggaattggag-gggtgttcgatcaaacttctaacttccgaaggggaggtggctttctgatcaaagttgcttgctcaa 34926405  T
Q  113 atgaataagcaatttcaatcaactttggctctgaccctttcaaacctccaaagaaaattccaaatggctgacccttttcatatcctgctggaacactcag 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||     
T  34926406 atgaataagcaatttcaatcaactttggatctgagcctttcaaacctccaaagcaaattccaaatggctgatccttttcatatcctgctggaacaatcac 34926505  T
Q  213 tccaggataacctccaatagcaagtatatggctaaaggaccaaataggtgttactacagcatcaagtttatttcttttcatcagtttctcaaacccattt 312  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||    | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  34926506 tccaggataacctccaatggcaagtatgttactaaaggatgccaaaggtattaccacagcatcaagtttatttcttttcatcagtttttcaaacccattc 34926605  T
Q  313 tgtgaccatcttgtcatgtttaataatgcttgtttttctgctttaccaattccatttgtcttttcagcttgcaccataacatcttggccatactcaagtt 412  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  34926606 tgtgacgatcttgtcatatttaataatgcttgtttctctgctttcccaattccgtttgtcttttcagcttgcaccatgagatcttggccatactcaagtt 34926705  T
Q  413 tctcctacaatgtttatacaacaattaagatgctatcgtgatcgatgttaattaatgaaaaatgctttatgtaacaaataggcatggcacaaatagtaac 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   || |     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34926706 tctcctacaatgtttatacaacaattaagatgctatcgtgatcaatgttcatagctgga-----ctttatgtaacaaataggcatggcacaaatagtaac 34926800  T
Q  513 aatcaaatgttatcagctgattcgtacagttcctgaagcacattgattgtnnnnnnntaacatagttcttatatacaatatacatactcaccaattttgg 612  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||| | || | ||       |||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  34926801 aatcaaatgttatcagttgattcttacag-tcgtgaagcaaactggtcgt-aaaaaataacatagttctaatattctatatacatactcaccgattttgg 34926898  T
Q  613 gtgtttcttgttgaaggctatcacatctgccaagcttttcactggtgaagcaactaagtctttcaggtacttattcaaggataatttgaattcaaaactc 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  34926899 gtgtttcttgttgaaggctatcacatctgccaagcttttcactggtgaagcaactaattctttcaggtacttattcaaggataatttgaattcaaaattc 34926998  T
Q  713 aatgcaattt 722  Q
    || |||||||    
T  34926999 aaggcaattt 34927008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 82 - 454
Target Start/End: Original strand, 34896187 - 34896559
Alignment:
Q  82 ggtggctttctgatcaaagttgcttgctcaaatgaataagcaatttcaatcaactttggctctgaccctttcaaacctccaaagaaaattccaaatggct 181  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||     
T  34896187 ggtgactttctgatcaaagttgcttgctcgaaggaataagcaatttcaatcaactttggctctgacccttttaaaccaccaaagcaaattccaaatggca 34896286  T
Q  182 gacccttttcatatcctgctggaacactcagtccaggataacctccaatagcaagtatatggctaaaggaccaaataggtgttactacagcatcaagttt 281  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34896287 cacccttttcatatcctgctggaacactcactccaggataacctccaatagcaagtatgtgactaaaggaccaaaaaggtgttactacagcatcaagttt 34896386  T
Q  282 atttcttttcatcagtttctcaaacccattttgtgaccatcttgtcatgtttaataatgcttgtttttctgctttaccaattccatttgtcttttcagct 381  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34896387 atttattttcatcagtttctcaaacccattttctgaccatcttgtcatgtttaataatgcttgtttttctgctttaccaattccatttgtcttttcagct 34896486  T
Q  382 tgcaccataacatcttggccatactcaagtttctcctacaatgtttatacaacaattaagatgctatcgtgat 454  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  34896487 tgcaccatgacatcttggccatactccattttctcctacaacttttatataacaattaagatcctatcgtgat 34896559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 78 - 467
Target Start/End: Original strand, 34909673 - 34910061
Alignment:
Q  78 gggaggtggctttctgatcaaagttgcttgctcaaatgaataagcaatttcaatcaactttggctctgaccctttcaaacctccaaagaaaattccaaat 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  34909673 gggaggtggctttctgatcaaagttgcttgctcgaatgaataagcaatttcaatcaactttggctctgaccctttcaaaccaccaaaacaaattccaaat 34909772  T
Q  178 ggctgacccttttcatatcctgctggaacactcagtccaggataacctccaatagcaagtatatggctaaaggaccaaataggtgttactacagcatcaa 277  Q
    ||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||||||    
T  34909773 ggtacacccttttcatatcctgctggaacactcactccaggataacctccaatagccagtatgtggctaaaggaccaaaaaggtgtcattacagcatcaa 34909872  T
Q  278 gtttatttcttttcatcagtttctcaaacccattttgtgaccatcttgtcatgtttaataatgcttgtttttctgctttaccaattccatttgtcttttc 377  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||| ||||  || |||||||||||    
T  34909873 gtttatttattttcatcagtttctcaaacccattttctgaccatcttgacatattcaataatgcttctttttctgctttcccaaaaccgtttgtcttttc 34909972  T
Q  378 agcttgcaccataacatcttggccatactcaagtttctcctacaatgtttatacaacaattaagatgctatcgtgatcgatgttaattaa 467  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||| || ||||||||    
T  34909973 agcttgcaccaatacatcttggccatactccattttctcctacaat-tttatacaacaattcagattctatagtgatcaatattaattaa 34910061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 79 - 439
Target Start/End: Original strand, 34919629 - 34919992
Alignment:
Q  79 ggaggtggctttctgatcaaagttgcttgctcaaatgaataagcaatttcaatcaactttggctctgaccctttcaaacctccaaagaaaattccaaatg 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  34919629 ggaggtggctttctgatcaaagttgcttgctcaaatgaataagcaatttcaatcaacttcggctctgagcctttcaaacctccaaaacaaattccaaatg 34919728  T
Q  179 gctgacccttttcatatcctgctggaacactcagtccaggataacctccaatagcaagtatatggctaaaggaccaaataggtgttactacagcatcaag 278  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||    ||||||||  ||| ||| ||||| |||||||||||    
T  34919729 gcttacccttttcatatcctgctggaacaatgattccaggataacctccaatagcaagtatgctactaaaggatgaaaaaggcgttaccacagcatcaag 34919828  T
Q  279 tttatttcttttcatcagtttctcaaacccattttgtgaccatcttgtcatgtttaataatgcttgtttttctgctttaccaattccatttgtcttttca 378  Q
    || |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |    | |||||||||||||||||||||    
T  34919829 ttcatttgtttttatcagtttctcaaacccattttctgaccatcttgtcatgtttaataatgcttctttctgtatacttccaattccatttgtcttttca 34919928  T
Q  379 gcttgcaccataacatcttggccatac---tcaagtttctcctacaatgtttatacaacaatta 439  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||   ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  34919929 gcttgcaacatgatatcttggccatacttatcaagttcctcctacaatttttatacaacaatta 34919992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 82 - 296
Target Start/End: Original strand, 34913939 - 34914153
Alignment:
Q  82 ggtggctttctgatcaaagttgcttgctcaaatgaataagcaatttcaatcaactttggctctgaccctttcaaacctccaaagaaaattccaaatggct 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34913939 ggtggctttctgatcaaagttgcttgctcaaatgaataagcaatctcaatcaactttggctctgaccctttcaaacctccaaagcaaattccaaatggct 34914038  T
Q  182 gacccttttcatatcctgctggaacactcagtccaggataacctccaatagcaagtatatggctaaaggaccaaataggtgttactacagcatcaagttt 281  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||    |||||| |  ||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  34914039 gacctttttcatatcctgctggaacaatcactccaagataacctccaatagcaagtatgctactaaagaatgaaaaaggtgttaccacaggatcaagttt 34914138  T
Q  282 atttcttttcatcag 296  Q
    |||| ||||||||||    
T  34914139 atttattttcatcag 34914153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 602 - 708
Target Start/End: Original strand, 34896620 - 34896726
Alignment:
Q  602 accaattttgggtgtttcttgttgaaggctatcacatctgccaagcttttcactggtgaagcaactaagtctttcaggtacttattcaaggataatttga 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||   ||||| |||||||||||    
T  34896620 accaattttgggtgtttcttgttgaaggctatcacatctgccaagcttttcactggcgaagcaaccaaatctttgaggtatgcattcacggataatttga 34896719  T
Q  702 attcaaa 708  Q
    |||||||    
T  34896720 attcaaa 34896726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 596 - 709
Target Start/End: Original strand, 34920055 - 34920168
Alignment:
Q  596 atactcaccaattttgggtgtttcttgttgaaggctatcacatctgccaagcttttcactggtgaagcaactaagtctttcaggtacttattcaaggata 695  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||   |||||| ||||    
T  34920055 atacttaccaattttgggtttttcttgttgaaggctatcacatctgccaagcttctcactggcgatgctactaagtctttgaggtatgcattcaatgata 34920154  T
Q  696 atttgaattcaaaa 709  Q
    ||||||||||||||    
T  34920155 atttgaattcaaaa 34920168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 602 - 708
Target Start/End: Original strand, 34910117 - 34910223
Alignment:
Q  602 accaattttgggtgtttcttgttgaaggctatcacatctgccaagcttttcactggtgaagcaactaagtctttcaggtacttattcaaggataatttga 701  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  34910117 accaattttgggtgtttctcattgaaggctatcacatctgccaaactgttcaccggtgaagctactaaatctttcaggtattcattcaatgataatttga 34910216  T
Q  702 attcaaa 708  Q
    |||||||    
T  34910217 attcaaa 34910223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 269
Target Start/End: Original strand, 34918962 - 34919072
Alignment:
Q  167 aaattccaaatggctgacccttttcatatcctgctgga-----acactcagtccaggataacctccaatagcaagtat-at--ggctaaaggaccaaata 258  Q
    |||||||||||| |   |||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  | ||||||||||||| |    
T  34918962 aaattccaaatgacatgcccttttcatatcctgctggaatggaacactcagtccaggataacctccaataacaagtatgatgagactaaaggaccaaaaa 34919061  T
Q  259 ggtgttactac 269  Q
    |||||||||||    
T  34919062 ggtgttactac 34919072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University