View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13876_low_1 (Length: 913)

Name: NF13876_low_1
Description: NF13876
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13876_low_1
NF13876_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (9-896)||(40552559-40553445)
chr7 (9-230)||(22137532-22137753)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 780; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 780; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 896
Target Start/End: Original strand, 40552559 - 40553445
Alignment:
Q  9 ttattcttcgtatctgttttatctttctgtaatatgataacaatattgattaatttcatgttttcaagtaaaggttctgtacagttgtgataaattatct 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40552559 ttattcttcgtatctgttttatctttctgtaatatgataacaatattgattaatttcatgttttcaagtaaaggttctgtacagttatgataaattatct 40552658  T
Q  109 ggtgatgtatatataacaataatatggcatatggaatttggtgtttatgtttaatgtcttaattccacgtccccattatatttggtgggtcaaaagattt 208  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40552659 ggtgatgtataaataacaataatatggcatatggaatttggtgtttatgtttaatgtcttaattccacgtccccattatatttggtgggtcaaaagattt 40552758  T
Q  209 atttatttttatgactatggttagtttcattctgaatagcagttgttataagtgattttattttcttagtaatacccttgtacnnnnnnnttaagcatgt 308  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  40552759 atttatttttatgactatggttggtttcattctgaatagcagttgttataagtgattttattttcttagtaatacccttgtacaaaaaa-ttaagcatgt 40552857  T
Q  309 atgaattgtgagttttcttatttgtagtaagagaataatttggggatgtttctttcttgctagggatatgaagtgctcaagctgctaaatgtgcttcttc 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40552858 atgaattgtgagttttcttatttgtagtaagagaataatttggggatgtttctttcttgctagggatatgaagtgctcaagctgctaaatgtgcttcttc 40552957  T
Q  409 ctgaggtgactgaaaatcagaatgatcctctagtgctagacaaagaatcatttttagctgatcgcccgtatctcatagaaaagcttgtgatggatgcact 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40552958 ctgaggtgactgaaaatcagaatgatcctctagtgctagacaaagaatcatttttagctgatcgcccgtatctcatagaaaagcttgcgatggatgcact 40553057  T
Q  509 tcctcggttgatccaggttggttgaatttcttgttattatcaaggttttaaattgtggttgtgccatatattgagaagaagaataatgatcaaatgtggt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40553058 tcctcggttgatccaggttggttgactttcttgttattatcaaggttttaaattgtggttgtgccatatattgagaagaagaataatgatcaaatgtggt 40553157  T
Q  609 tgatgcggactcaatagcaattagagtcgctgagacatcaaaaaccttgatattgcaatatgaattgttgtcgcagaccttttctnnnnnnnnnnnnnnn 708  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   
T  40553158 tgatgcggactcaatagcaattaaagtcgctgagacatcaaaaaccttgatattgcaatatgaattgttgtcgcagaccttttctaaaaataaaaaataa 40553257  T
Q  709 nnngctacattttattttgtacttcacccttgacaggtggttaattcagatccaaatacatatgtttgtcatggatgcctttctgttatttacaagatag 808  Q
       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40553258 aaagctacattttaatttgtacttcacccttgacaggtggttaattcagatccaaatacatatgtttgtcatggatgcctttctgttatttacaagatag 40553357  T
Q  809 ttcattttagccaatctgataagcttgtagaactgctcgagaacaccaacatttcaaggtgaatcatgcatccttttctggttcattt 896  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40553358 ttcattttagccaatctgataagcttgtagaactgctcgagaacaccaacatttcaaggtgaatcatgcatccttttctggttcattt 40553445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 9 - 230
Target Start/End: Original strand, 22137532 - 22137753
Alignment:
Q  9 ttattcttcgtatctgttttatctttctgtaatatgataacaatattgattaatttcatgttttcaagtaaaggttctgtacagttgtgataaattatct 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22137532 ttattcttcgtatctgttttatctttctgtaatatgataacaatattgattaatttcatgttttcaagtaaaggttctgtacagttatgataaattatct 22137631  T
Q  109 ggtgatgtatatataacaataatatggcatatggaatttggtgtttatgtttaatgtcttaattccacgtccccattatatttggtgggtcaaaagattt 208  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22137632 ggtgatgtataaataacaataatatggcatatggaatttggtgtttatgtttaatgtcttaattccacgtccccattatatttggtgggtcaaaagattt 22137731  T
Q  209 atttatttttatgactatggtt 230  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  22137732 atttatttttatgactatggtt 22137753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University