View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13876_low_14 (Length: 492)

Name: NF13876_low_14
Description: NF13876
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13876_low_14
NF13876_low_14
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (12-492)||(19785294-19785774)
chr5 (130-492)||(19795813-19796175)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (134-492)||(15835120-15835478)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (185-492)||(47712712-47713019)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 492
Target Start/End: Original strand, 19785294 - 19785774
Alignment:
Q  12 aataagcgtttgcaaccatcaaaccctttttctctaagaagaagaataaataaaaaacaacgccacaaccacagggagcacaaaggtgcatggaaactca 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19785294 aataagcgcttgcaaccatcaaacccttttgctctaagaacaagaataaataaaaaacaacgccacaaccacagggagcacaaaggtgcgtggaaactca 19785393  T
Q  112 ctgacaaagactctttgatgactgaagaggtggcggcgagggctaaggctcagaaacaaaccgctcatgttttgaaggaagagaagaggattgccttggc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19785394 ctgacaaagactctttgatgactgaagaggtggcggcgagggctaaggctcagaaacaaaccgctcatgttttgaaggaagagaagaggattgccttggc 19785493  T
Q  212 taagaagcttgttgatcgttacactaccgaccctcattttaagtttcctcatgattctatctctgatcattttgctgattgtttgaagaaggatcttcag 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19785494 taagaagcttgttgatcgttacactaccgaccctcattttaagtttcttcatgattctatctctgatcattttgctgattgtttgaagaaggatcttcag 19785593  T
Q  312 tttttgaaatctgggttgcccacaaaaatcagccttgttgctaaatggtgcccttctgttgagtcttcccttgatcgatcgactcttctgtgtgagagta 411  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19785594 tttttgaaatctgggttgcccaataaaatcagccttgctgctaaatggtgcccttctgttgactcttcctttgatcgatcgactcttctgtgtgagagta 19785693  T
Q  412 ttgccaagaggatcttccctcgggaggaatatgaaggtgtggaggaggcacattatgcttatagggttcgtgatcgtttga 492  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19785694 ttgcaaagaggatcttccctcgggaggaatatgaaggtgtggaggaggcacattatgcttatagggttcgtgatcgtttga 19785774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 130 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 19796175 - 19795813
Alignment:
Q  130 tgactgaagaggtggcggcgagggctaaggctcagaaacaaaccgctcatgttttgaaggaagagaagaggattgccttggctaagaagcttgttgatcg 229  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||| ||   ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  19796175 tgactgaagaggtggcagcgagagctaaggttgagaaagaaggtgctcacgttttgaaggaagagaagaggattgcattagctaagaagcttgttgatcg 19796076  T
Q  230 ttacactaccgaccctcattttaagtttcctcatgattctatctctgatcattttgctgattgtttgaagaaggatcttcagtttttgaaatctgggttg 329  Q
    ||| |||||||| ||  |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||| |    
T  19796075 ttatactaccgatcccaattttaagtttcttcacgattgtatctctgatcatttcgctgattgtttgaagaaggatctcgagtttttgaaatccgggtcg 19795976  T
Q  330 cccacaaaaatcagccttgttgctaaatggtgcccttctgttgagtcttcccttgatcgatcgactcttctgtgtgagagtattgccaagaggatcttcc 429  Q
    ||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  19795975 cccaataaaatcagtcttgctgctaaatggtgcccttctgttgactcttcctttgatcggtcaactcttctgtgtgagaccattgccaagaagatcttcc 19795876  T
Q  430 ctcgggaggaatatgaaggtgtggaggaggcacattatgcttatagggttcgtgatcgtttga 492  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19795875 ctagggaggagtatgaaggtgtggaggaggcacattatgcttatagggttcgtgatcggttga 19795813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 223; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 134 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 15835478 - 15835120
Alignment:
Q  134 tgaagaggtggcggcgagggctaaggctcagaaacaaaccgctcatgttttgaaggaagagaagaggattgccttggctaagaagcttgttgatcgttac 233  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15835478 tgaagaggtggctgcgagagctaaggctcagaaagaaactgctcacgctttgaaggaagagaagaggattgccttggctaagaagcttgttgatcgatac 15835379  T
Q  234 actaccgaccctcattttaagtttcctcatgattctatctctgatcattttgctgattgtttgaagaaggatcttcagtttttgaaatctgggttgccca 333  Q
    | |   |||||| |||||||||| | |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||    
T  15835378 aatcgtgaccctgattttaagttccttcataattgtatctctcatcattttgctgattgtttgaagaaggatcttgagtttttgaaatctgggtcaccca 15835279  T
Q  334 caaaaatcagccttgttgctaaatggtgcccttctgttgagtcttcccttgatcgatcgactcttctgtgtgagagtattgccaagaggatcttccctcg 433  Q
     ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| || | |||||| ||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  15835278 gaaaaatcagtcttgctgctaaatggtgcccctctctttactcttcctttgatcggtcaactcttctgtgtgagaccattgccaagaggatattccctcg 15835179  T
Q  434 ggaggaatatgaaggtgtggaggaggcacattatgcttatagggttcgtgatcgtttga 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15835178 ggaggaatatgaaggtgtggaggaggcgcattatgcttatagggttcgtgatcgtttga 15835120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 128; Significance: 6e-66; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 185 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 47713019 - 47712712
Alignment:
Q  185 gaaggaagagaagaggattgccttggctaagaagcttgttgatcgttacactaccgaccctcattttaagtttcctcatgattctatctctgatcatttt 284  Q
    |||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| || || | |   ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||    
T  47713019 gaagaaagagaagaagattgtattggctaagaagcttgttgaacggtataatcgtgaccctcattttaagtttcttcatgattgtatatctgatcatttt 47712920  T
Q  285 gctgattgtttgaagaaggatcttcagtttttgaaatctgggttgcccacaaaaatcagccttgttgctaaatggtgcccttctgttgagtcttcccttg 384  Q
    ||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| ||||| | ||||||| || || |||| ||| |||||||| ||||| ||||| |||||  |||    
T  47712919 gctgattgtttaaagaaagatattgagtttttgaaatgtgggtcgtccacaaatattagtcttgctgcgaaatggtgtccttcggttgactcttcatttg 47712820  T
Q  385 atcgatcgactcttctgtgtgagagtattgccaagaggatcttccctcgggaggaatatgaaggtgtggaggaggcacattatgcttatagggttcgtga 484  Q
    || |  ||||  |  ||||||||||||| || |||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  47712819 atagggcgacattgttgtgtgagagtatcgcgaagaggatttttcctagggaggagtatgaaggtgtggaggaggcgcattatgcttatagggttcgtga 47712720  T
Q  485 tcgtttga 492  Q
    ||||||||    
T  47712719 tcgtttga 47712712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University