View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1387_high_3 (Length: 507)
Name: NF1387_high_3
Description: NF1387
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1387_high_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 62 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 4124528 - 4124152
Alignment:
| Q |
62 |
caaactaagttctagtattcctcaaaaaatcatcattgtctaaacaattttgttacacattaatggcttttctacgtcataatacaaatgacttattcat |
161 |
Q |
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| T |
4124528 |
caaactaagttctagtattcctcaaaaaatcatcattgtctaaacaattttgttacacattaatggcttttctacgtcataatacaaatgacttattcat |
4124429 |
T |
|
| Q |
162 |
tacagtcctcatattttgcacattttattcatgttatagtgcaatcaatgacaccattacaccatccaaatctctcaaagacaatggaacaataacctca |
261 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
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| T |
4124428 |
tacagtcctcatattttgcaccttttattcatgttatagtgcaatcaatgacaccattacaccatccaaatctctcaaagacaatgaaacaataacctca |
4124329 |
T |
|
| Q |
262 |
aacaacacaaacttcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattg |
361 |
Q |
| |
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|
| T |
4124328 |
aacaacacaaacttcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattg |
4124229 |
T |
|
| Q |
362 |
caaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaac |
438 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4124228 |
caaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaac |
4124152 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 66 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 4135070 - 4134697
Alignment:
| Q |
66 |
ctaagttctagtattcctcaaaaaatcatcattgtctaaa-caattttgttacacattaatggctttt-ctacgtcataatacaaatgacttattcatta |
163 |
Q |
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|
| T |
4135070 |
ctaagttctagtattcctcaaaaaa-catcatcatctaaaacagttttgttacacatttatggctttttctaagtcataatataaatgacttattcatta |
4134972 |
T |
|
| Q |
164 |
cagtcctcatattttgcacattttattcatgttatagtgcaatcaatgacaccattacaccatccaaatctctcaaagacaatggaacaataacctcaaa |
263 |
Q |
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| T |
4134971 |
cattcctcatattttgcacattttattcatgttatagttctaccaacaacgccattacatcatcaaaatcactcaaagacaatgaaacaataacctcaaa |
4134872 |
T |
|
| Q |
264 |
caacacaaacttcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgca |
363 |
Q |
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|
| T |
4134871 |
caacacagacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgaacaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgca |
4134772 |
T |
|
| Q |
364 |
aacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaac |
438 |
Q |
| |
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|
| T |
4134771 |
aacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaac |
4134697 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 108 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 4145829 - 4145499
Alignment:
| Q |
108 |
attttgttacacattaatggcttttctacgtcataatacaaatgacttattcattacagtcctcatattttgcacattttattcatgttatagtgcaatc |
207 |
Q |
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| T |
4145829 |
attttgttacatgttcatggcttttctaagtcataacaaaaaccacttgttcataacattcctcatattttgcacattttattcatgttatagtgctgtc |
4145730 |
T |
|
| Q |
208 |
aatgacaccattacaccatccaaatctctcaaagacaatggaacaataacctcaaacaacacaaacttcaagctaggatttttcagcccattaaattcgc |
307 |
Q |
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| T |
4145729 |
aacgacactattacatcatccaaattactcaaagacaatgaaacaataacctcaaacaacacagacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgc |
4145630 |
T |
|
| Q |
308 |
ccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaat |
407 |
Q |
| |
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|
| T |
4145629 |
ccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaat |
4145530 |
T |
|
| Q |
408 |
tcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaac |
438 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
4145529 |
tcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaac |
4145499 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 112 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 4153831 - 4153502
Alignment:
| Q |
112 |
tgttacacattaatggcttttctacgtcataatacaaatgacttattcat---tacagtcctcatattttgcacattttattcatgttatagtgcaatca |
208 |
Q |
| |
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| T |
4153831 |
tgttacacatttatggcttttctaagtcacaattcaaattacttcttcataattactttccttatattttgcacaatttattcatgttatagtgcaatca |
4153732 |
T |
|
| Q |
209 |
atgacaccattacaccatccaaatctctcaaagacaatggaacaataacctcaaacaacacaaacttcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcc |
308 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |
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| T |
4153731 |
atgacaccattacatcatccaaatctctcaaagacaatgaaacaataacctcaaacaacacaaatttcaagctaggatttttcagcccattaaattcaac |
4153632 |
T |
|
| Q |
309 |
caaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaatt |
408 |
Q |
| |
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|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4153631 |
caaccgttacctaggaatttggtacatcaataagaccaacaatatatggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaatt |
4153532 |
T |
|
| Q |
409 |
cacaaaaatggaaatcttgtaattttgaac |
438 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| || |||| |||||| |
|
|
| T |
4153531 |
cacaaagatggaaattttataatattgaac |
4153502 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 170 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 4164129 - 4163861
Alignment:
| Q |
170 |
tcatattttgcacattttattcatgttatagtgcaatcaatgacaccattacaccatccaaatctctcaaagacaatggaacaataacctcaaacaacac |
269 |
Q |
| |
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| T |
4164129 |
tcatatttagcaccttttattcatgttatagttctaccaacgacaccattacatcatctaaatcactcaaagacaacgaaacaataacctcaaacaacac |
4164030 |
T |
|
| Q |
270 |
aaacttcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacaga |
369 |
Q |
| |
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||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
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|
| T |
4164029 |
aaatttcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacaga |
4163930 |
T |
|
| Q |
370 |
gatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaac |
438 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4163929 |
gatcaaccactcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaac |
4163861 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 27060071 - 27060010
Alignment:
| Q |
1 |
cacattgcttttaatgccacaatccacactctgatatggttcatattataaaatctaaaatc |
62 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
27060071 |
cacattgcttgtaatgccacaatccacattatgatatggttcacattataaaatctgaaatc |
27060010 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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