View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13880_high_1 (Length: 1196)

Name: NF13880_high_1
Description: NF13880
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13880_high_1
NF13880_high_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (9-1183)||(40552559-40553735)
chr7 (9-230)||(22137532-22137753)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (929-1042)||(28777312-28777425)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1052; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1052; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1183
Target Start/End: Original strand, 40552559 - 40553735
Alignment:
Q  9 ttattcttcgtatctgttttatctttctgtaatatgataacaatattgattaatttcatgttttcaagtaaaggttctgtacagttgtgataaattatct 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40552559 ttattcttcgtatctgttttatctttctgtaatatgataacaatattgattaatttcatgttttcaagtaaaggttctgtacagttatgataaattatct 40552658  T
Q  109 ggtgatgtatatataacaataatatggcatatggaatttggtgtttatgtttaatgtcttaattccacgtccccattatatttggtgggtcaaaagattt 208  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40552659 ggtgatgtataaataacaataatatggcatatggaatttggtgtttatgtttaatgtcttaattccacgtccccattatatttggtgggtcaaaagattt 40552758  T
Q  209 atttatttttatgactatggttagtttcattctgaatagcagttgttataagtgattttattttcttagtaatacccttgtacnnnnnnnttaagcatgt 308  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  40552759 atttatttttatgactatggttggtttcattctgaatagcagttgttataagtgattttattttcttagtaatacccttgtacaaaaaa-ttaagcatgt 40552857  T
Q  309 atgaattgtgagttttcttatttgtagtaagagaataatttggggatgtttctttcttgctagggatatgaagtgctcaagctgctaaatgtgcttcttc 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40552858 atgaattgtgagttttcttatttgtagtaagagaataatttggggatgtttctttcttgctagggatatgaagtgctcaagctgctaaatgtgcttcttc 40552957  T
Q  409 ctgaggtgactgaaaatcagaatgatcctctagtgctagacaaagaatcatttttagctgatcgcccgtatctcatagaaaagcttgtgatggatgcact 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40552958 ctgaggtgactgaaaatcagaatgatcctctagtgctagacaaagaatcatttttagctgatcgcccgtatctcatagaaaagcttgcgatggatgcact 40553057  T
Q  509 tcctcggttgatccaggttggttgaatttcttgttattatcaaggttttaaattgtggttgtgccatatattgagaagaagaataatgatcaaatgtggt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40553058 tcctcggttgatccaggttggttgactttcttgttattatcaaggttttaaattgtggttgtgccatatattgagaagaagaataatgatcaaatgtggt 40553157  T
Q  609 tgatgcggactcaatagcaattagagtcgctgagacatcaaaaaccttgatattgcaatatgaattgttgtcgcagaccttttctnnnnnnnnnnnnnnn 708  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   
T  40553158 tgatgcggactcaatagcaattaaagtcgctgagacatcaaaaaccttgatattgcaatatgaattgttgtcgcagaccttttctaaaaataaaaaataa 40553257  T
Q  709 nnngctacattttattttgtacttcacccttgacaggtggttaattcagatccaaatacatatgtttgtcatggatgcctttctgttatttacaagatag 808  Q
       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40553258 aaagctacattttaatttgtacttcacccttgacaggtggttaattcagatccaaatacatatgtttgtcatggatgcctttctgttatttacaagatag 40553357  T
Q  809 ttcattttagccaatctgataagcttgtagaactgctcgagaacaccaacatttcaaggtgaatcatgcatccttttctggttcatttgagtcacaatat 908  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40553358 ttcattttagccaatctgataagcttgtagaactgctcgagaacaccaacatttcaaggtgaatcatgcatccttttctggttcatttgagtcacaatat 40553457  T
Q  909 taaatataattgtttatgtaattgacattatctggtttatacaacagttgtttggacagagtattcactcgaaaggataatcatgtgttaatattagcct 1008  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40553458 taaatataattgtttatgtaattgacattatctggtttatacaacagttgtttggacagagtattcactcgaaaggataatcatgtgttaatattagcct 40553557  T
Q  1009 tacagattgttgagttaatccttcagaag---ttttcagacaagttcataaagttgttaattgaggaaggtgtctattttgccataagtcactttcatca 1105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40553558 tacagattgttgagttaatccttcagaagtttttttcagacaagttcataaagttgtttattgaggaaggtgtctattttgccataagtcactttcatca 40553657  T
Q  1106 cctgggaaaacatcttcacgattgaatttccgtgaaaactctcattcaagagttgagtgtccatgttatgcattttct 1183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40553658 cctgggaaaacatcttcacgattgaatttccgtgaaaactctcattcaagagttgagtgtccatgttatgcattttct 40553735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 9 - 230
Target Start/End: Original strand, 22137532 - 22137753
Alignment:
Q  9 ttattcttcgtatctgttttatctttctgtaatatgataacaatattgattaatttcatgttttcaagtaaaggttctgtacagttgtgataaattatct 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22137532 ttattcttcgtatctgttttatctttctgtaatatgataacaatattgattaatttcatgttttcaagtaaaggttctgtacagttatgataaattatct 22137631  T
Q  109 ggtgatgtatatataacaataatatggcatatggaatttggtgtttatgtttaatgtcttaattccacgtccccattatatttggtgggtcaaaagattt 208  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22137632 ggtgatgtataaataacaataatatggcatatggaatttggtgtttatgtttaatgtcttaattccacgtccccattatatttggtgggtcaaaagattt 22137731  T
Q  209 atttatttttatgactatggtt 230  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  22137732 atttatttttatgactatggtt 22137753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 929 - 1042
Target Start/End: Complemental strand, 28777425 - 28777312
Alignment:
Q  929 attgacattatctggtttatacaacagttgtttggacagagtattcactcgaaaggataatcatgtgttaatattagccttacagattgttgagttaatc 1028  Q
    |||||| |||||||||| ||   |||||| |||||   |||| |||||||| |||||| ||||| || |||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  28777425 attgactttatctggttaatgtgacagttttttggctggagttttcactcggaaggatcatcatatgataatgttagccttacagattgctgagataatc 28777326  T
Q  1029 cttcagaagttttc 1042  Q
    ||||| || |||||    
T  28777325 cttcaaaatttttc 28777312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University