View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13892_high_6 (Length: 410)

Name: NF13892_high_6
Description: NF13892
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13892_high_6
NF13892_high_6
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-401)||(33520384-33520784)
chr2 (1-401)||(33495270-33495670)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 397; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 401
Target Start/End: Original strand, 33520384 - 33520784
Alignment:
Q  1 aaatttgttgcaggatattcttcgccactcaacgcaggcatgacaatgaatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33520384 aaatttgttgcaggatattcttcgccactcaacgcaggcatgacaatgaatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttg 33520483  T
Q  101 cagctttgcttagagccatgaggtgagtgatgatgaaaacaaatatatgagtagcaaccttgttttctatgaatgttttcaattatactttgtttgttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33520484 cagctttgcttagagccatgaggtgagtgatgatgaaaacaaatatatgagtagcaaccttgttttctatgaatgttttcaattatactttgtttgttga 33520583  T
Q  201 cagaggctaaatttgattatgtgcagaaaaggtgccgatgaaagaggatacatggtatggtcattgtttgacaactttgaatggaatagtggatatgata 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33520584 cagaggctaaatttgattatgtgcagaaaaggtgccgatgtaagaggatacatggtatggtcattgtttgacaactttgaatggaatagtggatatgata 33520683  T
Q  301 aaaaatttggactttattatgtggatagacagacacttgaacggattcctaaactttcagttgagtggttttctagtttcctcaacaatactagtgatga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33520684 aaaaatttggactttattatgtggatagacagacacttgaacggattcctaaactttcagttgagtggttttctagtttcctcaacaatactagtgatga 33520783  T
Q  401 t 401  Q
    |    
T  33520784 t 33520784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 33495670 - 33495270
Alignment:
Q  1 aaatttgttgcaggatattcttcgccactcaacgcaggcatgacaatgaatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33495670 aaatttgttgcaggatattcttcgccactcaacgcaagcatgacaatgcatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttg 33495571  T
Q  101 cagctttgcttagagccatgaggtgagtgatgatgaaaacaaatatatgagtagcaaccttgttttctatgaatgttttcaattatactttgtttgttga 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||| ||||||    
T  33495570 cagctttgcttagagccataaggtgagtgatgatgaagacaaatatatgagtagcaaccttgttttttatgaatgtttttagttatagtttgtctgttga 33495471  T
Q  201 cagaggctaaatttgattatgtgcagaaaaggtgccgatgaaagaggatacatggtatggtcattgtttgacaactttgaatggaatagtggatatgata 300  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  33495470 ctgagactaaatttgattatgtgcagaaaaggtgcagatgtaagaggatatatggtatggtcgttgtttgacaactttgaatggaatagtggatataatg 33495371  T
Q  301 aaaaatttggactttattatgtggatagacagacacttgaacggattcctaaactttcagttgagtggttttctagtttcctcaacaatactagtgatga 400  Q
     || ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33495370 taagatttggattatattatgtggatagacagacacttgaacgaattcctaaactttcagttgagtggttttctagtttcctcaacaatactagtgatga 33495271  T
Q  401 t 401  Q
    |    
T  33495270 t 33495270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University