View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13893_low_9 (Length: 451)

Name: NF13893_low_9
Description: NF13893
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13893_low_9
NF13893_low_9
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (1-428)||(6592786-6593213)
chr4 (7-403)||(6792492-6792888)
chr4 (7-390)||(6541062-6541444)
chr4 (16-394)||(6647189-6647567)
chr4 (1-406)||(6769578-6769983)
chr4 (7-396)||(6626398-6626784)
chr4 (1-382)||(6665587-6665965)
chr4 (1-406)||(6549997-6550402)
chr4 (1-344)||(6811932-6812275)
chr4 (3-397)||(6522202-6522599)
chr4 (1-174)||(6832450-6832620)
chr4 (263-395)||(6501905-6502037)
chr4 (16-170)||(6748973-6749124)
chr4 (275-396)||(6832715-6832836)
chr4 (7-87)||(6503446-6503524)
chr4 (1-41)||(6502239-6502279)
[»] scaffold0729 (1 HSPs)
scaffold0729 (7-403)||(5741-6137)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 6593213 - 6592786
Alignment:
Q  1 tcaagaagcatggaattgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttaggtgcattcagccaagcaacaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6593213 tcaagaagcatggaattgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttagctgcattcagccaagcaacaac 6593114  T
Q  101 tccacgagaagattttagtgaactttctagacaggtagttgcttattctaggggattgcctcttgctcttaaagaacttgggttctttttgaatggagag 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6593113 tccacaagaagattttagtgaactttctagacagctagttgcttattctaggggattgcctcttgctcttaaagaacttgggttctttttgaatggagag 6593014  T
Q  201 gaagcacttcaatggaagaatgtgttgaagagtctcgaaagactttccattccagctgcacgactacaagaagctctagaaaagagtttaagtgatttga 300  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  6593013 gaagcacttaagtggaagaatgtgttgaagagtctcaaaagactttccattccagctccacgactacaagaagctcttgaaaagagttttagtgatttga 6592914  T
Q  301 ctgatgaagagaaaagaatattccttgatatagcatgtttctttgacaacatgaaccaaaatgatgtacttcaaatattaaataagtcaacacaatctgc 400  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||     ||||||| ||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6592913 gtgatgaagagaaacgaatattccttgatatagcatgtctctttgttgggatgaacctaaatgatgtaaagcaaatattaaataggtcaacacaatctgc 6592814  T
Q  401 agctctccagataagtaaccttgaagac 428  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6592813 agctctcgagataagtaaccttgaagac 6592786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 7 - 403
Target Start/End: Original strand, 6792492 - 6792888
Alignment:
Q  7 agcatggaattgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttaggtgcattcagccaagcaacaactccacg 106  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||| |  |||| |||  |||||  ||| ||||||||||| |||| |     
T  6792492 agcatggagttgaccatatatatagagtgaaagaactagacgaaagtgaatcgcttgagcttttgaatcaaggtgtgttcggccaagcaacagctcctca 6792591  T
Q  107 agaagattttagtgaactttctagacaggtagttgcttattctaggggattgcctcttgctcttaaagaacttgggttctttttgaatggagaggaagca 206  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||   |||||| ||||| |  | | |    
T  6792592 agaagattttggtgaactttctagacaagtagttgcttattctgggggactgcctcttggtgttaaagaacttgggaagtttttgcatggaaaaaatgta 6792691  T
Q  207 cttcaatggaagaatgtgttgaagagtctcgaaagactttccattccagctgcacgactacaagaagctctagaaaagagtttaagtgatttgactgatg 306  Q
    | | | ||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||  || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  6792692 cgtgagtggaagagtgtgttgaaaagtctccaaagattttccattcctgctctacaactactagaagctctagaaaagagttttagtgatttgagtgatg 6792791  T
Q  307 aagagaaaagaatattccttgatatagcatgtttctttgacaacatgaaccaaaatgatgtacttcaaatattaaataagtcaacacaatctgcagc 403  Q
    ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  6792792 aagagaaacacatattccttgatatagcatgtttctttgacaacatgaaccaaaatgatgtacttcaaacattaaataggtcaacacaatctgcagc 6792888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 7 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 6541444 - 6541062
Alignment:
Q  7 agcatggaattgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttaggtgcattcagccaagcaacaactccacg 106  Q
    |||||||| ||||||||||||| || ||||||||| || | ||| ||||||| |||  | |||| ||||  |||| || ||||| | |||||| | | |     
T  6541444 agcatggagttgaccatatatacagcgtgaaagaactgaacgaacgtgaatctcttgcacttttgaattggggtggatacagcctaccaacaaatactca 6541345  T
Q  107 agaagattttagtgaactttctagacaggtagttgcttattctaggggattgcctcttgctcttaaagaacttgggttctttttgaatggagaggaagca 206  Q
    | || ||||| |||||| ||||||  |  ||||| || ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  6541344 acaatattttggtgaaccttctagggaattagttactaattcttggggattgcctcttgctctggaagaacttgggttgtttttgaatgga-aggaagca 6541246  T
Q  207 cttcaatggaagaatgtgttgaagagtctcgaaagactttccattccagctgcacgactacaagaagctctagaaaagagtttaagtgatttgactgatg 306  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||    
T  6541245 cttcagtgtaagaatgtgttgaagagtctcgaaagactttccattccagctccacgactacaagaagctctagaaaagagttttagggatttgagtgatg 6541146  T
Q  307 aagagaaaagaatattccttgatatagcatgtttctttgacaacatgaaccaaaatgatgtacttcaaatattaaataagtcaa 390  Q
    ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||     | ||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||    
T  6541145 aagagaaacaagtattccttgatatagcatgtttctttgttgggaagaagcaaaatgatgtacaacaaatattaaataaatcaa 6541062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 394
Target Start/End: Original strand, 6647189 - 6647567
Alignment:
Q  16 ttgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttaggtgcattcagccaagcaacaactccacgagaagattt 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||  | |||||||| ||||||||||||| | ||||||| |||    
T  6647189 ttgaccatatatataaagtgaaagaattggatgaaagtgaatcaattgaactttttaattgggctgcattcaaccaagcaacaacttctcgagaaggttt 6647288  T
Q  116 tagtgaactttctagacaggtagttgcttattctaggggattgcctcttgctcttaaagaacttgggttctttttgaatggagaggaagcacttcaatgg 215  Q
    | |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||| ||||| | |||| |||| | |||    
T  6647289 tggtgaactttcaagacaattagttgcttattctaggggattgcctcttgctcttaaagcacttgggggttttttgcatggaaaagaagtacttgagtgg 6647388  T
Q  216 aagaatgtgttgaagagtctcgaaagactttccattccagctgcacgactacaagaagctctagaaaagagtttaagtgatttgactgatgaagagaaaa 315  Q
    ||   |||||||| |||||| |||| | ||||| |||||| |  |  | ||| | ||| ||||||||  |||||   |||||||| || ||||||||||     
T  6647389 aaacgtgtgttgaggagtcttgaaacattttcctttccagatcaagaaatactacaagttctagaaacaagttttgctgatttgagtggtgaagagaaac 6647488  T
Q  316 gaatattccttgatatagcatgtttctttgacaacatgaaccaaaatgatgtacttcaaatattaaataagtcaacaca 394  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||| | |  ||| |||||||||||||||| || |  ||||||| |||||||||    
T  6647489 acatatttcttgatatagcatgtttctttaataggatggaccaaaatgatgtactccataccttaaataggtcaacaca 6647567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Original strand, 6769578 - 6769983
Alignment:
Q  1 tcaagaagcatggaattgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttaggtgcattcagccaagcaacaac 100  Q
    ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||| |  |||| ||||   |||||||||||||| |||||      
T  6769578 tcaaggagcatggagttgaccatatttatagagtgaaagagctggataaaagtgaatcgcttgatcttttgaattgcagtgcattcagccaaacaacacg 6769677  T
Q  101 tccacgagaagattttagtgaactttctagacaggtagttgcttattctaggggattgcctcttgctcttaaagaacttgggttctttttgaatggagag 200  Q
    ||| | ||||||||||  ||| || || ||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||   |||||| ||||| ||    
T  6769678 tcctccagaagattttgttgatctatccagacagagagttgcttattctaggggatggcctcttgctcttaaagctcttgggaggtttttgcatggaaag 6769777  T
Q  201 gaagcacttcaatggaagaatgtgttgaagagtctcgaaagactttccattccagctgcacgactacaagaagctctagaaaagagtttaagtgatttga 300  Q
     ||| |||| | ||||||  | | ||||  ||| | |||| | |||||||||||| | ||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6769778 aaagtacttgagtggaagggtatattgagcagtattgaaaaattttccattccagatccacgactactaaatgctctagaaaagagtttcagtgatttga 6769877  T
Q  301 ctgatgaagagaaaagaatattccttgatatagcatgtttctttgacaacatgaaccaaaatgatgtacttcaaatattaaataagtcaacacaatctgc 400  Q
     |||| | |||||   ||||||| | |||||||||| |||||||      ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  6769878 gtgataacgagaagcaaatattcttggatatagcatatttctttattgggatgaatcaaaatgatgttcttcaaacattaaataagtcaacacaatacgc 6769977  T
Q  401 agctct 406  Q
    ||||||    
T  6769978 agctct 6769983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 6626784 - 6626398
Alignment:
Q  7 agcatggaattgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttaggtgcattcagccaagcaacaactccacg 106  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||  || |  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |     
T  6626784 agcatggagttgaccatatatataaagtgaaacaattggaagaaagtgaatcgattgagctttttaattggggtgcattcagccaagcaacaactcctc- 6626686  T
Q  107 agaagattttagtgaactttctagacaggtagttgcttattctaggggattgcctcttgctcttaaagaacttgggttctttttgaatggagaggaagca 206  Q
      ||| |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||   |||||| ||||| |||| |||    
T  6626685 --aaggttttagtgaactttctaggcaattagttgcttattctaagggattgcctcttgctcttaaagcccttggggagtttttgcatggaaaggacgca 6626588  T
Q  207 cttcaatggaagaatgtgttgaagagtctcgaaagactttccattccagctgcacgactacaagaagctctagaaaagagtttaagtgatttgactgatg 306  Q
    ||| | |||||   ||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |    |  | |||   |||||||||| | ||||||   ||||||||  ||||    
T  6626587 cttgagtggaaacgtgtgttgaagagtcttgaaagattttcctttcccgaccaagaagtactgcaagctctagagacgagttttgatgatttgaaggatg 6626488  T
Q  307 aagagaaaagaatattccttgatatagcatgtttctttgacaacatgaaccaaaatgatgtacttcaaatattaaataagtcaacacaat 396  Q
    |||| |||   ||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| |||||||| ||||||| |  | | |||||| |||||||||||    
T  6626487 aagaaaaacatatattccttgatatagcatgtttctttaacgggatggaccaaaattatgtactccgtacaataaataggtcaacacaat 6626398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Original strand, 6665587 - 6665965
Alignment:
Q  1 tcaagaagcatggaattgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttaggtgcattcagccaagcaacaac 100  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | |  |||||||||  | |||||||| |||||||         
T  6665587 tcaaggagcatggagttgaccatgtatatagagtgaaagaattggaagaaagtgaatcatatgagctttttaattgggctgcattcaaccaagcatgttt 6665686  T
Q  101 tccacgagaagattttagtgaactttctagacaggtagttgcttattctaggggattgcctcttgctcttaaagaacttgggttctttttgaatggagag 200  Q
     |||   |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||   |||||||| | |||| |||||       
T  6665687 gcca---gaaggttttgctgaactttctagacaggtagttgcttattgtgggggattgcctcttgctcttgaactccttgggttgtatttgcatggaagt 6665783  T
Q  201 gaagcacttcaatggaagaatgtgttgaagagtctcgaaagactttccattccagctgcacgactacaagaagctctagaaaagagtttaagtgatttga 300  Q
    |||| |||| | |||||   |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||| || ||||  |||||| |||||||| |||||  |  ||||||    
T  6665784 gaagtacttaagtggaaaggtgtgttgaggagcctcgaaagattttccattccatctggacaactagtagaagccctagaaaaaagttttcgatatttga 6665883  T
Q  301 ctgatgaagagaaaagaatattccttgatatagcatgtttctttgacaacatgaaccaaaatgatgtacttcaaatattaaa 382  Q
     |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||  |   |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  6665884 gtgatgaagagaaacaaatattcctcgatatagcatgtttccttatcgggatgaaccaaaatgatgtactacaaacattaaa 6665965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 6550402 - 6549997
Alignment:
Q  1 tcaagaagcatggaattgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttaggtgcattcagccaagcaacaac 100  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||| |  |||||||||  ||||||||||| ||| |||||      
T  6550402 tcaaggagcatggatttgaccatatatatagagtcaaagaattggacggaagtgaatcgcttgagctttttaattacggtgcattcaggcaaacaacaca 6550303  T
Q  101 tccacgagaagattttagtgaactttctagacaggtagttgcttattctaggggattgcctcttgctcttaaagaacttgggttctttttgaatggagag 200  Q
    ||| | | ||||||||  ||| ||||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||| |||||   |||||| ||||| ||    
T  6550302 tcctcaataagattttcttgatctttccaaacaggtagttgcttattctgggggatggcctcctgcccttaaagaagttgggaattttttgcatggaaag 6550203  T
Q  201 gaagcacttcaatggaagaatgtgttgaagagtctcgaaagactttccattccagctgcacgactacaagaagctctagaaaagagtttaagtgatttga 300  Q
    |||  || | | |||||| ||||||||| |||   | ||| | ||  | ||||| || ||  | ||| ||||| |||||||| |||||| | ||||||||    
T  6550202 gaattacataagtggaaggatgtgttgaggagataccaaacatttgaccttccatctccagaaatactagaagatctagaaatgagttttaatgatttga 6550103  T
Q  301 ctgatgaagagaaaagaatattccttgatatagcatgtttctttgacaacatgaaccaaaatgatgtacttcaaatattaaataagtcaacacaatctgc 400  Q
     |||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||        |||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||| |||    
T  6550102 gtgatgaagagaaacatatattccttgatatagcatatttctgcattgggatgaaccaaaatgatgtactccaaacattgaataggtcaacacaatgtgc 6550003  T
Q  401 agctct 406  Q
    ||||||    
T  6550002 agctct 6549997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Original strand, 6811932 - 6812275
Alignment:
Q  1 tcaagaagcatggaattgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttaggtgcattcagccaagcaacaac 100  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||||| | ||  | | ||| |||||| | ||||| ||    |||||||||||||| || ||||     
T  6811932 tcaaggagcatggagtggaccatatatatagggtgaaagaacttgacaacactgagtcacttgaggttttgaaccggggtgcattcagccaggctacaat 6812031  T
Q  101 tccacgagaagattttagtgaactttctagacaggtagttgcttattctaggggattgcctcttgctcttaaagaacttgggttctttttgaatggagag 200  Q
    | | | ||||||||||  ||||||||  ||| ||||| || | |||||| |||||||||||||||||||| || | ||| ||    ||||| ||||| |     
T  6812032 tactccagaagattttgttgaactttgcagagaggtaatttcatattctgggggattgcctcttgctcttcaaaatcttcggacaattttgcatggaaaa 6812131  T
Q  201 gaagcacttcaatggaagaatgtgttgaagagtctcgaaagactttccattccagctgcacgactacaagaagctctagaaaagagtttaagtgatttga 300  Q
    ||||||| ||| |||| | || |||||| |||||| |||||| | |||||||||  | ||| |||||  ||||||||||| ||||||||   ||||||||    
T  6812132 gaagcacgtcagtggatggatatgttgaggagtctggaaagattgtccattccatttccacaactacttgaagctctagagaagagttttcatgatttga 6812231  T
Q  301 ctgatgaagagaaaagaatattccttgatatagcatgtttcttt 344  Q
     ||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  6812232 gtgatgaagaaaaacatatattccttgatatagcatgtttcttt 6812275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 3 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 6522599 - 6522202
Alignment:
Q  3 aagaagcatggaattgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttaggtgcattcagccaagcaacaactc 102  Q
    ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||| |||  | |||| ||||  |||||||||    || ||| || |     
T  6522599 aagaaacatggagtcgaccatatatatagagtgaaagaactaggtgaaaatgaatctcttgcacttttgaattggggtgcattccaaaaa-caaaaaatt 6522501  T
Q  103 cacgagaagattttagtgaactttctagacaggtagttgcttattctaggggattgcctcttgctcttaaagaacttgggttctttttgaatggagagga 202  Q
    ||| | |||||||| ||   |||||||||||  ||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||| | ||    
T  6522500 caccaaaagattttggtcggctttctagacatttagtcacttattctgggggattgcctcttgctcttgaagaacttgggtcgtttttgcatggaaaaga 6522401  T
Q  203 agca----cttcaatggaagaatgtgttgaagagtctcgaaagactttccattccagctgcacgactacaagaagctctagaaaagagtttaagtgattt 298  Q
       |    ||| | |||||   |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||| | ||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  6522400 catatatacttgagtggaaaggtgtgttgaggagtctcgaaagattttccattccagttccacaacttctagaagctatagagaagagttttagtgattt 6522301  T
Q  299 gactgatgaagagaaaagaatattccttgatatagcatgtttctttgacaacatgaaccaaaatgatgtacttcaaatattaaataagtcaacacaatc 397  Q
    || || | | ||||    ||| |||||||||||||||| ||| |||  |   ||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||    
T  6522300 gagtgttaatgagatgcaaattttccttgatatagcatatttttttatcgggatgaaccaaaatgatgtactcaaaacattaaatatgtcaacacaatc 6522202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 6832450 - 6832620
Alignment:
Q  1 tcaagaagcatggaattgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttaggtgcattcagccaagcaacaac 100  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||| ||  |||||||| || |||| ||||||||||| ||| |  |||||||||| ||||||||||| ||||||||  |    
T  6832450 tcaagaaacatggagttgactatatctacggagtgaaacaactggacgaaagtgaatcgcttgagctttttaatttgggtgcattcagacaagcaacttc 6832549  T
Q  101 tccacgagaagattttagtgaactttctagacaggtagttgcttattctaggggattgcctcttgctcttaaag 174  Q
    |    |  ||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6832550 tg---gtaaagattttgttgaactttcgagacaagtagttgcttattctgggggattgcctcttgctcttaaag 6832620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 263 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 6502037 - 6501905
Alignment:
Q  263 actacaagaagctctagaaaagagtttaagtgatttgactgatgaagagaaaagaatattccttgatatagcatgtttctttgacaacatgaaccaaaat 362  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||   | ||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||  |   |||| |||||||    
T  6502037 actactagaagctctagagaagagtttaagtgatttgtacgttgaagagaaacaaatattctttgacatagcatgtttctttatcgggatgagccaaaat 6501938  T
Q  363 gatgtacttcaaatattaaataagtcaacacaa 395  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  6501937 gatgtacttcaaacattaaataggtcaatacaa 6501905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 170
Target Start/End: Original strand, 6748973 - 6749124
Alignment:
Q  16 ttgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttaggtgcattcagccaagcaacaactccacgagaagattt 115  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    |||||||||   |||| ||||| ||||||||  ||  ||  |||| |||    
T  6748973 ttgaccatatctatagagtgaaagaactggacgaaagtgaatcacttgtgctttttaattggagtgccttcaggcaagcaacttct-tac--gaaggttt 6749069  T
Q  116 tagtgaactttctagacaggtagttgcttattctaggggattgcctcttgctctt 170  Q
    |  ||||||||| | |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  6749070 tgctgaactttcaaaacagatagttgcttattgtgggggattgcctcttgctctt 6749124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 396
Target Start/End: Original strand, 6832715 - 6832836
Alignment:
Q  275 tctagaaaagagtttaagtgatttgactgatgaagagaaaagaatattccttgatatagcatgtttctttgacaacatgaaccaaaatgatgtacttcaa 374  Q
    ||||||| | ||||| | |||||||| ||||| ||||| | |  |||||||||||||||||  |||||||  |   ||||||||||||||||||||  ||    
T  6832715 tctagaagatagttttaatgatttgagtgatgtagagagacgggtattccttgatatagcacttttctttatcgggatgaaccaaaatgatgtactcgaa 6832814  T
Q  375 atattaaataagtcaacacaat 396  Q
    | |||||||| |||||||||||    
T  6832815 acattaaataggtcaacacaat 6832836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 6503524 - 6503446
Alignment:
Q  7 agcatggaattgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttaggtgcattca 87  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||  |||||||| | || ||||||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||    
T  6503524 agcatggagttgaccatatacacag--tgaaagaactagacgaaagtgaatcgcttgaactttttaattcaggtgcattca 6503446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 6502279 - 6502239
Alignment:
Q  1 tcaagaagcatggaattgaccatatatatagagtgaaagaa 41  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  6502279 tcaaggagcatggagttgaccatatacatagagtgaaagaa 6502239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0729 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: scaffold0729
Description:

Target: scaffold0729; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 7 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 6137 - 5741
Alignment:
Q  7 agcatggaattgaccatatatatagagtgaaagaattggatgaaagtgaatcacttaaagtttttaatttaggtgcattcagccaagcaacaactccacg 106  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||| |  |||| |||  |||||  ||| ||||||||||| |||| |     
T  6137 agcatggagttgaccatatatatagagtgaaagaactagacgaaagtgaatcgcttgagcttttgaatcaaggtgtgttcggccaagcaacagctcctca 6038  T
Q  107 agaagattttagtgaactttctagacaggtagttgcttattctaggggattgcctcttgctcttaaagaacttgggttctttttgaatggagaggaagca 206  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||   |||||| ||||| |  | | |    
T  6037 agaagattttggtgaactttctagacaagtagttgcttattctgggggactgcctcttggtgttaaagaacttgggaagtttttgcatggaaaaaatgta 5938  T
Q  207 cttcaatggaagaatgtgttgaagagtctcgaaagactttccattccagctgcacgactacaagaagctctagaaaagagtttaagtgatttgactgatg 306  Q
    | | | ||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||  || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  5937 cgtgagtggaagagtgtgttgaaaagtctccaaagattttccattcctgctctacaactactagaagctctagaaaagagttttagtgatttgagtgatg 5838  T
Q  307 aagagaaaagaatattccttgatatagcatgtttctttgacaacatgaaccaaaatgatgtacttcaaatattaaataagtcaacacaatctgcagc 403  Q
    ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  5837 aagagaaacacatattccttgatatagcatgtttctttgacaacatgaaccaaaatgatgtacttcaaacattaaataggtcaacacaatctgcagc 5741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University