View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13899_high_8 (Length: 569)

Name: NF13899_high_8
Description: NF13899
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13899_high_8
NF13899_high_8
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (18-551)||(11445399-11445934)
chr4 (18-551)||(11547156-11547691)
chr4 (117-551)||(11507026-11507460)
chr4 (124-545)||(11468395-11468798)
chr4 (124-545)||(11522663-11523066)
chr4 (149-478)||(34775649-34775981)
chr4 (149-478)||(34783870-34784193)
[»] scaffold0794 (1 HSPs)
scaffold0794 (117-551)||(1683-2117)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 473; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 11445934 - 11445399
Alignment:
Q  18 atatatacctttgtattctgttctttgttcaaaacatagaagagttgcaagcaagtttacacttcacttcatatacacactc--agaaacacaagacatc 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  11445934 atatatacctttgtattgtgttcattgttcaaaacatagaagagttgcaagcaagtttacacttcacttcatatacacacccttagaaacacaagacatc 11445835  T
Q  116 acccaagaaaatggatttcattagcaatggcagtgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttataaattcc 215  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11445834 acccaagaaaatggattccagtagcaatggcagtgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatctgtacaaacatatatacagctttataaattcc 11445735  T
Q  216 atggcactcaaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactcc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11445734 atggcactcaaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttgaaactcc 11445635  T
Q  316 acccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaaga 415  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11445634 atccttcgaaagttagtgtcctgtatcgtctcttgcgcctgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaaga 11445535  T
Q  416 agaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgt 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11445534 agaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgt 11445435  T
Q  516 ctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcact 551  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11445434 ctgaacgtgtggcactcctctaagaaatggctcact 11445399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 551
Target Start/End: Original strand, 11547156 - 11547691
Alignment:
Q  18 atatatacctttgtattctgttctttgttcaaaacatagaagagttgcaagcaagtttacacttcacttcatatacacactc--agaaacacaagacatc 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  11547156 atatatacctttgtattgtgttcattgttcaaaacatagaagagttgcaagcaaatttacacttcacttcatatacacacccttagaaacacaagacatc 11547255  T
Q  116 acccaagaaaatggatttcattagcaatggcagtgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttataaattcc 215  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547256 acccaagaaaatggattccagtagcaatggcagtgaagaaagtcagttttatcatgctcaaatccatctgtacaaacatatatacagctttataaattcc 11547355  T
Q  216 atggcactcaaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactcc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11547356 atggcactcaaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttgaaactcc 11547455  T
Q  316 acccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaaga 415  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547456 atccttcgaaagttagtgtcctgtatcgtctcttgcgcctgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaaga 11547555  T
Q  416 agaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgt 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547556 agaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgt 11547655  T
Q  516 ctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcact 551  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547656 ctgaacgtgtggcactcctctaagaaatggctcact 11547691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 117 - 551
Target Start/End: Original strand, 11507026 - 11507460
Alignment:
Q  117 cccaagaaaatggatttcattagcaatggcagtgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttataaattcca 216  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11507026 cccaaaaaaatggatttcagtagcaatggcagtgaagaaaatcaactgtatcacgctcaaatccatctgtacaaacatatatacggctttataaattcca 11507125  T
Q  217 tggcactcaaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactcca 316  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11507126 tggcactcaaatcagccgtggaactaggcatagcagatgcaatccaaaaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttgaaactcca 11507225  T
Q  317 cccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaa 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11507226 cccttctaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcgaaaacaacactgatgagtggcaaagaaggagaagaa 11507325  T
Q  417 gaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtc 516  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||    
T  11507326 gaaacaatatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttaccggaacggttcatccatgtcgtc 11507425  T
Q  517 tgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcact 551  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||    
T  11507426 tgaacatatggtactcctctacgaaatggctcact 11507460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 124 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 11468798 - 11468395
Alignment:
Q  124 aaatggatttcattagcaatggcagtgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttataaattccatggcact 223  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11468798 aaatggatttcaagagcaatggcagtgaagaaactcagctgtatcatgctcaaatccatttatacaaacatgtatacagctttataagttccatggcact 11468699  T
Q  224 caaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcg 323  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| || ||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  11468698 caaatctgctgtggaactaggaatagtagatgcaatccacaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttct 11468599  T
Q  324 aaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaa 423  Q
    |||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||                  |||||||||||     
T  11468598 aaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttgctaacacacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtga------------------aagaagaaacag 11468517  T
Q  424 catattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacat 523  Q
    | ||| ||||||| |||||||||| ||||||||| | |||  ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||| | ||||||||||||  |||| | ||    
T  11468516 cttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatcaatggtgaatcaacttgttttgcaccacttgttaagggaattcttcatccatgttctctggatat 11468417  T
Q  524 gtggcactcctctaagaaatgg 545  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  11468416 gtggcactcctctaagaaatgg 11468395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 124 - 545
Target Start/End: Original strand, 11522663 - 11523066
Alignment:
Q  124 aaatggatttcattagcaatggcagtgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttataaattccatggcact 223  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11522663 aaatggatttcaagagcaatggcagtgaagaaactcagctgtatcatgctcaaatccatttatacaaacatgtatacagctttataagttccatggcact 11522762  T
Q  224 caaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcg 323  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| || ||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  11522763 caaatctgctgtggaactaggaatagtagatgcaatccacaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttct 11522862  T
Q  324 aaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaa 423  Q
    |||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||                  |||||||||||     
T  11522863 aaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttgctaacacacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtga------------------aagaagaaacag 11522944  T
Q  424 catattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacat 523  Q
    | ||| ||||||| |||||||||| ||||||||| | |||  ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||| | ||||||||||||  |||| | ||    
T  11522945 cttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatcaatggtgaatcaacttgttttgcaccacttgttaagggaattcttcatccatgttctctggatat 11523044  T
Q  524 gtggcactcctctaagaaatgg 545  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  11523045 gtggcactcctctaagaaatgg 11523066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 149 - 478
Target Start/End: Original strand, 34775649 - 34775981
Alignment:
Q  149 tgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttataaattccatggcactcaaatctgctgtggaactaggcata 248  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| | | ||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||    
T  34775649 tgaagaaagtgaactgtatcatgctcaaatccatttgtacaaacatgtatacaactttgttagttccatggctctcaaatcagccatggaactaggcata 34775748  T
Q  249 gctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctct 348  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | | ||| | ||  |||    
T  34775749 gctgatgcaattcacaaccatggaaaaccaatgactctttctgaactagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttaatatacttcaccgattct 34775848  T
Q  349 tgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaagg------agaagaagaaacaacatattctctcactcctcc 442  Q
    | ||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||   |  |||| |||||||||||      ||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  34775849 tacgccttttaacacataatggtttctttgcaaaaacaa---tagtgaaaggcaaagaaggagatgaagaagaagaaatagcatattctctcacacctcc 34775945  T
Q  443 ttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgttt 478  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  34775946 ttcaaagcttctcataagtggaaaaccaacatgttt 34775981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 149 - 478
Target Start/End: Original strand, 34783870 - 34784193
Alignment:
Q  149 tgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttataaattccatggcactcaaatctgctgtggaactaggcata 248  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| | | |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  34783870 tgaagaaagtgaactgtatcatgctcaaatccatttgtacaaacatgtatacaactttgttagttccatggcactcaaatcagccatggaactaggcata 34783969  T
Q  249 gctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctct 348  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||   |||| |||||  |||    
T  34783970 gctgatgcaatccataaccatggaaaaccaatgactctttctgaattagcctcatctttaaaactccacccttctaaagttaacatcctctatcgattct 34784069  T
Q  349 tgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaat 448  Q
    | ||| |  ||||||||||||| |||||| |||||||||||    ||||  | || ||   ||||||||||||| |||||  ||| || ||  ||||||     
T  34784070 tacgccttttaacacacaatggcttctttacaaaaacaaca---gtgaaaagtaatga---agaagaagaaacagcatatggtcttacaccatcttcaaa 34784163  T
Q  449 gcttctcataagtggcaaatcaacatgttt 478  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  34784164 gcttctcataagtggaaaatcgacatgttt 34784193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0794 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0794
Description:

Target: scaffold0794; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 117 - 551
Target Start/End: Original strand, 1683 - 2117
Alignment:
Q  117 cccaagaaaatggatttcattagcaatggcagtgaagaaagtcagctatatcatgctcaaatccatttatacaaacatatatacagctttataaattcca 216  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1683 cccaaaaaaatggatttcagtagcaatggcagtgaagaaaatcaactgtatcacgctcaaatccatctgtacaaacatatatacggctttataaattcca 1782  T
Q  217 tggcactcaaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactcca 316  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1783 tggcactcaaatcagccgtggaactaggcatagcagatgcaatccaaaaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttgaaactcca 1882  T
Q  317 cccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaa 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1883 cccttctaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacacacaatggtttctttgcgaaaacaacactgatgagtggcaaagaaggagaagaa 1982  T
Q  417 gaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtc 516  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||    
T  1983 gaaacaatatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttaccggaacggttcatccatgtcgtc 2082  T
Q  517 tgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcact 551  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||    
T  2083 tgaacatatggtactcctctacgaaatggctcact 2117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University