View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1389_low_2 (Length: 758)

Name: NF1389_low_2
Description: NF1389
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1389_low_2
NF1389_low_2
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (253-749)||(20075278-20075774)
chr5 (33-220)||(20075071-20075247)
chr5 (277-748)||(9400954-9401425)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (283-749)||(8916112-8916581)
chr4 (283-749)||(8905268-8905737)
chr4 (283-749)||(8929958-8930421)
chr4 (283-749)||(8975700-8976166)
chr4 (283-749)||(9001948-9002411)
chr4 (389-749)||(9027452-9027812)
chr4 (548-749)||(8972148-8972349)
chr4 (388-747)||(8952613-8952972)
chr4 (104-178)||(8904737-8904811)
chr4 (389-457)||(8971989-8972057)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 441; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 253 - 749
Target Start/End: Original strand, 20075278 - 20075774
Alignment:
Q  253 tgaattaagacatcaatgtaaaagatagtttaccatgaggactcctttaatgtgatcaaaagtaagatcaattggaaacaaacgttctttcttcaattgt 352  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20075278 tgaatcaagacatcaatttaaaagatagtttaccatgagaactcctttaatgtgatcaaaagtaagatcaattggaaacaaacgttctttcttcaattgt 20075377  T
Q  353 agtaagacatcaacaatgacctctttatcatcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaa 452  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20075378 agtaagacatcaacaatgacctcttcatcatcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaa 20075477  T
Q  453 aatttcgttcgagacgtgcacaaagtccagatagtttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgttatcatggcctgaaa 552  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20075478 aatttcgttcgagacgcgcacgaagtccagatagtttatcaatccaacccgtgaatggaatataatcagaaataaagaaagctgttatcatggcctcaaa 20075577  T
Q  553 ctcatgcaacattccctggaatttactcctcttagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagtt 652  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20075578 ctcatgcaacattccctggaatttactcctcttagttccttcatcctcgtacctcctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagtt 20075677  T
Q  653 aatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagcagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaataat 749  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20075678 aatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagcagcttgattagaaatattttttatcatttgtttcacctcaaactttcttatagaagaataat 20075774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 33 - 220
Target Start/End: Original strand, 20075071 - 20075247
Alignment:
Q  33 atatcgtattctaaatggaggtttgcaaccgcagttgcacccaaaatatacattacttcagatgtatctggaacgacatcgtcgttcctaccacaagaga 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||           ||||||||||||    
T  20075071 atatcgtattctaaatggaggtttgcaaccgcagttgcacccaaaatatacattacttcggatgtatctggaacgac-----------taccacaagaga 20075159  T
Q  133 tgcatttatttgtattttatcgcagtataaaagttcacaacgcaataatagaacattcttgcatgaggttgatttaaaagatttaacc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20075160 tgcatttatttgtattttatcgcaatataaaagttcacaacgcaataatagaacattcttgcatgagattgatttaaaagatttaacc 20075247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 277 - 748
Target Start/End: Original strand, 9400954 - 9401425
Alignment:
Q  277 atagtttaccatgaggactcctttaatgtgatcaaaagtaagatcaattggaaacaaacgttctttcttcaattgtagtaagacatcaacaatgacctct 376  Q
    |||| ||||||| ||||  ||||| |||||||||||||| | |||||  | |||  |||| | || ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |    
T  9400954 atagcttaccataaggatcccttttatgtgatcaaaagtgatatcaaaagaaaatgaacgcttttccttcaattggagtaagacatcaacaataaccttt 9401053  T
Q  377 ttatcatcttcat-gttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaa 475  Q
    | | | | |  || |||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||| | ||| || |||||||  || |||||  ||       
T  9401054 tca-cttgtaaattgttgttcatttggatccaaatgttcatcaataatttcttggtagaattcatcaaactctttgaaatttctatcaagacgaccatgc 9401152  T
Q  476 agtccagatagtttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgttatcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatt 575  Q
    |  ||   ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  9401153 aaccctcttagtttatcaatccaacccataaatggaatataatcagaaacaaagaaagctgtcaacatggcctcaaactcatgcaacattccatggaatt 9401252  T
Q  576 tactcctct-tagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaa 674  Q
    |||| |||| ||| ||||||||| || ||||| || || ||||||| ||||||||||||| |||| || |||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  9401253 tactactctctag-tccttcatcttcatacctcctcccaaaagcaaccctacaaattattttacttgagagagaaattaataattcactcaaatttgtaa 9401351  T
Q  675 caattgaagaag-cagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaataa 748  Q
    ||| ||||||||  | |||| |||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  9401352 caactgaagaagtaacattg-ttagaaatttttttgatcatttctttcacctcaaactttcttatagaggaataa 9401425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 283 - 749
Target Start/End: Original strand, 8916112 - 8916581
Alignment:
Q  283 taccatgaggactcctttaatgtgatcaaaagtaagatcaattggaaacaaacgttctttcttcaattgtagtaagacatcaacaatgacctctttatca 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  8916112 taccatgaggactcctttaatgtgatcaaaagtaagatcaattggaaacaaacgttctttcttcaattgtagcaagacatcaacaatgacctcttcatca 8916211  T
Q  383 tcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccag 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  8916212 tcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcctggtaaaactcatccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacgaaggccag 8916311  T
Q  483 atagtttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgttatcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcct 582  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8916312 atagtttatcaatccaacccgtaaatggaatataatcagaaataaagagagctgtcaacatggcctcaaactcatgcaacattccatggaatttactcct 8916411  T
Q  583 c---ttagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaatt 679  Q
    |   |||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8916412 cttattagttccttcatcttcataactcctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactagagagagaagtcaatatctcactcaaatttgtaacaatt 8916511  T
Q  680 gaagaagcagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaataat 749  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8916512 gaagaagcagcatgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactttcttatagaagaataat 8916581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 283 - 749
Target Start/End: Original strand, 8905268 - 8905737
Alignment:
Q  283 taccatgaggactcctttaatgtgatcaaaagtaagatcaattggaaacaaacgttctttcttcaattgtagtaagacatcaacaatgacctctttatca 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  8905268 taccatgaggactcctttaatgtgatcaaaagtaagatcaattggaaacaaacgttctttcttcaattgtagcaagacatcaacaatgacctcttcatca 8905367  T
Q  383 tcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccag 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  8905368 tcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcctggtaaaactcatccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacgaaggccag 8905467  T
Q  483 atagtttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgttatcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcct 582  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  8905468 atagtttatcaatccaacccgtaaatggaatataatcagaaataaagagagctgtcaacatggcctcaaactcacgcaacattccatggaatttactcct 8905567  T
Q  583 c---ttagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaatt 679  Q
    |   |||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  8905568 cttattagttccttcatcttcataactcctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactagagagagaagtcaatatctcactcaaatttgtaacattt 8905667  T
Q  680 gaagaagcagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaataat 749  Q
    ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8905668 gaagaagtagcatgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactttcttatagaagaataat 8905737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 283 - 749
Target Start/End: Original strand, 8929958 - 8930421
Alignment:
Q  283 taccatgaggactcctttaatgtgatcaaaagtaagatcaattggaaacaaacgttctttcttcaattgtagtaagacatcaacaatgacctctttatca 382  Q
    ||||| |||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||| | ||||    ||    
T  8929958 taccacgaggactcctttgatatgatcaaaagtgagatcagttgaaaacaaacgttgtttcatcaattcgagtaagacatcaacaataaactctc---ca 8930054  T
Q  383 tcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccag 482  Q
    |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||  || |||||  ||   | |||      
T  8930055 tctgtattttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaatgcatccatctccttgaaatttctatcaagacgaccatgcaatcccc 8930154  T
Q  483 atagtttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgttatcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcct 582  Q
      |||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8930155 taagtttatcaatccaactcatgaatgtaatataatcagaaacaaagaaagctgtcatcaaggcctcaaactcatgcaacattccatggaatttactcct 8930254  T
Q  583 cttagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaa 682  Q
    || | | ||||  |||||||||||  | || ||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8930255 ctcaatcccttgttcctcgtacctcttcccaaaagcaatcctacaaatcattgtactatatagagaagtcaatatctcactcaaatttgtaacatttgaa 8930354  T
Q  683 gaagcagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaataat 749  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8930355 gaagcagcatgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactttcttatagaagaataat 8930421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 283 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 8976166 - 8975700
Alignment:
Q  283 taccatgaggactcctttaatgtgatcaaaagtaagatcaattggaaacaaacgttctttcttcaattgtagtaagacatcaacaatgacctctttatca 382  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||  | |||| | |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||| |||     
T  8976166 taccatgaggacccctttgatgtgatcaaaagtgatatcaaaagaaaacgatcgttttttcttcaattggagtaagatatcaacaataacttcttcatct 8976067  T
Q  383 tcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccag 482  Q
          |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||  || |||||  ||   | |||      
T  8976066 gtaatttgttctctatttggatccaaatgttcatcaataatctcttgataaaattcatcaaactccttgaaatttctatcaagacgaccatgcaatcccc 8975967  T
Q  483 atagtttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgttatcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcct 582  Q
      |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||| |   |||  |  |  || |||||||||||||||||||| || ||  |||| ||    
T  8975966 taagtttatcaatccaactcatgaatggaatataatcagaaacaaatatttctgcaagtaaagcttgaaactcatgcaacattccatgaaacctacttct 8975867  T
Q  583 cttagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaa 682  Q
     | ||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || || ||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  8975866 ttcagttccttcatcctcatagcttctcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaa 8975767  T
Q  683 gaagcagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaataat 749  Q
    ||| ||   ||    |||||  |||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  8975766 gaatcaacatgccctgaaattcttttgatcattttcttcacctcaaactttcttatagaggaataat 8975700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 283 - 749
Target Start/End: Original strand, 9001948 - 9002411
Alignment:
Q  283 taccatgaggactcctttaatgtgatcaaaagtaagatcaattggaaacaaacgttctttcttcaattgtagtaagacatcaacaatgacctctttatca 382  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| | |||||  | |||  |||| | |||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||   ||    
T  9001948 taccataaggacccctttgatgtgatcaaaagtgatatcaaaagaaaatgaacgctttttcttaagttgaagcaagacatcaacaataacctctt---ca 9002044  T
Q  383 tcttcatgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccag 482  Q
    |||  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||  || |||||  ||   | |||      
T  9002045 tctgtatgttttctatttggatccaaatgttcatctataatctcttgataaaaatcatcaaactccttgaaatttctatcaagacgaccatgcaatcccc 9002144  T
Q  483 atagtttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgttatcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcct 582  Q
      |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||| |   |||  | ||  || ||| ||||||| |||||||| || ||  |||| ||    
T  9002145 taagtttatcaatccaactcatgaatggaatataatcagaaacaaatatttctgccagcaaagcttgacactcatgaaacattccttgaaacctacttct 9002244  T
Q  583 cttagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaa 682  Q
    || |||||||||||| || || ||||| || ||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  9002245 ctcagttccttcatcttcatagcttctcccaaaaacaatcctgcaaattatcgtacttgaaagagatatcaatatctcactcatatttgaaacacttgaa 9002344  T
Q  683 gaagcagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaataat 749  Q
    |||  |   ||    ||||| ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  9002345 gaactaacatgccctgaaattttttttatcattttcttcacctcaaaatttcttatagaagaataat 9002411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 389 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 9027812 - 9027452
Alignment:
Q  389 tgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccagatagtt 488  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||  || |||||  ||   | |||    ||||    
T  9027812 tgttctctatttggatccaaatgtacatcaataatctcttgataaaattcatcaaactccttgaaatttctatcaagacgaccatgcaatcccctaagtt 9027713  T
Q  489 tatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgttatcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcctcttagt 588  Q
    |||||||||||| || ||| ||||| |||||||||| ||| |   |||  |  |  || |||||||||||||||||||| || ||  |||| || | |||    
T  9027712 tatcaatccaactcatgaagggaatataatcagaaacaaatatttctgcaagtaaagcttgaaactcatgcaacattccatgaaacctacttctttcagt 9027613  T
Q  589 tccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagca 688  Q
    |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || || ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |    
T  9027612 tccttcatcctcatagcttctcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaacta 9027513  T
Q  689 gattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaataat 749  Q
    |  ||    ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  9027512 gcatgccctgaaatttttttgatcattttcttcacctcaaactttcttatagatgaataat 9027452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 548 - 749
Target Start/End: Original strand, 8972148 - 8972349
Alignment:
Q  548 tgaaactcatgcaacattccctggaatttactcctcttagttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagag 647  Q
    |||||||||||||||||| | || ||| ||||  ||| |||||| |||| ||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  8972148 tgaaactcatgcaacatttcatgaaatctacttttctcagttccatcattctcatagcttctcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagag 8972247  T
Q  648 aagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagcagattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaata 747  Q
    || | || | ||||||||||||||||||| |||||||| ||   ||    ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| || |||||    
T  8972248 aaatcaacacctcactcaaatttgtaacacttgaagaatcaacatgccctgaaatttttttgatcattttcttcacctcaaactttcttatggaggaata 8972347  T
Q  748 at 749  Q
    ||    
T  8972348 at 8972349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 388 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 8952972 - 8952613
Alignment:
Q  388 atgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaaaatttcgttcgagacgtgcacaaagtccagatagt 487  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||  || | |||  ||   | |||    ||     
T  8952972 atgttctctatttggatccaaatgttcatcaataatctcttgataaaattcatcaaactccttgaaatttctatcaacacgaccatgcaatcctctgagc 8952873  T
Q  488 ttatcaatccaacccaggaatggaatgtaatcagaaataaagaaagctgttatcatggcctgaaactcatgcaacattccctggaatttactcctcttag 587  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||| ||||   | ||  | ||  || |||||||||||||||| ||| || ||  ||||| ||| |     
T  8952872 ttatcaatccatcccgtgaatggaatataatcagaaaaaaagcttgttgcaagcaaagcttgaaactcatgcaacaatccatgaaacctactcttctcaa 8952773  T
Q  588 ttccttcatcctcgtaccttctaccgaaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagc 687  Q
    || | ||||| || || ||| | || |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  8952772 tttcatcatcttcatagcttttcccaaaagcaattctacaaattatagtacttgagagtgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaatc 8952673  T
Q  688 agattgattagaaatattttttatcatttgcttcacctcaaactctcttatagaagaata 747  Q
    ||  ||    ||||| ||||  ||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||    
T  8952672 agcatgccctgaaattttttcgatcattttcttcacctcaaatattcttatagaagaata 8952613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 104 - 178
Target Start/End: Original strand, 8904737 - 8904811
Alignment:
Q  104 aacgacatcgtcgttcctaccacaagagatgcatttatttgtattttatcgcagtataaaagttcacaacgcaat 178  Q
    ||||| |||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  8904737 aacgatatcgacgttgctgccacaagaaatgcatttatttgtattttatcgcaatataaaagttcacagcgcaat 8904811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 389 - 457
Target Start/End: Original strand, 8971989 - 8972057
Alignment:
Q  389 tgttgtctatttggatccaaatgttcatcaataacctcttggtaaaactcatccatctccttaaaattt 457  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||| ||||||    
T  8971989 tgttctctatttggatccaaatgctcatcaataatctcttgataaaattcatcaaactccttgaaattt 8972057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University