View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1389_low_23 (Length: 370)

Name: NF1389_low_23
Description: NF1389
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1389_low_23
NF1389_low_23
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (1-207)||(2436704-2436910)
chr8 (30-368)||(2011555-2011887)
chr8 (27-370)||(2004557-2004894)
chr8 (27-368)||(1964807-1965142)
chr8 (1-364)||(1963147-1963498)
chr8 (52-370)||(1968741-1969053)
chr8 (1-370)||(2007911-2008274)
chr8 (1-364)||(2014931-2015282)
chr8 (1-301)||(2018314-2018602)
chr8 (237-364)||(2433036-2433163)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-281)||(5902403-5902674)
chr1 (1-281)||(5905887-5906158)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (200-240)||(2806-2846)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 2436910 - 2436704
Alignment:
Q  1 cccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2436910 cccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaa 2436811  T
Q  101 gtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2436810 gtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctcaacaatttgttct 2436711  T
Q  201 tgtgaaa 207  Q
    |||||||    
T  2436710 tgtgaaa 2436704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 30 - 368
Target Start/End: Original strand, 2011555 - 2011887
Alignment:
Q  30 ttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaagtatgctgcactagatgaactactatttg 129  Q
    ||||||||||| |  |||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||  ||    ||||||||| |||||||||||||| |||    
T  2011555 ttggttctctccaaaaacccagatggtaaaaattgtaaagcatcaacatcattttgtgctgaaa--ga----tatgctgcattagatgaactactacttg 2011648  T
Q  130 gtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaaga 229  Q
    ||||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||    
T  2011649 gtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctcaacaatttgttcgtgtgaaagtgtaccaccactaccgaaaga 2011748  T
Q  230 aacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatcatcaccggaacttgttactgtctggatgatgggt 329  Q
     |||||||||| ||||||||  |||||||| || |||||||  ||||||||| | | ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||    
T  2011749 cacatacaaaactgaacaagattgttgtttgtctaaccatgacagacactccaaaccattagcatcatcaacagaacctgttactgtctggatgatgggt 2011848  T
Q  330 ccaacaggatacaaaagagggttgttacttccttcctct 368  Q
    ||||||||||| | |  |||||||  |||||||||||||    
T  2011849 ccaacaggatagacagaagggttgccacttccttcctct 2011887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 27 - 370
Target Start/End: Original strand, 2004557 - 2004894
Alignment:
Q  27 tccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaagtatgctgcactagatgaactactat 126  Q
    |||||||||||||| | ||||||  |||| ||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||      | ||| ||||||||||||||||||||     
T  2004557 tccttggttctctccaagaacccggatggcaaaaactgccaagtgtcagcatcattttgtgctgaaa------aatatcctgcactagatgaactactac 2004650  T
Q  127 ttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaa 226  Q
    |||||||||  | |||||| |||||| ||| ||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2004651 ttggtgctcgcaaaacccacaagaatatcttattactcaattccaaacccaaagccagctcaacaatttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaa 2004750  T
Q  227 agaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatcatcaccggaacttgttactgtctggatgatg 326  Q
    ||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||| ||| || |  | ||||||||||||||  ||  ||| ||||||||    
T  2004751 agacacatacaaaactgaacaaggttgctgtttatccaaccatgttagacattccaacccatgattagcatcaccggaactttctatcgtcgggatgatg 2004850  T
Q  327 ggtccaacaggatacaaaagagggttgttacttccttcctcttt 370  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| | ||||||||| |||||    
T  2004851 ggtccaacaggatacacaggagggttttcacttccttcatcttt 2004894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 27 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 1965142 - 1964807
Alignment:
Q  27 tccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaagtatgctgcactagatgaactactat 126  Q
    ||||| |||||||| |  |||||| |||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||  ||    ||||||||||||||||||||||||     
T  1965142 tccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcattttgtgctgaaa--ga----tatgctgcactagatgaactactac 1965049  T
Q  127 ttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaa 226  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||| |  || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||    
T  1965048 ttggtgctcacacaacccataggaatttctgattactcaattctaaccccagagccagctgaacaatttgttcgtgtgaaagtgtaccaccactcccgaa 1964949  T
Q  227 agaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatcatcaccggaacttgttactgtctggatgatg 326  Q
    ||| |||||||||| ||||||||  |||||||| || |||||||  ||||||||| | | ||||||||||    | |||| ||||||||| | |||||||    
T  1964948 agacacatacaaaactgaacaagattgttgtttgtctaaccatgacagacactccaaaccattagcatcacggtcagaacatgttactgtatcgatgatg 1964849  T
Q  327 ggtccaacaggatacaaaagagggttgttacttccttcctct 368  Q
    |||||||||||||||| |  |||||||  |||||||||||||    
T  1964848 ggtccaacaggatacacagaagggttgccacttccttcctct 1964807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 1963498 - 1963147
Alignment:
Q  1 cccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaa 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |  |||||| |||||||||| || ||||| |||||||||         ||  ||||||     
T  1963498 cccatgatggaacaaccatcccttgttccttggttctctccaaaaacccagatggtaaaaactgtaaaggatcaacatca---------gatgctgaaag 1963408  T
Q  101 gtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttct 200  Q
     ||||| ||| | | || ||||||   ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||| || | |||||||||||    
T  1963407 atatgcagcatttgctgtactact---tggagctcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaacccaaagccaactcatcaatttgttct 1963311  T
Q  201 tgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatcatcac 300  Q
    || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||    
T  1963310 tgcgaaagtgtgccaccactaccaaaagaaacatacaaaactgaacaaggacattgtttgtccaaccatgtcagacactcaaacttattagcatcatcac 1963211  T
Q  301 cggaacttgttactgtctggatgatgggtccaacaggatacaaaagagggttgttacttccttc 364  Q
    | ||  |||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||| | |||||||||    
T  1963210 cagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttc 1963147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 52 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 1969053 - 1968741
Alignment:
Q  52 atggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaagtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaa 151  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||  ||    ||| |||||||||||||||| ||| | |||||||  | ||||||  ||||    
T  1969053 atggtaaaaactgcaaagtgtcaatatcattttctgctgaaa--ga----tatcctgcactagatgaactgctactcggtgctcgcaaaacccacgagaa 1968960  T
Q  152 tttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaagga 251  Q
    ||| | ||||||| |||||| ||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||     
T  1968959 ttttttattactcaattccaaacctaaagccagctccacaatttgttcgtgtgaaagtgtaccaccactcccgaaagatacatacaaaactgagcaaggc 1968860  T
Q  252 tgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatcatcaccggaacttgttactgtctggatgatgggtccaacaggatacaaaagagggt 351  Q
    || |||||||||||||| |  ||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||   ||||||    
T  1968859 tgctgtttatccaaccaggccagacactccaagccattagcatcatcacctgaacttgtttctgtttggataattggtccaacaggatacactggagggt 1968760  T
Q  352 tgttacttccttcctcttt 370  Q
    ||| |||||| ||||||||    
T  1968759 tgtcacttccctcctcttt 1968741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 2007911 - 2008274
Alignment:
Q  1 cccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaa 100  Q
    ||||||||| |||||| |  ||||  |||||||||||||| | ||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||  ||       
T  2007911 cccatgatgtaataacaaaacctttctccttggttctctccaagaacccagatggtaaaaactgcaaagtgtcaatatcattttctgctgaaa--ga--- 2008005  T
Q  101 gtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttct 200  Q
     ||| |||||||||||||||| ||| | |||||||  | |||||| ||||||||   ||||||| |||||| ||| ||||| ||||  |||||||| ||     
T  2008006 -tatcctgcactagatgaactgctactcggtgctcgcaaaacccacaagaattttgtattactcaattccaaacccaaagctagctccacaatttgctcc 2008104  T
Q  201 tgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatcatcac 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |  ||||||||| | | ||||||||||||||    
T  2008105 tgtgaaagtgtacctccactcccaaaagatacatacaaaaccgaacaaggttgctgtttatccaaccaggccagacactccaagccattagcatcatcac 2008204  T
Q  301 cggaacttgttactgtctggatgatgggtccaacaggatacaaaagagggttgttacttccttcctcttt 370  Q
    | ||  ||||| |||| | ||| || ||||||||||||||||   ||||||||| || ||| ||||||||    
T  2008205 cagattttgtttctgtttcgataataggtccaacaggatacactggagggttgtcacctccctcctcttt 2008274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 364
Target Start/End: Original strand, 2014931 - 2015282
Alignment:
Q  1 cccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||         ||  ||||||     
T  2014931 cccatgatggaataaccatcccttgttcctttgttctctccaagaaccctgaaggtaaaaattgtaaagggtcaacatca---------gatgctgaaag 2015021  T
Q  101 gtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttct 200  Q
     ||||| ||| | | || | ||||   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||| |  ||||||||||    
T  2015022 atatgcagcattggctgtattact---tggtgatcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaacccaaagccagctcattaatttgttct 2015118  T
Q  201 tgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatcatcac 300  Q
    || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||| || |||||||||  ||||||| ||||||||||  ||||| ||  || |||||||||||||||    
T  2015119 tgcgaaagtgttccaccactcccgaaagacacatacagaactgaacaaggccgttgtttgtccaaccatgccagacattcaaacttattagcatcatcac 2015218  T
Q  301 cggaacttgttactgtctggatgatgggtccaacaggatacaaaagagggttgttacttccttc 364  Q
    | ||  |||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||| | |||||||||    
T  2015219 cagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttc 2015282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Original strand, 2018314 - 2018602
Alignment:
Q  1 cccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| | ||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||         ||  ||||||     
T  2018314 cccatgatggaataaccatcccttgttccttttttctctccaagaaccctgaaggtaaaaattgtaaagggtcaacatca---------gatgctgaaag 2018404  T
Q  101 gtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttct 200  Q
     ||||| ||| | | || | ||||   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||| |  ||||||||||    
T  2018405 atatgcagcattggctgtattact---tggtgatcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaacccaaagccagctcattaatttgttct 2018501  T
Q  201 tgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatcatcac 300  Q
    || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || ||||| ||||||||||  ||||||| | ||| |||| |||||||||    
T  2018502 tgcgaaagtgtgccaccactcccaaaagaaacatacaaaactgaacaagtttgctgtttgtccaaccatgccagacacttcaacccattatcatcatcac 2018601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 237 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 2433163 - 2433036
Alignment:
Q  237 aaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatcatcaccggaacttgttactgtctggatgatgggtccaacag 336  Q
    |||| ||| ||||| ||||| | |||||||||||  ||||||||| || |||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2433163 aaaactgagcaaggttgttggtcatccaaccatgacagacactccaacatattagcatcatcgtcagaacttgttattgtctggatgatgggtccaacag 2433064  T
Q  337 gatacaaaagagggttgttacttccttc 364  Q
    |||||| |||||| || | |||||||||    
T  2433063 gatacacaagaggattttcacttccttc 2433036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 5902674 - 5902403
Alignment:
Q  1 cccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||  ||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||  ||       
T  5902674 cccatgatggaataaccatcccttgctccttggttctctccaagaacccaggtggtaaaaactgcaaaagatcaacatcattttctgctgaaa--ga--- 5902580  T
Q  101 gtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttct 200  Q
     |||||  |||| | |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| | ||||| || | |||||||||||    
T  5902579 -tatgcaccactggctgaactact---tggtgctcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaaccaatagccaactcatcaatttgttct 5902484  T
Q  201 tgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactcc 281  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  5902483 tgtgaaagtgcaccaccacttccaaaagaaacatacaaaactgaacaaggttgttgtttatgtaaccatgtcagacactcc 5902403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 5906158 - 5905887
Alignment:
Q  1 cccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||  ||| || | |||||||| |||||||||||||  ||       
T  5906158 cccatgatggaataaccattccttgctccttggttctctccaagaacccagatggtaaaacctgcgaaagatcaacatcgttttgtgctgaaa--ga--- 5906064  T
Q  101 gtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttct 200  Q
     |||||  |||  | |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| | ||| |||| | || ||||||||    
T  5906063 -tatgcaccacatgctgaactact---tggtgctcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaaccaatagctagctcatcagtttgttct 5905968  T
Q  201 tgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactcc 281  Q
    |||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||| | |||||||    
T  5905967 tgtgaaagtgcaccaccgcttccaaaagaaacatacaaaactgaacaaggctgctgtttatctaaccatgtcaaacactcc 5905887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 200 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 2846 - 2806
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaa 240  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||    
T  2846 ttgtgaaagtgttccaccacttccaaaagaaacatacaaaa 2806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University