View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13903_high_3 (Length: 718)

Name: NF13903_high_3
Description: NF13903
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13903_high_3
NF13903_high_3
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (16-700)||(12158170-12158849)
chr2 (48-480)||(30866614-30867040)
chr2 (558-699)||(12155498-12155639)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (22-533)||(4815270-4815783)
chr1 (16-474)||(23599565-23600024)
chr1 (142-559)||(13392394-13392804)
chr1 (22-339)||(10068517-10068833)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (22-533)||(29637886-29638398)
chr5 (238-460)||(1624020-1624243)
chr5 (107-200)||(1623900-1623993)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (22-533)||(676160-676672)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (22-450)||(41500573-41501002)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (16-339)||(250847-251170)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (393-480)||(19238332-19238419)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 523; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 12158849 - 12158170
Alignment:
Q  16 aatattaaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgttt 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||    
T  12158849 aatataaaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccccattttgattttacgcaaaagaatatatcatatatgttt 12158750  T
Q  116 ggaatgttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgt 215  Q
    |      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||    
T  12158749 g------taatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttgtaattgctcatttgtgatgt 12158656  T
Q  216 taatcaagttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgt 315  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12158655 taatcaagttcatagcattgacgatgtcttgatcttttctttgcaaagcttgtgacaattcatttaacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgt 12158556  T
Q  316 gggtgcgaaatcaaaattattcattagaattaaaagattgtttgcttctcctcttccatcattaactggtttatcatctttcaacatttcaagaacatca 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  12158555 gggtgcgaaatcaaaattattcattagaattaaaagatcgtttgcttctcctcttccatcattaactggtttatcatctttcaacatttcaagaacatta 12158456  T
Q  416 gttacaaaa-aatacatcaatatcaaattcaccaaagttgtaaagtcagaactcaaacgaatatcaccataacgcttgatattaatttctctgctcaaac 514  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  12158455 gttacaaaactatacatcgatatcaaattcaccaaagttgtaaagtcaaaactccaacaaatatcactataacacttgatattaatttctctgttcaaac 12158356  T
Q  515 ctcttctactaacaatttcttaactctcaaatgcttccttaacacaggtgtatttgtgttacctatgagcacaagcaaatacttgtcatgaaaacttcac 614  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  12158355 ctcttccactaacaatttcttaactctcaaatgcttccttaacacaggtgcatttgtgttacctatgagcacaagaaaatacttgtcatggaaacttcac 12158256  T
Q  615 acatggaagaaatcgacgtagaagacgttcttgttggtcctgacgcctacatatgatccacacagatgaagacacaaaatctctag 700  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12158255 acacggaagaaatcgacgtagaagatgttcttgtcggtcctaacgcctacatatgatccacacagatgaagacacaaaatatctag 12158170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 8e-66
Query Start/End: Original strand, 48 - 480
Target Start/End: Original strand, 30866614 - 30867040
Alignment:
Q  48 ctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgtttggaatgttaatgtcatgcttattgcaaaataa 147  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |   |  ||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30866614 ctattgtgatagattcaacattacctccacgttttgattgtccacggaagtatatatcatccatgcttggaatgctaatgtcatgcttattgcaaaataa 30866713  T
Q  148 aattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgttaatcaagttcataggattgacgatgtcttga 247  Q
    | ||| ||||||||||||| |||| |||  ||||       |||||| |||     | ||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  30866714 agttacctcctccaataaatgttcccatctatca-------gagtttgtaacaactcttttgtaatgttaaccaagttcatagcattgacaatgtcttga 30866806  T
Q  248 tctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtgcgaaatcaaaattattcattagaatta 347  Q
    ||||| || | ||| | |||| |||| | |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||| || ||    
T  30866807 tcttttctctacaatgattgtcacaaataatttgaaatacccaagacttttttcatcaaatgtaatgtgattgcaaaatcaaaattattcattaaaagta 30866906  T
Q  348 aaagattgtttgcttctcctcttccatcattaactggtttatcatctttcaacatttcaagaacatcagttaca-aaaaatacatcaatatcaaattcac 446  Q
    |||||   |||||||| ||||||||||  ||||||     ||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||    
T  30866907 aaagaccatttgcttcacctcttccatatttaactaaaacatcatctttcaacatattaagaacatcaattacagaactatacatcaatatcaaattcac 30867006  T
Q  447 caaagttgtaaagtcagaactcaaacgaatatca 480  Q
     ||||||  ||||| ||||||| ||||| |||||    
T  30867007 taaagttccaaagtgagaactccaacgagtatca 30867040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 558 - 699
Target Start/End: Original strand, 12155498 - 12155639
Alignment:
Q  558 acaggtgtatttgtgttacctatgagcacaagcaaatacttgtcatgaaaacttcacacatggaagaaatcgacgtagaagacgttcttgttggtcctga 657  Q
    ||||||| | ||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||  |||    
T  12155498 acaggtgcacttgtgttacctacaagcacaaacaaatatttgtcatggaaacttcaaacacggaagaaatcgacgtagaagacgttcttgccggttttga 12155597  T
Q  658 cgcctacatatgatccacacagatgaagacacaaaatctcta 699  Q
     ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  12155598 tgcctacataggatcaacacaaatgaagacacaaaatctcta 12155639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 22 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 4815783 - 4815270
Alignment:
Q  22 aaataattcaacgtggtaa-tgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgtttggaat 120  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||   |  |||||| ||||||||||| |||||||    
T  4815783 aaataattcaatgcggtaaatgattccctattgtgatagattcagcattacctccacgttttgactttccacggaagaatatatcatccatgcttggaat 4815684  T
Q  121 gttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgttaatc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||||||  | ||| ||||| ||||     
T  4815683 gttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattacctcctccaataaaggttcccatccatcatctcttagagcttgtaatcgctcctttttgatgctaatt 4815584  T
Q  221 aagttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtg 320  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  4815583 aggttcatagcattgacgatgtcttgatctttcctttgcaatgcttgtgacaattcatttgaaaaacctaagatctttttcatcaaatgcaatgtgagtg 4815484  T
Q  321 cgaaatcaaaattattcattagaattaaaagattgtttgcttctcctcttccatcattaactggtttatcatctttcaacatttcaagaacatcagttac 420  Q
    | ||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||| || |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  4815483 caaaatcaaaagtattcatgagaattaaaagactttttgcttcacctcttccatctttaattgatacatcatctctcaacatttcaagaacatcagttat 4815384  T
Q  421 a-aaaaatacatcaatatcaaattcaccaaagttgtaaagtcagaactcaaacgaatatcaccataacgcttgatattaatttctctgctcaaacctctt 519  Q
    | ||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||| || ||||||| ||||||  ||||  | |||||||||||    
T  4815383 agaactatacatcaatatcaagttcaccaaagttgcaaagtgagaactccaacgagtatcatcagaacgcttcatattaggttcttggttcaaacctctt 4815284  T
Q  520 ctactaacaatttc 533  Q
    | ||||||||||||    
T  4815283 ccactaacaatttc 4815270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 16 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 23600024 - 23599565
Alignment:
Q  16 aatattaaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgttt 115  Q
    ||||| ||||||||||| |  |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |   | |||| || ||||| ||||||||    
T  23600024 aatataaaataattcaatgccgtaatgattctctattgtgatagattcaacattacctccatgttttgattgtccacgaaagtatatatcacccatgttt 23599925  T
Q  116 ggaatgttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgt 215  Q
    ||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     | ||||| ||||    
T  23599924 ggaatgccaatgccatgcttattgcaaaataaatttacctcatccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttgtaacaactcttttgtaatgt 23599825  T
Q  216 taatcaagttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgt 315  Q
    ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||  | ||||| | ||||||||| | |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  23599824 taaccaaattcatagcattgacgatgtcttgattttttatctgcaatgtttgtgacaaattatttgaaatacccaagacttttttcatcaaatgcaatgt 23599725  T
Q  316 gggtgcgaaatcaaaattattcattagaattaaaagattgtttgcttctcctcttccatcattaactggtttatcatctttcaacatttcaagaacatca 415  Q
    |  ||| ||||||||||||||||||| || |||||||   ||| |||| ||||||||||| || ||||    ||||||||||||||| | ||||||||||    
T  23599724 gattgcaaaatcaaaattattcattaaaagtaaaagaccattttcttcacctcttccatctttgactgtaacatcatctttcaacatattaagaacatca 23599625  T
Q  416 gttaca-aaaaatacatcaatatcaaattcaccaaagttgtaaagtcagaactcaaacga 474  Q
     ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||| |||||    
T  23599624 attacagaactatacatcaatatcaaattcaccaaagctccaaagtgagaactccaacga 23599565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 142 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 13392804 - 13392394
Alignment:
Q  142 aaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgttaatcaagttcataggattgacgatg 241  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| |||| |    ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  13392804 aaataaaattacctcttccaataaacattctcatccatcatctctttgagtttgtaattgcttctttgtgatgttaaccaagttcataacattgacgatg 13392705  T
Q  242 tcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtgcgaaatcaaaattattcatta 341  Q
    |||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||| || |||| ||||||||| |||||||||    
T  13392704 tcttaatctttccttttcaatgattgtgacaatttatttgaaataccaaagacttttttcatcaaatgtaatatgagtgcaaaatcaaaagtattcatta 13392605  T
Q  342 gaattaaaagattgtttgcttctcctcttccatcattaactggtttatcatctttcaacatttcaagaacatcagttacaaaaaatacatcaatatcaaa 441  Q
    ||||||||||| | |||||||  ||||||| ||  || ||   |  || |||||| ||||||||||||| ||||||     || |||  |   |||||||    
T  13392604 gaattaaaagactatttgcttgacctcttctat--ttgaccaatacatgatcttttaacatttcaagaatatcagt-----aacataactatttatcaaa 13392512  T
Q  442 ttcaccaaagttgtaaagtcagaactcaaacgaatatcaccataacgcttgatattaatttctctgctcaaacctcttctactaacaatttcttaactct 541  Q
     |||| ||||||| ||||| ||||||| ||| | |||||||| || |||| |||||| |||||    |||||||||||| ||| |||||||||  | |||    
T  13392511 gtcacaaaagttgcaaagtgagaactccaacaagtatcaccagaaagcttcatattagtttcttgattcaaacctcttccacttacaatttctccattct 13392412  T
Q  542 caaatgcttccttaacac 559  Q
    | || | |||||||||||    
T  13392411 ccaaagtttccttaacac 13392394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 22 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 10068833 - 10068517
Alignment:
Q  22 aaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgtttggaatg 121  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||   ||||||||||||||||| | ||| | |||| |||||||||     |||| || | |||  |||||||||||||    
T  10068833 aaataattcaatgtgataatggttctatattgtgaaagattcaacactactttcacgctttgattttccatgaaagtatatgtcactcatgtttggaatg 10068734  T
Q  122 ttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgttaatca 221  Q
    | | |||||||| |||||||||||||  ||| ||| |  ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| |||| |    ||||||||| ||| ||    
T  10068733 tga-tgtcatgcatattgcaaaataattttacctcatataataaagattctcatccatcatctctaagagtttgtaattgtttctttgtgatgctaacca 10068635  T
Q  222 agttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtgc 321  Q
      | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||  ||||    
T  10068634 gttgcatagcattgacaatgtcttgatctttcctttgcaatatttgcgacaattcatttgagatgcctaagacttttttcattaaatgtaatgttagtgc 10068535  T
Q  322 gaaatcaaaattattcat 339  Q
     ||||||||| |||||||    
T  10068534 aaaatcaaaaatattcat 10068517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 22 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 29638398 - 29637886
Alignment:
Q  22 aaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgtttggaatg 121  Q
    ||||||||||| | |||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||   |  |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  29638398 aaataattcaatgcggtaatgattacctattgtgatagattcagcattacctccacgttttgactttccacggaagaatatatcatccatgcttggaatg 29638299  T
Q  122 ttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgttaatca 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || || ||||||  | ||||||||| |||  |    
T  29638298 ttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattacctcctccaataaaggttcccatccatcatctcttaaagcttgtaatcgctcctttgtgatgctaacta 29638199  T
Q  222 agttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtgc 321  Q
     |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29638198 ggttcatagcattgacaatgtcttgatctttcctttgcaatgcttgtgacaattcatttgaaaaatctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgagtgc 29638099  T
Q  322 gaaatcaaaattattcattagaattaaaagattgtttgcttctcctcttccatcattaactggtttatcatctttcaacatttcaagaacatcagttaca 421  Q
     ||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||||||| ||||||||||| |||| || |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  29638098 aaaatcaaaagtattcatgagaattaaaagaccttttgcttcacctcttccatctttaattgatacatcatctctcaacatttcaagaacatcagttata 29637999  T
Q  422 -aaaaatacatcaatatcaaattcaccaaagttgtaaagtcagaactcaaacgaatatcaccataacgcttgatattaatttctctgctcaaacctcttc 520  Q
     ||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||| || ||||||| ||||||  ||||  | ||||||||||||    
T  29637998 gaactatacatcaatatcaagttcaccaaagttgcaaagtgagaactccaacgagtatcagcagaacgcttcatattaggttcttggttcaaacctcttc 29637899  T
Q  521 tactaacaatttc 533  Q
     ||||||||||||    
T  29637898 cactaacaatttc 29637886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 238 - 460
Target Start/End: Original strand, 1624020 - 1624243
Alignment:
Q  238 gatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtgcgaaatcaaaattattc 337  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || | | ||||||||||||| ||| | ||| | |||||||| ||||| ||   | |||| |||  |||||| | |    
T  1624020 gatgtcttgatctttcttttgcaatgcgtctaacaattcatttgaaatatccaagtcatttttcattaaatgtaacacgagtgcaaaactaaaattgtcc 1624119  T
Q  338 attagaattaaaagattgtttgcttctcctcttccatcattaactggtttatcatctttcaacatttcaagaacatcagttaca-aaaaatacatcaata 436  Q
    ||||||| || ||||   |||||||| |||||| |||| ||||||| |   || ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||||    
T  1624120 attagaagtataagaccatttgcttcgcctcttgcatccttaactgatacttcttcttttaacatttcaagaacaccagttacagaattatacatcaata 1624219  T
Q  437 tcaaattcaccaaagttgtaaagt 460  Q
    | ||||| |||||||||| |||||    
T  1624220 ttaaattaaccaaagttgcaaagt 1624243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 107 - 200
Target Start/End: Original strand, 1623900 - 1623993
Alignment:
Q  107 tccatgtttggaatgttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatc 200  Q
    ||||||||||||||||| ||| |  ||  |||||||||||||  ||  |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  1623900 tccatgtttggaatgttcatgccccgcccattgcaaaataaatctacatccttcaatataggatctcgttcatcatctcttaaagtttgtaatc 1623993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 22 - 533
Target Start/End: Original strand, 676160 - 676672
Alignment:
Q  22 aaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgtttggaatg 121  Q
    ||||||||||| | |||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||   |  |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  676160 aaataattcaatgcggtaatgattacctattgtgatagattcagcattacctccacgttttgactttccacggaagaatatatcatccatgcttggaatg 676259  T
Q  122 ttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgttaatca 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || || ||||||  | ||||||||| |||  |    
T  676260 ttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattacctcctccaataaaggttcccatccatcatctcttaaagcttgtaatcgctcctttgtgatgctaacta 676359  T
Q  222 agttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtgc 321  Q
     |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  676360 ggttcatagcattgacaatgtcttgatctttcctttgcaatgcttgtgacaattcatttgaaaaatctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgagtgc 676459  T
Q  322 gaaatcaaaattattcattagaattaaaagattgtttgcttctcctcttccatcattaactggtttatcatctttcaacatttcaagaacatcagttaca 421  Q
     ||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||||||| ||||||||||| |||| || |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  676460 aaaatcaaaagtattcatgagaattaaaagaccttttgcttcacctcttccatctttaattgatacatcatctctcaacatttcaagaacatcagttata 676559  T
Q  422 -aaaaatacatcaatatcaaattcaccaaagttgtaaagtcagaactcaaacgaatatcaccataacgcttgatattaatttctctgctcaaacctcttc 520  Q
     ||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||| || ||||||| ||||||  ||||  | ||||||||||||    
T  676560 gaactatacatcaatatcaagttcaccaaagttgcaaagtgagaactccaacgagtatcagcagaacgcttcatattaggttcttggttcaaacctcttc 676659  T
Q  521 tactaacaatttc 533  Q
     ||||||||||||    
T  676660 cactaacaatttc 676672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 22 - 450
Target Start/End: Original strand, 41500573 - 41501002
Alignment:
Q  22 aaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgtttggaatg 121  Q
    ||||||||||| | |||||||||| |||||||||| |||||||   |||||||||||| |||| |||   |  |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  41500573 aaataattcaatgcggtaatgattccctattgtgatagattcagcgttacctccacgtattgactttccacggaagaatatatcatccatgcttggaatg 41500672  T
Q  122 ttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgttaatca 221  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||||||  | ||||||||| |||| |    
T  41500673 ttaatgtcatgcttattgccaaataaaattacctcctccaataaaggttcccatccatcatctcttagagcttgtaatcgctcctttgtgatgctaatta 41500772  T
Q  222 agttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgtgggtgc 321  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  41500773 ggttcatagcattgacgatgtcttgatctttcctttgcaatgcttgtgacaattcatttgaaaaacctaagacctttttcattaaatgcaatgtgagtgc 41500872  T
Q  322 gaaatcaaaattattcattagaattaaaagattgtttgcttctcctcttccatcattaactggtttatcatctttcaacatttcaagaacatcagttaca 421  Q
     ||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||||||| ||||||||||| |||| || |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  41500873 aaaatcaaaagtattcatgagaattaaaagaccttttgcttcacctcttccatctttaattgatacatcatctctcaacatttcaagaacatcagttata 41500972  T
Q  422 -aaaaatacatcaatatcaaattcaccaaa 450  Q
     ||  ||||||||||||||| |||||||||    
T  41500973 gaactatacatcaatatcaagttcaccaaa 41501002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 172; Significance: 5e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 16 - 339
Target Start/End: Original strand, 250847 - 251170
Alignment:
Q  16 aatattaaataattcaacgtggtaatgatttcctattgtgaaagattcaatattacctccacgttttgattttatgcaaaagaatgtatcatccatgttt 115  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||||||||  ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |    |||||| ||||||||||||||    
T  250847 aatataaaataattcaatgcggtaatgattctctattatgatagattcaacattacctccacgttttgattttctatggaagaatatatcatccatgttt 250946  T
Q  116 ggaatgttaatgtcatgcttattgcaaaataaaattatctcctccaataaaggttctcattcatcatctcttagagtttataatcggccatttgtgatgt 215  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||| || ||||||  | ||||||||||    
T  250947 ggaatgctaatatcatgcttattgcaaaataaaattacctcatccaataaaggttcctatccatcatctcttagagcttgtaatcgctcctttgtgatgt 251046  T
Q  216 taatcaagttcataggattgacgatgtcttgatctttcctttgcaaagcttgtgacaattcatttgacatacctaagacctttttcatcaaatgcaatgt 315  Q
    ||| || |||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  251047 taaccaggttcataacattgatgatatcttgatctttcctttgcaatgcttgtgacaattcattcgaaatacttaagacctttttcatcaaatgcaatgt 251146  T
Q  316 gggtgcgaaatcaaaattattcat 339  Q
    | |||| |||||||||||||||||    
T  251147 gagtgcaaaatcaaaattattcat 251170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 393 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 19238419 - 19238332
Alignment:
Q  393 ctttcaacatttcaagaacatcagttaca-aaaaatacatcaatatcaaattcaccaaagttgtaaagtcagaactcaaacgaatatca 480  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||| | |||||| | ||| | ||||||| |||||||||||    
T  19238419 ctttcaaaatttcaagaacatcaattacataatgatacatcaatatcaaattaatcaaagtag-aaaatgagaactccaacgaatatca 19238332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University