View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13905_low_8 (Length: 433)

Name: NF13905_low_8
Description: NF13905
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13905_low_8
NF13905_low_8
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (13-414)||(3221184-3221585)
chr3 (51-361)||(3357117-3357427)
chr3 (52-404)||(3303697-3304052)
chr3 (51-404)||(3721578-3721931)
chr3 (70-411)||(3198123-3198464)
chr3 (51-411)||(3200971-3201331)
chr3 (51-411)||(3321971-3322331)
chr3 (70-411)||(3310391-3310732)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (150-414)||(49386278-49386548)
chr1 (242-411)||(41947161-41947330)
chr1 (296-356)||(4255760-4255820)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 414
Target Start/End: Original strand, 3221184 - 3221585
Alignment:
Q  13 gattatactacctttcttattattagacatagcatttacaatctcatcacaaaaaatttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgat 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3221184 gattctactacctttcttattattagacatagcatttacaatctcatcacaaaaaatttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgat 3221283  T
Q  113 tcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtcatccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttacca 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3221284 tcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtcatccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttacca 3221383  T
Q  213 tatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaaactgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgctt 312  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3221384 tatcaatcaacaactccttcatatcatacgattgagaaactgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaagcttgttatcaaaaacatgctt 3221483  T
Q  313 agaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaaccacagaaaccaacatgagctcattggttccctccaccaaacaactaaccaattcatctcttggc 412  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3221484 agaaagagttgtttttccaagtcctcccataccaaccacagaaatcaacatgagctcatttgttccctccaccaaacaactaaccaattcatctcttggc 3221583  T
Q  413 ga 414  Q
    ||    
T  3221584 ga 3221585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 51 - 361
Target Start/End: Original strand, 3357117 - 3357427
Alignment:
Q  51 caatctcatcacaaaaaatttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtc 150  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||  ||||    
T  3357117 caatctcatcagaaaaattttcttcccaaacatcatcaaataaaaccaagtacctttttgactcaaggtattgtcttacttgagtaatcaatgttctgtc 3357216  T
Q  151 atccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaa 250  Q
    |||||||| | |||||||||||||  ||| ||||||| ||| | ||||| |  | ||||  ||||| |||| ||||||| |||||  ||| |||||||||    
T  3357217 atccatcttccgcagaccctttggaatagtctcattgttgttcgtgcaagatgtttttatgatatctatcagcaactctgtcatagtataggattgagaa 3357316  T
Q  251 actgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaacca 350  Q
    ||||| |||||| | || |||||||||||  ||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || | ||    
T  3357317 actgttatgaaagagcggcaatcaaagtggcttttcaccaactcgttatcaaagacatgcttagcaagagttgtttttccgagtcctcccatgcctagca 3357416  T
Q  351 cagaaaccaac 361  Q
    |||||||||||    
T  3357417 cagaaaccaac 3357427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 52 - 404
Target Start/End: Original strand, 3303697 - 3304052
Alignment:
Q  52 aatctcatcacaaaaaatttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtca 151  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||  |||||||||  |||||    
T  3303697 aatctcatcagaaaatttttctttccaaacatcatcaaataaaaccaagtacctttttgtttcgaggtattgtcttacttgaataatcaatgttttgtca 3303796  T
Q  152 tccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaaa 251  Q
    ||||||| |||||||||||||||  |||| |||||  |||||||||| |||||||||| ||| ||  | ||||||||  |||||   || ||||||||||    
T  3303797 tccatcttctgcagaccctttggaataggatcattcttgtccttgcacaacttctttatcatttctgtaaacaactccctcatagtgtatgattgagaaa 3303896  T
Q  252 ctgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccatac---caac 348  Q
    |||| |||||| | || |||||||||||  ||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |   | ||    
T  3303897 ctgttatgaaagagcggcaatcaaagtggcttttcaccaaatcgttatcaaaaacatgcttagcaagagttgtttttccgagtcctcccatgcctaccac 3303996  T
Q  349 cacagaaaccaacatgagctcattggttccctccaccaaacaactaaccaattcat 404  Q
    ||||||||||||| || ||||||||  |||  ||||||||| || || ||||||||    
T  3303997 cacagaaaccaacgtgtgctcattgtctccacccaccaaacgacgaatcaattcat 3304052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 51 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 3721931 - 3721578
Alignment:
Q  51 caatctcatcacaaaaaatttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtc 150  Q
    ||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||||| ||| ||| ||| |||||||||  ||||    
T  3721931 caatctcatcagaaaagttttcttcccaaacatcatcaaataaaaccaagtacctttttgactcgaggtattgtcttactcgagtaatcaatgttttgtc 3721832  T
Q  151 atccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaa 250  Q
    |||||||| | |||||||||||||  ||| ||||||| ||| | ||||| |    |||| || ||| |||||||||||  |||||   || |||||||||    
T  3721831 atccatcttccgcagaccctttggaatagtctcattgttgttcatgcaagatgattttatcacatctatcaacaactccgtcatagtgtaggattgagaa 3721732  T
Q  251 actgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaacca 350  Q
    ||||| |||||| | |  |||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  3721731 actgttatgaaagagcagcaatcaaagtggcttttcaccaactggttatcaaaaacatgcttagcaagagttgtttttccgagtcctcccatgcctacca 3721632  T
Q  351 cagaaaccaacatgagctcattggttccctccaccaaacaactaaccaattcat 404  Q
    |||||||| |  || ||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  3721631 cagaaacccatgtgcgctcattggctccccccaccaaaagactaaccaattcat 3721578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 70 - 411
Target Start/End: Original strand, 3198123 - 3198464
Alignment:
Q  70 ttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtcatccatctcctgcagaccc 169  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||  |||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||| | |||||||||| |||| |||||||| |||||||    
T  3198123 ttctttccgaacatcatcaaaccacatcaagtacctctttgattcaaggtatgccctcacatgagtagtcaatgtaatatcatgcatctccttcagaccc 3198222  T
Q  170 tttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaaactgtgatgaaacatcgac 269  Q
    |||||  |||||||||| || | ||   |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||   |  ||||||||| ||  |||| || | ||||    
T  3198223 tttggaataggctcattactatgctcataaaacttcgttatcatatcaatcaacaactccttcgtagtgttggattgagaagctaagatgtaaaaccgac 3198322  T
Q  270 aatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaaccacagaaaccaacatgagctc 369  Q
    |||||||||| ||||||||    |  ||||||||||||| ||||| |||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  3198323 aatcaaagtggtttttcacctcatgtttatcaaaaacatacttagcaagagtcgttttaccgagtcctcccatgccaacaacagaaaccaacatgcgctc 3198422  T
Q  370 attggttccctccaccaaacaactaaccaattcatctcttgg 411  Q
    | ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  3198423 actggttccctccaccaagaatctaaccaattcatctcttgg 3198464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 51 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 3201331 - 3200971
Alignment:
Q  51 caatctcatcacaaaaaatttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtc 150  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || |  |||||||| ||||||| ||| | ||  || || |||| |||||||||  |||     
T  3201331 caatctcatcagaaaaactttctttccaaacatcatcaaacaaaagcaagtacctctttgattgaagatgttgccttacatgagtaatcaatgtgttgtt 3201232  T
Q  151 atccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaa 250  Q
    |||||||| |   |||  ||| ||  ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |   || |||||||||    
T  3201231 atccatcttccatagaaacttgggaataggctcattgttgtccatgaaaaacttctttaccatatcaatcaacatctccctcagagtgtaggattgagaa 3201132  T
Q  251 actgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaacca 350  Q
    ||||||| |||| | |||||||||||||  |||||||||| || ||| | |||||||||  ||| |||||| ||||| || | ||||||||| ||||| |    
T  3201131 actgtgacgaaatagcgacaatcaaagtagtttttcacaacctggttttgaaaaacatggctagcaagagtagttttcccgattcctcccatgccaacaa 3201032  T
Q  351 cagaaaccaacatgagctcattggttccctccaccaaacaactaaccaattcatctcttgg 411  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  3201031 cagaaaccaacatgagctcactggttccccccaccaagcatctaaccaattcatcttttgg 3200971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 51 - 411
Target Start/End: Original strand, 3321971 - 3322331
Alignment:
Q  51 caatctcatcacaaaaaatttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtc 150  Q
    ||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||  ||||||||||  ||| ||||    |||    
T  3321971 caatctcatcagaaaatttttcttcccaaacatcatcaaaaaacaccaagtacctccttgattcaaggtatcgtctcacttgattaatgaatgcttcgtc 3322070  T
Q  151 atccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaa 250  Q
    ||||||||   ||| |||||||||  || | |||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||| ||  | |||   || |||||||||    
T  3322071 atccatcttgagcaaaccctttggaatacgttcatcgttgtccttgcaaaacttctttatcatttctgtcaacaattcccttatagtgtatgattgagaa 3322170  T
Q  251 actgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaacca 350  Q
    ||||| |||||| | ||| ||| ||| || | |||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  3322171 actgttatgaaagagcgataattaaattggtctttcaccaactggttattaaaaacatgcttagcaagagttgtttttccgagtcctcccatgcctacca 3322270  T
Q  351 cagaaaccaacatgagctcattggttccctccaccaaacaactaaccaattcatctcttgg 411  Q
    ||| || ||||||  |||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  3322271 cagtaatcaacatccgctcattggttcccccaaccaaaccacttaccaattcatctgttgg 3322331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 70 - 411
Target Start/End: Original strand, 3310391 - 3310732
Alignment:
Q  70 ttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtcatccatctcctgcagaccc 169  Q
    ||||||||||||||||||||| || |  |||||||| ||||||| ||| | ||  || || |||| |||||||||  ||| |||||||| |   |||  |    
T  3310391 ttctttccaaacatcatcaaacaaaagcaagtacctctttgattgaagatgttgccttacatgagtaatcaatgtgttgttatccatcttccatagagac 3310490  T
Q  170 tttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaaactgtgatgaaacatcgac 269  Q
    || ||  ||||||||||  |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||| |   || || ||||||| ||||| |||| |  |||    
T  3310491 ttgggaataggctcattattgtccacgcaaaacttgtttaccatatcaatcaacatctttctcagagtgtaggactgagaaattgtgaagaaatagtgac 3310590  T
Q  270 aatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaaccacagaaaccaacatgagctc 369  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| |||||| || ||    
T  3310591 aatcaaagtgctctttcacatactggttattaaaaacatacttagcaagagtcgtttttccaagtcctcccatgccaacaacagaaatcaacatcaggtc 3310690  T
Q  370 attggttccctccaccaaacaactaaccaattcatctcttgg 411  Q
    | |||||||   ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  3310691 actggttccggacaccaaataactaatcaattcatctcttgg 3310732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 150 - 414
Target Start/End: Original strand, 49386278 - 49386548
Alignment:
Q  150 catccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgaga 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  49386278 catccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcgttgttgtccttgcaaaaattctttaccatatcaatcaacaactctttcatattataggattgaga 49386377  T
Q  250 aactgtgatgaaacatcgacaatcaaagtg-ctttttcacaaacttgttat-----caaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccata 343  Q
    |||| |||||||||| |  |||||||||||  |||||||||| |||| |||      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  49386378 aactatgatgaaacaccttcaatcaaagtgtttttttcacaagcttgatataaaaaaaaaaacatgcttagaaagagttgtttttccaagtcctcctata 49386477  T
Q  344 ccaaccacagaaaccaacatgagctcattggttccctccaccaaacaactaaccaattcatctcttggcga 414  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49386478 ccaaacacataaaccaacatgagcttattggttccctccaccaaacaactaaccaattcatctcttggcga 49386548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 242 - 411
Target Start/End: Original strand, 41947161 - 41947330
Alignment:
Q  242 gattgagaaactgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctccca 341  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  41947161 gattgagaaactgtgatgaaacacctacaatcaaagtgcttttttacaagcttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcct---t 41947257  T
Q  342 taccaaccacagaaaccaacatgagctcattggttccctccaccaaacaacta---accaattcatctcttgg 411  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||   |||||||||||||||||    
T  41947258 taccaaccacaaaaacaaacatgagctcattggttcccttcaccaatcaactaattaccaattcatctcttgg 41947330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 296 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 4255820 - 4255760
Alignment:
Q  296 ttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaaccacagaaa 356  Q
    |||||||||||||  |||| |||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  4255820 ttatcaaaaacatttttagcaagagttgttttcccaagtccccccattccaaccaccgaaa 4255760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University