View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF13912_low_4 (Length: 670)
Name: NF13912_low_4
Description: NF13912
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13912_low_4 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 608; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 608; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 654
Target Start/End: Original strand, 16976456 - 16977075
Alignment:
| Q |
35 |
aatatatgaagagtatgaaggaagttgctgaatcttacttcaatgatttgattttgagatcatttttccagccgtcaacaaagtatagaaattatttttt |
134 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
16976456 |
aatatatgaagagtatgaaggaagttgctgaatcttacttcaatgatttgattttgagatcatttttccagccgtcaacaaagtatagaaattattttgt |
16976555 |
T |
|
| Q |
135 |
catgcacgacctacatcatgacttgtcaaactctatatttggggaattttgcttcacatgggaagacagaaaatcaaagaacatgaaaagcataactcgt |
234 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16976556 |
catgcacgacctacatcatgacttgtcaaactctatatttggggaattttgcttcacgtgggaagacagaaaatcaaagaacatgaaaagcataactcgt |
16976655 |
T |
|
| Q |
235 |
catttttcatttttatgtgatgaactaggatctccgaaaggactagagaccttgttcgatgcgaagaagttgcgcacattcctaccgttgtctatgactt |
334 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16976656 |
catttttcatttttatgtgatgaactaggatgtccgaaaggactagagaccttgttcgatgcgaagaagttgcgcacattcctaccgttgtctatgactt |
16976755 |
T |
|
| Q |
335 |
gttatgaatatcaatggttattgtgctttaactctaacaaattactgctttcagagctcttctccaagtgcaagaggctgcgtgtcttatctttgtgtgg |
434 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16976756 |
gttatgaatatcaatggttattgtgctttaactctaacaaattactgctttcagagctcttctccaagtgcaagaggctgcgtgtcttatctttgtgtgg |
16976855 |
T |
|
| Q |
435 |
gtgtatggatatgattgagttaccggataacataggcaatcttaaacatctccatcacctcgacctttctcgtactaaaataagtaaacttccggataca |
534 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16976856 |
gtgtatggatatgattgagttaccggataacataggcaatcttaaacatctccatcacctcgacctttctcgtactaaaataagtaaacttccggataca |
16976955 |
T |
|
| Q |
535 |
ttgtgctcacttcattacttgcaaacattgaaggtcagggactgtcaatttcttgaagagttgcctatgaatttgcacaaactcgtgaacttgtgttatc |
634 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16976956 |
ttgtgctcacttcattacttgcaaacattgaaggtcagggactgtcaatttcttgaagagttgcctatgaatttgcacaaactcgtgaacttgtgttatc |
16977055 |
T |
|
| Q |
635 |
tcgattttagtggaacaaag |
654 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16977056 |
tcgattttagtggaacaaag |
16977075 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 654
Target Start/End: Original strand, 17046669 - 17047285
Alignment:
| Q |
38 |
atatgaagagtatgaaggaagttgctgaatcttacttcaatgatttgattttgagatcatttttccagccgtcaacaaagtatagaaattattttttcat |
137 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
17046669 |
atatgacgagtatgaaggaagttgctgaatcttacttcaatgatttgattttgagatcatttttccagccatcaacaaagtatagaaattattttgtcat |
17046768 |
T |
|
| Q |
138 |
gcacgacctacatcatgacttgtcaaactctatatttggggaattttgcttcacatgggaagacagaaaatcaaagaacatgaaaagcataactcgtcat |
237 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
17046769 |
gcacgacctacatcatgacttgtcaaagtctatatttggggaattttgtttcacatgggaaggcagaaaatcaaagaacatgacaagcataactcgtcat |
17046868 |
T |
|
| Q |
238 |
ttttcatttttatgtgatgaactaggatctccgaaaggactagagaccttgttcgatgcgaagaagttgcgcacattcctaccgttgtctatgacttgtt |
337 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17046869 |
ttttcatttttatgtgatgaaataggatctccgaaaggactggagaccttgttcgatgcgaaaaagttacgcacattcctaccgttgtctatgacttgtt |
17046968 |
T |
|
| Q |
338 |
atgaatatcaatggttattgtgctttaactctaacaaattactgctttcagagctcttctccaagtgcaagaggctgcgtgtcttatctttgtgtgggtg |
437 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17046969 |
ttgaatatcaatggttattgtgctttaactctaacaaattactgctttcagagctcttctccaagtgcaagaggctgcgtgtcttatctttgtgtgggtg |
17047068 |
T |
|
| Q |
438 |
tatggatatgattgagttaccggataacataggcaatcttaaacatctccatcacctcgacctttctcgtactaaaataagtaaacttccggatacattg |
537 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17047069 |
tatggatatgattgagttaccggataacataggcaatcttaaacatctccatcacctcgacctttctcgtactaaaataagtaaacttccggatacattg |
17047168 |
T |
|
| Q |
538 |
tgctcacttcattacttgcaaacattgaaggtcagggactgtcaatttcttgaagagttgcctatgaatttgcacaaactcgtgaacttgtgttatctcg |
637 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17047169 |
tgctcacttcattacttgcaaacattgaaggtcagggactgtcaatttcttgaagagctgcctatgaatttgcacaaactcgtgaacttgtgttatctcg |
17047268 |
T |
|
| Q |
638 |
attttagtggaacaaag |
654 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17047269 |
attttagtggaacaaag |
17047285 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 654
Target Start/End: Original strand, 17094162 - 17094778
Alignment:
| Q |
38 |
atatgaagagtatgaaggaagttgctgaatcttacttcaatgatttgattttgagatcatttttccagccgtcaacaaagtatagaaattattttttcat |
137 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
17094162 |
atatgacgagtatgaaggaagttgctgaatcttacttcaatgatttgattttgagatcatttttccagccatcaacaaagtatagaaattattttgtcat |
17094261 |
T |
|
| Q |
138 |
gcacgacctacatcatgacttgtcaaactctatatttggggaattttgcttcacatgggaagacagaaaatcaaagaacatgaaaagcataactcgtcat |
237 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
17094262 |
gcacgacctacatcatgacttgtcaaagtctatatttggggaattttgtttcacatgggaaggcagaaaatcaaagaacatgacaagcataactcgtcat |
17094361 |
T |
|
| Q |
238 |
ttttcatttttatgtgatgaactaggatctccgaaaggactagagaccttgttcgatgcgaagaagttgcgcacattcctaccgttgtctatgacttgtt |
337 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17094362 |
ttttcatttttatgtgatgaaataggatctccgaaaggactggagaccttgttcgatgcgaaaaagttacgcacattcctaccgttgtctatgacttgtt |
17094461 |
T |
|
| Q |
338 |
atgaatatcaatggttattgtgctttaactctaacaaattactgctttcagagctcttctccaagtgcaagaggctgcgtgtcttatctttgtgtgggtg |
437 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17094462 |
ttgaatatcaatggttattgtgctttaactctaacaaattactgctttcagagctcttctccaagtgcaagaggctgcgtgtcttatctttgtgtgggtg |
17094561 |
T |
|
| Q |
438 |
tatggatatgattgagttaccggataacataggcaatcttaaacatctccatcacctcgacctttctcgtactaaaataagtaaacttccggatacattg |
537 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17094562 |
tatggatatgattgagttaccggataacataggcaatcttaaacatctccatcacctcgacctttctcgtactaaaataagtaaacttccggatacattg |
17094661 |
T |
|
| Q |
538 |
tgctcacttcattacttgcaaacattgaaggtcagggactgtcaatttcttgaagagttgcctatgaatttgcacaaactcgtgaacttgtgttatctcg |
637 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17094662 |
tgctcacttcattacttgcaaacattgaaggtcagggactgtcaatttcttgaagagctgcctatgaatttgcacaaactcgtgaacttgtgttatctcg |
17094761 |
T |
|
| Q |
638 |
attttagtggaacaaag |
654 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17094762 |
attttagtggaacaaag |
17094778 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 557; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 654
Target Start/End: Original strand, 17028335 - 17028947
Alignment:
| Q |
42 |
gaagagtatgaaggaagttgctgaatcttacttcaatgatttgattttgagatcatttttccagccgtcaacaaagtatagaaattattttttcatgcac |
141 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
17028335 |
gaagagtacgaaggaagttgctgaatcttacttcaatgatttgattttgagatcatttttccagccatcaacaaagtatagaaattattttgtcatgcac |
17028434 |
T |
|
| Q |
142 |
gacctacatcatgacttgtcaaactctatatttggggaattttgcttcacatgggaagacagaaaatcaaagaacatgaaaagcataactcgtcattttt |
241 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17028435 |
gacctacatcatgacttgtcaaagtctatatttggggaattttgtttcacatgggaaggcagaaaatcaaagaacatgacaagcataactcgtcattttt |
17028534 |
T |
|
| Q |
242 |
catttttatgtgatgaactaggatctccgaaaggactagagaccttgttcgatgcgaagaagttgcgcacattcctaccgttgtctatgacttgttatga |
341 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
17028535 |
catttttatgtgatgaaataggatctccgaaaggactggagaccttgttcgatgcgaaaaagttacgcacattcctaccgttgtctatgacttgttttga |
17028634 |
T |
|
| Q |
342 |
atatcaatggttattgtgctttaactctaacaaattactgctttcagagctcttctccaagtgcaagaggctgcgtgtcttatctttgtgtgggtgtatg |
441 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17028635 |
atatcaatggttattgtgctttaactctaacaaattactgctttcagagctcttctccaagtgcaagaggttgcgtgtcttatctttgtgtgggtgtatg |
17028734 |
T |
|
| Q |
442 |
gatatgattgagttaccggataacataggcaatcttaaacatctccatcacctcgacctttctcgtactaaaataagtaaacttccggatacattgtgct |
541 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17028735 |
gatatgattgagttaccagataacataggcaatcttaaacatctccatcacctcgacctttctcgtactaaaataagtaaacttccggatacattgtgct |
17028834 |
T |
|
| Q |
542 |
cacttcattacttgcaaacattgaaggtcagggactgtcaatttcttgaagagttgcctatgaatttgcacaaactcgtgaacttgtgttatctcgattt |
641 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17028835 |
cacttcattacttgcaaacattgaaggtcagggactgtcaatttcttgaagagttgcctatgaatttgcacaaactcgtgaacttgtgttatctcgattt |
17028934 |
T |
|
| Q |
642 |
tagtggaacaaag |
654 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
17028935 |
tagtggaacaaag |
17028947 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 439 - 650
Target Start/End: Original strand, 17108189 - 17108400
Alignment:
| Q |
439 |
atggatatgattgagttaccggataacataggcaatcttaaacatctccatcacctcgacctttctcgtactaaaataagtaaacttccggatacattgt |
538 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||| ||||||| || | ||||||| ||| |||| ||| ||||||||||| || ||| ||||| || | |||||| | || | |
|
|
| T |
17108189 |
atggatatggtggagttgccggatacagtaagaaatcttatacacctccgtcatctcgacctttcccggactgggataagaaatttgccggattctttat |
17108288 |
T |
|
| Q |
539 |
gctcacttcattacttgcaaacattgaaggtcagggactgtcaatttcttgaagagttgcctatgaatttgcacaaactcgtgaacttgtgttatctcga |
638 |
Q |
| |
|
|||| || | ||||||||||||||||||||| | ||| ||| | | | | |||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||| |||| |||||| || |
|
|
| T |
17108289 |
gctccctcctttacttgcaaacattgaaggtgaaggattgtgagtatttggaagagctgcctgtgaatttacacaaactggtgaaattgtcttatcttga |
17108388 |
T |
|
| Q |
639 |
ttttagtggaac |
650 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
17108389 |
ctttagtggaac |
17108400 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University