View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13914_high_2 (Length: 771)

Name: NF13914_high_2
Description: NF13914
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13914_high_2
NF13914_high_2
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-627)||(38321609-38322235)
chr8 (48-531)||(38300908-38301397)
chr8 (1-566)||(38306761-38307329)
chr8 (1-582)||(38317514-38318107)
chr8 (48-518)||(38309550-38310026)
chr8 (1-554)||(38314103-38314667)
chr8 (60-408)||(38326380-38326728)
chr8 (699-761)||(38322307-38322369)
chr8 (479-579)||(38326805-38326908)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-406)||(38849411-38849822)
chr4 (495-605)||(38849199-38849312)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 587; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 587; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 627
Target Start/End: Original strand, 38321609 - 38322235
Alignment:
Q  1 tgtaagtttatatatatttttggaattcacaatttaattacactctatcttgaatttgtttaacctcgttgctgtccttttcacttgtgaaatataatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321609 tgtaagtttatatatatttttggaattcataatttaattacactctatcttgaatttgtttaacctcgttgctgtccttttcacttgtgaaatataatag 38321708  T
Q  101 gaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactggaaaatcccaacttgatatttacttagctgagtcacatttggattttcgttgttatgaagatatgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321709 gaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactggaaaatcccaacttgatatttacttagctgagtcaaatttggattttcgttgttatgaagatatgg 38321808  T
Q  201 atgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321809 atgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctga 38321908  T
Q  301 tttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtac 400  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321909 tttggatttttgcataggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtac 38322008  T
Q  401 aattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgttttgataactagttttcactttaattattaaccttttcaat 500  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38322009 aattttgttcgcgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtattgttttggtaactagttgtcactttaattattaaccttttcaat 38322108  T
Q  501 tatgatatgtagttggagaagatgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaactgatagtgatgactaaatggagcaagcatctaatggttttgattt 600  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38322109 tatgatatgtagttggagaagacgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaactgacagtgatgactaaatggagcaagcatctaatggttttgattt 38322208  T
Q  601 tgaagtcaaacgccgatggtgatgatg 627  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||    
T  38322209 tgaagtcaaacgccggtggtgatgatg 38322235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 48 - 531
Target Start/End: Original strand, 38300908 - 38301397
Alignment:
Q  48 tcttgaatttgtttaacctcgttgctgtccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactggaa------aatc 141  Q
    |||| ||||| ||||||| | |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| | ||||||||||||| ||      ||||    
T  38300908 tctttaatttttttaaccccattgcttcccttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccatcaacagcttgttactgaaactgggaaatc 38301007  T
Q  142 ccaacttgatatttacttagctgagtcacatttggattttcgttgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttcca 241  Q
      |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38301008 tgaacttgatgtttacttagatgagtcaaatttggattttcgttgtgatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttcca 38301107  T
Q  242 gatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtata 341  Q
    ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| |||  ||||||| ||||| || |||||||||||||  | ||| |||||||||||||    
T  38301108 gatctatcaatattggcttgcgacttgttaagtgttcccattaccaccgtcgcttccgattttgagttttgcatgggctcacgcgtctttaacaagtata 38301207  T
Q  342 aagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtacaattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaa 441  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||| | ||||||||||  |||||| ||||||||||| |  |||||||| || | ||||| | ||||||    
T  38301208 aagatcgtatgttgccgatgaatgtggaaactagaatgtgtactcgcacctggttgcacaattttgttaataatggtaatttatggaatttgaatgtaaa 38301307  T
Q  442 tacatatgattgtactgttttgataactagttttcactttaattattaaccttttcaattatgatatgtagttggagaagatgacgatga 531  Q
    || |||||||| || || ||||||||| | | |||| || |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  38301308 tagatatgattttattggtttgataaccactgttcaattgaattataaacctcttcaattatgatatgtagatggagaagatgatgatga 38301397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 566
Target Start/End: Original strand, 38306761 - 38307329
Alignment:
Q  1 tgtaagtttatatatatttttggaattcacaatttaattacactctatcttgaatttgtttaacctcgttgctgtccttttcacttgtgaaatataatag 100  Q
    |||||||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||    
T  38306761 tgtaagttcatatatattttttgaactaacaatttaattactttctatcttgaatttgtttaacctcgttgatttctttttcacttgtgaaatacaatag 38306860  T
Q  101 gaattgaaaactcaccatgagcagcttgttac------tggaaaatcccaacttgatatttacttagctgagtcacatttggattttcgttgttatgaag 194  Q
    ||||||||||   | ||| | |||||||||||      || ||| || ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||    
T  38306861 gaattgaaaatgaaacatcaacagcttgttaccgaaactgaaaagtctcaacttgatgtttacttagatgagtcagatttgggttttctttgtaatgaag 38306960  T
Q  195 atatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgc 294  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||| |||| | ||    
T  38306961 atatggatgtattacaatggtggaagagtaataatgatcgatatccagatctatcaatactggcttgtgacttgttaagtgttcccattaccactgtggc 38307060  T
Q  295 ttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattgg 394  Q
    ||||||||| || |||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||  ||||| ||||| |||||| ||||    
T  38307061 ttctgattttgaattttgcatgggctcacgcgtgtttaacaagtataaagatcgtatgttgccgatggatgtggaaactagaatttgtgctcgcagttgg 38307160  T
Q  395 ttgtacaattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgttttgataactagttttcactttaattattaacctt 494  Q
     |||||||||| |||   |||||||||||  ||||||| | |||      |||||||| |  |||||||||||| | |  ||| ||  ||| |||||||     
T  38307161 ctgtacaatttcgttagtgatggtaatctgtgtaatttgaatgt------atatgattctgttgttttgataaccactggtcaattacattgttaacctc 38307254  T
Q  495 ttcaattatgatatgtagttgg---agaagatgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaactgatagtgatg 566  Q
    |||||||||||| ||||| |||   ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  38307255 ttcaattatgatttgtagatggaaaagacgatgaagacgactttgaagaaataatgaatgaaattgatggtgatg 38307329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 582
Target Start/End: Original strand, 38317514 - 38318107
Alignment:
Q  1 tgtaagtttatatatatttttggaattcacaatttaattacactctatcttgaatttgtttaacctcgttgctgtccttttcacttgtgaaatataatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||  || | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  38317514 tgtaagtttatatatattttttgaatcagcaatttaattactttccaccttgaatttgtttaacctcattgctttccttttcacgtgtgaaatataatag 38317613  T
Q  101 gaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactg------gaaaatcccaacttgatatttacttagctgagtcacatttggattttcgttgttatgaag 194  Q
    |||||||||   |||||   ||||||||||||||      ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  38317614 gaattgaaagtgcaccaacggcagcttgttactgaaactagaaaatctcaacttgatgtttacttagatgagtcaaatttggattttcattgttatgaag 38317713  T
Q  195 atatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgc 294  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||  |||| | ||    
T  38317714 atatggatgtattacaatggtggaagagaaataataatcgatttccggatctatcaatattagcttgcgacttgttaagtgttcccattgccactgttgc 38317813  T
Q  295 ttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattgg 394  Q
    ||||||||  || ||||||||||| |  |  || |||||||||||| ||||||||| | | || | |||| ||||  ||||| | |||||||||| ||||    
T  38317814 ttctgattctgaattttgcatgggttcacgtgtctttaacaagtatgaagatcgtacgctgcccacgaatgtggaaactagaatctgtactcgcagttgg 38317913  T
Q  395 ttgtacaattttgttcacgatggtaatctac---gtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgttttgataactagttttcactttaattattaac 491  Q
    || |||||||||||   ||||||||||||||   ||  ||||| |||||||| ||||||||||| | || ||||||| |||  ||| ||| |||||||||    
T  38317914 ttatacaattttgtaagcgatggtaatctactatgttctttaaatgtaaataaatatgattgtattcttctgataaccagtggtcaattttattattaac 38318013  T
Q  492 cttttcaattatgatatgtagttggagaagatgac---gatgactttgaagaaataatgaatgaaactgatagtgatgactaaatggagcaagc 582  Q
    || ||||||| ||||||||||   ||||||  |||   |||||||| || | |||||||||||||| ||||| || |||  |||||| ||||||    
T  38318014 ctcttcaattgtgatatgtagacagagaaggcgacagagatgacttggatggaataatgaatgaaattgataatggtgaaaaaatggtgcaagc 38318107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 48 - 518
Target Start/End: Original strand, 38309550 - 38310026
Alignment:
Q  48 tcttgaatttgtttaacctcgttgctgtccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactggaa------aatc 141  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||   |||||   |||||||||||||| ||      ||||    
T  38309550 tcttgaatttgtttaacctcattgctttccttttcacgtgtgagatataataggaattgaaagtgcaccaacggcagcttgttactgaaactgaaaaatc 38309649  T
Q  142 ccaacttgatatttacttagctgagtcacatttggattttcgttgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttcca 241  Q
     ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  38309650 tcaacttgatgtttacttagatgagtcaaatttggattttcattgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagaaataataatcgatttccg 38309749  T
Q  242 gatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtata 341  Q
    ||||| |||||  ||||  | |||||||||||| ||||| ||| |||| |||| |||||||| || |||||||||||||  |  || |||||||| ||||    
T  38309750 gatctatcaattctggcctgcgacttgttaagttttcccattaccactgtcgcatctgattttgagttttgcatgggctcacgtgtgtttaacaaatata 38309849  T
Q  342 aagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtacaattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaa 441  Q
    ||||||||||||| || |  ||| ||||  ||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||||  | |||||||| || ||||||| | ||||||    
T  38309850 aagatcgtatgttgccaaataatgtggaaactagaatatgtactcgcacttggttgcacaattttgttggcaatggtaatttatgtaatttgaatgtaaa 38309949  T
Q  442 tacatatgattgtactgttttgataactagttttcactttaattattaaccttttcaattatgatatgtagttggag 518  Q
    || ||||||||  | |||||||||| | | | |||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||    
T  38309950 tatatatgatttaattgttttgatagccactgttcaatttaattattatcctcctcaattatgatatgtagatggag 38310026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 554
Target Start/End: Original strand, 38314103 - 38314667
Alignment:
Q  1 tgtaagtttatata-tatttttggaattcacaatttaattacactctatcttgaatttgtttaacctcgttgctgtccttttcacttgtgaaatataata 99  Q
    |||| ||||||||| | ||||| ||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||| || |||| |||||||||||||||||    
T  38314103 tgtacgtttatataattttttttgaatcaacaatttaattactttctatcttgaatttgtttaaccttattgctttctttttaacttgtgaaatataata 38314202  T
Q  100 ggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttact------ggaaaatcccaacttgatatttacttagctgagtcacatttggattttcgttgttatgaa 193  Q
     ||||||||||  |||||| | ||||||||||||      ||||| ||  |||||||| ||||||| |  |||||| ||||| ||||| ||| |||||||    
T  38314203 tgaattgaaaatgcaccatcaacagcttgttactaaaactggaaagtctgaacttgatgtttactttgacgagtcagatttgaattttggttcttatgaa 38314302  T
Q  194 gatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcg 293  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||  |||  | |    
T  38314303 gatatggatgtattacaatggtggaagagtaattcaaatcgatttccagatctatcaatattggcttgcgacttgttaagtgttcccattgccacagtgg 38314402  T
Q  294 cttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattg 393  Q
    |||||||||| || |||||||||||||  |  || || ||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||  ||||| |||| ||||||| |||    
T  38314403 cttctgattttgaattttgcatgggctcacgtgtgttaaacaagtataaagatcgcatgttaccaatggatgtggaaactagaatttgcactcgcagttg 38314502  T
Q  394 gttgtacaattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgttttgataacta-gttttcactttaattattaacc 492  Q
    | ||||||||||||||   ||||||||||||  |||||||| ||| |||| | || | |||| |||||||||||| |  |    | |||| ||||||| |    
T  38314503 gctgtacaattttgttagtgatggtaatctatctaatttaaatgtgaatataaataagtgtattgttttgataaccacctgggtaatttagttattaatc 38314602  T
Q  493 ttttcaattatgatatgtagttggagaa---gatgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaa 554  Q
    | ||| |||||||||||||| |||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38314603 tcttcgattatgatatgtagatggagaagacgacgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaa 38314667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 60 - 408
Target Start/End: Original strand, 38326380 - 38326728
Alignment:
Q  60 ttaacctcgttgctgtccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactggaaaatcccaacttgatatttactt 159  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| | || |||||||||||||| || ||||||||| |||||||    
T  38326380 ttaacctcgttgctttccttttcacttgtgaaatgtaataggaattgaaaatgcaccatcaacaacttgttactggaaagtctcaacttgatgtttactt 38326479  T
Q  160 agctgagtcacatttggattttcgttgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggct 259  Q
     | ||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  38326480 ggatgaatcaagtttggattttcgttgttatgaagacatggatgtattagaatggtggaagagtaattataattgatttccagatctatcaattttggct 38326579  T
Q  260 cgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccga 359  Q
     | |||||||||||||||||| ||  |||| |||| ||||||||||| |||||||||||    | ||| ||| | ||||||||||| | |||| | || |    
T  38326580 tgtgacttgttaagtgttcccattgccactgtcgcatctgatttggaattttgcatgggtgcacgcgtatttgaaaagtataaagaccttatgctgccta 38326679  T
Q  360 tgaatttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtacaattttgt 408  Q
    ||||| |||| || ||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  38326680 tgaatgtggaagccagaatctgtacttgcagttggttgtacaattttgt 38326728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 699 - 761
Target Start/End: Original strand, 38322307 - 38322369
Alignment:
Q  699 aactatatagagttgttaggttatggtttgttgacttaccggtggattatatatttttgtgat 761  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  38322307 aactatataaagttgttaggttatggtttgttgacttaccggtggattttatatgtttgtgat 38322369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 479 - 579
Target Start/End: Original strand, 38326805 - 38326908
Alignment:
Q  479 tttaattattaaccttttcaattatgatatgtagttggagaagatgac---gatgactttgaagaaataatgaatgaaactgatagtgatgactaaatgg 575  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || ||| ||||||   ||||||||||||||||  ||||| |||| |||  | |||||  ||||||    
T  38326805 tttaattattaacctcttcaattttgatatgtagatgaagaggatgacgatgatgactttgaagaaactatgaacgaaattgacggcgatgaaaaaatgg 38326904  T
Q  576 agca 579  Q
    ||||    
T  38326905 agca 38326908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 38849822 - 38849411
Alignment:
Q  1 tgtaagtttatatatatttttggaattcacaatttaattacactctatcttgaatttgtttaacctcgttgctgtccttttcacttgtgaaatataatag 100  Q
    ||||||||| ||||||||||| | ||  ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  38849822 tgtaagtttttatatattttttggatcaacacttaaattacattctatcttgaatttgtttaacttcattggtttccttttcacttgtgaaatgtaatag 38849723  T
Q  101 gaattgaaaactcaccatgagcagcttgttac------tggaaaatcccaacttgatatttacttagctgagtcacatttggattttcgttgttatgaag 194  Q
    |||||||||   |||||| |||||||||||||      |||||| || ||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||    
T  38849722 gaattgaaagtgcaccatcagcagcttgttaccaaaactggaaagtctcaacttgatgtttacttagatgagtcagttttggattttcgttgttatgcag 38849623  T
Q  195 atatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgttaagtgttcccgttaacactatcgc 294  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||| ||  | || | ||    
T  38849622 aaatggatgtattacaatggtggaagagtaataatgatcgatttccggatctatcaatattggcctgcgacttgttaagtgttcccattgccgctgtagc 38849523  T
Q  295 ttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatgctagattttgtactcgcaattgg 394  Q
    ||||||||  || |||||||||||||  |  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||||||||| ||||    
T  38849522 ttctgattctgaattttgcatgggctcacgtgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgatgaatgtggaagctagaatttgtactcgcagttgg 38849423  T
Q  395 ttgtacaatttt 406  Q
    ||||||||||||    
T  38849422 ttgtacaatttt 38849411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 495 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 38849312 - 38849199
Alignment:
Q  495 ttcaattatgatatgtagttggagaaga---tgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaactgatagtgatgactaaatggagcaagcatctaatgg 591  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||   |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||     
T  38849312 ttcaattatgatatgtagatggagaagacgatgacgacgactttgaagaaataaagaatgaaattgataatgatgaaaaaatggagcaagcttctaatga 38849213  T
Q  592 ttttgattttgaag 605  Q
     |||| ||||||||    
T  38849212 ctttggttttgaag 38849199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University