View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1391A-Insertion-6 (Length: 653)

Name: NF1391A-Insertion-6
Description: NF1391A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1391A-Insertion-6
NF1391A-Insertion-6
[»] chr3 (44 HSPs)
chr3 (8-644)||(19380586-19381224)
chr3 (12-646)||(19399399-19400035)
chr3 (12-646)||(18146512-18147157)
chr3 (12-628)||(14896063-14896689)
chr3 (12-646)||(19351085-19351720)
chr3 (12-646)||(18164838-18165483)
chr3 (12-282)||(19375679-19375949)
chr3 (12-553)||(25462836-25463377)
chr3 (13-644)||(18115658-18116291)
chr3 (15-646)||(19333700-19334333)
chr3 (12-646)||(19413875-19414511)
chr3 (16-632)||(17949525-17950155)
chr3 (13-553)||(17941740-17942280)
chr3 (16-542)||(18108236-18108762)
chr3 (15-646)||(16676901-16677543)
chr3 (7-255)||(18103430-18103678)
chr3 (15-554)||(19392934-19393473)
chr3 (159-644)||(19461225-19461712)
chr3 (13-250)||(19437047-19437284)
chr3 (15-255)||(17727213-17727453)
chr3 (15-255)||(19028442-19028682)
chr3 (12-324)||(19424702-19425014)
chr3 (358-646)||(19375385-19375675)
chr3 (15-251)||(19464444-19464680)
chr3 (374-646)||(18015785-18016059)
chr3 (12-255)||(18016106-18016349)
chr3 (12-245)||(18144284-18144517)
chr3 (331-646)||(18103121-18103426)
chr3 (319-628)||(19436731-19437050)
chr3 (438-646)||(18022484-18022703)
chr3 (316-547)||(19424408-19424639)
chr3 (477-646)||(19436559-19436730)
chr3 (457-646)||(17941429-17941620)
chr3 (457-646)||(18143924-18144124)
chr3 (376-646)||(17727718-17727998)
chr3 (376-646)||(19028947-19029227)
chr3 (446-547)||(24493525-24493626)
chr3 (578-646)||(18108121-18108190)
chr3 (303-370)||(17727501-17727568)
chr3 (303-370)||(19028730-19028797)
chr3 (313-422)||(18144146-18144255)
chr3 (582-646)||(19392831-19392896)
chr3 (583-628)||(24493672-24493717)
chr3 (190-238)||(24493373-24493421)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (19-542)||(2710256-2710779)
chr4 (19-325)||(15535547-15535853)
chr4 (321-646)||(15532042-15532369)
chr4 (578-646)||(2710825-2710894)
[»] scaffold0640 (1 HSPs)
scaffold0640 (13-646)||(5085-5729)
[»] scaffold0274 (1 HSPs)
scaffold0274 (13-499)||(3247-3733)
[»] scaffold0648 (1 HSPs)
scaffold0648 (20-499)||(3784-4263)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (7-255)||(13666618-13666866)
chr6 (457-646)||(13666998-13667189)
chr6 (525-646)||(2509695-2509818)
chr6 (525-619)||(2509838-2509933)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (13-337)||(8459550-8459874)
chr8 (288-646)||(8459161-8459527)
[»] scaffold2156 (1 HSPs)
scaffold2156 (438-554)||(27-143)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 599; Significance: 0; HSPs: 44)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 19381224 - 19380586
Alignment:
Q  8 ctttcagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19381224 ctttcagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatc 19381125  T
Q  108 caaatcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaatta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19381124 caaatcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagagtttggaaaaagttaatttagaaatttcaccagagaaatta 19381025  T
Q  208 ttagagccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19381024 ttagagccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatat 19380925  T
Q  308 gtgctagttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19380924 gtgctagttggcctatttcatctggaattagtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcat 19380825  T
Q  408 ctcaccatatatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  19380824 ctcaccatatatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgtttccagaa 19380725  T
Q  508 agatggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttca-gttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtg 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19380724 agatggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttcaggttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtg 19380625  T
Q  607 taatcactacttgaaaccaatta-tttccttatgaagat 644  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19380624 tattcactacttgaaaccaattattttccttatgaagat 19380586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 19400035 - 19399399
Alignment:
Q  12 cagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19400035 cagtgacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccttgatttgtatttcccaatgaaaggtgagagagttgaaaaggaggaacccaatctaaa 19399936  T
Q  112 tcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattag 211  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  | | || |||||||||||||||||||||||||    
T  19399935 tcaaactggaatagaaaatttgaattactcaagtctagtgaatctaaactagagagtttggaaaaaagtaaatttgaaatttcaccagagaaattattag 19399836  T
Q  212 agccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgc 311  Q
    |||||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||    
T  19399835 agccaatagataagtaatttaaggaagagaggtttcctagagttgaaggaatgaaaccacttaacatgttccaagcaagaccaagatattcaatatgtgc 19399736  T
Q  312 tagttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctca 411  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |   ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  19399735 tagttgacctatttcatcttgaattggtccctgtagtttgttatcaacgagatcaaggtgtttcaaattttgaagggttagcaagcttgaaggtatctca 19399636  T
Q  412 ccatatatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagat 511  Q
    |||||||||||| ||   ||||    |||| || ||| |||||| |||| |||||| |||||||| ||||  ||| |||||||||||||    |||||||    
T  19399635 ccatatatattgttattgtcaaggtaaagacaggtgagatctttggtgaaattaaaaaacccatcaggtatatgaaaggtgaagttgttgtttgaaagat 19399536  T
Q  512 ggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttca-gttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaat 610  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||   ||||||||||||||| || | ||| ||||||||| |    
T  19399535 caagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaagagatggaaagttgttcaggttacatgcactcaactgtaattcaaacaatgacggaagtgtact 19399436  T
Q  611 cactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
     |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  19399435 tactacttgaaaccagttggtttccttatgaagatca 19399399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 12 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 18147157 - 18146512
Alignment:
Q  12 cagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtat-tactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaa 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| | || ||| | |||  |  |||||||||||| ||||||||||||||    
T  18147157 cagtgacttttgtgtatatatccaagatgaaaagtttgggccttgatttgtatgtgctaaataa-agtctactgagttgaaaaggtggaacccaatccaa 18147059  T
Q  111 atcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattatta 210  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||    
T  18147058 atcaaattggaatacaaaacttgaattactcatgtctagtgaatctaaactagagaggttggaaaaagttaattttgaaattgcaccagagaaattatta 18146959  T
Q  211 gagccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtg 310  Q
    ||||||||  ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||  | |||||| || |||| ||||||||    
T  18146958 gagccaatccataagtaatttaaggatgagaggtttcctagagttgaaggaatgaaaccacttaacatgttccatgaaagatcaaggtattgaatatgtg 18146859  T
Q  311 ctagttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctc 410  Q
    | |||||||||||| ||| |||||||| ||| |||| ||||||| || | |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18146858 caagttggcctattccatttggaattgatccgtgtagtttgttattatagagattaaggtgtctcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggtatctc 18146759  T
Q  411 accatatatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaaga 510  Q
    |||||||||||||||  ||||||  |||||| ||||||||||||| || ||||||||  ||||||| ||||| |||||||| || || ||  | ||||||    
T  18146758 accatatatattgctctcctcaaggctaagatagttgatatctttggtaagattaaaatacccatcaggtaaatgagaggttaaattatttcctgaaaga 18146659  T
Q  511 tggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatg---------ggaagttgttca-gttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaag 600  Q
    |  ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||          ||||||||||| |||||||| |  ||||| ||||| |||||||||||    
T  18146658 tcaagagttataagtgaagacaaattcaaatacccaatagatgtgttaattatgaagttgttcaggttacaattaaacaactttaattttaatagtgaag 18146559  T
Q  601 gaagtgtaatcactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
    |||||| | | |||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||    
T  18146558 gaagtgaatttactacttgaaaccagttggtttccttgtgaagatca 18146512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 12 - 628
Target Start/End: Original strand, 14896063 - 14896689
Alignment:
Q  12 cagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14896063 cagtgacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccttgatttgtattactcaatgataggtgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 14896162  T
Q  112 tcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattag 211  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||| | || ||||||||| |||||||||||||||    
T  14896163 tcaaattggaatgcaacatttgaattactcatgtctagtgaaactaaactagagtgtttggaaaaagttaaatttgaaatttcagcagagaaattattag 14896262  T
Q  212 agccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgc 311  Q
    ||||||| |||||  ||  ||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||| | | |||||| || | || ||||| ||     
T  14896263 agccaatggataaggaaattaaggatgagaggtttcctagagttgaaggaatgaaaccgcttaacatgttcattgaaagatcaaggtgttgaatatttgg 14896362  T
Q  312 tagttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctca 411  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||| ||| ||||  |||||  |||| ||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14896363 tagttgccctattctatctggaattgatccttgtaggttgtttttagagagatcaaggtgtcttaaaatttgaaggtttagcaagcttgaaggtatctca 14896462  T
Q  412 ccatatatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagat 511  Q
    |||| |||||||||  | | ||    |||| || ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||   ||||||||    
T  14896463 ccatgtatattgctttcatgaaggtaaagataggtgagattttttgtgagattaaaaaacccatttggcaaatgagaggtgaagttgtttaaagaaagat 14896562  T
Q  512 ggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatg---------ggaagttgttcag-ttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaagg 601  Q
      ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||          |||||||||||| || |||| | |||| |||| |||||||||||| ||    
T  14896563 taagaattacaattgaagacaaattcaaatactcaaaagatgagttgaacatgaagttgttcagtttgcaatcagtcaattgtagttctaatagtgaggg 14896662  T
Q  602 aagtgtaatcactacttgaaaccaatt 628  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||    
T  14896663 aagtgtactcactacttgaagccaatt 14896689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 12 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 19351720 - 19351085
Alignment:
Q  12 cagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||| | |||  | || | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19351720 cagtgacttttgtgtatatatccaagatggaatgtttgggccttggtttgtatttcccaaaaataggtaagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 19351621  T
Q  112 tcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattag 211  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||    |||  ||||||||||||| ||||| |||||    
T  19351620 tcaaattggaatacaaaatttgaattactcaagtctagccattctaaactagagagtttggaaaaa-aaaattgtgaaatttcaccagtgaaatgattag 19351522  T
Q  212 agccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgc 311  Q
    ||||||| |||||  ||  ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||  | |||||| || |||| ||||| ||     
T  19351521 agccaatcgataaggaaattaaggatgagaggtttcctagagttgaaggaatgaaaccacttaacatgttccatgaaagatcaaggtattgaatatttgg 19351422  T
Q  312 tagttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctca 411  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| ||| |||| || ||||      ||||||||| || |||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| |    
T  19351421 tagttggcttattccatctggaattgatccttgtagttggttatatttgagatcaaggtgtctcagtttttgaaggtttagtaagcttgaaggtatctta 19351322  T
Q  412 ccatatatattgctaccctcaaatct-aagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaaga 510  Q
    ||||||||||| ||    | |||  | |||| |  ||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| | | || ||||||| ||   | |||||    
T  19351321 ccatatatattact-ttgtgaaaggtgaagataagtgagatctttggtgagattaaaaaacccatctggtaaattaaagttgaagttatttcgaaaaaga 19351223  T
Q  511 tggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttca-gttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaa 609  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || ||||||||||| ||| ||||||||||||| |     
T  19351222 tcaagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttcaggttacattcacccaactgtaattttaacagtgaaggaagtgaat 19351123  T
Q  610 tcactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
    |||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  19351122 tcactatttgaagccaattggtttccttatgaagatca 19351085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 12 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 18165483 - 18164838
Alignment:
Q  12 cagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 111  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18165483 cagtgatttctgtgtatatatccaagatggaaagtgtgggccttgagttgtatttttcaatgaaaggagagatagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 18165384  T
Q  112 tcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattag 211  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||| ||||  | | || |||||||||||||||||||||||||    
T  18165383 gcaaattggaatacaaaatttgaattactcaagtctagtgaatctaaattggagagtttggcaaaatgtaaatttgaaatttcaccagagaaattattag 18165284  T
Q  212 agccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgc 311  Q
    |||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||  | || || ||||| |||||||||||||  | |||||| ||   || ||||| |      
T  18165283 agccaatagataagtcatttaaggatgagaggtttcctagagtcgaagggataaaaccgcttaacatgttccctgaaagatcaaggcctttaatatttat 18165184  T
Q  312 tagttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctca 411  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||| | ||||| | |  |||  ||   ||||  || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  18165183 tagttggcctattccatctggaattgatccttttaattgggttttagctagcaaaaggtattgcaaattttgaagttttagcaagcttgaaggtatctca 18165084  T
Q  412 ccatatatattgctaccctcaaa-tctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaaga 510  Q
    |||| ||||||| | |||| |||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||||||| | |||   |||||||    
T  18165083 ccatttatattg-ttccctgaaaggctaagaaagttgatatctttggtgagattaaaaaatccatcaagtaagtgagaggtgaaatagttgtaagaaaga 18164985  T
Q  511 tggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatg---------ggaagttgttca-gttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaag 600  Q
    |  |||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||          ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18164984 tcaagagttacaattgaagacaaattcacatacttaaaagatgttccaattatgaagttgttcaggttgcaattactcaactgtaattctaatagtgaag 18164885  T
Q  601 gaagtgtaatcactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  18164884 gaagtgtactcactgcttgaatccaattggtttccttatgaagatca 18164838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 12 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 19375949 - 19375679
Alignment:
Q  12 cagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19375949 cagtgacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccttgatttgtattactcaatgacaggtaagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 19375850  T
Q  112 tcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattag 211  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19375849 tcaaattggaatacaaaatttgaattactcaagtctagtgaatctaaactagagagtttggaaaaagttaatttagaaatttcaccagagaaattattag 19375750  T
Q  212 agccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttc 282  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  19375749 agccaatagataacaaatttaaggatgagaggtttcctagagttaaaggaatgaaaccacttaacatgttc 19375679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 12 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 25463377 - 25462836
Alignment:
Q  12 cagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 111  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25463377 cagtgacttctgtgtatatatccaagaaggaaagtttgggccttgatttgtatttttcaatgaaagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 25463278  T
Q  112 tcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattag 211  Q
    |||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||||| |||| |||||| | |||||||| |||||||    
T  25463277 tcaaattgtaatacaaaagttgaattactcaagtctagtgaatctaaactaaagagtttggagaaagttaattttgaaattgccccagagaagttattag 25463178  T
Q  212 agccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgc 311  Q
    |||| ||||||||  ||  |||||||||||||||||||| |||||| || || |||||| ||||||||||  | | |||||| || |||| ||||| ||     
T  25463177 agccgatagataaggaagttaaggatgagaggtttcctatagttaaagggattaaaccaattaacatgttaatggaaagatcaaggtattgaatatttgg 25463078  T
Q  312 tagttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctca 411  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  25463077 tagttggcctattccatctggaattggtccctgtaattggttatgagatagatcaaggtgtctcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggtatgtca 25462978  T
Q  412 ccatatatattgctaccctcaaatct-aagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaaga 510  Q
    |||| || |||  ||   | |||  | |||| |  ||| |||||| | ||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||   |||||||    
T  25462977 ccatgtacattatta-aatgaaaggtcaagatacatgaaatcttttgagagattaaaaaaaccatcaggtaaatgagaggtgaagttgttgtaagaaaga 25462879  T
Q  511 tggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatg 553  Q
    |  ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| |||||    
T  25462878 tcaagagttaaaagcgaagacaaattcaaatacccaatagatg 25462836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 18116291 - 18115658
Alignment:
Q  13 agtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaat 112  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18116291 agtgtcttctgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccttgatatgtatttctcaaagacaggtgggagagttgaaagggaggaacccaatccaaat 18116192  T
Q  113 caaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattaga 212  Q
    |||  |||| || ||||| |||||||| |||||||||   |||||||||||||| ||||||||||  | | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  18116191 caatctggattacaaaatctgaattacgcaagtctagatgatctaaactagagagtttggaaaaatgtaaatttgaaatttcaccagagaaattattaga 18116092  T
Q  213 gccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgct 312  Q
    ||||||||||||  ||| || ||| ||||| |||||||||||| | || ||  | ||   ||    |||   ||  ||||| || | || |||||| ||     
T  18116091 gccaatagataagtaatttagggaagagagatttcctagagttgaaggaatagatccttgtagttggttttcagagagatcaagttgttgaatatgggca 18115992  T
Q  313 agttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcac 412  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | | |||| || ||||   || |||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18115991 agttggcctatttcttctggaattgattcttgtagttggttataggagagataaaggtctctcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggtatctcac 18115892  T
Q  413 catatatattgctaccctcaaatct-aagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagat 511  Q
    |||||||||| || |  | |||  | |||| |  ||| |||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||   ||||||||    
T  18115891 catatatattact-ctgtgaaaggtcaagataagtgagatctttggtaagattaaaaaacccatcaggtaaatgagaggtgaagttgtttaaagaaagat 18115793  T
Q  512 ggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttca-gttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaat 610  Q
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18115792 caagagttacaagtaaagacaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttcaggttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtatt 18115693  T
Q  611 cactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagat 644  Q
    ||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  18115692 cactatttgaagccaattggtttccttatgaagat 18115658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 15 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 19334333 - 19333700
Alignment:
Q  15 tgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatca 114  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| || ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19334333 tgacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccttgatttgtatttcccaatgaaaggtgaaagagttgaaaaggaggaatccaatccaaatca 19334234  T
Q  115 aattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattagagc 214  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||| ||||||| || ||||| || ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19334233 aattggaatacaatatttgaataactcatgtctagcaaacctaaagtatagagtttggaaaaagttaattttgaaatttcaccagagaaattattagagc 19334134  T
Q  215 caatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgctag 314  Q
    ||||| ||||  ||| |||||| |||||||||||||||||| | || ||  | ||   ||    |||   ||  ||||| || | || |||||| |  ||    
T  19334133 caataaataagtaatttaaggaagagaggtttcctagagttgaaggaatagatccttgtagttggttttcagagagatcaagttgttgaatatgggaaag 19334034  T
Q  315 ttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcacca 414  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||| |||| || ||||  ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19334033 ttggcctatttcttctggaactgatccttgtagttggttataagagagatcaaggtgtctcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggtatctcacca 19333934  T
Q  415 tatatattgctaccctcaaatct-aagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatgg 513  Q
    ||||||||| | ||   |||  |  ||| | |||| |||||| |  |||||||| ||||||||  |||| |||||||| ||||||||   ||||||||      
T  19333933 tatatattg-ttccaagaaaggtcgagatacttgagatctttggaaagattaaaaaacccatcaagtaaatgagaggtaaagttgtttctagaaagatca 19333835  T
Q  514 agagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttc-agttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatca 612  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  19333834 agagttacaattgaagacaaattcaaatactcatcaaatgggaagttgttcaatttacaatcactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgaattca 19333735  T
Q  613 ctacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
    ||| ||||||| ||||  |||||||| ||||||||    
T  19333734 ctatttgaaacaaattggtttccttaggaagatca 19333700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 12 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 19414511 - 19413875
Alignment:
Q  12 cagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 111  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19414511 cagtaacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccatgatttgtatttcttaatgaaaggtaagagagttgaaaagggggaacccaatccaaa 19414412  T
Q  112 tcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattag 211  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||   || ||||||||||| ||||||||||  | | ||  |||| | ||||||||||||||| |    
T  19414411 tcaaattggaaaacaaaacttgaattactcaagtctagatgatttaaactagagagtttggaaaaatataaatttaaaatattaccagagaaattattcg 19414312  T
Q  212 agccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgc 311  Q
    | |||||||||||  ||| |||||||| ||| |||||||||||| |  | ||||| ||   ||    |||   ||  ||||| || | || |||||||||    
T  19414311 aaccaatagataagtaatttaaggatgggagatttcctagagttgaaagaatgaatccttgtagttggttttcagagagatcgaggtgttgaatatgtgc 19414212  T
Q  312 tagttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctca 411  Q
    || || ||||||| ||||||||| ||  || |||| || |||| | || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19414211 taatttgcctattccatctggaactgacccttgtagttggttatttgatagatcaaggtgtctcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggtatctca 19414112  T
Q  412 ccatatatattgctaccctcaaatct-aagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaaga 510  Q
    |||| ||||||||||   | |||  | ||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||   |||||||    
T  19414111 ccatgtatattgcta-tatgaaaggtcaagagaggtgagatctttggtgagattaaaaaacccatcaggtatatgagaggtgaagttgttgtaagaaaga 19414013  T
Q  511 tggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttca-gttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaa 609  Q
    |  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  19414012 tcaagagttacaattgaagacaaattcaaatgctcaacagatgggaagttatttaggttacaatgactcatctgtaattctaatagtgaaggaagtgtat 19413913  T
Q  610 tcactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
    |||||| ||||  ||||||  |||||||||||||||||    
T  19413912 tcactatttgaggccaattggtttccttatgaagatca 19413875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 16 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 17950155 - 17949525
Alignment:
Q  16 gacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatcaa 115  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17950155 gacttttgtgtttatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaaggaggaacccaatccaaatcaa 17950056  T
Q  116 attggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattagagcc 215  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||   |||||||||| | ||||||||||||  | | || ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17950055 attggattacaaaatttgaattactcaagtctagttcatctaaactaaataatttggaaaaatgtaaatttgaaattttaccagagaaattattagagcc 17949956  T
Q  216 aatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgctagt 315  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||||  |||||||||   | || ||| || ||||||| || || ||||    
T  17949955 aatagataagtaatataaggatgagaggtttcctagagttgaaggaatgagaccaccaaacatgttcgcggaaatatcaaggtattcaaaatttggtagt 17949856  T
Q  316 tggcctatttcatctggaattggtccctg----taatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctca 411  Q
    ||||| |||  ||||  ||||| ||| ||    |||||||||| | || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17949855 tggccaattctatctataattgatccttgtagttaatttgttatttgagagatcaaggtgtctcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggtatctca 17949756  T
Q  412 ccatatatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagat 511  Q
    |||||||||||  |     |||    ||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||| |||||| || ||||||||||||||  ||  |||||    
T  17949755 ccatatatattatttagtgcaaggtcaagagaggtgatatctttggtgagattgaaaaacccatttggtaaatgggaggtgaagttgttttcatcaagat 17949656  T
Q  512 ggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatg---------ggaagttgttca-gttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaagg 601  Q
      ||||||||||||||||| ||||||||||||   | ||| |          |||||| |||| |||||| |||  ||||| |||||||||||||||||     
T  17949655 aaagagttacaagtgaagataaattcaaatacctgatagacgttccaatcaagaagttattcaggttacagtgaaacaactttaattctaatagtgaaga 17949556  T
Q  602 aagtgtaatcactacttgaaaccaattattt 632  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  17949555 aagtgaattcactacttgaaaccaattattt 17949525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 13 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 17942280 - 17941740
Alignment:
Q  13 agtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||   |||||| || | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17942280 agtgacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccttgatttgtattttccaatgaaaggtaagtgagttgaaaaggaggaacccaatccaaat 17942181  T
Q  113 caaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattaga 212  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||| |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  17942180 caaattggaatacaaaacttgaattactcaagtctagtgagtctaaactagagagtttgaaaaaagttaaatttgaaatttcaccagagaaattattaga 17942081  T
Q  213 gccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgct 312  Q
     |||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||    || ||  | ||   ||    |||   ||  ||||| || |||| ||||| || |    
T  17942080 accaataaataaccaatttaatgatgagaggtttcctagagtcgtgggaattgatccttgtagttcgttttcagagagatcgaggtattgaatatttggt 17941981  T
Q  313 agttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcac 412  Q
    |||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| || ||||  ||| |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17941980 agttggcctattccatttggaattagtccttgtagttggttataagagagataaaggtgtctcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggtatctcac 17941881  T
Q  413 catatatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatg 512  Q
    ||| |||||||||  | | ||    |||| |  ||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||| |||||  ||||||||      
T  17941880 catgtatattgctctcgtgaaggtcaagataagtgagatctttggtgagattaaaaaacccatcaggtatatgagaggtgaaattgtttccagaaagaga 17941781  T
Q  513 gagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatg 553  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17941780 aagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaatagatg 17941740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 16 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 18108762 - 18108236
Alignment:
Q  16 gacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatcaa 115  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||| ||| |||||||||||||| ||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18108762 gacttttgtgtatatatccagaatgggaagtttggaccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatcaa 18108663  T
Q  116 attggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattagagcc 215  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||  |||||||||  | | || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18108662 actggaatacaaaatttgaattactcaagtctagtgaaaataaagtagagagattggaaaaatgtaaatttgaaatttcgccagagaaattattagagcc 18108563  T
Q  216 aatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgctagt 315  Q
    |||| ||||    | |||||| ||||||||||||| |||| | || |||| |||||| |||||||||   |  | ||| || |||| || || || ||||    
T  18108562 aataaataagtgctttaaggaagagaggtttcctacagttgaaggaatgagaccactaaacatgttcgcggatatatcaaggtattgaaaatttggtagt 18108463  T
Q  316 tggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcaccat 415  Q
    |||   |||  ||||  ||||| ||| |||| || |||| | || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18108462 tgggaaattctatctataattgatccttgtagttggttatttgagagatcaaggtgtctcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggtatctcaccat 18108363  T
Q  416 atatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggag 515  Q
    |||||||  |   | |||    ||||||| ||||||| || |||||||| || ||||||| |||||| || ||||||||||||||  ||  |||||  ||    
T  18108362 atatattattcagcgcaaggtcaagagaggtgatatcattggtgagattgaaaaacccatttggtaaatgggaggtgaagttgttttcatcaagattaag 18108263  T
Q  516 agttacaagtgaagacaaattcaaata 542  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  18108262 agttacaagtgaagacaaattcaaata 18108236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 15 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 16677543 - 16676901
Alignment:
Q  15 tgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatca 114  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||   |||  | | || ||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16677543 tgacttttgtgtatatatccatgatggaaagtttgggccttgatttgtattgtccaaataaacttcagttagttgaaatggaggaacccaatccaaatca 16677444  T
Q  115 aattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattagagc 214  Q
    |||||||||| || | || |  | |||| ||||||   |||||||||||||| ||||||||||||| | || |||| |||||||||||||| ||||  ||    
T  16677443 aattggaatacaacacttaatcttctcaggtctagtatatctaaactagagagtttggaaaaagttaaatttgaaacttcaccagagaaatcattattgc 16677344  T
Q  215 caatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgctag 314  Q
    ||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| | | |||||| || | || ||||||||||||    
T  16677343 caatagataaggaatttaaagatgagaggtttcctagagttgaaggaatgaaaccacttaacatgttcatggaaagatcaaggtcttgaatatgtgctag 16677244  T
Q  315 ttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcacca 414  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |   |||| || |||   ||| | ||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  16677243 ttgacctatttcatctggaattgatagttgtagttggttttgagagacatcaaggtgtctcaaatgttgaaggtttaacaagcttgaaggtatctcacca 16677144  T
Q  415 tatatattgctaccctcaaatct-aagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatgg 513  Q
    | ||||||  | || | |||  | ||||   ||||||||||| |||||||| || ||||| | | |||| ||| |||| || |||||   ||||||||      
T  16677143 tgtatatt-attccatgaaaggtcaagatgcttgatatctttggtgagatttaaaaacccgtttagtaactgaaaggttaaattgttgtaagaaagatca 16677045  T
Q  514 agagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatg---------ggaagttgttc-agttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaa 603  Q
    |||||||||| ||||||  ||||||||||| ||| |||||          |||||||||| | ||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  16677044 agagttacaattgaagaggaattcaaatacccaatagatgagttgagcatgaagttgttcaatttacaagaactcaaccgcaattctaatagtgaaggaa 16676945  T
Q  604 gtgtaatcactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
    ||||| |||||   |||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  16676944 gtgtattcactttctgaatccaattggtttccttatgaagatca 16676901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 153; E-Value: 9e-81
Query Start/End: Original strand, 7 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 18103678 - 18103430
Alignment:
Q  7 actttcagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaat 106  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  18103678 acttgcagtgacttttgtgtatatatccaaaatggaaagtgtgagccttgatttgtattactcaatgacaggtgagagagttgaaaaggaggtacccaat 18103579  T
Q  107 ccaaatcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaatt 206  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||   |||||||||| ||| ||||||||||    | || ||||||| ||||||||||||    
T  18103578 ccatatcaaattggaatacaaaatttgagttactcaagtctagttcatctaaactacagagtttggaaaaatgcaaatttgaaattttaccagagaaatt 18103479  T
Q  207 attagagccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagtt 255  Q
    ||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18103478 attagagccaataaataagtaatttaaggatgagaggtttcctagagtt 18103430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 15 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 19393473 - 19392934
Alignment:
Q  15 tgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatca 114  Q
    |||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||  | || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19393473 tgacttctgtgtatatatccatgatggaaagtgtgggcctagatttgtatttctcaacaaaaggtgagagagttgaaaaggaggaacccaattcaaatca 19393374  T
Q  115 aattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattagagc 214  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  || ||||||||||  | | || |||||||||||||||||||| |||  ||    
T  19393373 aattggaattcaaaaattgaattactcaagtttagtgaaactaaactatggagtttggaaaaatgtaaatttgaaatttcaccagagaaattgttatcgc 19393274  T
Q  215 caatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgctag 314  Q
     |||||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||| | || || |||||||| ||||||||  | | || ||| || |||| || |||| | ||    
T  19393273 taatagataagtaatttaaggatgagaggtttcctaaagttgaaggaataaaaccactcaacatgtttttcgaaacatcaaggtattgaagatgttcaag 19393174  T
Q  315 ttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcacca 414  Q
    |||||||||| ||||| |||||| ||| |||| ||  ||   | | |||| ||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  19393173 ttggcctattccatcttgaattgatccttgtagttgattttcaaagagattaaggtatctcaaattttgaaggtttagcaaacttgaaggtatctcacca 19393074  T
Q  415 tatatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatgga 514  Q
    ||||| |||||  ||| ||    |||  || ||  || | | ||  ||||||| |||||||  ||||  |  ||||||||||||||   ||||||||  |    
T  19393073 tatatgttgctctccttaaggtgaaggtaggtggcatatgtggtacgattaaaaaacccattaggtatattggaggtgaagttgttgtaagaaagatcaa 19392974  T
Q  515 gagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgg 554  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19392973 gagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaaaagatgg 19392934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 159 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 19461712 - 19461225
Alignment:
Q  159 actagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattagagccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaat 258  Q
    |||||||| ||||||||||  | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||| |||||||||||||||||| |     
T  19461712 actagagagtttggaaaaatgtaaatttgaaatttcaccagagaaattattagagccaatagataagtaatttagggaagagaggtttcctagagttgaa 19461613  T
Q  259 ggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgctagttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactag 358  Q
    || ||  | ||   ||    |||   ||  ||||| || | || |||||| || |||||||||||||| | ||||| || | | |||| || ||||  ||    
T  19461612 ggaatagatccttgtagttggttttcagagagatcaagttgttgaatatgggcaagttggcctatttcttttggaactgattcttgtagttggttataag 19461513  T
Q  359 aaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcaccatatatattgctaccctcaaatct-aagagagttgatatctttcg 457  Q
    | |||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |  | |||  | |||| |  ||| |||||| |    
T  19461512 agagataaaggtctctcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggtatctcaccgtatatattact-ctgtgaaaggtcaagataagtgagatctttgg 19461414  T
Q  458 tgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaa 557  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||   ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19461413 tgagattaaaaaacccatcaggtaaatgagaggtgaaattgtttaaagaaagatcaagagttacaagtaaagacaaattcaaatactcaacagatgggaa 19461314  T
Q  558 gttgttca-gttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagat 644  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  19461313 attgttcaggttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtattcactatttgaagccaattggtttccttatgaagat 19461225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 19437284 - 19437047
Alignment:
Q  13 agtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaat 112  Q
    |||||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19437284 agtgacgtttgggtatatatccaagatggaaactgtgggccttgagttgtatttttcaatgaaaggtgagagagttgaaaaggaggaacccaatccatat 19437185  T
Q  113 caaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattaga 212  Q
    |||||| ||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19437184 caaatttgaatacaaaatttgaattgctcaagtcgagccaatctaaactagagagtttggaaaaagttaattttgaaatttcaccagagaaattattaga 19437085  T
Q  213 gccaatagataacaaatataaggatgagaggtttccta 250  Q
     ||||||||||   ||  ||||||||||||||||||||    
T  19437084 accaatagataggtaacttaaggatgagaggtttccta 19437047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 255
Target Start/End: Original strand, 17727213 - 17727453
Alignment:
Q  15 tgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatca 114  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||||    |||  | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17727213 tgacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttgagcctggatttgtatgtgccaaataaaggttagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatca 17727312  T
Q  115 aattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattagagc 214  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||| |    
T  17727313 aattggaatgcaaaatttgaattactcaattgtagtgaatctaaactagagagtttggaaaaagttaaatttgaaatttcaccagagaaattattagaac 17727412  T
Q  215 caatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagtt 255  Q
    |||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  17727413 caatagataagaaaattaaagatgagaggtttcctagagtt 17727453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 255
Target Start/End: Original strand, 19028442 - 19028682
Alignment:
Q  15 tgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatca 114  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||||    |||  | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19028442 tgacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttgagcctggatttgtatgtgccaaataaaggttagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatca 19028541  T
Q  115 aattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattagagc 214  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||| |    
T  19028542 aattggaatgcaaaatttgaattactcaattgtagtgaatctaaactagagagtttggaaaaagttaaatttgaaatttcaccagagaaattattagaac 19028641  T
Q  215 caatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagtt 255  Q
    |||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  19028642 caatagataagaaaattaaagatgagaggtttcctagagtt 19028682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 12 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 19425014 - 19424702
Alignment:
Q  12 cagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| | |||||||| |    |  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19425014 cagtgacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttggcccttgatttgtactgctcaatgaaaaggtatggagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 19424915  T
Q  112 tcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattag 211  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  19424914 tcaaattggaatacaaaagttgaattactcaagtctagttcttctaaactagagagtttggaaaaagttaattttgaaatttcacctgagaatttattag 19424815  T
Q  212 agccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgc 311  Q
    |||||||  ||||   || ||| |||||||||||||||| |||| | || || |||||||||||||| ||  | | |||||| ||   || |||||||||    
T  19424814 agccaatccataagtgatttaatgatgagaggtttcctaaagttgaaggaattaaaccacttaacatattgtttgaaagatcaaggctttgaatatgtgc 19424715  T
Q  312 tagttggcctatt 324  Q
    |||||||||||||    
T  19424714 tagttggcctatt 19424702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 358 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 19375675 - 19375385
Alignment:
Q  358 gaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcaccatatatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcg 457  Q
    |||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |   | |||    |||| || |||||||||| |    
T  19375675 gaaagatcaagttgtctcaaatttggaaggtttagcaagcttgaaggtatctcaccatatatattattcatcgcaaggtcaagataggtgatatctttgg 19375576  T
Q  458 tgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaa 557  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| | ||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  19375575 tgagattaaaaaacccatcaggtaaatgaaaggtgaaattgtttgaagaaagatcaagacttacaattgaagacaaattcaaaaactcaacagatggaaa 19375476  T
Q  558 gttgttca-gttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
    |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||    
T  19375475 gttgttcaggttacaccgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgaagtcactacttcaaaccaattggttaccttatgaagatca 19375385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 19464680 - 19464444
Alignment:
Q  15 tgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatca 114  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19464680 tgacttctgtgtatatattcaagatggaaagtttgggccttgatttatattgctcaaaaacaggtgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatca 19464581  T
Q  115 aattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattagagc 214  Q
    | |||| | | |||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  19464580 atttgggagacaaaatttgaattactcaagtctaaataatgtaaactagagagtttggaaaaagttaaatttgaaatttcacctgagaaattgttagagc 19464481  T
Q  215 caatagataacaaatataaggatgagaggtttcctag 251  Q
    | ||||||||   || ||| |||||||||||||||||    
T  19464480 cgatagataagtcatttaaagatgagaggtttcctag 19464444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 374 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 18016059 - 18015785
Alignment:
Q  374 tcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcaccatatatattgctaccctcaaatct-aagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacc 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||   | |||  | ||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  18016059 tcaaattttgaaggtttagcaagctagaaggtatctcaccatgtatattgctata-tgaaaggtcaagagaggtgagatctttggtgagattaaaaaacc 18015961  T
Q  473 catctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttca-gttaca 571  Q
    |||| ||||  |||||||||||||||||   |||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  18015960 catcaggtatatgagaggtgaagttgttgaaagaaagagaaagagttacaagtgaaggcaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttcaggttgca 18015861  T
Q  572 atgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
       |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  18015860 cccactcaactctaattctaatagtgaaggaagtgaattcactatttgaagccaattggtttccttatgaagatca 18015785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 18016349 - 18016106
Alignment:
Q  12 cagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 111  Q
    |||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||  ||||||| ||   |  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18016349 cagtgatttctgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccttgagttatattgttcaatgaaagggtatggagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 18016250  T
Q  112 tcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattag 211  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    || ||||||||||| ||||||||||    |||  |||||||||||||||||||||||||    
T  18016249 tcaaattggaattcaaaatttgaattactcaagtctaaatgatttaaactagagagtttggaaaaaaaaaattgtgaaatttcaccagagaaattattag 18016150  T
Q  212 agccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagtt 255  Q
    ||||||| |||||  ||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  18016149 agccaatcgataaggaaattaaggatgacaggtttcctagagtt 18016106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 12 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 18144517 - 18144284
Alignment:
Q  12 cagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaa 111  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||| ||||| || || | || |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  18144517 cagtgacttctgtgtatatatccaagatgggaagtttgggccttgatttgtatttctcaaagaaaggtaagtgagtcgaaaaggaggaacctaatccaaa 18144418  T
Q  112 tcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattag 211  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||| ||||  | |||   | |||||||||||| ||||||||||  | | || |||||||||||||||||||| ||||    
T  18144417 tcaaattggaatacaaaacgtgaattcctcatctatagtacaactaaactagagagtttggaaaaatgtaaatttgaaatttcaccagagaaattgttag 18144318  T
Q  212 agccaatagataacaaatataaggatgagaggtt 245  Q
    |||||||||||||  ||  |||||| ||||||||    
T  18144317 agccaatagataagtaaattaaggaagagaggtt 18144284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 331 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 18103426 - 18103121
Alignment:
Q  331 ggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcaccatatatattgctaccct 430  Q
    ||||||| ||| |||| || ||||  ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |      
T  18103426 ggaattgatccttgtagttggttataagagagatcaaggtgtctcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggtatctcaccatatatattgttatcgc 18103327  T
Q  431 caaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagttacaagtgaaga 530  Q
     ||    |||| ||            ||||||||||| ||||||||  |||| ||| | ||||| |||||  | |||||||  || ||||||| |||| |    
T  18103326 gaaggtgaagatag------------gtgagattaaaaaacccatcatgtaaatgaaaagtgaaattgttttctgaaagatcaagggttacaattgaata 18103239  T
Q  531 caaattcaaatactcaacagatgggaagttgttca-gttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaatt- 628  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||| ||     
T  18103238 caaattcaaatactcaactgatgggaagttgttcaggttacaataactcaactgtaattctaacaatgaaggaagtgtacttactacttgaaaccagttg 18103139  T
Q  629 atttccttatgaagatca 646  Q
     |||||||||||||||||    
T  18103138 gtttccttatgaagatca 18103121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 319 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 19437050 - 19436731
Alignment:
Q  319 cctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcaccatata 418  Q
    |||||| |||||||||||| ||| |||| || ||||  ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||  |    
T  19437050 cctattccatctggaattgatccttgtagttggttataagagagatcaaggtgtctcaaattttgaaggtttagcaagctagaaggtatctccccatgaa 19436951  T
Q  419 tattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagt 518  Q
    ||||| ||  |  ||    ||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||| | |||||||  |||||    
T  19436950 tattgttaaacgaaaggtaaagagaggtgagatctttggtgagattaaaaaacccatccggtaagtgagaggtgaaatcgttatctgaaagataaagagt 19436851  T
Q  519 tacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgg---------gaagttgttca-gttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgta 608  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||         ||||||||||| | | ||   |||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  19436850 tacaagtgaagacaaatttaaatactgaatagatggattaatcacgaagttgttcaggctgcacccactcaactttaattctaatagtgaaggaagtgaa 19436751  T
Q  609 atcactacttgaaaccaatt 628  Q
     |||||| ||||| ||||||    
T  19436750 ttcactatttgaagccaatt 19436731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 438 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 18022703 - 18022484
Alignment:
Q  438 aagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagttacaagtgaagacaaattc 537  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||   ||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  18022703 aagatagttgatatctttggtgagattaaaaaacccatttggtaaatgagaggtgaagttgttgaaagaaagatcaagagttacaagtgaagacaaattc 18022604  T
Q  538 aaatactcaacagatgg---------gaagttgttc-agttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaat 627  Q
    |||||||||| ||||||         |||| | ||| | |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| | | | |||||||||||| |    
T  18022603 aaatactcaatagatgggttgatcatgaagctattcaatttacaatcgctcaactgtaattgtaatagtgaaggaagtgaattgattacttgaaaccagt 18022504  T
Q  628 t-atttccttatgaagatca 646  Q
    |  |||||||||||||||||    
T  18022503 tggtttccttatgaagatca 18022484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 316 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 19424639 - 19424408
Alignment:
Q  316 tggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcaccat 415  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| | || || |||   ||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  19424639 tggcctattccatctggaattgatccttatagttggttttcagagagatcaaggtatgtcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggtatcccaccat 19424540  T
Q  416 atatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggag 515  Q
     |||||||||    | || ||||||| || ||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||| |||||   ||||||||  ||    
T  19424539 gtatattgctctggtgaagtctaagataggtgagatctttggtgagattaaaaaacccatcaggtaaatgagaggcgaaattgttgaaagaaagatcaag 19424440  T
Q  516 agttacaagtgaagacaaattcaaatactcaa 547  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19424439 tgttacaattgaagacaaattcaaatactcaa 19424408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 477 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 19436730 - 19436559
Alignment:
Q  477 tggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttc-agttacaatga 575  Q
    |||||| | ||||||||| |||||  |||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |    
T  19436730 tggtaaataagaggtgaatttgtttccagaaagatcaagagttacaagtgaagataaattgaaatactcaacagatgggaatttgttcaagttacattca 19436631  T
Q  576 ctcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  19436630 cgcaactgtaattctaatagtgaagaaagtgaattcactgcttgaaaccagttggtttccttatgaagatca 19436559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 457 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 17941620 - 17941429
Alignment:
Q  457 gtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatggga 556  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||  | ||||||||| |||||   |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17941620 gtgagattaaaaaacccatcaggtatataagaggtgaaattgtttctagaaagagaaagagttacaagtgaagacaaattcaaatattcaacagatggga 17941521  T
Q  557 agttgttca-gttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaatta-tttccttatgaagatca 646  Q
    ||||||||| |||||||    | ||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  17941520 agttgttcaggttacaactttttaatcgtaactctaatagtgaaggaagtgtattcactgcttgaagccaattagtttcctcatgaagatca 17941429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 457 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 18144124 - 18143924
Alignment:
Q  457 gtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatggg- 555  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||   ||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||  | | |||||     
T  18144124 gtgagattaaaaaacctatcaggtaaatgagaggtgaagttgtttaaagaaagatcaagagttacaattgacgacaaattcaaatacttgatatatgggt 18144025  T
Q  556 --------aagttgttcag-ttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatc 645  Q
            ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  18144024 tgatcattaagttgttcaggttacaagaactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtattcactatttgaagccaattggtttccttatgaagatc 18143925  T
Q  646 a 646  Q
    |    
T  18143924 a 18143924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 376 - 646
Target Start/End: Original strand, 17727718 - 17727998
Alignment:
Q  376 aaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcaccatatatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccat 475  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||||  | | ||    || | || ||| |||||| ||||||||||| || |||     
T  17727718 aaattttgaaggtttaccaagctagaaggtatctcaccatgtatattgctctcgtgaaggtcaacataggtgagatctttggtgagattaaaaaatccac 17727817  T
Q  476 ctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgg---------gaagttgttcag 566  Q
    | || |||||||||||||| | |||    |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||         ||||||||| ||    
T  17727818 cagg-aagtgagaggtgaaatcgttgtttgaaagataaagagttacaattgaagacaaattcaaatactcaatagatggattgatcaggaagttgtttag 17727916  T
Q  567 -ttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaa-ttatttccttatgaagatca 646  Q
     || ||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||| || |||||||||||||||||    
T  17727917 gttgcacccactcaactgtaattctaacagtgaaggaagtgtattcaatacttgaagccaatttgtttccttatgaagatca 17727998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 376 - 646
Target Start/End: Original strand, 19028947 - 19029227
Alignment:
Q  376 aaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcaccatatatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccat 475  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||||  | | ||    || | || ||| |||||| ||||||||||| || |||     
T  19028947 aaattttgaaggtttaccaagctagaaggtatctcaccatgtatattgctctcgtgaaggtcaacataggtgagatctttggtgagattaaaaaatccac 19029046  T
Q  476 ctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgg---------gaagttgttcag 566  Q
    | || |||||||||||||| | |||    |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||         ||||||||| ||    
T  19029047 cagg-aagtgagaggtgaaatcgttgtttgaaagataaagagttacaattgaagacaaattcaaatactcaatagatggattgatcaggaagttgtttag 19029145  T
Q  567 -ttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaa-ttatttccttatgaagatca 646  Q
     || ||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||| || |||||||||||||||||    
T  19029146 gttgcacccactcaactgtaattctaacagtgaaggaagtgtattcaatacttgaagccaatttgtttccttatgaagatca 19029227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 446 - 547
Target Start/End: Original strand, 24493525 - 24493626
Alignment:
Q  446 tgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactc 545  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||  ||| |||||| |||||| ||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24493525 tgatatctttggtgaggttaaaaaatgcatttggtaactgagagctgaagttgttttcagaaagatcaagagttacaagtgaagacaaattcgaatactc 24493624  T
Q  546 aa 547  Q
    ||    
T  24493625 aa 24493626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 578 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 18108190 - 18108121
Alignment:
Q  578 caactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  18108190 caactgtaattctaatagtgaagaaagtgaattcactacttgaaaccagttggtttccttatgaagatca 18108121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 303 - 370
Target Start/End: Original strand, 17727501 - 17727568
Alignment:
Q  303 aatatgtgctagttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaagga 370  Q
    ||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||    
T  17727501 aatatgtgcaagttggcctatcccatatggaattggtccctgtaattggttatgagagagatcaagga 17727568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 303 - 370
Target Start/End: Original strand, 19028730 - 19028797
Alignment:
Q  303 aatatgtgctagttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaagga 370  Q
    ||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||    
T  19028730 aatatgtgcaagttggcctatcccatatggaattggtccctgtaattggttatgagagagatcaagga 19028797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 313 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 18144255 - 18144146
Alignment:
Q  313 agttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcac 412  Q
    |||||||||||||| ||||||| || ||| ||||| | ||||  | | |||||||||  | || | || ||||||||||||||||||||||| |  ||||    
T  18144255 agttggcctatttcttctggaactgatccttgtaactggttatgaaagagatcaaggtatctcgatttctgaaggtttagcaagcttgaaggtaagtcac 18144156  T
Q  413 catatatatt 422  Q
    ||||||||||    
T  18144155 catatatatt 18144146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 582 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 19392896 - 19392831
Alignment:
Q  582 tgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
    ||||||||||| ||||||| |||| || ||||| |||||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  19392896 tgtaattctaacagtgaagaaagtatactcactgcttgaagccaattggtttccttatgaagatca 19392831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 583 - 628
Target Start/End: Original strand, 24493672 - 24493717
Alignment:
Q  583 gtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaatt 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||||    
T  24493672 gtaattctaatagtgaaggaagtgtagccacttcttgaagccaatt 24493717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #44
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 190 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 24493421 - 24493373
Alignment:
Q  190 atttcaccagagaaattattagagccaatagataacaaatataaggatg 238  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||||    
T  24493421 atttcacctgagaaattattagaggcaatagataagtaagataaggatg 24493373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 542
Target Start/End: Original strand, 2710256 - 2710779
Alignment:
Q  19 ttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatcaaatt 118  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||  ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2710256 ttttgtgtacatatccaagatggaaagtttggaccttgagttgtatttttcaatgaaagttcggagagttgaaaaggaggaacccaattcaaatcaaatt 2710355  T
Q  119 ggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattagagccaat 218  Q
    |||||| | || ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  2710356 ggaatacacaagttgaactactcacgtctagtgaatctaaactagagagtttggaaaaagttaaatttgaaatttcaccagaaaaatgattagtgccaat 2710455  T
Q  219 agataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgctagttgg 318  Q
    |  |||  | | ||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||| | | |||||| || |||| ||||| ||||||||||    
T  2710456 aagtaaggactttaaggatgagaggtttcctagagttgaaggaatgaaaccgcttaacatgttcatggaaagatcaaggtattgaatatatgctagttgg 2710555  T
Q  319 cctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcaccatata 418  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| || |||| ||||||||| |||  || |||||||| |||| |||| |||||| ||||| |||||||||| ||    
T  2710556 cctatttcatcttgaattggtccttgtagttggttattagaaagataaagttgtctcaaatttcgaagctttaacaagctagaaggtatctcaccatgta 2710655  T
Q  419 tattgctaccctcaaatct-aagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagag 517  Q
    ||||||||   | |||  | |||| ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||   |||||| |  ||||    
T  2710656 tattgcta-tatgaaaggtcaagatagttgatgtgtttggtgagattaaaaaacccatttggtaaaggagaggtgaagttgttccaagaaagttcaagag 2710754  T
Q  518 ttacaagtgaagacaaattcaaata 542  Q
    ||| |||||||||||||||||||||    
T  2710755 ttataagtgaagacaaattcaaata 2710779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 15535853 - 15535547
Alignment:
Q  19 ttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatcaaatt 118  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || ||| | || | |   |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15535853 ttttgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccttgatttgtattgcttaataaaaggtcaattagttgaaaaggaggaacccaatccaaataaaatt 15535754  T
Q  119 ggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattagagccaat 218  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||| || ||||||| ||||||||||| |||||    
T  15535753 ggaatacaaaatttgaattactcaagtctagtgaatctaaaccagagagtttggaaaaagttaattttgaatttgcaccagataaattattagatccaat 15535654  T
Q  219 agataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgctagttgg 318  Q
    ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  15535653 agataaggaatttaaggatgagaggtttcctagagttgaaggaatgaaagaacttaacatgttcctagaaagatcaagatattgaatatgtgctagttgg 15535554  T
Q  319 cctattt 325  Q
    |||||||    
T  15535553 cctattt 15535547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 321 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 15532369 - 15532042
Alignment:
Q  321 tatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcaccatatata 420  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||| || |||| |||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||  ||||    
T  15532369 tattttatctggaattgatccttgtagttggttattagagagatcaaggattctcaaattttgaagatttagcaaacttgaaggtatctcatcaagtata 15532270  T
Q  421 ttgctaccctcaaatct-aagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagtt 519  Q
    ||  |    | |||  | |||| | |||| || ||| |  |||||||| ||||||| |||||| |||  | ||||||||||   ||||||||  ||||||    
T  15532269 ttattttt-tgaaaggtcaagataattgagatatttggaaagattaaaaaacccatttggtaaatgatggctgaagttgttccaagaaagatcaagagtt 15532171  T
Q  520 acaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttcag-ttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactactt 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| | |||||||  ||| ||||||||||||||||||||| || || |||    
T  15532170 acaagtgaagacaaattcaaatactcgatagatgggaagttgttcagtttacagtcactcaaccttaaatctaatagtgaaggaagtgtactctctgctt 15532071  T
Q  619 gaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
    ||| ||| ||  |||||||||||||||||    
T  15532070 gaatccagttggtttccttatgaagatca 15532042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 578 - 646
Target Start/End: Original strand, 2710825 - 2710894
Alignment:
Q  578 caactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||  |||| ||||||||||||    
T  2710825 caattgtacttctaatagtgaaggaagtgtattcactatttgaagccaattggtttctttatgaagatca 2710894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0640 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: scaffold0640
Description:

Target: scaffold0640; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 13 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 5729 - 5085
Alignment:
Q  13 agtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaat 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||   || ||||| ||||||||||||||||||   |||||| ||   |  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5729 agtgacgtttgtgtatatatccaggctgaaaagtttgggccttgatttgtattggccaatgaaagggcatggagtcgaaaaggaggaacccaatccaaat 5630  T
Q  113 caaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattaga 212  Q
    ||||| | |||| || ||||||||||||||||| |||   |||||||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  5629 caaatcgaaatacaatatttgaattactcaagtatagttcatctaaactagagagtttggaaaaagttaaatttgaaatttcaccagagaaattattaga 5530  T
Q  213 gccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgct 312  Q
    |||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |||||||||  | | |||||| || | || ||||| ||||    
T  5529 gccagtagataaggaatgtaaggatgagaggtttcctagagttacaggaatgaaaccacctaacatgttgatggaaagatcaaggtgttgaatatttgct 5430  T
Q  313 agttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcac 412  Q
    ||||| |||||| ||| || || || ||| |||| || |||   ||| ||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |    
T  5429 agttgacctattccatgtgaaactgatccttgtagttggttttcagagagatcaagatgtctcaaattttgaaggtttagcatgctagaaggtatctcgc 5330  T
Q  413 catatatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatg 512  Q
    ||||||||||  |   | |||    ||||||| |||||||||| || |||||||| ||||||| |||||| |  ||||| ||||||||  |||||||||     
T  5329 catatatattattttgcgcaaggtcaagagaggtgatatctttggttagattaaaaaacccatttggtaaattggaggtaaagttgtttccagaaagata 5230  T
Q  513 gagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatgg---------gaagttgttcag-ttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaagga 602  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||         ||||||||| || ||||| | |||||  |||||||||||||||||||||    
T  5229 aagagttacaagtgaagacaaattgaaatactcaatagatggtttgatcatgaagttgtttagtttacagtaactcagttgtaattctaatagtgaagga 5130  T
Q  603 agtgtaatcactacttgaaaccaatt-atttccttatgaagatca 646  Q
    || ||| | ||| |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||    
T  5129 agggtacttactgcttgaagccagttggtttccttacgaagatca 5085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274 (Bit Score: 175; Significance: 7e-94; HSPs: 1)
Name: scaffold0274
Description:

Target: scaffold0274; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 13 - 499
Target Start/End: Original strand, 3247 - 3733
Alignment:
Q  13 agtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||   || ||||| ||||||||||||||||||    ||||| ||   |  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3247 agtgacttttgtgtatatatccaggctgaaaagtttgggccttgatttgtattgacaaatgaaagggcatggagtcgaaaaggaggaacccaatccaaat 3346  T
Q  113 caaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattaga 212  Q
    ||||| |||||| || ||||||||||||||||| |||   |||||||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  3347 caaatcggaatacaatatttgaattactcaagtatagttcatctaaactagagagtttggaaaaagttaaatttgaaatttcaccagagaaattattaga 3446  T
Q  213 gccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgct 312  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||  | | |||||| || | || ||||| ||||    
T  3447 gccaatagataaggaatgtaaggatgagaggtttcctagagttacaggaatgaaaccacttaacatgttgatggaaagatcaaggtgttgaatatttgct 3546  T
Q  313 agttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcac 412  Q
    ||||| |||||| ||| || || || ||| |||| || |||   ||| ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||    
T  3547 agttgacctattccatgtgaaactgatccttgtagttggttttcagagagatcaagatgtctcaaattttgaaggtttagcaagctacgaggtatctcac 3646  T
Q  413 catatatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgt 499  Q
    ||||||||||  |   | |||    ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  3647 catatatattattttgcgcaaggtcaagagaggtgatatctttggtgagattaaaaaacccatttggtaaattagaggtgaagttgt 3733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0648 (Bit Score: 172; Significance: 4e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0648
Description:

Target: scaffold0648; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 20 - 499
Target Start/End: Original strand, 3784 - 4263
Alignment:
Q  20 tttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaatcaaattg 119  Q
    ||||||||||||||||   || ||||| ||||||||||||||||||   |||||| ||   |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3784 tttgtgtatatatccaggctgaaaagtttgggccttgatttgtattggccaatgaaagggcatggagtcgaaaaggaggaacccaatccaaatcaaatcg 3883  T
Q  120 gaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattagagccaata 219  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||   |||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3884 gaatacaatatttgaattactcaagtatagttcatctaaactagagagtttggaaaaagttaaatttgaaatttcaccagagaaattattagagccaata 3983  T
Q  220 gataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgctagttggc 319  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||  | | |||||| || | || ||||| ||||||||| |    
T  3984 gataaggaatgtaaggatgagaggtttcctagagttacaggaatgaaaccacttaacatgttgatggaaagatcaaggtgttgaatatttgctagttgac 4083  T
Q  320 ctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaaggtttagcaagcttgaaggcatctcaccatatat 419  Q
    ||||| ||| || || || ||| |||| || |||   ||| ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||    
T  4084 ctattccatgtgaaactgatccttgtagttggttttcagagagatcaagatgtctcaaattttgaaggtttagcaagctacgaggtatctcaccatatat 4183  T
Q  420 attgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgt 499  Q
    |||  |   | |||    ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  4184 attattttgcgcaaggtcaagagaggtgatatctttggtgagattaaaaaacccatttggtaaattagaggtgaagttgt 4263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 133; Significance: 8e-69; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 7 - 255
Target Start/End: Original strand, 13666618 - 13666866
Alignment:
Q  7 actttcagtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaat 106  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||| | || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||    
T  13666618 acttgcagtgacttttgtgtgtatatccatgatggaaaatatgggccttgatttgtatttcgcactgacagataagagagttaaaaaggaggaacccaat 13666717  T
Q  107 ccaaatcaaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaatt 206  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||  ||| |  ||||||||||||| ||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||    
T  13666718 ccaaatcaaattggaatacaagctttgaattactcaagcatagtgtgtctaaactagagagtttagaaaaagttaaatttgaaatttcaccagagaaatt 13666817  T
Q  207 attagagccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagtt 255  Q
    |||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13666818 attagagctaatagataagtaatttaaggatgagaggtttcctagagtt 13666866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 457 - 646
Target Start/End: Original strand, 13666998 - 13667189
Alignment:
Q  457 gtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatggga 556  Q
    ||||||||||| ||| |||  ||||  |||||||||||||||||  |||||||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13666998 gtgagattaaaaaactcattaggtatatgagaggtgaagttgttttcagaaagatcaagagttaccagcgaagacaaattcaaatactcaagagatggga 13667097  T
Q  557 agttgttca-gttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaatta-tttccttatgaagatca 646  Q
    ||||||||| |||||||   |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||    
T  13667098 agttgttcaggttacaacctctcaaccgtaattctaattgtgaaggaagtgtattcactacttggagccaattagtttccttatgaagatca 13667189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 525 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 2509818 - 2509695
Alignment:
Q  525 tgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttc-agttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaac 623  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| | | | |||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |    
T  2509818 tgaagacaaattcaaatactctatagatgggaagttgttcaagttatagtcattcaaccttaactctaatagtgaaggaagtgtactcactacttgtacc 2509719  T
Q  624 caatt-atttccttatgaagatca 646  Q
    |||||  ||| |||||||||||||    
T  2509718 caattggttttcttatgaagatca 2509695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 525 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 2509933 - 2509838
Alignment:
Q  525 tgaagacaaattcaaatactcaacagatgggaagttgttc-agttacaatgactcaactgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttg 619  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| | | | |||||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2509933 tgaagacaaattcaaatactctatagatgggaagttgttcaagttatagtcattcaaccttaactctaatagtgaaggaagtgtactcactacttg 2509838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 13 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 8459874 - 8459550
Alignment:
Q  13 agtgacttttgtgtatatatccaacatggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacccaatccaaat 112  Q
    ||||| || |||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| |  |||  | |||  |   |||||||| |||||||||||||||||||    
T  8459874 agtgatttctgtgtataaatccaagatggaaagtttgggccttgatttatatgagccaaataaagtccacctagttgaaatggaggaacccaatccaaat 8459775  T
Q  113 caaattggaataaaaaatttgaattactcaagtctagcgaatctaaactagagaatttggaaaaagttgatttagaaatttcaccagagaaattattaga 212  Q
    | ||||| |||| || |||| || |||| ||||||||  || ||| |||| ||| ||||||||| |||   || |||||||||| |||||| ||||| ||    
T  8459774 cgaattgaaatacaatatttaaactacttaagtctagaaaacctagactatagagtttggaaaaggttctgtttgaaatttcactagagaagttatttga 8459675  T
Q  213 gccaatagataacaaatataaggatgagaggtttcctagagttaatggtatgaaaccacttaacatgttcctagcaagatccagatattcaatatgtgct 312  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||  | || ||||||||||||||||||||  | | |||||| || |||| ||||||||||    
T  8459674 gccaatagataaggaatataaggatgagaggtttccaagagtagaaggaatgaaaccacttaacatgtttttggaaagatcaaggtattgaatatgtgct 8459575  T
Q  313 agttggcctatttcatctggaattg 337  Q
    |||||||||||| |||  |||||||    
T  8459574 agttggcctattccatacggaattg 8459550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 288 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 8459527 - 8459161
Alignment:
Q  288 aagatccagatattcaatatgtgctagttggcctatttcatctggaattggtccctgtaatttgttactagaaagatcaaggagtttcaaattttgaagg 387  Q
    |||||| || |||| ||||||| |||||||||  ||| ||| |||||||| ||| |||| || ||||  ||| ||||||||| || |||||||| |||||    
T  8459527 aagatcaaggtatttaatatgttctagttggcggattccatttggaattgatccttgtagttggttataagagagatcaaggtgtctcaaatttggaagg 8459428  T
Q  388 tttagcaagcttgaaggcatctcaccatatatattgctaccctcaaatctaagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgag 487  Q
    | || |||||||||||||||||| |||||||||| || | ||  ||    |||| || |||||||||| || |||||||| |||||||  |||||  |||    
T  8459427 tataacaagcttgaaggcatctcgccatatatatggcaaaccgaaaggtcaagataggtgatatctttggtcagattaaaaaacccattaggtaaaggag 8459328  T
Q  488 aggtgaagttgttagcagaaagatggagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaacagatggg------aagttgttcag-ttacaatgactcaa 580  Q
    | |||||||||||   ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||      ||||||||||| ||||| | ||| ||    
T  8459327 atgtgaagttgttccaagaaagatcaagagttacaagtgaagacaaattcaaatactcaagagatgggttgataaagttgttcagtttacacttacttaa 8459228  T
Q  581 ctgtaattctaatagtgaaggaagtgtaatcactacttgaaaccaatta-tttccttatgaagatca 646  Q
     ||||| |||||||| |||| |||||||  |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  8459227 gtgtaactctaatagggaagaaagtgtagccactgcttgaagccaattagtttccttatgaagatca 8459161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2156 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold2156
Description:

Target: scaffold2156; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 438 - 554
Target Start/End: Original strand, 27 - 143
Alignment:
Q  438 aagagagttgatatctttcgtgagattaaacaacccatctggtaagtgagaggtgaagttgttagcagaaagatggagagttacaagtgaagacaaattc 537  Q
    ||||||| |||||||||| || |||||||| ||||||| |||||| |  ||||| ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  27 aagagaggtgatatctttggttagattaaaaaacccatttggtaaattggaggtaaagttgtttccagaaagataaagagttacaagtgaagacaaattg 126  T
Q  538 aaatactcaacagatgg 554  Q
    |||||||||| ||||||    
T  127 aaatactcaatagatgg 143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University