View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1391A-Insertion-7 (Length: 791)

Name: NF1391A-Insertion-7
Description: NF1391A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1391A-Insertion-7
NF1391A-Insertion-7
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-791)||(40513955-40514733)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 713; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 713; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 791
Target Start/End: Original strand, 40513955 - 40514733
Alignment:
Q  8 acaggaaagagcaatagagaataggatggaatctgctcccgttccaaattgggcatggcagctccaaagtccatataataatgggtcaactttgattcca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  40513955 acaggaaagagcaatagagaataggatggaatctgctcccgttccaaattgggcatggcagctccaaagtccatataataatgggtcaactttgattcta 40514054  T
Q  108 cctaatttctctgctgcagcatcatcaggattcccttcaacaacagctgcggatagtcaaattcattttccaaacataacatacctccaccctcattttc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40514055 cctaatttctctgctgcagcatcatcaggattcccttcaacaacagctgcggatagtcaaattcattttccaaacataacatacctccaccctcattttc 40514154  T
Q  208 ctacaccagtgactaactccagccccataccctctttctactgcaggagctaatgaagcatggctcctagggtataaagctacaattataaatctttaaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40514155 ctacaccagtgactaactccagccccataccctctttctactgcaggagctgatgaagcatggctcctagggtataaagctacaattataaatcttgaaa 40514254  T
Q  308 gacgtctagtctttgtatccaaggtttaggaatatgatcatcaaacttgtagggtataaaagtaggaatttaattgcttggttcaaatactagctttcac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40514255 gacgtctagtctttgtatccaaggtttaggaatatgatcatcaaacttgtagggtataaaagtaggaatttaattgcttggttcaaatactagctttcac 40514354  T
Q  408 catttgtcctttaaatattcctattttcttccttgtnnnnnnnnnnnnntccctgccgcaaggcatggtaaactctagatgcttttgcttttatgagatg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40514355 catttgtcctttaaatattcctattttcttccttgt---aaaaaaaaaatccctgccgcaaggcatggtaaactctagatgcttttgcttttatgagatg 40514451  T
Q  508 attctaatgaggaaaccatttccttcctttgttatcattttcactctccatgcatttcttactgaaaatatttgagatgatggtgtaagtaaatgtgatc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  40514452 attctaatgaggaaaccatttccttcctttgttatcattttcactctccatgcatttcttactgaaaatatttgagatgatg--gtaagtaaatgtgatc 40514549  T
Q  608 atttgaaaaatggatatcgtacagtgatacgcatgctaattaaatcaaattccaatattatttgtgggttatatgatcattttaagtgctgtttggttag 707  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40514550 atttgaaaaatggatttcgtacagtgatacgcatgctaattaaatcaaattccaatattatttgtgggttatatgatcattttaagtgctgtttggttag 40514649  T
Q  708 aatccactctatgtaagttattgccgacatatcacttcacaatatttggcattgacactcacggcacatggttattgttatatt 791  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40514650 aatccactctatgtaagttattgccgacatatcacttcacaatatttggcattgacactcacggcacatggttattgttatatt 40514733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University