View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1391_low_1 (Length: 796)

Name: NF1391_low_1
Description: NF1391
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1391_low_1
NF1391_low_1
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (102-788)||(43462461-43463147)
chr7 (229-776)||(43453034-43453581)
chr7 (104-221)||(43454318-43454432)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (274-716)||(24420746-24421188)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 635; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 635; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 102 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 43463147 - 43462461
Alignment:
Q  102 cttataacctcaggtgccatataataaggacttcctaccgcatcactaaatttttctcctgcaaaagaagattgttagtcacaaagactatatatgatca 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43463147 cttataacctcaggtgccatataataaggacttcctactgcatcactaaatttttctcctgcaatagaagattgttagtcacaaagactatatattatca 43463048  T
Q  202 ttacagtaccaatagtaggtttcaagaaatggttggagattggtataaattggagaaggggattatttccatacctggtttgaagaaactagacaatcca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43463047 ttacagtaccaatagtaggtttcaagaaatggttagagattggtataaattggagaaggggattatttccatacctggtttgaagaaactagacaatcca 43462948  T
Q  302 aaatcaattgctttaagagttgaatattcatgtccatcaacaaaaagaaaattttcaggcttaagatcacgatgcataactccacgtgagtgacaagtct 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43462947 aaatcaattgctttaagagttgaatcttcatgtccatcaacaaaaagaaaattttcaggcttaagatcacaatgcataactccacgtgagtgacaagtct 43462848  T
Q  402 caacaacactaacaatagttcttgcaagtttagcggccttttgttcggcgtagtaacctcttttcacaatcctatcaaacaactcacctcctttacataa 501  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43462847 caacaacactaacgatagttcttgcaagtttagcggccttttgttcggcgtagtaacctcttttcacaatcctatcaaacaactcacctcctttacataa 43462748  T
Q  502 ttccatgacaatataaacaacatcagaatcttcataaactccttttatacatatcacatttggactcccaaccaagtgatgcattatcttaatctccatc 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  43462747 ttccatgacaatataaacaacatcagaatcttcataaactccttttatacatatcacatttagactcccaaccaagtgatgcattatcttaatttccctc 43462648  T
Q  602 ctcacatcctctacatcatcatcttctaacaatttcacctttgggattaccttgcatgcataccttttcccggttgatttctccaaacaaagtgaagtag 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43462647 ctcacatcctctacatcatcatcttctaacaatttcacctttgggattaccttgcatgcatacgttttcccggttgatttctccaaacaaagtgaagtag 43462548  T
Q  702 ttccgaattccccttctccaagttcatctcctaactcatagtattccttaaaagaaccattgtttgacaacaaaattgattcatctc 788  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43462547 ttccaaattccccttctccaagttcatctcctaactcatagtattccttaaaagaaccattgtttgacaacaaaattgattcttctc 43462461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 229 - 776
Target Start/End: Complemental strand, 43453581 - 43453034
Alignment:
Q  229 aatggttggagattggtataaattggagaaggggattatttccatacctggtttgaagaaactagacaatccaaaatcaattgctttaagagttgaatat 328  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||  ||||||| |||| |    
T  43453581 aatggttagagattggtataatttggagaaggggattatttccaaacctggtttgaagaaaatggacagtccaaaatcaattgccataagagtggaatct 43453482  T
Q  329 tcatgtccatcaacaaaaagaaaattttcaggcttaagatcacgatgcataactccacgtgagtgacaagtctcaacaacactaacaatagttcttgcaa 428  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |    
T  43453481 tcatctccatcaacaaaaaggaaattttcaggcttaagatcacgatgcataactccacgtgagtgacaagcctcaacaacattaacaatcgttcttgcga 43453382  T
Q  429 gtttagcggccttttgttcggcgtagtaacctcttttcacaatcctatcaaacaactcacctcctttacataattccatgacaatataaacaacatcaga 528  Q
    ||||||| ||||||   |||| ||| |  |  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  | |     
T  43453381 gtttagcagcctttctctcggtgtaatgtctcctttccacaatcctgtcaaacaactcacctccttcacataattccattacaatataaacaacgaccgg 43453282  T
Q  529 atcttcataaactccttttatacatatcacatttggactcccaaccaagtgatgcattatcttaatctccatcctcacatcctctacatcatcatcttct 628  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| |||||  |||       
T  43453281 atcttcataagctccttttattgatatcacatttggaatcccaactaagtgatgcattatttcaatctccctcctcacatcctctatatcattctctcta 43453182  T
Q  629 aacaatttcacctttgggattaccttgcatgcataccttttcccggttgatttctccaaacaaagtgaagtagttccgaattccccttctccaagttcat 728  Q
    |||||||| |||||||| ||| | |||||||| ||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||  ||||||||||    
T  43453181 aacaattttacctttggtattgctttgcatgcgtatgtcttcctggttgatttctccaaacaaagtgaagtagttccaaactttcctttcccaagttcat 43453082  T
Q  729 ctcctaactcatagtattccttaaaagaaccattgtttgacaacaaaa 776  Q
    ||||||||| |||  ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  43453081 ctcctaacttataaaattccctaaaaggaccattgtttgtcaacaaaa 43453034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 104 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 43454432 - 43454318
Alignment:
Q  104 tataacctcaggtgccatataataaggacttcctaccgcatcactaaatttttctcctgcaaaagaagattgttagtcacaaagactatatatgatcatt 203  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| |||||| ||   ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43454432 tataacctcaggtgcaacataataagcacttccgacaaaatcactaaatttttcccctgtaaaagaagattgttagtaacaaagactatatatgatcatt 43454333  T
Q  204 acagtaccaatagtaggt 221  Q
    ||   |||||||||||||    
T  43454332 ac---accaatagtaggt 43454318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 51; Significance: 8e-20; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 274 - 716
Target Start/End: Original strand, 24420746 - 24421188
Alignment:
Q  274 acctggtttgaagaaactagacaatccaaaatcaattgctttaagagttgaatattcatgtccatcaacaaaaagaaaattttcaggcttaagatcacga 373  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||||||| || ||||| ||||| |  || | ||| ||   || ||||||||||||||| || ||||||||||| |||    
T  24420746 acctggtttgaaaaaacaagataatccaaagtcgattgccttaaggggagattcttcctgctgattaacaaaaagaaaattctccggcttaagatcgcga 24420845  T
Q  374 tgcataactccacgtgagtgacaagtctcaacaacactaacaatagttcttgcaagtttagcggccttttgttcggcgtagtaacctcttttcacaatcc 473  Q
    ||||| || ||| | || ||||| | || || ||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||  ||| |  || |  ||||||| ||||||||    
T  24420846 tgcattacaccaagagaatgacatgactgaataacaccaacaatagtccttgcaagtttcgccgcctttctttctgtataatgccctctttccacaatcc 24420945  T
Q  474 tatcaaacaactcacctcctttacataattccatgacaatataaacaacatcagaatcttcataaactccttttatacatatcacatttggactcccaac 573  Q
    ||||||| |  ||||| |||  ||| || ||||| |||| || |||| || ||| ||| ||| || || | || ||  | |||||||| | ||| ||| |    
T  24420946 tatcaaaaagttcaccacctgcacacaactccataacaacatgaacagcaacagcatcctcagaagcttccttaatcgaaatcacattcgaactgccagc 24421045  T
Q  574 caagtgatgcattatcttaatctccatcctcacatcctctacatcatcatcttctaacaatttcacctttgggattaccttgcatgcataccttttcccg 673  Q
    |||||||||||| |||| ||||||  |||||||||| || ||||| || ||    ||||| |||  |||   ||||  |||||||||||||  ||||||     
T  24421046 caagtgatgcataatctgaatctctctcctcacatcttccacatcctcttcagtcaacaacttcctcttcatgattgacttgcatgcatactctttccca 24421145  T
Q  674 gttgatttctccaaacaaagtgaagtagttccgaattcccctt 716  Q
    || |||||||||| ||||||  | |||||||| |||| |||||    
T  24421146 gtagatttctccacacaaaggaatgtagttccaaattgccctt 24421188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University