View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13925_high_1 (Length: 777)

Name: NF13925_high_1
Description: NF13925
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13925_high_1
NF13925_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-759)||(52795660-52796416)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 658; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 658; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 759
Target Start/End: Original strand, 52795660 - 52796416
Alignment:
Q  1 taaagagagacggaaataagaaaaatttataccatctttatttgtagagatagatattgacatctatttnnnnnnntatatatgattcatactnnnnnnn 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||        ||||||||||||||||           
T  52795660 taaaaagagacggaaataagaaaaatttgtaccatctttatttgtagagaccgatattgacatctatttaaaaaaa-atatatgattcatactaaaaaaa 52795758  T
Q  101 nttacattagtgagagaaaacttcataaaattttgtgacaaatgaattagagagtaacttcattttttcatcattaatgttacttatttcagtatatgtt 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52795759 attacattagtgagagaaaacttcataaaattttgtgacaaatgaatcagagagtaacttcattttttcatcattaatgttacttatttcagtatatgtt 52795858  T
Q  201 gacagcaattgatccatgtaatcaacattgattgataagataattgaggtttggttaaattttgcaaagtatgcacatattttagagtataaaaaatcat 300  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  52795859 gacagcaactgatccatgtaatcaacat-gattgataagataattgaggtttggttaaattttgcaaagtatgcacatattttagagtataaaaaaacat 52795957  T
Q  301 tttttgggtaaatattatacatattaaataatattccccattggctgatatagatgattttgtttggtggtgccaggaagcaattatataagaaggaaag 400  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52795958 tttttgggtaaatattatacatatgaaataatattccccattggctgatatagatgattttgtttggtggtgccaggaagcaattatataagaaggaaag 52796057  T
Q  401 gtgccctataactaaatcaatataatcattagcagacgaagtaaatatggaatattacggggttgtgggtttggtactagccgttttggtatggatgtgg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  52796058 gtgccctataactaaatcaatataatcattagcagacgaagtaaatatggaatattacggggttgtgggtttggtactagccgttttggtatggatttgg 52796157  T
Q  501 ttggcaatggtgatgaaacatataagagtgaaacttggtcatcagcttccacctggaccaagatgttggccagtgattggcaacattttccagctaggtt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52796158 ttggcaatggtgatgaaacatataagagtgaaacttggtcatcagcttccacctggaccaagatgttggccagtggttggcaacattttccagctaggtt 52796257  T
Q  601 tgtcaccaccacacgagtcctttacaatactgtctcgtagacatggtcctatcatgaccctttggctaggttccatgtgcaccgtagttgtctcttcctg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52796258 tgtcaccaccacacgagtcctttacaatactgtctcgtagacatggtcctatcatgaccctttggctaggttccatgtgcaccgtagttgtctcttcctg 52796357  T
Q  701 tgaagcagcccgtgacatgttcaaaaacaacgatgcggctcttgcaggaaggaaggttt 759  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52796358 tgaagcagcccgtgacatgttcaaaaacaacgatgcggctcttgcaggaaggaaggttt 52796416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University