View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13925_low_23 (Length: 305)

Name: NF13925_low_23
Description: NF13925
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13925_low_23
NF13925_low_23
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (1-300)||(28865173-28865472)
chr8 (10-300)||(15329086-15329376)
chr8 (10-300)||(15509455-15509745)
chr8 (1-290)||(14726450-14726739)
chr8 (1-290)||(30648021-30648310)
chr8 (1-290)||(26088314-26088603)
chr8 (1-264)||(29551936-29552199)
chr8 (1-110)||(27712213-27712322)
chr8 (20-107)||(31075937-31076024)
chr8 (1-107)||(31040728-31040834)
chr8 (2-110)||(24508288-24508396)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-300)||(6612125-6612424)
chr7 (1-255)||(17293999-17294253)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-255)||(26087387-26087641)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-266)||(4818958-4819223)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 300
Target Start/End: Original strand, 28865173 - 28865472
Alignment:
Q  1 gaaactcctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28865173 gaaactcctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttccttttgccactgagattatgacgttgaaaccttcgtttgccttaaagctaaatccgcaag 28865272  T
Q  101 gattcagccccatccttctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtaccgctttgtagacatcaacaaagaccttgctagagttataggacgaga 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  28865273 gattcagccccatccatctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtatcgctttgtaaaaatcaacaaagaccttgttagagttagaggacgaga 28865372  T
Q  201 cgacttaactcctcttcattttgcaagccaaattggtgacgttgatcttttagctcactttctcttattgtgtccagaatccattgaatatcggactgtg 300  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  28865373 cggcttaactcctcttcattttgcaagccaaattggtgaggttgatcttttagctcactttctcttattgtgtccagaatccattgaagattggactgtg 28865472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 10 - 300
Target Start/End: Original strand, 15329086 - 15329376
Alignment:
Q  10 ttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaaggattcagcc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15329086 ttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcattttgccactgagattatgacgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaaggattcagcc 15329185  T
Q  110 ccatccttctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtaccgctttgtagacatcaacaaagaccttgctagagttataggacgagacgacttaac 209  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  15329186 ccatccatctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtatcgctttgtaaaaatcaacaaagaccttgttagagttataggacgagacggcttaac 15329285  T
Q  210 tcctcttcattttgcaagccaaattggtgacgttgatcttttagctcactttctcttattgtgtccagaatccattgaatatcggactgtg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  15329286 tcctcttcattttgcaagccaaattggtgaggttgatcttttagctcactttctcttctcgtgtccagaatccattgaagattggactgtg 15329376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 10 - 300
Target Start/End: Original strand, 15509455 - 15509745
Alignment:
Q  10 ttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaaggattcagcc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15509455 ttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcattttgccactgagattatgacgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaaggattcagcc 15509554  T
Q  110 ccatccttctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtaccgctttgtagacatcaacaaagaccttgctagagttataggacgagacgacttaac 209  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  15509555 ccatccatctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtatcgctttgtaaaaatcaacaaagaccttgttagagttataggacgagacggcttaac 15509654  T
Q  210 tcctcttcattttgcaagccaaattggtgacgttgatcttttagctcactttctcttattgtgtccagaatccattgaatatcggactgtg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  15509655 tcctcttcattttgcaagccaaattggtgaggttgatcttttagctcactttctcttctcgtgtccagaatccattgaagattggactgtg 15509745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 14726450 - 14726739
Alignment:
Q  1 gaaactcctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaag 100  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || | ||||||||||||  | ||||  || |||||||| |||||||  |||||| ||| |||||    
T  14726450 gaaactcctttacatactgctgcatctatgggtcatctccggtttgccactgaagttatgaatttaaaaccttcatttgcttggaagctagatctgcaag 14726549  T
Q  101 gattcagccccatccttctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtaccgctttgtagacatcaacaaagaccttgctagagttataggacgaga 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||  |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  14726550 gattcagccccatccatctcgctttgcaaaacaaccaaaaacctatggtgtatcgctttgtggacatcaataaagaccttgttagagttaaaggaagaga 14726649  T
Q  201 cgacttaactcctcttcattttgcaagccaaattggtgacgttgatcttttagctcactttctcttattgtgtccagaatccattgaata 290  Q
     | |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14726650 aggcttaactcctcttcatttcgcaagtcaaaatggtgaggttgatcttttagtttgctttctcttattgtgtccggaatccattgaata 14726739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 30648021 - 30648310
Alignment:
Q  1 gaaactcctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaag 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  || | ||||||| ||| || ||||  ||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||    
T  30648021 gaaactcctttacatattgctgcatccatgggtcatattgactttgccattgaaattatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagttaaatccacaag 30648120  T
Q  101 gattcagccccatccttctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtaccgctttgtagacatcaacaaagaccttgctagagttataggacgaga 200  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||  || ||||||  |||||||| | ||||||   |||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  30648121 gattcagccccatccatctcgcaatgcaaaagaacaaaaaacgtatggtgtatcactttgtgagcatcaataaagaccttgttagagttagaggaagaga 30648220  T
Q  201 cgacttaactcctcttcattttgcaagccaaattggtgacgttgatcttttagctcactttctcttattgtgtccagaatccattgaata 290  Q
     | | |||||||||||||||||||| | |||| |||||| ||| |  | |||||| ||||||||   |||||||| ||||| ||||||||    
T  30648221 aggcataactcctcttcattttgcatgtcaaaatggtgaggttcaaatgttagcttactttctccgtttgtgtccggaatcaattgaata 30648310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 26088314 - 26088603
Alignment:
Q  1 gaaactcctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaag 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  | | |||||||| ||| || ||||  || |||||||| ||||| |  |||||||| |||||||    
T  26088314 gaaactcctttacatattgctgcatctttgggtcatatgccgtttgccaatgaaattatgaatttaaaaccttcatttgcatggaagctaaacccgcaag 26088413  T
Q  101 gattcagccccatccttctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtaccgctttgtagacatcaacaaagaccttgctagagttataggacgaga 200  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||    |||||||  |  ||| |  ||| ||| |||||||||| |||| ||| |||| ||||    
T  26088414 gattcagtcccatccatctcgctatgcaaaacggccaaaagagtatggtgtttcattttctgcacaacaataaagaccttgttagaattaaaggaagaga 26088513  T
Q  201 cgacttaactcctcttcattttgcaagccaaattggtgacgttgatcttttagctcactttctcttattgtgtccagaatccattgaata 290  Q
     |   |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||   |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  26088514 aggtataactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttaatcatttagaatactttctcttcttgtgtccggaatctattgaata 26088603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 29551936 - 29552199
Alignment:
Q  1 gaaactcctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaag 100  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| ||  ||||| ||||  |||||||  ||| | ||||  ||||||||||| || ||||| |||||||||  |||||    
T  29551936 gaaactcctttgcatatcgccgcatttaacggtcatcttccttttgccatcgaggttatgaatttgaaaccttcattagctttcaagctaaataagcaag 29552035  T
Q  101 gattcagccccatccttctcgctatgcaaaatgaccaaaa-acagatggtgtaccgctttgtagacatcaacaaagaccttgctagagttataggacgag 199  Q
    |||||||||| ||||  || || ||||||||  |  |||| ||| |||||||   | ||||| ||||| ||||| |||||||  ||||||| |||    |    
T  29552036 gattcagccctatccaccttgcgatgcaaaagaaagaaaagaca-atggtgttgtgttttgttgacatgaacaaggaccttgtcagagttaaagggaagg 29552134  T
Q  200 acgacttaactcctcttcattttgcaagccaaattggtgacgttgatcttttagctcactttctc 264  Q
    | | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||    
T  29552135 aaggcttgactcctcttcattatgcaagccaaattggagaggttgaccttttagcttactttctc 29552199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 110
Target Start/End: Original strand, 27712213 - 27712322
Alignment:
Q  1 gaaactcctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaag 100  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||| || ||| || || | |||||||| ||| || ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27712213 gaaacccctttacacatcgccgcatttaagggccatctccggtttgccattgaaattatgaatttgaaaccttcgtttgctttgaagcttaatccgcaag 27712312  T
Q  101 gattcagccc 110  Q
    ||||||||||    
T  27712313 gattcagccc 27712322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 31076024 - 31075937
Alignment:
Q  20 ctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaaggattcag 107  Q
    ||||||||||||| ||  |||| ||||||||||| || ||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||| |||||    
T  31076024 ctgcatctatgggacatgttcaatttgccactgaaattatgagattgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcaacaagggttcag 31075937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 31040834 - 31040728
Alignment:
Q  1 gaaactcctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaag 100  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||  |||| ||||||||||| || ||||  ||||||||||| ||||| |  ||||||||||  ||||    
T  31040834 gaaactcctctgcatatagctgcatctatgggacatgttcaatttgccactgaaattatgagattgaaaccttcatttgcatggaagctaaatcaacaag 31040735  T
Q  101 gattcag 107  Q
    | |||||    
T  31040734 ggttcag 31040728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 110
Target Start/End: Original strand, 24508288 - 24508396
Alignment:
Q  2 aaactcctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaagg 101  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| |   ||| ||||| | |||||| | |||| | ||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||||    
T  24508288 aaactccattacatatcgcagcaacacgggggcacctcccgtttgcgattgaggttatgaatttgaaaccatcgtttgctttgaagctaaatcaggaagg 24508387  T
Q  102 attcagccc 110  Q
    | |||||||    
T  24508388 actcagccc 24508396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 116; Significance: 5e-59; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 6612424 - 6612125
Alignment:
Q  1 gaaactcctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaag 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||  ||||||||| || || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||    
T  6612424 gaaactcctttacatatatctgcagatatgggtcatctccaatttgctactgaaattatgatgttgaaaccttcatttgcttggaagctaaacccgcaag 6612325  T
Q  101 gattcagccccatccttctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtaccgctttgtagacatcaacaaagaccttgctagagttataggacgaga 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||   |||| ||  |||| ||  ||||||| |||||||||| |||| ||  ||||  |||    
T  6612324 gattcagccccatccatctcgctatgctaaacgaccaaaaacgtctggtttattgcttcgtgaacatcaataaagaccttgttagaattcaaggaaaaga 6612225  T
Q  201 cgacttaactcctcttcattttgcaagccaaattggtgacgttgatcttttagctcactttctcttattgtgtccagaatccattgaatatcggactgtg 300  Q
     | | |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||   |||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  6612224 agccataactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatttctcaagttgtgtccggaatccattgaatatttgactgtg 6612125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 17294253 - 17293999
Alignment:
Q  1 gaaactcctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaag 100  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| ||| || |||| ||||||||  ||| | ||||  ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  17294253 gaaactcctttgcatatcgccgcatctagggggcatcttcggtttgccatcgaggttatgaatttgaaaccttcatttgcttggaagctaaatccgcaag 17294154  T
Q  101 gattcagccccatccttctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtaccgctttgtagacatcaacaaagaccttgctagagttataggacgaga 200  Q
    ||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||   |||||| |  |||||||| ||||| || |||||||||| | |||||  |||  ||||    
T  17294153 gattctgccccattcatctcgctatgcaaaatgaccaaaagaggatggtttctcgctttgttgacattaataaagaccttgttcgagttcaagggagaga 17294054  T
Q  201 cgacttaactcctcttcattttgcaagccaaattggtgacgttgatcttttagct 255  Q
     | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  17294053 aggcttaactcctcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgaacttttagct 17293999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 26087641 - 26087387
Alignment:
Q  1 gaaactcctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaag 100  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||  ||||||||||| | |||||  || ||||||| |||||    
T  26087641 gaaactcctttacatacggctgcatctatgggtcatcttcaatttgccactgaaattatgaatttgaaaccttcatatgcttggaaactaaatcagcaag 26087542  T
Q  101 gattcagccccatccttctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtaccgctttgtagacatcaacaaagaccttgctagagttataggacgaga 200  Q
    ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||     | ||||  |  |||||  ||||||| ||||| |||| |||||||  |||| ||||    
T  26087541 gattcagtcccatccatcttgctatgcaaaatggccaaaagagtttcgtgtctcaatttgtgaacatcaataaagaacttgttagagttcaaggaagaga 26087442  T
Q  201 cgacttaactcctcttcattttgcaagccaaattggtgacgttgatcttttagct 255  Q
     | ||||||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||    
T  26087441 aggcttaactgctcttcattttgcaagtcaaattggagaggttgaccttttagct 26087387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 76; Significance: 4e-35; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Original strand, 4818958 - 4819223
Alignment:
Q  1 gaaactcctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcagtttgccactgagataatgatgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaag 100  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || |||||| | ||||| |||| ||| |||||||| |||||||  ||||||||||  ||||    
T  4818958 gaaactcctttgcatattgctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaag 4819057  T
Q  101 gattcagccccatccttctcgctatgcaaaatgaccaaaaacag-atggtgtac-cgctttgtagacatcaacaaagaccttgctagagttataggacga 198  Q
    ||||||| || |||| ||| |||||||||||  ||| ||||||| ||||| ||| ||||||||  || |||| || ||||||| |||||||  |||| ||    
T  4819058 gattcagtcctatccatcttgctatgcaaaacaacc-aaaacagtatggt-tactcgctttgtgaacttcaataaggaccttgttagagttgaaggaaga 4819155  T
Q  199 gacgacttaactcctcttcattttgcaagccaaattggtgacgttgatcttttagctcactttctctt 266  Q
     | | | |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||| | ||||||||    
T  4819156 aatggcataactcctcttcattttgcaagtcaaattggcgaggttgaacttttagctaattttctctt 4819223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University