View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13926_low_38 (Length: 332)

Name: NF13926_low_38
Description: NF13926
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13926_low_38
NF13926_low_38
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (16-315)||(29116244-29116543)
chr7 (16-219)||(29073136-29073339)
chr7 (16-219)||(29102099-29102302)
chr7 (28-219)||(3619074-3619265)
chr7 (22-219)||(28956870-28957067)
chr7 (25-217)||(3617388-3617580)
chr7 (25-217)||(29071309-29071501)
chr7 (25-217)||(29058081-29058273)
chr7 (25-219)||(29068845-29069039)
chr7 (25-216)||(29078043-29078234)
chr7 (25-222)||(29110788-29110985)
chr7 (34-140)||(29098393-29098499)
chr7 (93-217)||(29066885-29067009)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (16-219)||(11849829-11850032)
chr4 (25-217)||(11851671-11851863)
chr4 (25-219)||(11854385-11854579)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (37-206)||(24241018-24241181)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 16 - 315
Target Start/End: Original strand, 29116244 - 29116543
Alignment:
Q  16 attaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctcctt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29116244 attaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaacatgattatcaacctcctt 29116343  T
Q  116 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29116344 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtctgatgcttg 29116443  T
Q  216 atattatgtgcattcaaaaaacagtatgtgtttggtgtagtacagtaagtgttttggtgagttttatctgtttttcgtcttttatgtaagatatatatat 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29116444 atattatgtgcattcaaaaaacagtatgtgtttggtgtagtacagtaagtgttttggtgagttttatctgtttttcgtcttttatgtatgatatatatat 29116543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Original strand, 29073136 - 29073339
Alignment:
Q  16 attaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctcctt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29073136 attaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaacatgattatcaacctcctt 29073235  T
Q  116 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29073236 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttg 29073335  T
Q  216 atat 219  Q
    ||||    
T  29073336 atat 29073339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Original strand, 29102099 - 29102302
Alignment:
Q  16 attaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctcctt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29102099 attaagattagtgcgaacggaagaagcgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaacatgattatcaacctcctt 29102198  T
Q  116 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29102199 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtctgatgcttg 29102298  T
Q  216 atat 219  Q
    ||||    
T  29102299 atat 29102302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 3619074 - 3619265
Alignment:
Q  28 gcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaacaaca 127  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||| || || |     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3619074 gcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaacaaca 3619173  T
Q  128 tagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttgatat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  3619174 tagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttgatat 3619265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 22 - 219
Target Start/End: Original strand, 28956870 - 28957067
Alignment:
Q  22 attagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctccttgtaaca 121  Q
    ||||||||||| || | ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |   ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||   |    
T  28956870 attagtgcgaatgggaaaagtgtggtggccatggttgttgatgagtgtgactccacaaagggatgtgatgaagaacatgattaccaacctccttgtccaa 28956969  T
Q  122 acaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttgatat 219  Q
    ||||||| |||||||| || || ||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  28956970 acaacattgttgatgcttccaaggctgtgtgggaagctttaggtgtgcctcaagatcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttgatat 28957067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 25 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 3617580 - 3617388
Alignment:
Q  25 agtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaaca 124  Q
    ||||| || |||| |||||| |||||||  || |||||||||||||| || | |   ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||    
T  3617580 agtgccaatggaaaaagtgtagtggccacggtggttgatgagtgtgactctacaatgggatgtgatgaagaacatgattaccaacctccttgtccaaaca 3617481  T
Q  125 acatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttgat 217  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||    
T  3617480 acattgttgatgcttctaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggcctagatattacatggtcagatgcttgat 3617388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 25 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 29071501 - 29071309
Alignment:
Q  25 agtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaaca 124  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| || |     ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||    
T  29071501 agtgccaatggaagaagtgtagtggccactgtggttgatgagtgtgactctacgatgggatgtgatgaagaacatgattaccaacctccttgtccaaaca 29071402  T
Q  125 acatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttgat 217  Q
    |||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||    
T  29071401 acattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttgat 29071309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 25 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 29058273 - 29058081
Alignment:
Q  25 agtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaaca 124  Q
    ||||| || |||| |||||| |||||||  || |||||||||||||| || | |   ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||    ||||    
T  29058273 agtgccaatggaaaaagtgtagtggccacggtggttgatgagtgtgactcaacaatgggatgtgatgaagaacatgattatcaacctccttgcccaaaca 29058174  T
Q  125 acatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttgat 217  Q
    |||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||    
T  29058173 acattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttgat 29058081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 25 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 29069039 - 29068845
Alignment:
Q  25 agtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaaca 124  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||   ||||| ||| || |||||||||||||||||||||||   || |    
T  29069039 agtgcgaatggaaaaagtgtggtggccatggttgttgatgagtgtgactccagaaagggatgtgatgaacaacatgattaccaacctccttgtccaaata 29068940  T
Q  125 acatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttgatat 219  Q
    |||| |||||||| || || |||||||||||||| ||   ||||||| | || |||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  29068939 acattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagctttaaatgtgcctaaagagcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttgatat 29068845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 25 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 29078234 - 29078043
Alignment:
Q  25 agtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaaca 124  Q
    ||||| || ||||||| ||| |||||||  ||||| || ||||| ||||| |||   ||||| ||| || | ||||| |||||||| |||||||  ||||    
T  29078234 agtgctaatggaagaaatgtcgtggccatggttgtcgacgagtgcgattctagaaagggatgtgatgaacagcatgactaccaaccaccttgtacaaaca 29078135  T
Q  125 acatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttga 216  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||| | || |||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||    
T  29078134 acattgttgatgcttccaaagctgtgtggaaagctttaggtgtgcctaaagaacaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttga 29078043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 25 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 29110985 - 29110788
Alignment:
Q  25 agtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaaca 124  Q
    ||||| || ||||||| ||| |||||||  |||||||| ||||| ||||| |||   ||||| ||| || | ||||| |||||||| || |||   ||||    
T  29110985 agtgctaatggaagaaatgtcgtggccatggttgttgacgagtgcgattctagaaagggatgtgatgaacagcatgactaccaaccaccgtgtccaaaca 29110886  T
Q  125 acatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttgatattat 222  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||| | || |||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||||||    
T  29110885 acattgttgatgcttccaaagctgtgtggaaagctttaggtgtgcctaaagaacaatggggtggtcttgatattacatggtcagatgcttgatattat 29110788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 140
Target Start/End: Original strand, 29098393 - 29098499
Alignment:
Q  34 ggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaacaacatagttg 133  Q
    |||||||||||||||||||  || || |||||| |||| || | |    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  29098393 ggaagaagtgtggtggccatggtagtcgatgagcgtgactctacaatgagatgtgataaagatcatgattaccaacctccttgtcgcaacaacatagttg 29098492  T
Q  134 atgcctc 140  Q
    |||||||    
T  29098493 atgcctc 29098499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 93 - 217
Target Start/End: Original strand, 29066885 - 29067009
Alignment:
Q  93 agaacatgattaccaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattg 192  Q
    ||||||||| || |||||||| |||  ||| ||||| |||||||| || |  ||||||||||||||||| ||||| ||     ||||||||||||| |||    
T  29066885 agaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgcttcaatggctgtgtggaaagccttaggtgtcccaaggaatcaatggggtgggttg 29066984  T
Q  193 gacattacatggtccgatgcttgat 217  Q
    || ||||||||||| ||||||||||    
T  29066985 gatattacatggtctgatgcttgat 29067009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 11850032 - 11849829
Alignment:
Q  16 attaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctcctt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11850032 attaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaacatgattatcaacctcctt 11849933  T
Q  116 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11849932 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtctgatgcttg 11849833  T
Q  216 atat 219  Q
    ||||    
T  11849832 atat 11849829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 25 - 217
Target Start/End: Original strand, 11851671 - 11851863
Alignment:
Q  25 agtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaaca 124  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||  || |||||||||||||| || |     ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||    
T  11851671 agtgccaatggaagaagtgtggtggccactgtggttgatgagtgtgactctacgatgggatgtgatgaagaacatgattaccaacctccttgtccaaaca 11851770  T
Q  125 acatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttgat 217  Q
    |||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||    
T  11851771 acattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttgat 11851863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 25 - 219
Target Start/End: Original strand, 11854385 - 11854579
Alignment:
Q  25 agtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaaca 124  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||   ||||| ||| || |||||||||||||||||||||||   || |    
T  11854385 agtgcgaatggaaaaagtgtggtggccatggttgttgatgagtgtgactccagaaagggatgtgatgaacaacatgattaccaacctccttgtccaaata 11854484  T
Q  125 acatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttgatat 219  Q
    |||| |||||||| || || |||||||||||||| ||   ||||||| | || |||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  11854485 acattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagctttaaatgtgcctaaagagcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttgatat 11854579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 37 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 24241181 - 24241018
Alignment:
Q  37 agaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattccagagcaggatgcgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaacaacatagttgatg 136  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||| | || |   ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||      ||||| ||||| |    
T  24241181 agaagtgtggtggccatgtttgttgatgagtgtgacttcacaatgggatgtgatgaagagcatgattaccagcctccttgt------aacattgttgagg 24241088  T
Q  137 cctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtc 206  Q
    | || || | ||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| | | || |||||||||||    
T  24241087 cttccaaggttgtatggaaagccttaggtgtgcctcatgacaaatggggtgaacttgaaattacatggtc 24241018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University