View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF13931_low_3 (Length: 448)
Name: NF13931_low_3
Description: NF13931
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13931_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 438
Target Start/End: Original strand, 34763620 - 34764042
Alignment:
| Q |
16 |
cactattagccatgaccttaagaaccttaaggatttctcggctcctcaatggcctcaatttgttaacagtggtggcgttgagcaagtcgttcatgataag |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34763620 |
cactattagccatgaccttaagaaccttaaggatttctcggctcctcaatggcctcaatttgttaacagtggtggcgttgagcaagtcgttcatgataag |
34763719 |
T |
|
| Q |
116 |
ctttctaataaacttccaataaggtgcaaatggaaccatagcaacagaattatcataggtaagacgactaatagcagaggtttggaatcttgtgttaaag |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34763720 |
ctttctaataaacttccaataaggtgcaaatggaaccatagcaacagatttttcataggtaagacgactaatagcagaggtttggaatcttgtgttaaag |
34763819 |
T |
|
| Q |
216 |
gaagtagcttcatgggtttgaaggaaaagtttaaacaagtcaggagtggatgcaacaacggtaggcatggaaccaaagtaaagagtgtacaaaggtccat |
315 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34763820 |
gaagtagcttcatgggtttgaaggaaaagtttaaacaagtcaggagtggatgcaacaacggtaggcatggaaccaaagtaaagagtgtacaaaggtccat |
34763919 |
T |
|
| Q |
316 |
aacgctttcctaacttgataagagtgtggtgaagaagtgggttatccaaaagatgaagatgacctatgaatggaagacgtggtttagggcttggtggatt |
415 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34763920 |
aacgctttcctaacttgataagagtgtggtgaagaagtgggttatccaaaagatgaagatgaccaatgaaaggaagacgtggtttagggcttggtggatt |
34764019 |
T |
|
| Q |
416 |
tggaagatggcgaagtgcctttg |
438 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34764020 |
tggaagatggcgaagtgcctttg |
34764042 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 34780492 - 34780070
Alignment:
| Q |
16 |
cactattagccatgaccttaagaaccttaaggatttctcggctcctcaatggcctcaatttgttaacagtggtggcgttgagcaagtcgttcatgataag |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34780492 |
cactattagccatgaccttaagaaccttaaggatttctcggctcctcaatggcctcaatttgttaacagtggtggcgttgagcaagtcgttcatgataag |
34780393 |
T |
|
| Q |
116 |
ctttctaataaacttccaataaggtgcaaatggaaccatagcaacagaattatcataggtaagacgactaatagcagaggtttggaatcttgtgttaaag |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34780392 |
ctttctaataaacttccaataaggtgcaaatggaaccatagcaacagaattatcataggtaagacgactaatagcagaggtttggaatcttgtgttaaag |
34780293 |
T |
|
| Q |
216 |
gaagtagcttcatgggtttgaaggaaaagtttaaacaagtcaggagtggatgcaacaacggtaggcatggaaccaaagtaaagagtgtacaaaggtccat |
315 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
34780292 |
gaagtagcttcatgggtttgaaggaaaagtttaaacaagtcaggagtggatgcaacaacggtaggcatggaaccaaagtaaagagtgtacaaagggccat |
34780193 |
T |
|
| Q |
316 |
aacgctttcctaacttgataagagtgtggtgaagaagtgggttatccaaaagatgaagatgacctatgaatggaagacgtggtttagggcttggtggatt |
415 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34780192 |
aacgctttcctaacttgataagagtgtggtgaagaagtgggttatccaaaaggtgaagatgacctatgaatggaagacgtggtttagggcttggtggatt |
34780093 |
T |
|
| Q |
416 |
tggaagatggcgaagtgcctttg |
438 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
34780092 |
tggaaggtggcgaagagcctttg |
34780070 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 16 - 438
Target Start/End: Original strand, 34755644 - 34756066
Alignment:
| Q |
16 |
cactattagccatgaccttaagaaccttaaggatttctcggctcctcaatggcctcaatttgttaacagtggtggcgttgagcaagtcgttcatgataag |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
34755644 |
cactattagccatgaccttaagaaccttacggatctctcggctcctcaatggcctcaacttgttaatagtggtggcgttgagcaggtcgttcatgataag |
34755743 |
T |
|
| Q |
116 |
ctttctaataaacttccaataaggtgcaaatggaaccatagcaacagaattatcataggtaagacgactaatagcagaggtttggaatcttgtgttaaag |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
34755744 |
ctttctaataaacttccagtaaggtccaaatggaaccatagcaacagagttgtcataggtaagacgactaatagcagaggtttggaaccttgtgttaaag |
34755843 |
T |
|
| Q |
216 |
gaagtagcttcatgggtttgaaggaaaagtttaaacaagtcaggagtggatgcaacaacggtaggcatggaaccaaagtaaagagtgtacaaaggtccat |
315 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
34755844 |
gaagtagcttcatgggtttgaaggaaaagtttaaacaagtcaggggttgaggcaacaatggtaggcatggaaccaaagtaaagagtgtacaaagggccat |
34755943 |
T |
|
| Q |
316 |
aacgctttcctaacttgataagagtgtggtgaagaagtgggttatccaaaagatgaagatgacctatgaatggaagacgtggtttagggcttggtggatt |
415 |
Q |
| |
|
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| || || || ||||| |
|
|
| T |
34755944 |
aacgttctcctaacttgataagagtgtggtgaagaagagggttatccaaaaggtgaagatgaccaatggatggaagacgaggtttgggactcggaggatt |
34756043 |
T |
|
| Q |
416 |
tggaagatggcgaagtgcctttg |
438 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
34756044 |
gggaaggtggcgaagagcctttg |
34756066 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University