View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13933_low_2 (Length: 425)

Name: NF13933_low_2
Description: NF13933
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13933_low_2
NF13933_low_2
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-420)||(2439841-2440260)
chr6 (1-395)||(2569064-2569458)
chr6 (1-395)||(2596623-2597017)
chr6 (1-395)||(2672439-2672833)
chr6 (1-391)||(2450595-2450985)
chr6 (1-420)||(2591790-2592206)
chr6 (1-420)||(2623334-2623750)
chr6 (1-420)||(2641279-2641695)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (4-215)||(17870481-17870692)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 412; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 2440260 - 2439841
Alignment:
Q  1 aaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttccttaatgattgtagattataagtttttatgtctctaccatcaactgtcactatcccttta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440260 aaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttccttaatgatcgtagattataagtttttatgtctctaccatcaactgtcactatcccttta 2440161  T
Q  101 agtggatcatagaatctctcaattagtcctatgattgtcgattttccagaaccactttccccaaccaaagccgttgattttccggcgtcaatttcaatag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440160 agtggatcatagaatctctcaattagtcctatgattgtcgattttccagaaccactttccccaaccaaagccgttgattttccggcgtcaatttcaatag 2440061  T
Q  201 agaacccttgaaagaccatcacattaggcctagccggatatgaaaaatgtatgtcatgaaatacaatttttcctatcaacttttcagctctgaaaccttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440060 agaacccttgaaagaccatcacattaggcctagccggatatgaaaaatgtacgtcatgaaatacaatttttcctatcaacttttcagctctgaaaccttc 2439961  T
Q  301 taagtcgtccgacttaattttcgtatacctatcaagaattgcaaaaactgatctgacggcatcagaacctttagcaagatcattagtcatgctactcgca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2439960 taagtcgtccgacttaattttcgtatacctatcaagaattgcaaaaactgatctgacggcatcagaacctttagcaagatcattagtcatgctactcgca 2439861  T
Q  401 gcatctgcaataacttttcc 420  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  2439860 gcatctgcaataacttttcc 2439841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Original strand, 2569064 - 2569458
Alignment:
Q  1 aaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttccttaatgattgtagattataagtttttatgtctctaccatcaactgtcactatcccttta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2569064 aaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatgtgttcccttaatgaccttagattatatgtctttatgtctctaccatcaattgtcactatcccttta 2569163  T
Q  101 agtggatcatagaatctctcaattagtcctatgattgtcgattttccagaaccactttccccaaccaaagccgttgattttccggcgtcaatttcaatag 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| || ||||||| ||| |    
T  2569164 agtggatcatagaatctttcaataagtcctatgattgttgattttccagaaccactttcccctaccaaagctgtcgattttccagcatcaattttaatcg 2569263  T
Q  201 agaacccttgaaagaccatcacattaggcctagccggatatgaaaaatgtatgtcatgaaatacaatttttcctatcaacttttcagctctgaaaccttc 300  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||  || | ||||| ||||||| || ||||||||| || |||||      
T  2569264 agaacccttgaaaaatcatcacattaggtctagccggatatgcaaaatgtacatcaaaaagttcaattattcctattaatttttcagctttgtaacctct 2569363  T
Q  301 taagtcgtccgacttaattttcgtatacctatcaagaattgcaaaaactgatctgacggcatcagaacctttagcaagatcattagtcatgctac 395  Q
     ||||| |  | ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||    
T  2569364 caagtcattgggcttgatttttgtatacctatcgagaattgcaaaaactgatccaatggcatcagagcctttagcaagatcactcgtcatgctac 2569458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Original strand, 2596623 - 2597017
Alignment:
Q  1 aaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttccttaatgattgtagattataagtttttatgtctctaccatcaactgtcactatcccttta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  2596623 aaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttccttaatgatcgtagattatatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatcccttta 2596722  T
Q  101 agtggatcatagaatctctcaattagtcctatgattgtcgattttccagaaccactttccccaaccaaagccgttgattttccggcgtcaatttcaatag 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| ||| |    
T  2596723 aatggatcatagaatctctcaattagtcctataattgtcgattttccagaaccactttcccctaccaaagccgtcgattttcctgcatcaattttaatcg 2596822  T
Q  201 agaacccttgaaagaccatcacattaggcctagccggatatgaaaaatgtatgtcatgaaatacaatttttcctatcaacttttcagctctgaaaccttc 300  Q
    ||||||||||||| |   | |||||||| ||| | ||||||| ||||| ||  ||| ||| | ||||||||||||| || |||||||||||| |||||||    
T  2596823 agaacccttgaaaaattgtaacattaggtctacctggatatgcaaaatatacatcacgaagttcaatttttcctattaatttttcagctctgtaaccttc 2596922  T
Q  301 taagtcgtccgacttaattttcgtatacctatcaagaattgcaaaaactgatctgacggcatcagaacctttagcaagatcattagtcatgctac 395  Q
    ||| || || | ||  ||||| ||||||||||| || ||||  ||||| ||||  || |||| ||| ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  2596923 taaatcatcgggctcgatttttgtatacctatcgaggattgtgaaaaccgatccaaccgcattagagcctttagcaagatcattcgtcaagctac 2597017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Original strand, 2672439 - 2672833
Alignment:
Q  1 aaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttccttaatgattgtagattataagtttttatgtctctaccatcaactgtcactatcccttta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    |||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  2672439 aaacaatgttggttcttgactcacaagggcaatgtgtttcctcaatgacctgagattatatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatcccttta 2672538  T
Q  101 agtggatcatagaatctctcaattagtcctatgattgtcgattttccagaaccactttccccaaccaaagccgttgattttccggcgtcaatttcaatag 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |    
T  2672539 agtgggtcatagaatctctcaattagtcctatgattgtcgattttccagaaccactttcccctaccaaagccgttgattttcctgcatcaattttaatcg 2672638  T
Q  201 agaacccttgaaagaccatcacattaggcctagccggatatgaaaaatgtatgtcatgaaatacaatttttcctatcaacttttcagctctgaaaccttc 300  Q
    |||| |||||||| | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||  ||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||  | ||| |||    
T  2672639 agaatccttgaaaaatcataacattaggtctagctggatatgaaaaatatacatcacgaagttcaatttttcctattaacttttcagcttggtaactttc 2672738  T
Q  301 taagtcgtccgacttaattttcgtatacctatcaagaattgcaaaaactgatctgacggcatcagaacctttagcaagatcattagtcatgctac 395  Q
    ||| || || | ||  ||||| ||||||| ||| || | ||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2672739 taaatcatcaggctctatttttgtataccgatcgaggactgcaaaaaccgatccaacggcatcagagcctttagcaagatcatttgtcatgctac 2672833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 2450985 - 2450595
Alignment:
Q  1 aaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttccttaatgattgtagattataagtttttatgtctctaccatcaactgtcactatcccttta 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||  ||||| || ||||||||||  ||||||||||||||     
T  2450985 aaacaatgttggctcttgactcacaagtgaaatatgcttccttaatgaccttagattataagactttatatcactaccatcaatcgtcactatccctttt 2450886  T
Q  101 agtggatcatagaatctctcaattagtcctatgattgtcgattttccagaaccactttccccaaccaaagccgttgattttccggcgtcaatttcaatag 200  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | | ||||| ||| |    
T  2450885 attggatcataaaatctctcaattagtcctatgattgtcgattttccagaaccactttccccgaccaaagccgttgatttaccgacattaattttaatcg 2450786  T
Q  201 agaacccttgaaagaccatcacattaggcctagccggatatgaaaaatgtatgtcatgaaatacaatttttcctatcaacttttcagctctgaaaccttc 300  Q
    |||||||||||||||  ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||  || || |||||||    
T  2450785 agaacccttgaaagatgattgcattaggcctagacggatatgcaaaatgtacatcatgaaattcaatttttcctatcaacttttctactttgtaaccttc 2450686  T
Q  301 taagtcgtccgacttaattttcgtatacctatcaagaattgcaaaaactgatctgacggcatcagaacctttagcaagatcattagtcatg 391  Q
     || |  |||| || |||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |  ||  ||||| | ||||||||||| ||||||||||||    
T  2450685 caaattttccggctcaatttttgtatacctatcaagaattgcgaacactgacccaacaacatcaaagcctttagcaaggtcattagtcatg 2450595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 2592206 - 2591790
Alignment:
Q  1 aaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttccttaatgattgtagattataagtttttatgtctctaccatcaactgtcactatcccttta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||   |||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  2592206 aaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatgtgtttccttagtgaccttagattataaatttttatgtccctaccatcaattgtcactatcccttta 2592107  T
Q  101 agtggatcatagaatctctcaattagtcctatgattgtcgattttccagaaccactttccccaaccaaagccgttgattttccggcgtcaatttcaatag 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||||| ||| |    
T  2592106 agtggatcatagaacctctcaattagtcctatgatcgttgatttcccagaaccactttctcctaccaacgctgttgattttccggcatcaattttaatcg 2592007  T
Q  201 agaacccttgaaagaccatcacattaggcctagccggatatgaaaaatgtatgtcatgaaatacaatttttcctatcaacttttcagctctgaaaccttc 300  Q
    |||| |||| ||| | ||||||||| || |||| |||||||| |||||  |  |||  |||| ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  2592006 agaatccttcaaaaatcatcacatttggtctagacggatatgcaaaataaacatcacaaaattcaatttttcctattaacttttcagctttgtaaccttc 2591907  T
Q  301 taagtcgtccgacttaattttcgtatacctatcaagaattgcaaaaactgatctgacggcatcagaacctttagcaagatcattagtcatgctactcgca 400  Q
    ||  || || |  | ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||   | |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||   ||    
T  2591906 tatttcatcaggatcaattttcgtatacctatcaaggattgtgaaaaccgattcaatggcatcggaacctttagcaagatcattcgtcatgctac---ca 2591810  T
Q  401 gcatctgcaataacttttcc 420  Q
    ||||| ||||| ||||||||    
T  2591809 gcatcagcaattacttttcc 2591790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 2623750 - 2623334
Alignment:
Q  1 aaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttccttaatgattgtagattataagtttttatgtctctaccatcaactgtcactatcccttta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |    
T  2623750 aaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatgtgtttccttaatgaccttagattataagtttttatgtctctgccatcaattgtcactatcccttca 2623651  T
Q  101 agtggatcatagaatctctcaattagtcctatgattgtcgattttccagaaccactttccccaaccaaagccgttgattttccggcgtcaatttcaatag 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||| |||| ||| || |||||||| || |||| || ||| |    
T  2623650 agtggatcatagaacctctcaattagtcctatgatcgttgatttcccagaaccacttttccctaccagagctgtcgattttccagcatcaaatttaatcg 2623551  T
Q  201 agaacccttgaaagaccatcacattaggcctagccggatatgaaaaatgtatgtcatgaaatacaatttttcctatcaacttttcagctctgaaaccttc 300  Q
    | || |||||||| | |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||  |||  |||| ||||||||||||| ||||||  |||| ||  ||||||    
T  2623550 aaaatccttgaaaaatcatcacattaggtctagacggatatgcaaaatatacatcacaaaattcaatttttcctattaactttatagctttgtgaccttc 2623451  T
Q  301 taagtcgtccgacttaattttcgtatacctatcaagaattgcaaaaactgatctgacggcatcagaacctttagcaagatcattagtcatgctactcgca 400  Q
    ||  || || | ||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||    | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||    
T  2623450 tatttcatcaggcttgattttcgtatacctatcaaggattgtgaaaaccgacgcaatggcatcagaacctttagcaagatcattcgtcatgctac---ca 2623354  T
Q  401 gcatctgcaataacttttcc 420  Q
    ||||| || |||||||||||    
T  2623353 gcatcagcgataacttttcc 2623334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Original strand, 2641279 - 2641695
Alignment:
Q  1 aaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttccttaatgattgtagattataagtttttatgtctctaccatcaactgtcactatcccttta 100  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||   |||||||||||  ||||| |||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  2641279 aaacagtgttggttcttgacttacaagtgcaatgtgtttccttaacgaccttagattataagactttatatcttcaccatcaattgtcactatcccttta 2641378  T
Q  101 agtggatcatagaatctctcaattagtcctatgattgtcgattttccagaaccactttccccaaccaaagccgttgattttccggcgtcaatttcaatag 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||| |    
T  2641379 attggatcatagaatctctcaattagtcctatgattgttgatttccctgaaccactttccccgaccaaagccgtcgattttccagcgtcgattttaattg 2641478  T
Q  201 agaacccttgaaagaccatcacattaggcctagccggatatgaaaaatgtatgtcatgaaatacaatttttcctatcaacttttcagctctgaaaccttc 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||  ||| ||| | ||||||| |||||||| ||||  ||| || |||||||    
T  2641479 agaacccttgaaagatcatcacattaggtctacccggatatgcaaaatctacatcaagaagttcaattttccctatcaaatttttggctttgtaaccttc 2641578  T
Q  301 taagtcgtccgacttaattttcgtatacctatcaagaattgcaaaaactgatctgacggcatcagaacctttagcaagatcattagtcatgctactcgca 400  Q
     || || || | ||  ||| | ||||||||||| || ||||| ||||| ||||  || |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |     
T  2641579 aaaatcatcaggctcgattgttgtatacctatcgaggattgcgaaaaccgatccaactgcattagagcctttagcaagatcatttgtcatgctac---cg 2641675  T
Q  401 gcatctgcaataacttttcc 420  Q
    ||||||||||||||| ||||    
T  2641676 gcatctgcaataactcttcc 2641695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 4 - 215
Target Start/End: Original strand, 17870481 - 17870692
Alignment:
Q  4 caatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttccttaatgattgtagattataagtttttatgtctctaccatcaactgtcactatccctttaagt 103  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||| | ||| ||||| | |||||||| | ||||||| | ||||||  | ||||| | |    
T  17870481 caatgttggttcttggctcacaagtgctatgtgttttcttagtgactttaggttatatgattttatgtttgtaccatctattgtcacatttccttttatt 17870580  T
Q  104 ggatcatagaatctctcaattagtcctatgattgtcgattttccagaaccactttccccaaccaaagccgttgattttccggcgtcaatttcaatagaga 203  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||| ||||| || |||| ||| || || ||||| ||||| || || |||||||  || || |    
T  17870581 ggatcatagaatctctctattaatcctatgatggttgatttgccagacccgctttgccccactaatgccgtcgatttccctgcttcaattttgattgaaa 17870680  T
Q  204 acccttgaaaga 215  Q
    | ||||||||||    
T  17870681 aaccttgaaaga 17870692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University