View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13938_low_1 (Length: 1543)

Name: NF13938_low_1
Description: NF13938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13938_low_1
NF13938_low_1
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (9-1527)||(34554020-34555538)
chr5 (208-779)||(36283902-36284472)
chr5 (1019-1522)||(36283292-36283786)
chr5 (9-76)||(31809421-31809488)
chr5 (923-992)||(36283813-36283882)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1369; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1527
Target Start/End: Complemental strand, 34555538 - 34554020
Alignment:
Q  9 acatcatcagatgccaatcatattcatcatttataaaacataatttatattcagaataaggatacaagattgcttcttcttcaagggactaaaattacat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34555538 acatcatcagatgccaatcatattcatcatttataaaacatcatttatattcagaataaggatacaaggttgcttcttcttcaagggactaaaattacat 34555439  T
Q  109 gataacttgcatgaaaacatgctgcaacctacaaaaaagaatacaaaagctctatttataatccataccatcaagaacgactttgaagcacatagttagt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34555438 gataacttgcatgaaaacatgctgcaacctacaaaaaagaatacaaaagctctatttataatccataccatcaagaacgactttgaagcacatagttagt 34555339  T
Q  209 cctgttatcttttgaggctcttggcaaggaagataattccaacacagcatcacttgtctcgcttggattccagcagctactctcaaaataaattgtggtt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34555338 cctgttatcttttgaggctcttggcaaggaagataattccaacacagcatcacttgtctcgcttggattccagcagctactctcaaaataaattgtggtt 34555239  T
Q  309 ctcttaagcacttttccactatttaaaatgtaacttataagttcaaactcttcatccgtgccttcataatttctgaatataaaagtagtaaggtgtgatg 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34555238 ctcttaagcacttttccactatttaaaatgtaacttataagttcaaactcttcatccgtgccttcataatctctgaatataaaagtagtaaggtgtgatg 34555139  T
Q  409 aaagacagctaggaactattgttggttgtctccattcaatttcattatcgcatagttcatcaacctgtcaagtgaggtcacaacacaactataattgtat 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34555138 aaagacagctaggaactattgttggttgtctccattcaatttcattatcacatagttcatcaacctgtcaagtgaggtcacaacacaactataattgtat 34555039  T
Q  509 ccaatgaaacaaagtaaaaataaaaattcaagaaataattagctaaatctcaagagttaactaaccttgataatctctagaaattctagattggggcatt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34555038 ccaatgaaacaaagtaaaaataaaaattcaagaaataattagctaaatctcaagagttaactaaccttgataatctctagaaattctagattggggcatt 34554939  T
Q  609 tttctagcaacaactcaactagaaaatatgaatcaaggatttttaaatataattgtagatgacccaaatgatcaaatgttggaaattctagacaagcata 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34554938 tttctagcaacaactcaactagaaaatatgaatcaaggatttttaaatataattgtagatgacccaaatgatcaaatgttggaaattctagacaagcata 34554839  T
Q  709 agtaagcacctgcaagtggataaaaataacaaagaattatgagaaataacatacaattcctatactaaaaacatggggtaaatagaacttttagtcctta 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34554838 agtaagcacctgcaagtggataaaaataacaaagaattatgagaaataacatacaattcctatactaaaaacatggggtaaatagaacttttagtcctta 34554739  T
Q  809 tatataatatacttttctgaccaactgtttacaaaaatggaaggagaaaaaacgtagaaaacatatgaattcagtgtgcacgtgataagagaaggtaagt 908  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34554738 tatataatatacttttctaaccaactgtttacaaaagtggaagggaaaaaaacgtagaaaacatatgaattcagtgtgcacgtgataagagaaggtaagt 34554639  T
Q  909 ttagcaaagaatcatacctctgtggtatacaaatctaagcaaagaaacctggttttacgaaccccattgaaaagatttgctatannnnnnnnnnnnnnnn 1008  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||                    
T  34554638 ttagcaaagaatcatacctctgtggtatacaaatctaagcaaagaaatctggttttacgaaccccattgaaaatatttgctatattttcttttacttttt 34554539  T
Q  1009 nnnnnncataatcaaaatggataccaatatgtgcttctttcaaattgtccaaattctcaaccacatagttaatcgccttagtttctttcatcacaagtta 1108  Q
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  34554538 tattttcataatcaaaatggataccaatatgtgcttctttcaaattgtccaaattctcaaccacatagttaatcgccttagtttctttcatcacaaggca 34554439  T
Q  1109 ctcaagaagaggagtgttaatatgaagtctttcatcaaaactcctaaaaaataacctcttcaacgaaggcacacatattccaaacaaagaagtacgtttg 1208  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34554438 ctcaagaagaggagttttaatatgaagtctttcatcaaaactcctaacaaataacctcttcaacgaaggcacacatattccaaacaaagaagtacgtttg 34554339  T
Q  1209 aatttcacttcctcgtagaaaagttgttcaagaacaggacaactagataaaaacctcataagagcatcatcatcgtgatcatcaacaaaacaaaaaagat 1308  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  34554338 aacttcacttcctcgtagaaaagttgttcaagagcaggacaactagataaaaacctcataagagcatcatcatcgtgatcatcaacaaagcacaaaagat 34554239  T
Q  1309 tgagatgcaaaatcttcaacaaaggaagatgaagatgagaaggaacattgagatgaaatgtcccaaccaacctcaaaacagtgagtgttttgcatgtata 1408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34554238 tgagatgcaaaatcttcaacaaaggaagatgaagatgagaaggaacattgagatgaaatgtcccaaccaacctcaaaacagtgagtgttttgcatgtata 34554139  T
Q  1409 aagctggtgaggcaaataaacttttaaacgatataaagagaggtctatctcgtcagctttttgagtagttgccatggaaactattgaactaaccaagtga 1508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34554138 aagctggtgaggcaaataaacttttaaacgatataaagagaggtctatctcgtaaactttttgagtagttgccatggaaactattgaactaaccaagtga 34554039  T
Q  1509 gggatataagagttgttga 1527  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  34554038 gggatataacagttgttga 34554020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 208 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 36284472 - 36283902
Alignment:
Q  208 tcctgttatcttttgaggctcttggcaaggaagataattccaacacagcatcacttgtctcgcttggattccagcagctactctcaaaataaattgtggt 307  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||  ||||||||  | ||||||||||||||    
T  36284472 tcctgttatcttttgaggcttttggcaaggaacataattccgacacagcatctcttgcctcgcttgg-ttcc--cagctacttccgaaataaattgtggt 36284376  T
Q  308 tctcttaagcacttttccactatttaaaatgtaacttataagttcaaactcttcatccgtgccttcataatttctgaatataaaagtagtaaggtgtgat 407  Q
     |||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36284375 cctctcaagcacttttccactcttcaaaatgtaccttataagttcaaactcttcatccgtgccttcataatctctgaatatgaaagtagtaaggtgtgat 36284276  T
Q  408 gaaagacagctaggaactattgttggttgtctccattcaatttcattatcgcatagttcatcaacctgtcaagtgaggtcacaacacaactataattgta 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||||     
T  36284275 gaaagacagctaggaactattgttggttctgcccatttaatttcattatcgcataggtcatcaacctgtcaaaagagatcacaaaacatctataattgtc 36284176  T
Q  508 tccaatgaaacaaagtaaaaataaaaattcaagaaataattagctaaatctcaagagttaactaaccttgataatctctagaaattctagattggggcat 607  Q
       |   ||| ||||||||   ||||| | ||   ||||||| | ||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||  || ||||||||||||    
T  36284175 atgagaaaaagaaagtaaattaaaaaagttaaccgataattaaccaaatctcaagagtaaaccaaccttaataatctcaagaacatcaagattggggcat 36284076  T
Q  608 ttttctagcaacaactcaactagaaaatatgaatcaaggatttttaaatataattgtagatgacccaaatgatcaaatgttggaaattctagacaagcat 707  Q
    |||||||| ||||  | ||||||||||| ||| | || | ||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||    
T  36284075 ttttctagtaacagtttaactagaaaatgtgagttaaaggtttttaaatataattgtagataacccaaattgttaaatgttggaaattctagacaagcat 36283976  T
Q  708 aagtaagcacctgcaa-gtggataaaaataac-aaagaattatgagaaataacatacaattcctatactaaaaa 779  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||| |||||| | |||||||||||| ||||||    
T  36283975 aagtaagcacctgcaacatggataaaaataacaaaagagttatgaaaaataagacacaattcctatattaaaaa 36283902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 1019 - 1522
Target Start/End: Complemental strand, 36283786 - 36283292
Alignment:
Q  1019 atcaaaatggataccaatatgtgcttctttcaaattgtccaaattctcaaccacatagttaatcgccttagtttctttcatcacaagttactcaagaaga 1118  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||  |  ||||| ||||||||||||    
T  36283786 atcaaaatagataccaatacgtgcttctttcaatttgttcaaattctcaacctcataattactcgccttagtttcttcaagtacaaggtactcaagaaga 36283687  T
Q  1119 ggagtgttaatatgaagtctttcatcaaaactcctaaaaaataacctcttcaacgaaggcacacatattccaaacaaagaagtacgtttgaatttcactt 1218  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| || |  || |    
T  36283686 ggagtgttaatatgaattttttcatcaaaactcctaacatgtaacctcttcaatgtaggcacacatattccaaacaaagagctacatttaaactcgacat 36283587  T
Q  1219 cctcgtagaaaagttgttcaagaacaggacaactagataaaaacctcataagagcatcatcatcgtgatcatcaacaaaacaaaaaagattgagatgcaa 1318  Q
    |||||||| ||||||  |||||||||||||| | | | |||| | |||||||||         | | ||| |||||||  ||  ||| |   | ||||||    
T  36283586 cctcgtagtaaagttcctcaagaacaggacagccatagaaaagcttcataagag---------ctttatcttcaacaatgcacgaaatacataaatgcaa 36283496  T
Q  1319 aatcttcaacaaaggaagatgaagatgagaaggaacattgagatgaaatgtcccaaccaacctcaaaacagtgagtgttttgcatgtataaagctggtga 1418  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || || | |||| ||||||||||| ||||||||  |||||||| ||| |   ||| ||    |    
T  36283495 aatcttcagcaaaggaagatgaagatgagaaggaaggttcaggtaaaatctcccaaccaacttcaaaacaacgagtgtttcgcaagcgaaaatctcacaa 36283396  T
Q  1419 ggcaaataaacttttaaacgatataaagagaggtctatctcgtcagctttttgagtagttgccatggaaactattgaactaaccaagtgagggatataag 1518  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||| |||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  36283395 ggcaaataaacttttaaactatataaagaaagatctatctcctcaactttttgtttacttgccatgcaaactattgaactaaccaagtgtgggatataac 36283296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 9 - 76
Target Start/End: Original strand, 31809421 - 31809488
Alignment:
Q  9 acatcatcagatgccaatcatattcatcatttataaaacataatttatattcagaataaggatacaag 76  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  31809421 acattatcagatgccaatcatattcatcatttacaaaatataatttacattcagaataaagatacaag 31809488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 923 - 992
Target Start/End: Complemental strand, 36283882 - 36283813
Alignment:
Q  923 tacctctgtggtatacaaatctaagcaaagaaacctggttttacgaaccccattgaaaagatttgctata 992  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||  ||||||| ||||    
T  36283882 tacctctgtggaatccatatctaagcaaagaaacctggttttatgaatgccattgaggagatttgatata 36283813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University