View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13940_high_21 (Length: 449)

Name: NF13940_high_21
Description: NF13940
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13940_high_21
NF13940_high_21
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (102-433)||(45684523-45684854)
chr1 (1-101)||(20186840-20186940)
chr1 (1-101)||(30339636-30339736)
chr1 (1-101)||(51787272-51787372)
chr1 (1-95)||(9672971-9673062)
chr1 (1-101)||(43740406-43740506)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (1-101)||(48057698-48057798)
chr7 (1-101)||(496683-496783)
chr7 (1-101)||(11765707-11765807)
chr7 (1-101)||(2286458-2286558)
chr7 (1-101)||(42535213-42535313)
chr7 (1-101)||(25185932-25186032)
chr7 (1-94)||(23844642-23844735)
chr7 (5-97)||(7527267-7527359)
chr7 (1-101)||(31427259-31427361)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (1-97)||(49786397-49786493)
chr3 (1-102)||(8436895-8436996)
chr3 (1-101)||(47940826-47940926)
chr3 (1-101)||(8152977-8153079)
chr3 (1-101)||(29836769-29836868)
chr3 (1-95)||(48778972-48779066)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-101)||(13922185-13922285)
chr2 (3-98)||(11828960-11829055)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (1-100)||(38280272-38280371)
chr5 (1-101)||(25955959-25956059)
chr5 (1-101)||(42250116-42250216)
chr5 (1-101)||(1501368-1501468)
chr5 (1-101)||(7886355-7886455)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-101)||(52055147-52055247)
chr4 (1-101)||(1158254-1158354)
chr4 (1-81)||(49866670-49866750)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-101)||(4076943-4077043)
chr8 (1-96)||(3780358-3780453)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-101)||(33594518-33594618)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 102 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 45684854 - 45684523
Alignment:
Q  102 ccacttaactagctatcgagaatatatcagacactaactactatagctgggaattaactgtctaactaacttcagctttctgtcaaagaaaacaatagat 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45684854 ccacttaactagctatcgagaatatatcagacactaactaatatagctgggaattaactgtctaactaacttcagctttctgtcaaagaaaacaatagat 45684755  T
Q  202 tcaactctgagctgtactgtaacaccttatttcctctgtttcttcggatctcaactctcttggatatattatacacactagaggatgccaaactagtatc 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45684754 tcaactctgagctgtactgtaacaccttatttcctctgtttcttcggatctcaactctcttggatatattatacacactagaggatgccaaactagtatc 45684655  T
Q  302 atttttctaaattcattcttgaaagcatccaattctaacccattttagaagacaccagtcactgcaggaaaaatcttgcagcagaaagttccattgtcta 401  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45684654 atttttttaaattcattcttgaaagcatccaattctaacccattttagaagacaccagtcactgcaggaaaaatcttgcagcagaaagttccattgtcta 45684555  T
Q  402 cttggcgctcaacagaatctaatgcagcaaat 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45684554 cttggcgctcaacagaatctaatgcagcaaat 45684523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 20186840 - 20186940
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20186840 gaagagagacaaagtgtttgtgggatctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 20186939  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  20186940 c 20186940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 30339736 - 30339636
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339736 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 30339637  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  30339636 c 30339636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 51787372 - 51787272
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  51787372 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctagagcacgtgtcacatgtttatgtgaaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatcaccact 51787273  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  51787272 c 51787272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 95
Target Start/End: Original strand, 9672971 - 9673062
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatca 95  Q
    |||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9672971 gaagagagaca--gtgtttgtgga-tctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctataggtgtacatgtatca 9673062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 43740406 - 43740506
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||||||||| |||||| ||||||||||| |||  | |||||| ||| |||| |||||||||    
T  43740406 gaagagagacaaagtgtttgtgaggtttaggccacatatcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgcatgtgatctatggatgttcatggatcaccact 43740505  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  43740506 c 43740506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 48057698 - 48057798
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48057698 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaaatatgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 48057797  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  48057798 c 48057798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 496783 - 496683
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  496783 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatcaccact 496684  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  496683 c 496683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 11765807 - 11765707
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11765807 gaagagagacaaagtgtttgtggggtcaaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatcaccact 11765708  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  11765707 c 11765707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 2286558 - 2286458
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| |||    
T  2286558 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtgtgcatgtatcactact 2286459  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  2286458 c 2286458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 42535213 - 42535313
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  42535213 gaagagagacaaagtgtttgtgggatataagacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtgtacatatatcatcact 42535312  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  42535313 c 42535313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 25185932 - 25186032
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |||| |||||||||    
T  25185932 gaagagagataaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtgtgcatgcatcaccact 25186031  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  25186032 c 25186032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 23844735 - 23844642
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatc 94  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||| ||| ||||||||    
T  23844735 gaagagagacaaagtgtttgtgaggtctagggcacatgtcacatgtttatgtggagatttgagtgtgtatgttacctatggatgtgcatgtatc 23844642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 97
Target Start/End: Original strand, 7527267 - 7527359
Alignment:
Q  5 agagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcacc 97  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||  | | |||||||||||    
T  7527267 agagacaaagtgtttatggagtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaatgaatatgcatgtatcacc 7527359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 31427259 - 31427361
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgc--cacctatgggtgtacatgtatcacca 98  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||   ||| |||||||| |||||| ||| |||||| | |||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||    
T  31427259 gaagagagacaaagtgtttgtggagtctaaaccacatgtcacatatttatgcggaggtttaattatgtatgccacacctatggatgtgcatgtatcacca 31427358  T
Q  99 ctc 101  Q
    |||    
T  31427359 ctc 31427361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 49786493 - 49786397
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcacc 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49786493 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcacc 49786397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 102
Target Start/End: Original strand, 8436895 - 8436996
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8436895 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagacacgtgtcatatatttatgtagaggtttaaatgtgtatgccacctatgggtgtacatatatcaccact 8436994  T
Q  101 cc 102  Q
    ||    
T  8436995 cc 8436996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 47940926 - 47940826
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| |||    
T  47940926 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtgtgcatgtatcactact 47940827  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  47940826 c 47940826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 8153079 - 8152977
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt--acatgtatcacca 98  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||    
T  8153079 gaagagagacaaagtgtttgtggagtctaggccacatgtcacatgtttatgtggaggtttaggtgtgtatgccacctataggtgtgcatatgtatcacca 8152980  T
Q  99 ctc 101  Q
    |||    
T  8152979 ctc 8152977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 29836769 - 29836868
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||  ||| |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  29836769 gaagagagacaaagt-tttgtggggtgtaggtcatatgttacatatttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgtgcatgtatcaccact 29836867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 95
Target Start/End: Original strand, 48778972 - 48779066
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatca 95  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| ||||||  ||| |||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  48778972 gaagagagataaagtgtttatggagtctagaccacatgtcacatatttatgtggatgtttaaatgagtatgccacctataggtgtgcatgtatca 48779066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 13922285 - 13922185
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13922285 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttacgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatcaccact 13922186  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  13922185 c 13922185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 3 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 11829055 - 11828960
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcacca 98  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  11829055 agagaggcaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatatttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgtgcatgtctcacca 11828960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 100
Target Start/End: Original strand, 38280272 - 38280371
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38280272 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtataccacctatggatgtacatgtatcaccact 38280371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 25955959 - 25956059
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  25955959 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaaatgtgtatgccacctatgagtgtgcatgtatcaccact 25956058  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  25956059 c 25956059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 42250216 - 42250116
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  42250216 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtctatgtcatttatgggtgtgcatgtatcaccact 42250117  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  42250116 c 42250116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 1501368 - 1501468
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||  || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||    
T  1501368 gaagagagacaaagtgtatatggggtctaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatggatctgcatgtatcaccact 1501467  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  1501468 c 1501468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 7886455 - 7886355
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||| | | |||||| | |||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||  || | |||| |||||||||    
T  7886455 gaagagagacaaaatatatgtgggatttaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctataagtatgcatgaatcaccact 7886356  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  7886355 c 7886355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 52055147 - 52055247
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||    
T  52055147 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccact 52055246  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  52055247 c 52055247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 1158254 - 1158354
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||  |||| | ||| ||||||||| ||||    
T  1158254 gaagagagacaaaatgtttgtagggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtacgccttctatcgatgtgcatgtatcatcact 1158353  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  1158354 c 1158354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 49866750 - 49866670
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgg 81  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||| | ||| |||||||| ||| |||| | ||||||| |||||| ||||||||||    
T  49866750 gaagagagacaaagtgtttatgtggtctaagtcacatgtcacatatttgtgtgaaggtttaagcgtgtataccacctatgg 49866670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 4076943 - 4077043
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  4076943 gaagagagacaaattgtttgtggggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtatgcatgtatcatcact 4077042  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  4077043 c 4077043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 96
Target Start/End: Original strand, 3780358 - 3780453
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcac 96  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| ||||  || |||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3780358 gaagagagacaaagtgtttctcgggtttaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttgagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatcac 3780453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Original strand, 33594518 - 33594618
Alignment:
Q  1 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||    
T  33594518 gaagagagacaaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtgaaggtttaagtgtgtatgccaccaatggatgtgcatgtatcactact 33594617  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  33594618 c 33594618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University