View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13942_low_10 (Length: 344)

Name: NF13942_low_10
Description: NF13942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13942_low_10
NF13942_low_10
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-329)||(20492838-20493166)
chr2 (5-329)||(1355171-1355495)
chr2 (5-329)||(1362057-1362381)
chr2 (32-164)||(1357985-1358117)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-329)||(29954703-29955031)
chr4 (5-329)||(51369422-51369746)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (5-329)||(11532020-11532344)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (5-329)||(12846685-12847009)
chr6 (5-329)||(14589130-14589454)
chr6 (5-329)||(14622788-14623112)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 305; Significance: 1e-172; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Original strand, 20492838 - 20493166
Alignment:
Q  1 aatcgtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20492838 aatcgtttggaaaacatgggcaccacagctaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaag 20492937  T
Q  101 cttcattttggtcatgtacttgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaa 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20492938 cttcattttgggcatgtacttgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaa 20493037  T
Q  201 ggaatgagcaagatgggtcctttactagggactctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatctataggaaaaatgccaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20493038 ggaatgagcaagatgggtcctttactagggactctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatctatagaaaaaatgccaa 20493137  T
Q  301 agatatgggaaaggttttcagttcaaaag 329  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  20493138 agatatgggaaagattttcggttcaaaag 20493166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 5 - 329
Target Start/End: Original strand, 1355171 - 1355495
Alignment:
Q  5 gtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttc 104  Q
    |||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||| |||    
T  1355171 gtttggaagacatgggcacctcagcttaagatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcattgtggttctggttctgttattgaaaaggttc 1355270  T
Q  105 attttggtcatgtacttgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaaggaa 204  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  |||| || |||||||||||||| | | | |  |||| | || ||||| |||| ||||||||||     
T  1355271 attttggccatgttcttgtgacactgccttatttgcttgaccagtgtttgttttcaagggcattggtggaaaaggaagtggctgttgaagtaccaaggag 1355370  T
Q  205 tgagcaagatgggtcctttactagggactctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatctataggaaaaatgccaaagat 304  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||  |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |  ||||| ||||| |||||     
T  1355371 tgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagag 1355470  T
Q  305 atgggaaaggttttcagttcaaaag 329  Q
     |||| |||||||||||||||||||    
T  1355471 ttggggaaggttttcagttcaaaag 1355495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 329
Target Start/End: Original strand, 1362057 - 1362381
Alignment:
Q  5 gtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttc 104  Q
    |||||||| ||||||||||| || || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||| |||    
T  1362057 gtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttc 1362156  T
Q  105 attttggtcatgtacttgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaaggaa 204  Q
    |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||||| | | | |  |||| |  | ||||| |||||||||||||||     
T  1362157 atttcggccatgttcttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggag 1362256  T
Q  205 tgagcaagatgggtcctttactagggactctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatctataggaaaaatgccaaagat 304  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||  |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |  ||||| ||||| |||||     
T  1362257 tgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagag 1362356  T
Q  305 atgggaaaggttttcagttcaaaag 329  Q
     |||| || ||||||||||||||||    
T  1362357 ttggggaaagttttcagttcaaaag 1362381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 32 - 164
Target Start/End: Original strand, 1357985 - 1358117
Alignment:
Q  32 aagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcattttggtcatgtacttgtgacattgc 131  Q
    |||||||||| |||||| ||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| | || || || ||| ||||||| ||||| ||||| |  ||||    
T  1357985 aagatcttaggtcatggttcagttggtggttgtttgactcattgtggttcaggttcaatgatagaaaatctttattttggacatgttcttgttatgttgc 1358084  T
Q  132 cttatttaattgatcaatgtttgttttcaagag 164  Q
    ||| |||| | ||||||  ||||| ||||||||    
T  1358085 cttttttattggatcaagctttgtattcaagag 1358117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Original strand, 29954703 - 29955031
Alignment:
Q  1 aatcgtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29954703 aatcgtttggaaaacatgggcacctcaacttaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaag 29954802  T
Q  101 cttcattttggtcatgtacttgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaa 200  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||| |||||||||||||    
T  29954803 cttcattttgggcatgtccttgtgacattgccttatttacctgaccaatgtttgttttcaagagcactagaagaaaagaaggtggcaattgaggtaccaa 29954902  T
Q  201 ggaatgagcaagatgggtcctttactagggactctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatctataggaaaaatgccaa 300  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||    
T  29954903 ggagtgagcaagatgggtcctttactagggactcgatagcccaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatgtatcggaataatgccaa 29955002  T
Q  301 agatatgggaaaggttttcagttcaaaag 329  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29955003 agatatggaaaaggttttcagttcaaaag 29955031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 5 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 51369746 - 51369422
Alignment:
Q  5 gtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttc 104  Q
    ||||||||||| |||| ||||||  | || ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||| |||||| |||||    
T  51369746 gtttggaaaacctgggtaccccagatcaaaatcttagctcatccatcaattggtggatgtatgagtcactgtggtggaagttcagtcgttgagatgcttc 51369647  T
Q  105 attttggtcatgtacttgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaaggaa 204  Q
    || |||| ||||| ||||| |||||||||||| || |||| || ||||||| | |||||  ||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||     
T  51369646 atcttgggcatgttcttgtcacattgccttatatacttgaccagtgtttgtatgcaagattactagaagaaaagaaagtggctgttgaagtaccaaggag 51369547  T
Q  205 tgagcaagatgggtcctttactagggactctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatctataggaaaaatgccaaagat 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |  |  ||||||||||| ||||||    
T  51369546 tgagcaagatgggtcctttactagggactctgtagccaaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaaggtagcacgtgcaggaaaaatgctaaagat 51369447  T
Q  305 atgggaaaggttttcagttcaaaag 329  Q
    ||||||||  |||||||||||||||    
T  51369446 atgggaaaaattttcagttcaaaag 51369422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 5 - 329
Target Start/End: Original strand, 11532020 - 11532344
Alignment:
Q  5 gtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttc 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11532020 gtttggaaaacatgggcaccacaacttaagatcttagcacatggatcaatcggtggatgtatgagtcactgtggttcaggttcagtcattgagaagcttc 11532119  T
Q  105 attttggtcatgtacttgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaaggaa 204  Q
    ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||     
T  11532120 attttgggcatgctcttgtgacattgccttatttaattgaccaatgtttgttctcaagagtactagaagaaaagaaagtggctattgaggtaccaaggag 11532219  T
Q  205 tgagcaagatgggtcctttactagggactctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatctataggaaaaatgccaaagat 304  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  || || || ||||||||||||    
T  11532220 tgagaaagacgggtcctttactagggactcagtagccaaaacattgaggttggtaataatggatgaggaaggaagtacgtacagaaacaatgccaaagat 11532319  T
Q  305 atgggaaaggttttcagttcaaaag 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  11532320 atgggaaaggttttcagttcaaaag 11532344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 5 - 329
Target Start/End: Original strand, 12846685 - 12847009
Alignment:
Q  5 gtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttc 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  12846685 gtttggaaaacatgggcaccccagcttaagatcttatcccatggagcaattggggggtgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagctcc 12846784  T
Q  105 attttggtcatgtacttgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaaggaa 204  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||| |||||||| ||||| |     
T  12846785 attttggacatgttcttgttacattgccttatttgctagatcaatgtttgttttcaagagaactagctgaaaagaaagtggccattgaggttccaagaag 12846884  T
Q  205 tgagcaagatgggtcctttactagggactctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatctataggaaaaatgccaaagat 304  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||| | |||||  |||||||||||| |||||| ||||||  ||||||| ||| || ||||| ||||| |||||     
T  12846885 tgaggaggatgggtcctttactagggactttgtagccctaacattgaggttagcaataatggatgccgaaggaattatttacaggaacaatgcaaaagag 12846984  T
Q  305 atgggaaaggttttcagttcaaaag 329  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||    
T  12846985 atgggcaagattttcagttcaaaag 12847009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 5 - 329
Target Start/End: Original strand, 14589130 - 14589454
Alignment:
Q  5 gtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttc 104  Q
    ||||||||||| |||| ||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||| |||| | ||||     
T  14589130 gtttggaaaacttgggtaccccagtttaagatcttaactcatggatcaattggtggttgtatgactcattgtggtccaagttcagtctttgaaatgcttt 14589229  T
Q  105 attttggtcatgtacttgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaaggaa 204  Q
    || |||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||     
T  14589230 atcttgggcatgttcttgtgacattgccttatttacttgaccaatgtttgtttgcaagagtactagaagaaaagaaagtggctgttgaggtaccaaggag 14589329  T
Q  205 tgagcaagatgggtcctttactagggactctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatctataggaaaaatgccaaagat 304  Q
    ||||| ||||||| || ||| |||||||| | | || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||     
T  14589330 tgagccagatggggccattaatagggactgtgttgctaaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaaggaagtatttacaggaacaatgccaaagaa 14589429  T
Q  305 atgggaaaggttttcagttcaaaag 329  Q
    |||||||||||| | ||||||||||    
T  14589430 atgggaaaggttgtgagttcaaaag 14589454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 5 - 329
Target Start/End: Original strand, 14622788 - 14623112
Alignment:
Q  5 gtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttc 104  Q
    ||||||||||| |||||||||||  | ||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||| |  ||||||||||||| | |||||    
T  14622788 gtttggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatgaatcaattagtggttgtatgactcattgtggtcccagttcagtcattgaaatgcttc 14622887  T
Q  105 attttggtcatgtacttgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaaggaa 204  Q
    || |||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||     
T  14622888 atcttgggcatgttcttgtgacattgccttatttacttgaccaatgtttgtttgcaagagtactagaagaaaagaaagtggctgttgaggtaccaaggag 14622987  T
Q  205 tgagcaagatgggtcctttactagggactctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatctataggaaaaatgccaaagat 304  Q
    ||||| ||||||| || ||| |||||||| | | || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||     
T  14622988 tgagccagatggggccattaatagggactgtgttgctaaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaaggaagtatttacaggaacaatgccaaagac 14623087  T
Q  305 atgggaaaggttttcagttcaaaag 329  Q
    |||||||||||| | ||||||||||    
T  14623088 atgggaaaggttgtgagttcaaaag 14623112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University