View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13942_low_11 (Length: 335)

Name: NF13942_low_11
Description: NF13942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13942_low_11
NF13942_low_11
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-326)||(20492522-20492847)
chr2 (16-309)||(1361754-1362047)
chr2 (16-309)||(1354868-1355161)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-310)||(29954403-29954712)
chr4 (1-312)||(51369741-51370052)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-306)||(11531721-11532025)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (16-310)||(14588826-14589120)
chr6 (16-310)||(14622484-14622778)
chr6 (1-310)||(12846381-12846690)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 20492847 - 20492522
Alignment:
Q  1 ccaaacgattccatattcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaattcaagtgtaccttctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggtaaccta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20492847 ccaaacgattccatattcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaattcaagtgtaccttctttaaggtttttcaaagcccaaaagaaaggtaaccta 20492748  T
Q  101 gattgctcaattccatgagctaactcagttagatcttgttgatttaactttaactcgctcccgaatccaatgtaaacaaccgaagatgattcttttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20492747 gattgctcaattccatgagctaactcagttagatcttgttgatttaactttaactcgctcccgaatccaatgtaaacaaccgaagatgattcttttgaat 20492648  T
Q  201 ccaaccaagccttgatattcacccaatccgggtcattttcttcttcctcgttgtctcttatctgcatggatggtggaagtattccaactggaaccacagg 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20492647 ccaaccaagccttgattttcacccaatcagggtcgttttcttcttcctcattgtctcttatctgcatggatggtggaagtattccaactggaaccacagg 20492548  T
Q  301 aaccttgtatcgatccgaagtataat 326  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||    
T  20492547 aaccttgtatcgatccgaaatataat 20492522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 1362047 - 1361754
Alignment:
Q  16 ttcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaattcaagtgtaccttctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggtaacctagattgctcaattcca 115  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||| |||  |||||||||||    
T  1362047 ttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagcccaaaagaaagacaacccagaaagctcaattcca 1361948  T
Q  116 tgagctaactcagttagatcttgttgatttaactttaactcgctcccgaatccaatgtaaacaaccgaagatgattcttttgaatccaaccaagccttga 215  Q
    ||||| |||||||||| ||| |  ||| | ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  | ||||    
T  1361947 tgagccaactcagttaaatcattctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctttga 1361848  T
Q  216 tattcacccaatccgggtcattttcttcttcctcgttgtctcttatctgcatggatggtggaagtattccaactggaaccacaggaaccttgta 309  Q
    | ||||||||||| || |  || ||||| || || | ||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  1361847 ttttcacccaatcaggattgttctcttcctcttcatcgtctcttatctgcatagatggtggaagcaacccaacaggaacgacaggaaccttgta 1361754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 16 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 1355161 - 1354868
Alignment:
Q  16 ttcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaattcaagtgtaccttctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggtaacctagattgctcaattcca 115  Q
    |||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||  |||| |||  |||||||||||    
T  1355161 ttctttcgtcctttcctcgaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaagacaacccagaaagctcaattcca 1355062  T
Q  116 tgagctaactcagttagatcttgttgatttaactttaactcgctcccgaatccaatgtaaacaaccgaagatgattcttttgaatccaaccaagccttga 215  Q
    | ||| |||||||||| |||||  ||| | ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  | ||||    
T  1355061 taagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctttga 1354962  T
Q  216 tattcacccaatccgggtcattttcttcttcctcgttgtctcttatctgcatggatggtggaagtattccaactggaaccacaggaaccttgta 309  Q
    | ||||||||||| || |  || ||||| || || |  |||||||||||||| || |||||||  |  ||||| ||||| |||||||| |||||    
T  1354961 ttttcacccaatcaggattgttctcttcctcttcatcatctcttatctgcatagaaggtggaatcaacccaacaggaacaacaggaacattgta 1354868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 29954712 - 29954403
Alignment:
Q  1 ccaaacgattccatattcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaattcaagtgtaccttctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggtaaccta 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29954712 ccaaacgattccacattcttttgttctttcctcaaatcctttaggtaattcaagtgtaccctctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggcaaccta 29954613  T
Q  101 gattgctcaattccatgagctaactcagttagatcttgttgatttaactttaactcgctcccgaatccaatgtaaacaaccgaagatgattcttttgaat 200  Q
    ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29954612 gaaagctcaattccatgcgctaactcagttagatcttgttggcttaacttcaactcgctcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattcttttgaat 29954513  T
Q  201 ccaaccaagccttgatattcacccaatccgggtcattttcttcttcctcgttgtctcttatctgcatggatggtggaagtattccaactggaaccacagg 300  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||   ||||   ||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29954512 ccaaccatgccttgattttcacccaactagggttgctttcttcctcttcgtcgtctcttatctgcatggatggtggaagcattccaactggaaccacagg 29954413  T
Q  301 aaccttgtat 310  Q
    ||| ||||||    
T  29954412 aactttgtat 29954403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Original strand, 51369741 - 51370052
Alignment:
Q  1 ccaaacgattccatattcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaattcaagtgtaccttctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggtaaccta 100  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||| || |||||||  |||||||||  |  ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  51369741 ccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcgaatccttgaggtaattcagatacaccgtctttacgatctttcaaagcccaaaagaaaggtaaccca 51369840  T
Q  101 gattgctcaattccatgagctaactcagttagatcttgttgatttaactttaactcgctcccgaatccaatgtaaacaaccgaagatgattcttttgaat 200  Q
    ||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  51369841 gaaagttcaattccatgagctaactcagttaaatcttgttgatctaactttgactcgcttccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattcttttgagt 51369940  T
Q  201 ccaaccaagccttgatattcacccaatccgggtcattttcttcttcctcgttgtctcttatctgcatggatggtggaagtattccaactggaaccacagg 300  Q
    ||||||| |||||||| |  |||||||| ||||  ||||| || |  | || ||||||||| |||| |||||||||||| | |||||| |||| ||||||    
T  51369941 ccaaccatgccttgatgtggacccaatcagggttgttttcatcatgttggtcgtctcttatatgcaaggatggtggaagaactccaacaggaagcacagg 51370040  T
Q  301 aaccttgtatcg 312  Q
    ||||||||||||    
T  51370041 aaccttgtatcg 51370052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 158; Significance: 5e-84; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 11532025 - 11531721
Alignment:
Q  1 ccaaacgattccatattcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaattcaagtgtaccttctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggtaaccta 100  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11532025 ccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcaaattctttaggtaattcaagtgtaccctctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggcaaccta 11531926  T
Q  101 gattgctcaattccatgagctaactcagttagatcttgttgatttaactttaactcgctcccgaatccaatgtaaacaaccgaagatgattcttttgaat 200  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  ||   ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  11531925 gaaagctcaattccatgagctaactcaattagatcttgttgacttattttcgtctcgctcccaaatccaatgtaaacaacagaagacgattcttttgaat 11531826  T
Q  201 ccaaccaagccttgatattcacccaatccgggtcattttcttcttcctcgttgtctcttatctgcatggatggtggaagtattccaactggaaccacagg 300  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||||||  |||  |||||||| |  ||||  |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |    
T  11531825 ccaaccatgccttgattttcatccaatcaaggttgttttcttcct-ttcgtcttctcttatctgcatggatggtggaagcaatccaactggaaccacacg 11531727  T
Q  301 aacctt 306  Q
    ||||||    
T  11531726 aacctt 11531721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 143; Significance: 4e-75; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 16 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 14589120 - 14588826
Alignment:
Q  16 ttcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaattcaagtgtaccttctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggtaacctagattgctcaattcca 115  Q
    ||||||||||||||| || || ||||  || |||||||||  ||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  14589120 ttcttttgttctttcctcgaaccctttaggcaattcaagtacaccctctttaagatcttttaaagcccaaaagaacggtaacctagaaagctcaattcca 14589021  T
Q  116 tgagctaactcagttagatcttgttgatttaactttaactcgctcccgaatccaatgtaaacaaccgaagatgattcttttgaatccaaccaagccttga 215  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14589020 tgagctaactcagttatatcttgttgacttaacttcgactcgctcccaaatccaatgtaaacaatagaagatgattcttttgaatccaaccatgccttga 14588921  T
Q  216 tattcacccaatccgggtcattttcttcttcctcgttgtctcttatctgcatggatggtggaagtattccaactggaaccacaggaaccttgtat 310  Q
    | |||||||| || || |  ||||| ||||| ||||  |||||||||||||| | ||||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||    
T  14588920 ttttcacccattcaggattcttttcatcttcttcgtcatctcttatctgcataggtggtggaagcaatccgaccggaaccacaggaaccttgtat 14588826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 16 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 14622778 - 14622484
Alignment:
Q  16 ttcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaattcaagtgtaccttctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggtaacctagattgctcaattcca 115  Q
    ||||||||||||||| || || ||||  || |||||||||  ||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  14622778 ttcttttgttctttcctcgaaccctttaggcaattcaagtacaccctctttaagatcttttaaagcccaaaagaacggtaacctagaaagctcaattcca 14622679  T
Q  116 tgagctaactcagttagatcttgttgatttaactttaactcgctcccgaatccaatgtaaacaaccgaagatgattcttttgaatccaaccaagccttga 215  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14622678 tgagctaactcagttatatcttgttgacttaacttcgactcgctcccaaatccaatgtaaacaatagaagatgattcttttgaatccaaccatgccttga 14622579  T
Q  216 tattcacccaatccgggtcattttcttcttcctcgttgtctcttatctgcatggatggtggaagtattccaactggaaccacaggaaccttgtat 310  Q
    | |||||||| || || |  ||||| ||||| ||||  |||||||||||||| | ||||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||    
T  14622578 ttttcacccagtcaggattcttttcatcttcttcgtcatctcttatctgcataggtggtggaagcaatccgaccggaaccacaggaaccttgtat 14622484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 12846690 - 12846381
Alignment:
Q  1 ccaaacgattccatattcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaattcaagtgtaccttctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggtaaccta 100  Q
    |||||| ||||||  |||||| ||||  ||||| |||||||  ||||| ||||||||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12846690 ccaaacaattccacgttctttggttcgatcttcgaatcctttaggtaactcaagtgtacccttttttaggtttttcaaagcccaaaagaaaggtaaccta 12846591  T
Q  101 gattgctcaattccatgagctaactcagttagatcttgttgatttaactttaactcgctcccgaatccaatgtaaacaaccgaagatgattcttttgaat 200  Q
    ||  ||||||||||||||||||| || |||||||||| |||  ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  12846590 gaaagctcaattccatgagctaattcggttagatctttttgcgttaacctcaactcgctcccaaatccaatgtaaacaacggaagatgattctcttgaat 12846491  T
Q  201 ccaaccaagccttgatattcacccaatccgggtcattttcttcttcctcgttgtctcttatctgcatggatggtggaagtattccaactggaaccacagg 300  Q
    ||| |||    || || |||| |||||| || |  || ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||  |||| |||||    
T  12846490 ccagccatttttttattttcaaccaatcaggatggttctcttcctcctcatcgtctcttatctgcatagatggtggaagcaacccaacaagaacgacagg 12846391  T
Q  301 aaccttgtat 310  Q
    | ||||||||    
T  12846390 agccttgtat 12846381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University