View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13943_high_18 (Length: 445)

Name: NF13943_high_18
Description: NF13943
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13943_high_18
NF13943_high_18
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (1-429)||(21666524-21666952)
chr7 (40-415)||(21697688-21698063)
chr7 (84-416)||(21786703-21787035)
chr7 (66-416)||(21789443-21789793)
chr7 (85-415)||(21682965-21683295)
chr7 (85-415)||(21717038-21717368)
chr7 (18-416)||(15714850-15715254)
chr7 (85-393)||(21727738-21728046)
chr7 (84-416)||(21773175-21773507)
chr7 (80-416)||(21653169-21653505)
chr7 (83-415)||(21647845-21648177)
chr7 (83-415)||(21657750-21658082)
chr7 (83-416)||(21630067-21630400)
chr7 (83-416)||(21793101-21793434)
chr7 (66-415)||(21710998-21711347)
chr7 (166-415)||(21994617-21994866)
chr7 (47-415)||(21765184-21765549)
chr7 (88-415)||(21705599-21705923)
chr7 (245-415)||(21803709-21803876)
chr7 (85-160)||(21727039-21727114)
chr7 (18-55)||(21629930-21629967)
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (42-415)||(26523-26893)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Original strand, 21666524 - 21666952
Alignment:
Q  1 tccacaaaaattgattaagaagcttcttcaaaaaataaagaaatggagtcagaagaagaaagaattcaagctgattacgtataggaacatacaagatcta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21666524 tccacaaaaattgattaagaagcttcttcaaaaaataaagaaatggagtcagaagaagaaagagttcaagctgattacgtataggaacatacaagatcta 21666623  T
Q  101 aaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaaaactgactcttcctgaga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  21666624 aaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgcaggatggttcgctgcgaaactgactcttcctgaga 21666723  T
Q  201 tcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacgggatttgttcttttgcagc 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21666724 tcgttgtggacgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagattttaagaatgactacgggatttgttcttttgcagc 21666823  T
Q  301 tttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagtgatgaggaagttgccaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21666824 tttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagtgatgaggaagttgccaat 21666923  T
Q  401 attttcaatatcataaccactgatgtgat 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21666924 attttcaatatcataaccactgatgtgat 21666952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 40 - 415
Target Start/End: Original strand, 21697688 - 21698063
Alignment:
Q  40 gaaatggagtcagaagaagaaagaattcaagctgattacgtataggaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacga 139  Q
    |||| |||||||| |||||||  | ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  21697688 gaaagggagtcaggagaagaataagttcgagatgattacatataggaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagacttaagtcaagcaagacacaa 21697787  T
Q  140 tggctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaaaactgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaata 239  Q
     | |  |||||| | ||||||| || ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||  || ||  ||||||     
T  21697788 agcccaagagacatggatttctgcgaaggatggttcgctgcgacactgactctacctgagatcgttgtggacgacacattagcctttacttatctcaatc 21697887  T
Q  240 agatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacgggatttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgag 339  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||     
T  21697888 tgatagcatatgagatgtgtcccgattttaagaacgactacgtaatttgttcttatgtagctttcatggagtcactcattgaccatcctgaagatgtgaa 21697987  T
Q  340 ggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagtgatgaggaagttgccaatattttcaatatcata 415  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  21697988 ggaattgagatcaaaacggattttgctcaattgccttgggagtgatgaggaagttgccaaacttttcaatatcata 21698063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 84 - 416
Target Start/End: Original strand, 21786703 - 21787035
Alignment:
Q  84 ggaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaaa 183  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||| |    
T  21786703 ggaacatacaagatctaagagctgtaggaataagacttaagtcaagcaagacacgaaggccaagagacatagatttctccgaaggattgttcgctgcaga 21786802  T
Q  184 actgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacggg 283  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  21786803 actgactcttcctgagatcgttgtggacgacacttcagccgctactttcctcaacctgatagcatatgagatgtgtccagattttgacaacgactacggg 21786902  T
Q  284 atttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagtg 383  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||| | |  | | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  21786903 atttgttcttttgcagctttcatggactcgcttatcgacaatcctgaagatgtcaagttactaagatcaaaagggattttgctcaattcccttgggagtg 21787002  T
Q  384 atgaggaagttgccaatattttcaatatcataa 416  Q
    |||||||||||||  |  |||||||||||||||    
T  21787003 atgaggaagttgctgaacttttcaatatcataa 21787035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 66 - 416
Target Start/End: Original strand, 21789443 - 21789793
Alignment:
Q  66 tcaagctgattacgtataggaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgc 165  Q
    ||||| |||| || || |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||   ||||||  |||  | |||| |||||||||| ||    
T  21789443 tcaagatgatgacatacaggagcatacaagatctaagagcagtcggaataagacttaagtcaagtgcgacacggaggccaacagacgtagatttctctgc 21789542  T
Q  166 aggatggtttgctgcaaaactgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagat 265  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | | |||||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  21789543 aggatggttcgctgcgaaactgactcttcctgagatcgttgtggacgacacttcagccgcaactttcctcaacctgatagcatatgagatgtgtccagat 21789642  T
Q  266 tttaagaacgactacgggatttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgc 365  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21789643 tttgagaacgactacggaatttgttcgtttgcagctttcatggactcactcattgaccgtcctgaagatgtgaaggaattgagatcaaaagggattttgc 21789742  T
Q  366 tcaattgctttgggagtgatgaggaagttgccaatattttcaatatcataa 416  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  21789743 tcaattcccttgggagtgatgaggaagttgccgattttttcaatatcataa 21789793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 85 - 415
Target Start/End: Original strand, 21682965 - 21683295
Alignment:
Q  85 gaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaaaa 184  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  | |||| |||||||| ||| |||||||||  ||||| ||    
T  21682965 gaacataaaagatctaaaagcactaggaataagacttaagtcaagcaagacacgaaggccaaaagacatagatttcaccgaaggatggttcactgcagaa 21683064  T
Q  185 ctgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacggga 284  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |    
T  21683065 ctaactcttcctgagatcgttgtggacgacacatcagccactactttcctcaacctgatagcatatgagatgtgtccaaattttgacaacgactacggaa 21683164  T
Q  285 tttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagtga 384  Q
    |||||||||||| |||||| || || || || |||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||    
T  21683165 tttgttcttttgtagcttttatggactcgctcatcgaccatcctgaagatgtgaaggtactgagatcaaaaggaattttgctcaattcccttgggagtga 21683264  T
Q  385 tgaggaagttgccaatattttcaatatcata 415  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  21683265 tgaggaagttgccgaacttttcaatatcata 21683295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 85 - 415
Target Start/End: Original strand, 21717038 - 21717368
Alignment:
Q  85 gaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaaaa 184  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||| |||||||||  ||||  ||    
T  21717038 gaacataaaagatctaaaagcattaggaataagacttaagtcaagcaagacacgaaggccaagagacatagatttctccgaaggatggttcactgctgaa 21717137  T
Q  185 ctgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacggga 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||     
T  21717138 ctgactcttcctgagatcgttgtggacgacacttcagccgctactttcctcaacctgattgcatatgagatgtgtccagattttaacaacgactatgggt 21717237  T
Q  285 tttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagtga 384  Q
    ||||||||||||||||||| ||    || |||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  21717238 tttgttcttttgcagcttttatgtgctcgcttatcaaccatcctgaagatgtgaaggtactgagatcaaaagggattttgctcaattcccttgggagtga 21717337  T
Q  385 tgaggaagttgccaatattttcaatatcata 415  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  21717338 tgaggaagttgccgaacttttcaatatcata 21717368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 18 - 416
Target Start/End: Original strand, 15714850 - 15715254
Alignment:
Q  18 agaagcttcttcaaaaaataaagaaatggagtcagaagaa------gaaagaattcaagctgattacgtataggaacatacaagatctaaaagcagtagg 111  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||      | || |  ||  ||||||||| || |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  15714850 agaagcttcttcaacaaataaagaaatggagtgagaagaattcggaggaaaacatcccgctgattacatacaggagcatacaagatctaagagcagtagg 15714949  T
Q  112 aataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaaaactgactcttcctgagatcgttgtggat 211  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| | |||  | |||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||  ||||||     
T  15714950 aataagacttaagtcaagcaagacacaaaggccaacagagatagatttctctgcaggatggtttgctgcgaaactgactcttcctcggatccgtgtggac 15715049  T
Q  212 gacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacgggatttgttcttttgcagctttcatcgagt 311  Q
     ||||  ||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| ||| ||||||||| |||||||| | |  |    
T  15715050 aacactacagccgctactttcctcaaccagatagcatatgagatttgtccagattttgataacgactacgagatctgttctttttcagctttcttggcct 15715149  T
Q  312 cacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagtgatgaggaagttgccaatattttcaatat 411  Q
    | || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  15715150 cgctcatcgaccgtcctgaagatgtgaaggaattgagatcaaaagggattttgctcaatttacttgggagtgatgaggaagttgtcaatcttttcaatat 15715249  T
Q  412 cataa 416  Q
    |||||    
T  15715250 cataa 15715254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 85 - 393
Target Start/End: Original strand, 21727738 - 21728046
Alignment:
Q  85 gaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaaaa 184  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||  |||||| |||||||||||| |||||||||  ||||| ||    
T  21727738 gaacataaaagatctaaaagcattaggaataagacttaagtcaagcaagagacgaaggccaagagacatagatttctccgaaggatggttcactgcagaa 21727837  T
Q  185 ctgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacggga 284  Q
    || |||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| ||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |    
T  21727838 ctaactcttcccgagatcgttgtggacaacatatcagccgctactttcctcaacctgatagcatatgagatgtgtccagattttgacaacgattacggaa 21727937  T
Q  285 tttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagtga 384  Q
    |||||||||||| | |||| || || |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||    
T  21727938 tttgttcttttgtatcttttatggactcacttatcgaccatcctgaagatgtgaaggaaatgagatcaaaagggatttcgctcaattcccttgggagtga 21728037  T
Q  385 tgaggaagt 393  Q
    |||||||||    
T  21728038 tgaggaagt 21728046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 84 - 416
Target Start/End: Original strand, 21773175 - 21773507
Alignment:
Q  84 ggaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaaa 183  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||||   ||||||||||||||||  || |||  |||||| |||||||||| | ||||| |||  ||||| |    
T  21773175 ggaacatacaagatctaagagatgtaggaataaattttaagtcaagcaagacgagaaggccaagagacatagatttctctgaaggattgttcactgcaga 21773274  T
Q  184 actgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacggg 283  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  21773275 actgactcttcctgagattgttgtggacgactcatcagccactacattcctcaacctgatagcatatgagatgtgtccagattttcataacgactacggg 21773374  T
Q  284 atttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagtg 383  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||| ||||||||||||||| |  | |||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  21773375 atttgttcttttgcagcgttcatggactcgcttatcgacaatcctgaagatgtgaagttactgagatcaaaagagattttgctcaattcccttgggagtg 21773474  T
Q  384 atgaggaagttgccaatattttcaatatcataa 416  Q
    |||||||||||||  |  |||||||||||||||    
T  21773475 atgaggaagttgctgaacttttcaatatcataa 21773507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 80 - 416
Target Start/End: Original strand, 21653169 - 21653505
Alignment:
Q  80 tataggaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctg 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||   |||||  |||  | |||| |  |||||| || ||||||| || | |    
T  21653169 tataggaacatacaagatctaaaagcagcaggagtaagatttaagtcaagcttcacacgtaggccaaaagacattaatttctacgaaggatggcttaccg 21653268  T
Q  180 caaaactgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgacta 279  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  21653269 caaaactaattcttcctgagatcgttgtggacgacacttcagccactactttcctcaacttgatagcatatgagatgtgtcctgattttgagaacgacta 21653368  T
Q  280 cgggatttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttggg 379  Q
     || ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||  ||||||||||||||| || | | ||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  21653369 tggaatttgttcttttgcagctttcattgactcacttattgaagatcctgaagatgtgaaggtactaagatcaaaagggattttgctcaattcccttggg 21653468  T
Q  380 agtgatgaggaagttgccaatattttcaatatcataa 416  Q
    |||||||||||| | | |||| ||||||| |||||||    
T  21653469 agtgatgaggaactcgtcaattttttcaaaatcataa 21653505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 83 - 415
Target Start/End: Original strand, 21647845 - 21648177
Alignment:
Q  83 aggaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaa 182  Q
    |||| |||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| | |  |||||||| |||||||| | |||||||||   |||||    
T  21647845 aggagcatacaagatctaagaaaagtaggaataagacttaagtcaagcatgactcgaagtccaagagacttggatttctctgaaggatggttgattgcaa 21647944  T
Q  183 aactgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacgg 282  Q
    | || ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||  |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  21647945 agctaactctacctgagatcgttgtggacgactcatcagctactacttatctcaacctgatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacaactacag 21648044  T
Q  283 gatttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagt 382  Q
     ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||     
T  21648045 aatttgttcttttgcagctttcatggactcactcatcgaccatcctgaagttgtgaagctattgagatcaaaagagattttgctcaattcccttgggagc 21648144  T
Q  383 gatgaggaagttgccaatattttcaatatcata 415  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||| ||||||    
T  21648145 gatgaggaaattgccgatcttttcaaaatcata 21648177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 83 - 415
Target Start/End: Original strand, 21657750 - 21658082
Alignment:
Q  83 aggaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaa 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||| |||||| ||||||||| || |||||||||  |||||     
T  21657750 aggaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagacttaagtcaagcatgacacaaaggctaagagacatagatttctgcggaggatggttctctgcag 21657849  T
Q  183 aactgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacgg 282  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||    |||  ||||||  ||  |||| |||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||    
T  21657850 aactgactcttcctatgatcattgtgtccaacagttcagcccatacgttccgcaacctgatagcatatgagatgtgtccagattttgagaacgattatgg 21657949  T
Q  283 gatttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagt 382  Q
     ||||||||||||| | ||||||| || || || ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||    
T  21657950 aatttgttcttttgtaactttcatggactcgctcatcgaccatcctgaagacgtgaaggaattgagatcaaaagggattttggccaaatgccttggcagt 21658049  T
Q  383 gatgaggaagttgccaatattttcaatatcata 415  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  21658050 gatgaggatgttgccaatcttttcaatatcata 21658082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 83 - 416
Target Start/End: Original strand, 21630067 - 21630400
Alignment:
Q  83 aggaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaa 182  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||| | |||  |||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||     
T  21630067 aggaacatacaagatctaaaagctgtaggaataagacttaagacaagcatgacacaaaggccaagagacatagatttctgcggaggatggttcgctgcag 21630166  T
Q  183 aactgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacgg 282  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||    ||   ||||||  ||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||     
T  21630167 aactgactcttcctatgatcattgtgaccaacggttcagcccatatgttcctcaacctgatagcatatgagatgtgtccagattttgagaacgattacga 21630266  T
Q  283 gatttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagt 382  Q
     ||||||||||||  ||||||||| || || || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    ||||||||    
T  21630267 aatttgttcttttctagctttcatggactcgctcatcgaccatcctgaagacgtgaaggaattgagatcaaatgggattttgctcaataaacttgggagt 21630366  T
Q  383 gatgaggaagttgccaatattttcaatatcataa 416  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  21630367 gatgaggaagttgcccatcttttcaatatcataa 21630400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 83 - 416
Target Start/End: Original strand, 21793101 - 21793434
Alignment:
Q  83 aggaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaa 182  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| | | |  | |||| || |||||||||  ||||||||  |||||     
T  21793101 aggaacatacaagatctaaaagctgtaggaataagacttaagtcaagcaatacaccaagcccaaaagacatacatttctccgatggatggttcactgcag 21793200  T
Q  183 aactgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacgg 282  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||   ||||  |||||| ||| |||| ||||   || ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||     
T  21793201 aactgactcttcctatgatcattgtgaccgacagttcagcctctactttcttcaacctgacagcatatgagatgtgtccagattttgagaacaaatacga 21793300  T
Q  283 gatttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagt 382  Q
     ||||||||||||| || |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    ||||||||    
T  21793301 aatttgttcttttgtagttttcatggagtcactcatcgaccatcctgaagatgtgaaggaattgagatcaaaagggattttgcgcaataaacttgggagt 21793400  T
Q  383 gatgaggaagttgccaatattttcaatatcataa 416  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  21793401 gatgaggaagttgcccatcttttcaatatcataa 21793434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 66 - 415
Target Start/End: Original strand, 21710998 - 21711347
Alignment:
Q  66 tcaagctgattacgtataggaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgc 165  Q
    ||||| |||| || || |||| |||| ||||||||| |  | ||||||||||| ||||||| |||||||||| | | |  |||||| | ||||||||||     
T  21710998 tcaagatgatgacatacaggagcataaaagatctaagaaaaataggaataagacttaagtctagcaagacacaaagtccaagagacatggatttctccga 21711097  T
Q  166 aggatggtttgctgcaaaactgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagat 265  Q
    |||||| || | ||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||    ||||| ||||||||||||||||||    
T  21711098 aggatgattggttgcaaaactgacattacctgagatcgttgtggacgacacatcagctgctactttcctcaacttaatagcgtatgagatgtgtccagat 21711197  T
Q  266 tttaagaacgactacgggatttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgc 365  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| || ||||| || || ||||||||||| |||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  21711198 tttaagaacgactatggattttgttcttttgcagctttcatggactcactcattgagcatcctgaagaagtgaagctattgagatcaaaagggattttgc 21711297  T
Q  366 tcaattgctttgggagtgatgaggaagttgccaatattttcaatatcata 415  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||    
T  21711298 tcaattcccttgggagtgatgaggaaattgccgatcttttcaaaatcata 21711347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 166 - 415
Target Start/End: Original strand, 21994617 - 21994866
Alignment:
Q  166 aggatggtttgctgcaaaactgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagat 265  Q
    |||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||| | |||| ||   ||||||||| |||||||||||||||    
T  21994617 aggatggttcactgcgaaattgactcttcctgagatcgttgtggacgatagatcagccgctactatccttaacctgatagcatacgagatgtgtccagat 21994716  T
Q  266 tttaagaacgactacgggatttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgc 365  Q
    ||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  21994717 tttgagaacgactatggaatttgttcttttgcaactttcatggactcactcatcgaccatcctgaagatgtgaagttattgagatcaaaagggattttgc 21994816  T
Q  366 tcaattgctttgggagtgatgaggaagttgccaatattttcaatatcata 415  Q
    ||||||    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  21994817 tcaattcaccttggagtgatgaggaagttgccaatcttttcaatagcata 21994866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 47 - 415
Target Start/End: Original strand, 21765184 - 21765549
Alignment:
Q  47 agtcagaagaagaaagaattcaagctgattacgtataggaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctga 146  Q
    |||| ||||||||| || ||||| | |||||| || |||  |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||   ||| |  |||  |    
T  21765184 agtctgaagaagaatgagttcaaaccgattacatacaggggcatagaagatctaagagcagtaggaataagacttaagacaagcgcaacaaggaggccaa 21765283  T
Q  147 gagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaaaactgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagc 246  Q
     |||| |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||  |||  |||| |  ||    ||||| ||| ||| |||||   ||||||    
T  21765284 cagacgtagatttcactgcaggatggtttactgcaaaactgactattcctgtaatctatgtgaacaaccttgcagcctctaatttactcaacctgatagc 21765383  T
Q  247 atatgagatgtgtccagattttaagaacgactacgggatttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattg 346  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||  ||||| ||||||| || |||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||    
T  21765384 atatgagatgtgtccagattttgacaacgactgtgggatctgttcttatgtagctttgatggactcactcatcgaccatccggaagatgtgaaggtattg 21765483  T
Q  347 agatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagtgatgaggaagttgccaatattttcaatatcata 415  Q
    ||||||||||||||||||  ||   | ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21765484 agatcaaaagggattttgtgca--cggttt-ggagtgatgaggaagttgccagtcttttcaatatcata 21765549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 88 - 415
Target Start/End: Original strand, 21705599 - 21705923
Alignment:
Q  88 catacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaaaactg 187  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||   ||| |  |||  | |||| |||||||| | |||||||||||| |||||||||||    
T  21705599 catagaagatctaagagcagtaggaataagacttaaggcaagcgcaacagggaggccaacagacgtagatttcactgcaggatggtttactgcaaaactg 21705698  T
Q  188 actcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataagatagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacgggattt 287  Q
    ||| ||||||  |||  |||| |  ||    ||||| ||| ||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  ||||| |    
T  21705699 actattcctgtaatctatgtgaacaaccttgcagcctctactttactcaacctgatagcatatgagatgtgtccagattttgacaacgactgtgggatct 21705798  T
Q  288 gttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagtgatga 387  Q
    |||||| || |||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||  ||   | ||| ||||||||||    
T  21705799 gttcttatgtagctttgatggactcactcatcgaccatccggaagatgtgaaggtattgagatcaaaagggattttgtgca--cggttt-ggagtgatga 21705895  T
Q  388 ggaagttgccaatattttcaatatcata 415  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21705896 ggaagttgccagtcttttcaatatcata 21705923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 245 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 21803876 - 21803709
Alignment:
Q  245 gcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacgggatttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgagggaat 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| || ||||||||| || || || || ||||||||||||||||||| || ||    
T  21803876 gcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactatgagttttgttcttatgtagctttcatggactctctcattgaccatcctgaagatgtgaaggcat 21803777  T
Q  345 tgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagtgatgaggaagttgccaatattttcaatatcata 415  Q
    ||||||||||||||||||||  ||    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21803776 tgagatcaaaagggattttgtgca---ccttttggagtgatgaggaagttgccaatcttttcaatatcata 21803709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 160
Target Start/End: Original strand, 21727039 - 21727114
Alignment:
Q  85 gaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatggctgagagacttagatttc 160  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||  |||||| || |||||    
T  21727039 gaacataaaagatctaaaagcactaggaataagacttaagtcaagcaagatacgaaggccaagagacataaatttc 21727114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 55
Target Start/End: Original strand, 21629930 - 21629967
Alignment:
Q  18 agaagcttcttcaaaaaataaagaaatggagtcagaag 55  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  21629930 agaagcttcttcaaaaaataaagatatggagtcggaag 21629967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 42 - 415
Target Start/End: Original strand, 26523 - 26893
Alignment:
Q  42 aatggagtcagaagaagaaagaattcaagctgattacgtataggaacatacaagatctaaaagcagtaggaataagagttaagtcaagcaagacacgatg 141  Q
    |||| ||||||||||| || || | ||||| |||||| || |||  |||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||   |||| |      
T  26523 aatgcagtcagaagaaaaatgagtccaagccgattacatacaggggcatagaagatctaagagcagtaggaataagtcttaaggcaagctttacaccaaa 26622  T
Q  142 gctgagagacttagatttctccgcaggatggtttgctgcaaaactgactcttcctgagatcgttgtggatgacacatcagccactattttcctcaataag 241  Q
    ||  | |||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||||  ||||   ||| |  ||    ||||| |||||||||||||   |    
T  26623 gccaacagacatagatttctctgcaggatggttttctgcgaaactgactattcctaggatcccagtgaacaactttacagccgctattttcctcaacctg 26722  T
Q  242 atagcatatgagatgtgtccagattttaagaacgactacgggatttgttcttttgcagctttcatcgagtcacttatcgaccatcctgaagatgtgaggg 341  Q
     | |||||||||||||||||||||||| | ||||||||   ||||||||||| || |||| |||| || || || |||||||||||||||||||||| ||    
T  26723 gtggcatatgagatgtgtccagattttgacaacgactatcagatttgttcttatgtagctctcatggactcgctcatcgaccatcctgaagatgtgaagg 26822  T
Q  342 aattgagatcaaaagggattttgctcaattgctttgggagtgatgaggaagttgccaatattttcaatatcata 415  Q
     | ||||||||||| ||||||||  ||    |||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  26823 tactgagatcaaaaaggattttgtcca---ccttatggagtgatgaggaagttgccaaccttttcaatatcata 26893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University