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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13943_low_1 (Length: 846)

Name: NF13943_low_1
Description: NF13943
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13943_low_1
NF13943_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (97-838)||(38127861-38128602)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 699; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 699; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 97 - 838
Target Start/End: Original strand, 38127861 - 38128602
Alignment:
Q  97 ctctgttgaaagtaattttagaagcaattgagtcagcaactgctcactattaggaggttatacattctgcaacattgttacacaaagctttctccctctt 196  Q
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T  38127861 ctctgttgaaagtaattttagaagcaattgagtcagcaactgctcactattaggaggttatacattctgcaacattgttacacaaagctttctccctctt 38127960  T
Q  197 tgatgtattgagcttttgctatttggcatgctgcagaattcagaatgaaataaattatcatttattagtctatttcatctctatttctatatatccttta 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38127961 tgatgtattgagcttttgctatttggcatgctgcagaattcagaatgaaataaattatcatttattagtctatttcatctctatttctatatatccttta 38128060  T
Q  297 ttaccattttacaatgaaattcgatcaaataccaacttcccctgtaagggattttcagtttctcggttatctccctcaatccaaagtatctgtcccaacc 396  Q
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T  38128061 ttaccattttacaatgaaattcgatcaaataccaacttcccctgtaagggattttcagtttctcggttatctcccccaatccaaagtatctgtcccaacc 38128160  T
Q  397 attgtatataataatgatcatcagtcaactaaaaataaactgatcaaaagtctacaaccactgcatatgttttttattaaggaacgaatcagctcccaca 496  Q
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T  38128161 attgtctataataatgatcatcagtcaactaaaaataaactgatcaaaagtctacaaccactgcatatgttttttattaaggaacgaatcagctcccaca 38128260  T
Q  497 aataaaataaatcgatcagttggaagttggaacgttcaaatacatggctatgacttatgagaatgaatttgatatatattatggcacgtatcatctccct 596  Q
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T  38128261 aataaaataaatcgatcagttggaagttggaacgttcaaatacatggctatgacttatgagaatgaatttgatatatattatggcacgtatcatctccct 38128360  T
Q  597 caaataaaataaatgactacatgatttaaaaaagaatcttgagataccctcaacatttaaaaatcatgttcagtttatcttctcttatgtacctaaccag 696  Q
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T  38128361 caaataaaataaatgactacatgctttaaaaaagaatcttgagataccctcaacatttaaaaatcatgttcagtttatcttctcttatgtacctaaccag 38128460  T
Q  697 attgagttgtgttgatgagagtcacatctccagatacagaatcaaagtgtaaaccttnnnnnnnnncaattattgctgatattgctgcagacatgtattg 796  Q
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T  38128461 attgagttgtgttgatgagagtcacatctccagatacagaatcaaagtgtaaaccttaaaaaaatacaattattgctgatattgctgcagacatgtattg 38128560  T
Q  797 caccagaattattaagtattgtgaaatgtttgttctgttctg 838  Q
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T  38128561 caccagaattattaagtattgtgaaatgtttgttttgttctg 38128602  T

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