View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13947_high_1 (Length: 604)

Name: NF13947_high_1
Description: NF13947
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13947_high_1
NF13947_high_1
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (16-586)||(949168-949738)
chr1 (16-586)||(960140-960710)
chr1 (45-586)||(971478-972019)
chr1 (45-586)||(942208-942749)
chr1 (60-582)||(936303-936825)
chr1 (78-582)||(975127-975628)
chr1 (78-582)||(419533-420034)
chr1 (64-582)||(909557-910069)
chr1 (54-582)||(924080-924602)
chr1 (64-305)||(916039-916280)
chr1 (68-223)||(901845-902002)
[»] scaffold0312 (1 HSPs)
scaffold0312 (78-582)||(10537-11038)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 586
Target Start/End: Original strand, 949168 - 949738
Alignment:
Q  16 attgaacttgcatttcaaagagacaacttcaaataataatggaacaaaattcttgcctagagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatg 115  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  949168 attgaacttgcaattccaagagacaacttcaaataataatggaacaaaattcttgcctagagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaattg 949267  T
Q  116 gaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949268 gaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaagagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtg 949367  T
Q  216 aggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaa 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949368 aggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgatttcactatttcaaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaa 949467  T
Q  316 tagtaatggtttgcaacaatatgttatagcaaaaggagtgaataaattgggtgagaagaacaatactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgca 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  949468 tagtaatggtttgcaacaatatgttatagcaaaaggagtgaataaattgggtgagaagaacaaaactattgtgtgtcacaaagagaattacccttacaca 949567  T
Q  416 gttttttactgtcataaaactgattcaactgaagtttactctgtgcccttagaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgttgtttgtcacactg 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949568 gttttttactgtcataaaactgattcaaccgaagtttactctgtgcccttggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgttgtttgtcacactg 949667  T
Q  516 atacatcagaatggaaccctaaacatttggcttttcaagtgctcaaaattcaaccagggactgttcctatt 586  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  949668 atacatcagaatggaaccctaaacatttggcttttcaagtgctcaaagttcaaccagggactgttcctatt 949738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 586
Target Start/End: Original strand, 960140 - 960710
Alignment:
Q  16 attgaacttgcatttcaaagagacaacttcaaataataatggaacaaaattcttgcctagagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatg 115  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960140 attgaacttgcaattcaaagagacaacttcaaataataatggaacaaaattcttgcctagagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatg 960239  T
Q  116 gaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960240 gaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaagagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtg 960339  T
Q  216 aggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  960340 aggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaagtggataaaaa 960439  T
Q  316 tagtaatggtttgcaacaatatgttatagcaaaaggagtgaataaattgggtgagaagaacaatactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgca 415  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960440 tagtaatggtttgcaacaatatgtaatagcaaaaggagtgaagaaattgggtgagaagaacaaaactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgca 960539  T
Q  416 gttttttactgtcataaaactgattcaactgaagtttactctgtgcccttagaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgttgtttgtcacactg 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  960540 gttttttactgtcataaaactgattcaactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactg 960639  T
Q  516 atacatcagaatggaaccctaaacatttggcttttcaagtgctcaaaattcaaccagggactgttcctatt 586  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  960640 atacatcagaatggaatcctaaacatttggctttttatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcctatt 960710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 474; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 586
Target Start/End: Original strand, 971478 - 972019
Alignment:
Q  45 caaataataatggaacaaaattcttgcctagagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaa 144  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971478 caaataatagtggagcaaaattcttgcctaaagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaa 971577  T
Q  145 ggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaa 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  971578 ggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaagagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtataacttcattggaa 971677  T
Q  245 tctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatag 344  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971678 tctatggttgatttcaccatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatag 971777  T
Q  345 caaaaggagtgaataaattgggtgagaagaacaatactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgattcaac 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971778 caaaaggagtgaataaattgggtgagaagaacaaaactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgattcaac 971877  T
Q  445 tgaagtttactctgtgcccttagaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgttgtttgtcacactgatacatcagaatggaaccctaaacatttg 544  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  971878 tgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcagaatggaatcctaaacatttg 971977  T
Q  545 gcttttcaagtgctcaaaattcaaccagggactgttcctatt 586  Q
    |||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  971978 gctttttatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcctatt 972019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 586
Target Start/End: Original strand, 942208 - 942749
Alignment:
Q  45 caaataataatggaacaaaattcttgcctagagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaa 144  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  942208 caaataatagtggagcaaaattcttgcctaaagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaa 942307  T
Q  145 ggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaa 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  942308 ggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaagagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtataacttcattggaa 942407  T
Q  245 tctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatag 344  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  942408 tctatggttgatttcaccatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgtaatag 942507  T
Q  345 caaaaggagtgaataaattgggtgagaagaacaatactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgattcaac 444  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  942508 caaaaggagtgaagaaattgggtgagaagaacaaaactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgattcaac 942607  T
Q  445 tgaagtttactctgtgcccttagaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgttgtttgtcacactgatacatcagaatggaaccctaaacatttg 544  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  942608 tgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcagaatggaatcctaaacatttg 942707  T
Q  545 gcttttcaagtgctcaaaattcaaccagggactgttcctatt 586  Q
    |||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  942708 gctttttatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcctatt 942749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 60 - 582
Target Start/End: Original strand, 936303 - 936825
Alignment:
Q  60 caaaattcttgcctagagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaagga 159  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||| | |||||||| || |||  ||| ||||||||||||||| || | ||    
T  936303 caaaattcttgcctaaagaagttgctaattcaatacctttttcttcaagcaaagttgaaaacatccttaacttgttctccatcaaggaaggaacagaaga 936402  T
Q  160 agctgaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgatttc 259  Q
    | ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  936403 atctgaaattgtgaagaacacaataagtgagtgtgaagaaaatggcatcaaaggagaggaaaagctttgtgtaacatcattggaatctatggttgatttc 936502  T
Q  260 actatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatagcaaaaggagtgaata 359  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||||||| | ||| | || | ||  |||||| ||||||| || |||||||| ||||| |    
T  936503 actacttcgaaacttggaaacaatgtcgaagctgtttcaacagaagtgaaaaaagaaagcagtgacttgcaagaatatgtaatggcaaaaggtgtgaaga 936602  T
Q  360 aattgggtgagaagaacaatactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgattcaactgaagtttactctgt 459  Q
    ||||||| || ||||| ||  || | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  936603 aattgggagaaaagaataaagctgtagtgtgtcacaaagagagttacccttatgcagttttttactgtcataaaactgattcaactaaagtttactctgt 936702  T
Q  460 gcccttagaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgttgtttgtcacactgatacatcagaatggaaccctaaacatttggcttttcaagtgctc 559  Q
    ||| || ||||||||||||||||  |  |||||| || ||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  936703 gcctttggaaggtgttgatggaagtagagttaaagctgttgctgtgtgtcacactgatacttcacaatggaatcctaaacatttggcttttcaagtgctc 936802  T
Q  560 aaaattcaaccagggactgttcc 582  Q
    ||  ||||||| || ||||||||    
T  936803 aatgttcaacctggaactgttcc 936825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 78 - 582
Target Start/End: Original strand, 975127 - 975628
Alignment:
Q  78 aagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaag 177  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||   ||||||| |||| |||||||  | | | |||||||| |     
T  975127 aagttgctaattcaatacccttttcatcaaacaagatggaatacataatcaacaagttaaacatcaagaaagggtcaaagggtgttcagattgtgaagaa 975226  T
Q  178 aacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcgga 277  Q
     || || |||||||||||||   | || |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||| ||     
T  975227 caccatcagtgagtgtgaagagcaagggatcaaaggagaggaaaaggtttgtgtaacatcattggagtctatggttgatttcacgacttctaaacttggt 975326  T
Q  278 aacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatagcaaaaggagtgaataaattgggtgagaagaaca 377  Q
    || |||||||| ||| |||| ||||||||| | ||| | ||||||   || |||||||||   ||||||   |||||||| || ||||||||||||||||    
T  975327 aaaaatgttgaggctgtttcaacagaagtgaacaaagaaagtaat---ttacaacaatatacaatagcatctggagtgaagaagttgggtgagaagaaca 975423  T
Q  378 atactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgattcaactgaagtttactctgtgcccttagaaggtgttga 477  Q
    |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| || || |||| |||    
T  975424 aagctgttgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagtgttttactgtcacaaaacagatacaactaaagcttactctgtgcctttggagggtgctga 975523  T
Q  478 tggaaacatggttaaaactattgttgtttgtcacactgatacatcagaatggaaccctaaacatttggcttttcaagtgctcaaaattcaaccagggact 577  Q
    ||||| ||  |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  975524 tggaagcagagttaaagctattgctgtgtgtcacactgatacatcagaatggaacccaaaacatttggcatttcaagtactcaaagttcaacctgggact 975623  T
Q  578 gttcc 582  Q
    |||||    
T  975624 gttcc 975628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 78 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 420034 - 419533
Alignment:
Q  78 aagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaag 177  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||  ||||| ||||| ||||||||||   ||||||| |||| |||||||  | | | |||||||| |     
T  420034 aagttgctaattcaatacctttttcattaaacaaggtggaatacataatcaacaagttaaacatcaagaaagggtcaaagggtgttcagattgtgaagaa 419935  T
Q  178 aacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcgga 277  Q
     || || |||||||||||||   | || |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||     
T  419934 caccatcagtgagtgtgaagagcaagggatcaaaggagaggaaaaggtttgtgtaacatcattggagtctatggttgatttcactacttctaaacttggt 419835  T
Q  278 aacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatagcaaaaggagtgaataaattgggtgagaagaaca 377  Q
    || |||||||| ||| |||| ||||||||| | ||| | ||||||   || |||||||||   ||||||   |||||||| || ||||||||||||||||    
T  419834 aaaaatgttgaggctgtttcaacagaagtgaacaaagaaagtaat---ttacaacaatatacaatagcatctggagtgaagaagttgggtgagaagaaca 419738  T
Q  378 atactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgattcaactgaagtttactctgtgcccttagaaggtgttga 477  Q
    |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| || || |||| |||    
T  419737 aagctgttgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagtgttttactgtcacaaaacagatacaactaaagcttactctgtgcctttggagggtgctga 419638  T
Q  478 tggaaacatggttaaaactattgttgtttgtcacactgatacatcagaatggaaccctaaacatttggcttttcaagtgctcaaaattcaaccagggact 577  Q
    ||||| ||  |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  419637 tggaagcagagttaaagctattgctgtgtgtcacactgatacatcagaatggaacccaaaacatttggcatttcaagtactcaaagttcaacctgggact 419538  T
Q  578 gttcc 582  Q
    |||||    
T  419537 gttcc 419533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 64 - 582
Target Start/End: Original strand, 909557 - 910069
Alignment:
Q  64 attcttgcctagagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagct 163  Q
    |||||||||| | || ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || ||| | || ||||||||| ||||||| | |||| ||    
T  909557 attcttgcctggtgacgttgcgaattccattcccttttcatcaaacaaattggaaaacatccttaactacttctccatcaagcaaggatcgacggaatct 909656  T
Q  164 gaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgatttcacta 263  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  909657 gaaattgtgaagaacacaataagtgaatgtgaagcatatggtatcaaaggagaggaaaagctttgtgtgacatcattggaatctatgattgatttcacta 909756  T
Q  264 tttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatagcaaaaggagtgaataaatt 363  Q
     || ||| || ||||||||||||||  || |||| ||||||||  ||  | | ||   |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |    
T  909757 ctttgaagcttggaaacaatgttgacactgtttcaacagaagtaaatggagaaag---tggtttacaacaatatgtaatagcaaacggagtgaagaaaat 909853  T
Q  364 gggtgagaagaacaatactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgattcaactgaagtttactctgtgccc 463  Q
    ||| |   ||||||||    ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||     
T  909854 gggag---agaacaatttggttgtgtgccacaaacggaattacccttatgcagttttttactgtcacaaaacagatgcaactaaagtttactctgtgcct 909950  T
Q  464 ttagaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgttgtttgtcacactgatacatcagaatggaaccctaaacatttggcttttcaagtgctcaaaa 563  Q
    || ||||||| ||||||||  |  |||||| || ||| | |||| ||| ||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||     
T  909951 ttggaaggtgctgatggaagtagagttaaagctgttgctatttgccactctgatacttcacaatggagccttaaacatttggcttttcaagtgctcaaag 910050  T
Q  564 ttcaaccagggactgttcc 582  Q
    |||||| ||| ||| ||||    
T  910051 ttcaacaaggaacttttcc 910069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 54 - 582
Target Start/End: Original strand, 924080 - 924602
Alignment:
Q  54 atggaacaaaattcttgcctagagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatc 153  Q
    ||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||| | || ||||||||| |||||||    
T  924080 atggagcaacattcttgcctcgtgaagttgctaattccataccattttcatcaaacaaagtggaaaacatccttaactacttctccatcaagcaaggatc 924179  T
Q  154 aaaggaagctgaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggtt 253  Q
       ||||  ||||||||||||||  || ||  ||   ||||||     ||  ||| |||| |||||||||  ||||||||| ||||| || || ||||||    
T  924180 ggcggaatatgaaattgtgaaaaacaccattggtagttgtgaaatgcctgctatcgaaggagaggaaaagagttgtgtaacatcattagagtcaatggtt 924279  T
Q  254 gatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatagcaaaaggag 353  Q
    |||||||||| ||| || || |||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||| | ||   || | | ||||||||| | |||||||||||||    
T  924280 gatttcactacttctaagcttggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaagtgaacaaagaaag---tgatatacaacaatatataatagcaaaaggag 924376  T
Q  354 tgaataaattgggtgagaagaacaatactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgattcaactgaagttta 453  Q
    | || || |||||||   ||||||| | | ||||||| ||   |  | |||| || ||| |||| ||||| ||||| |||     | ||||| |||||||    
T  924377 ttaagaagttgggtg---agaacaaaattgttgtgtgccatccaatggattatccatatacagtgttttattgtcacaaactacgtgcaactaaagttta 924473  T
Q  454 ctctgtgcccttagaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgttgtttgtcacactgatacatcagaatggaaccctaaacatttggcttttcaa 553  Q
    || | ||||  | |||||||||||||||| ||  |||||| || ||| | |||| ||| ||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||||    
T  924474 ctatttgcctatggaaggtgttgatggaaccaaagttaaagctgttgctatttgccactctgatacttcacaatggagtcctaaacatttggcttttcaa 924573  T
Q  554 gtgctcaaaattcaaccagggactgttcc 582  Q
    || |||||||||||||| || ||||||||    
T  924574 gtactcaaaattcaacctggaactgttcc 924602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 64 - 305
Target Start/End: Original strand, 916039 - 916280
Alignment:
Q  64 attcttgcctagagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagct 163  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||  | || ||||||||| ||||||||  |||| ||    
T  916039 attcttgcctcgtgaagtcgctaattccataccattttcatcaaacaaagtggaaaacatccttaattacttctccatcaagcaaggatcagcggaatct 916138  T
Q  164 gaaattgtgaaaagaacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgatttcacta 263  Q
    |||| | |||||  | | ||  || | |||||| |   |   ||| |||| |||||||||  ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  916139 gaaaatttgaaacaagccattggttattgtgaaacgcctactatcgaaggagaggaaaagagttgtgtaacatcattagaatcaatggttgatttcacta 916238  T
Q  264 tttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaag 305  Q
     ||| || || |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  916239 cttctaagcttggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaag 916280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 68 - 223
Target Start/End: Original strand, 901845 - 902002
Alignment:
Q  68 ttgcctagagaagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaa 167  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || || ||| | |||||||||||| |||||||||| ||  || |||    
T  901845 ttgcctcgtgaagttgctaattccattcccttttcatcaaacaaagtggaaaaaatccttaaccacttttccatcaagcaaggatcaaaagagtctaaaa 901944  T
Q  168 ttgtgaa-aagaacaata-agtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaag 223  Q
    ||||||| || | || || ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||    
T  901945 ttgtgaagaataccattatagtgagtgtgaagaaaatgacatcaaaggagagcaaaag 902002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0312 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0312
Description:

Target: scaffold0312; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 78 - 582
Target Start/End: Original strand, 10537 - 11038
Alignment:
Q  78 aagttgctaattccatacccttttcatcaaacaaaatggaaaacatactcaacaagttttccatcaaggaaggatcaaaggaagctgaaattgtgaaaag 177  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||  ||||| ||||| ||||||||||   ||||||| |||| |||||||  | | | |||||||| |     
T  10537 aagttgctaattcaatacctttttcattaaacaaggtggaatacataatcaacaagttaaacatcaagaaagggtcaaagggtgttcagattgtgaagaa 10636  T
Q  178 aacaataagtgagtgtgaagcaaatggcatcaaaggtgaggaaaagctttgtgtaacttcattggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcgga 277  Q
     || || |||||||||||||   | || |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||     
T  10637 caccatcagtgagtgtgaagagcaagggatcaaaggagaggaaaaggtttgtgtaacatcattggagtctatggttgatttcactacttctaaacttggt 10736  T
Q  278 aacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatagcaaaaggagtgaataaattgggtgagaagaaca 377  Q
    || |||||||| ||| |||| ||||||||| | ||| | ||||||   || |||||||||   ||||||   |||||||| || ||||||||||||||||    
T  10737 aaaaatgttgaggctgtttcaacagaagtgaacaaagaaagtaat---ttacaacaatatacaatagcatctggagtgaagaagttgggtgagaagaaca 10833  T
Q  378 atactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgattcaactgaagtttactctgtgcccttagaaggtgttga 477  Q
    |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| || || |||| |||    
T  10834 aagctgttgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagtgttttactgtcacaaaacagatacaactaaagcttactctgtgcctttggagggtgctga 10933  T
Q  478 tggaaacatggttaaaactattgttgtttgtcacactgatacatcagaatggaaccctaaacatttggcttttcaagtgctcaaaattcaaccagggact 577  Q
    ||||| ||  |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  10934 tggaagcagagttaaagctattgctgtgtgtcacactgatacatcagaatggaacccaaaacatttggcatttcaagtactcaaagttcaacctgggact 11033  T
Q  578 gttcc 582  Q
    |||||    
T  11034 gttcc 11038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University