View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13948_low_1 (Length: 1284)

Name: NF13948_low_1
Description: NF13948
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13948_low_1
NF13948_low_1
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (18-1143)||(11328859-11329978)
chr1 (18-1143)||(11486880-11487999)
chr1 (19-413)||(37375224-37375612)
chr1 (647-760)||(37376564-37376677)
chr1 (938-1127)||(37380799-37380988)
chr1 (1210-1274)||(11330045-11330109)
chr1 (1210-1274)||(11488066-11488130)
chr1 (479-546)||(37376204-37376271)
chr1 (567-642)||(37376384-37376459)
chr1 (420-481)||(37376047-37376108)
chr1 (756-803)||(37377410-37377457)
chr1 (805-856)||(37377569-37377620)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 975; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 975; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1143
Target Start/End: Original strand, 11328859 - 11329978
Alignment:
Q  18 ctcatcatctgcaaaaacttgagtttcatcttcccctattttaacatacatagattgttctggacgaagtaattcagaggcttcatctgctttagcataa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11328859 ctcatcatctgcaaaaacttgagtttcatcttcccctattttaacatacatagattgttctggacgaagtagttcagaggcttcatctgctttagcataa 11328958  T
Q  118 gcagaccggtaagcattatttctcatttcagtcgtcaatctttcctgttcgtctttgatggcttgcctctttgcatctttctgacaaccaaggtcaccaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11328959 gcagaccggtaagcattatttctcatttcagttgtcaatctttcctgttcgtctttgatggcttgcctctttgcatctttccgacaaccaaggtcaccaa 11329058  T
Q  218 cacccaatcctgaagagacagcttcagcttcagcttcaagggcaataatatccagcttatctttctttcggaaggactttttcttcttgggcttcttaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11329059 cacccaatcctgaagagacagc------ttcagcttcaagggcaataatatccagcttatctttctttcggaaggactttttcttcttgggcttcttaaa 11329152  T
Q  318 ttgaagcatttcttcattagaatagtaatctgatgatacctttctagatgaagtaaggtcttcaaagttattagtggaaacaccagttaaccttctttga 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11329153 ttgaagcatttcttcattagaatagtaatctgatgatacctttctagatgaagtaaggtcttcaaagttattagtggaaacaccagttaaccttctttta 11329252  T
Q  418 agctcttcaagtttcttttcagcttcgcttgagaatcttcctctttcattcaaagttaaaccctcttcagcagccagatcatcatattttggaagtattt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11329253 agctcttcaagtttcttttcagcttcgcttgagaatcttcctctttcattcaaagttaaaccctcttcagcagccagatcatcatattttggaagtattt 11329352  T
Q  518 tcttttccgtggaagggacatcattgaacttatcgtcatatatgctgctagttttctttttcgcagctttataagcatcatcccgttgtttttgttctcc 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  11329353 tcttttccgtggaagggacatcattggacttatcgtcatatatgctgctagttttctttttcgcagctttataagtatcatcccgtcgtttttgttctcc 11329452  T
Q  618 gattcccacattctcaagcatatcagcgtcttcattaatatcaccatcaacaaaaataggctgatctctgtgagtcagaactacagaaccaccttccaca 717  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||| | ||    
T  11329453 tattcccacattctcaagcatatcagcgtcttctttaatatcaccatcaacaattataggctgatctctgatagtcagaactacagtaccaactttcgca 11329552  T
Q  718 actttgtcaaggccattaagaactttcacccccgccaggtgatgagtcttatcctcgtcgtcacttccctctactgcaatgttgtcttgctcctcataaa 817  Q
    |||||||||||| ||| || |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  11329553 actttgtcaaggtcatgaacaactttcagccctgccaggtgatgggtcttatcctcgtcgtcacttccctctactgcgatgttgtcttgctcctcaaaaa 11329652  T
Q  818 tctttgaaagatgcaatactctttccttttcaaacttacaactcttgttagcccgtgatgagatctcggaagtagcttcaaattgtttcgttgtccttgt 917  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11329653 tctttgagagctgcaatactctttccttttcaaacttacgactcttgttagcccatgatgagatctcggaagtagcttcaaattgtttcgttgtccttgt 11329752  T
Q  918 ttctttcatcttcaagctatgttcttttgatgacaagtatgctgatgtttcaccatcttcatcatcttgattgggttttgaagccttagcatgcttgcca 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  11329753 ttctttcatcttcaagctatgttcttttgatgacaagtatgctgatgtttcaccatcttcatcatcttgattgagtattgaagccttagcatgcttgcca 11329852  T
Q  1018 acatcagcatctctcttttcatggtagtttaatttatcatcaagattagacaattcaaaatcttcctcacgagcctttcgttttcctctatccattgacc 1117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11329853 acatcatcatctctcttttcatggtagtttaatttatcatcaagattagacaattcaaaatcttcctcacgagcctttcgttttcctctatccattgacc 11329952  T
Q  1118 tatccttctcatgctcatccctatta 1143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  11329953 tatccttctcatgctcatccctatta 11329978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 975; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1143
Target Start/End: Original strand, 11486880 - 11487999
Alignment:
Q  18 ctcatcatctgcaaaaacttgagtttcatcttcccctattttaacatacatagattgttctggacgaagtaattcagaggcttcatctgctttagcataa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11486880 ctcatcatctgcaaaaacttgagtttcatcttcccctattttaacatacatagattgttctggacgaagtagttcagaggcttcatctgctttagcataa 11486979  T
Q  118 gcagaccggtaagcattatttctcatttcagtcgtcaatctttcctgttcgtctttgatggcttgcctctttgcatctttctgacaaccaaggtcaccaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11486980 gcagaccggtaagcattatttctcatttcagttgtcaatctttcctgttcgtctttgatggcttgcctctttgcatctttccgacaaccaaggtcaccaa 11487079  T
Q  218 cacccaatcctgaagagacagcttcagcttcagcttcaagggcaataatatccagcttatctttctttcggaaggactttttcttcttgggcttcttaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11487080 cacccaatcctgaagagacagc------ttcagcttcaagggcaataatatccagcttatctttctttcggaaggactttttcttcttgggcttcttaaa 11487173  T
Q  318 ttgaagcatttcttcattagaatagtaatctgatgatacctttctagatgaagtaaggtcttcaaagttattagtggaaacaccagttaaccttctttga 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11487174 ttgaagcatttcttcattagaatagtaatctgatgatacctttctagatgaagtaaggtcttcaaagttattagtggaaacaccagttaaccttctttta 11487273  T
Q  418 agctcttcaagtttcttttcagcttcgcttgagaatcttcctctttcattcaaagttaaaccctcttcagcagccagatcatcatattttggaagtattt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11487274 agctcttcaagtttcttttcagcttcgcttgagaatcttcctctttcattcaaagttaaaccctcttcagcagccagatcatcatattttggaagtattt 11487373  T
Q  518 tcttttccgtggaagggacatcattgaacttatcgtcatatatgctgctagttttctttttcgcagctttataagcatcatcccgttgtttttgttctcc 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  11487374 tcttttccgtggaagggacatcattggacttatcgtcatatatgctgctagttttctttttcgcagctttataagtatcatcccgtcgtttttgttctcc 11487473  T
Q  618 gattcccacattctcaagcatatcagcgtcttcattaatatcaccatcaacaaaaataggctgatctctgtgagtcagaactacagaaccaccttccaca 717  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||| | ||    
T  11487474 tattcccacattctcaagcatatcagcgtcttctttaatatcaccatcaacaattataggctgatctctgatagtcagaactacagtaccaactttcgca 11487573  T
Q  718 actttgtcaaggccattaagaactttcacccccgccaggtgatgagtcttatcctcgtcgtcacttccctctactgcaatgttgtcttgctcctcataaa 817  Q
    |||||||||||| ||| || |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  11487574 actttgtcaaggtcatgaacaactttcagccctgccaggtgatgggtcttatcctcgtcgtcacttccctctactgcgatgttgtcttgctcctcaaaaa 11487673  T
Q  818 tctttgaaagatgcaatactctttccttttcaaacttacaactcttgttagcccgtgatgagatctcggaagtagcttcaaattgtttcgttgtccttgt 917  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11487674 tctttgagagctgcaatactctttccttttcaaacttacgactcttgttagcccatgatgagatctcggaagtagcttcaaattgtttcgttgtccttgt 11487773  T
Q  918 ttctttcatcttcaagctatgttcttttgatgacaagtatgctgatgtttcaccatcttcatcatcttgattgggttttgaagccttagcatgcttgcca 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  11487774 ttctttcatcttcaagctatgttcttttgatgacaagtatgctgatgtttcaccatcttcatcatcttgattgagtattgaagccttagcatgcttgcca 11487873  T
Q  1018 acatcagcatctctcttttcatggtagtttaatttatcatcaagattagacaattcaaaatcttcctcacgagcctttcgttttcctctatccattgacc 1117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11487874 acatcatcatctctcttttcatggtagtttaatttatcatcaagattagacaattcaaaatcttcctcacgagcctttcgttttcctctatccattgacc 11487973  T
Q  1118 tatccttctcatgctcatccctatta 1143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  11487974 tatccttctcatgctcatccctatta 11487999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 19 - 413
Target Start/End: Original strand, 37375224 - 37375612
Alignment:
Q  19 tcatcatctgcaaaaacttgagtttcatcttcccctattttaacatacatagattgttctggacgaagtaattcagaggcttcatctgctttagcataag 118  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  37375224 tcatcatctgcaaaaactggagtttcatcttcctctgctttaacatacggagattgttctggacgaagtaatttggaggcttcatctgctttagcataag 37375323  T
Q  119 cagaccggtaagcattatttctcatttcagtcgtcaatctttcctgttcgtctttgatggcttgcctctttgcatctttctgacaaccaaggtcaccaac 218  Q
    |||   ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||     
T  37375324 cagtttggtaagcattatttctcatttcagctgccaatctttcttgttcatctttgatggcttgcctcttcgcatctttccgagaaccaaggtcaccaat 37375423  T
Q  219 acccaatcctgaagagacagcttcagcttcagcttcaagggcaataatatccagcttatctttctttcggaaggactttttcttcttgggcttcttaaat 318  Q
    |||||||||||||||||      |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37375424 acccaatcctgaagaga------cagcttcagcttcaagggcattaatgtccagcttatctttcttccgtaaggactttttcttcttgggcttcttaaat 37375517  T
Q  319 tgaagcatttcttcattagaatagtaatctgatgatacctttctagatgaagtaaggtcttcaaagttattagtggaaacaccagttaaccttct 413  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37375518 tgaagcatttcttcgtgagaatagtaatctgaggatacctttccagatgaagtaaggtcttcaaagttattagtggaaccaccagttaaccttct 37375612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 647 - 760
Target Start/End: Original strand, 37376564 - 37376677
Alignment:
Q  647 cttcattaatatcaccatcaacaaaaataggctgatctctgtgagtcagaactacagaaccaccttccacaactttgtcaaggccattaagaactttcac 746  Q
    |||||||||||||||||||| |||  || ||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  37376564 cttcattaatatcaccatcagcaagtatgggctgatctctgatagtcagaactacagtaccaccttccgcaactttgtcaaggccatgaagaactttgac 37376663  T
Q  747 ccccgccaggtgat 760  Q
    ||||||||||||||    
T  37376664 ccccgccaggtgat 37376677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 938 - 1127
Target Start/End: Original strand, 37380799 - 37380988
Alignment:
Q  938 gttcttttgatgacaagtatgctgatgtttcaccatcttcatcatcttgattgggttttgaagccttagcatgcttgccaacatcagcatctctcttttc 1037  Q
    |||||||||||||||||| |||||| || || || |||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  37380799 gttcttttgatgacaagtttgctgaagtctccccctctttatcatcttgattgagttttgaagccttttcatgcttaccaacatcctcatctctcttttc 37380898  T
Q  1038 atggtagtttaatttatcatcaagattagacaattcaaaatcttcctcacgagcctttcgttttcctctatccattgacctatccttctc 1127  Q
    |||||| | || | ||||||||||||||    ||||| ||||||||||  ||||||| |   ||||||||||| | |||||||| |||||    
T  37380899 atggtaatctactctatcatcaagattacctgattcataatcttcctcgtgagccttcctacttcctctatccctcgacctatctttctc 37380988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 1210 - 1274
Target Start/End: Original strand, 11330045 - 11330109
Alignment:
Q  1210 tcactatctttctccaactcccttttcttctcactgtccctatccttcttatctctatccctatg 1274  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11330045 tcactatctttctccaactcccttttcttctcactgtccctatccttcttatctctatccctatg 11330109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 1210 - 1274
Target Start/End: Original strand, 11488066 - 11488130
Alignment:
Q  1210 tcactatctttctccaactcccttttcttctcactgtccctatccttcttatctctatccctatg 1274  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11488066 tcactatctttctccaactcccttttcttctcactgtccctatccttcttatctctatccctatg 11488130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 479 - 546
Target Start/End: Original strand, 37376204 - 37376271
Alignment:
Q  479 cctcttcagcagccagatcatcatattttggaagtattttcttttccgtggaagggacatcattgaac 546  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||    
T  37376204 cctcttcagcagccggatcatcatattttggaagtattttcttttccgaggaggggtcatcattgaac 37376271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 567 - 642
Target Start/End: Original strand, 37376384 - 37376459
Alignment:
Q  567 agttttctttttcgcagctttataagcatcatcccgttgtttttgttctccgattcccacattctcaagcatatca 642  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  37376384 agttttcttttttgcagctttataagcatcatcccgacgtttttgttctccaatttccacattttcaagcatatca 37376459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 420 - 481
Target Start/End: Original strand, 37376047 - 37376108
Alignment:
Q  420 ctcttcaagtttcttttcagcttcgcttgagaatcttcctctttcattcaaagttaaaccct 481  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37376047 ctcttcaagtctcttttcagcttcgcctgagaatcttcctctttcatccaaagttaaaccct 37376108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 756 - 803
Target Start/End: Original strand, 37377410 - 37377457
Alignment:
Q  756 gtgatgagtcttatcctcgtcgtcacttccctctactgcaatgttgtc 803  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  37377410 gtgatgtgtcgtatcctcgtcgtcacttccctcaactgcgatgttgtc 37377457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 805 - 856
Target Start/End: Original strand, 37377569 - 37377620
Alignment:
Q  805 tgctcctcataaatctttgaaagatgcaatactctttccttttcaaacttac 856  Q
    ||||||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||| |||||    
T  37377569 tgctcctcaaaaatcttcgagagctgcaatactctttccttttcaagcttac 37377620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University