View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13960_high_1 (Length: 518)

Name: NF13960_high_1
Description: NF13960
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13960_high_1
NF13960_high_1
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (261-425)||(3445720-3445884)
chr4 (69-258)||(3672275-3672465)
chr4 (69-258)||(28093096-28093286)
chr4 (69-258)||(6112631-6112820)
chr4 (69-258)||(7217766-7217956)
chr4 (69-258)||(21390956-21391145)
chr4 (69-258)||(49243816-49244005)
chr4 (69-258)||(44275707-44275896)
chr4 (69-258)||(46192360-46192550)
chr4 (70-258)||(35544913-35545102)
chr4 (69-258)||(45829258-45829447)
chr4 (69-254)||(51038768-51038955)
chr4 (130-254)||(54849793-54849919)
chr4 (83-254)||(52191214-52191386)
chr4 (25-67)||(3445684-3445726)
chr4 (213-255)||(43245522-43245564)
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (92-258)||(22894681-22894849)
chr3 (69-258)||(34749898-34750088)
chr3 (69-258)||(43999990-44000180)
chr3 (70-258)||(36749407-36749596)
chr3 (69-258)||(51339784-51339971)
chr3 (69-263)||(36370338-36370533)
chr3 (69-266)||(21559554-21559752)
chr3 (69-256)||(48200688-48200876)
chr3 (69-255)||(46111944-46112131)
chr3 (69-263)||(30735496-30735690)
chr3 (69-258)||(38231294-38231483)
chr3 (165-258)||(29460661-29460756)
chr3 (165-258)||(29471513-29471608)
chr3 (97-251)||(20856182-20856334)
chr3 (157-258)||(50966132-50966234)
chr3 (157-258)||(51069267-51069369)
chr3 (147-258)||(39072350-39072463)
chr3 (69-258)||(39467102-39467291)
chr3 (69-169)||(29472901-29472999)
chr3 (127-237)||(53638157-53638269)
chr3 (168-252)||(29820397-29820483)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (69-258)||(13347129-13347319)
chr5 (69-258)||(39370928-39371118)
chr5 (69-258)||(2237277-2237467)
chr5 (69-264)||(40887942-40888138)
chr5 (85-258)||(9408054-9408229)
chr5 (69-248)||(14831555-14831735)
chr5 (69-258)||(1815620-1815806)
chr5 (83-258)||(27553387-27553563)
chr5 (69-222)||(31800595-31800748)
chr5 (157-258)||(33404523-33404626)
chr5 (69-190)||(42683670-42683790)
chr5 (119-258)||(17225320-17225459)
chr5 (69-258)||(19596068-19596257)
chr5 (91-264)||(4300565-4300739)
chr5 (69-250)||(41003851-41004031)
chr5 (82-256)||(12164254-12164433)
chr5 (130-255)||(19124532-19124657)
chr5 (167-264)||(37505863-37505964)
chr5 (205-254)||(3725730-3725779)
[»] scaffold0062 (1 HSPs)
scaffold0062 (69-255)||(6722-6909)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (69-258)||(26972203-26972393)
chr7 (69-258)||(36346565-36346754)
chr7 (69-258)||(34108427-34108617)
chr7 (69-258)||(28307495-28307685)
chr7 (69-258)||(7699883-7700073)
chr7 (69-258)||(7700081-7700271)
chr7 (69-258)||(7700279-7700469)
chr7 (69-258)||(7700477-7700667)
chr7 (70-258)||(30887701-30887890)
chr7 (69-258)||(45782660-45782850)
chr7 (69-266)||(31148283-31148480)
chr7 (69-256)||(34828069-34828255)
chr7 (69-258)||(42220964-42221153)
chr7 (69-258)||(5811164-5811353)
chr7 (69-258)||(13108149-13108337)
chr7 (70-255)||(21807324-21807509)
chr7 (125-253)||(23980137-23980267)
chr7 (117-258)||(15020283-15020423)
chr7 (69-167)||(29953572-29953669)
chr7 (69-238)||(36957450-36957618)
chr7 (64-210)||(46475075-46475220)
chr7 (168-254)||(38321014-38321102)
chr7 (132-224)||(20086690-20086784)
chr7 (166-254)||(42950109-42950189)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (70-258)||(39249864-39250053)
chr1 (69-255)||(2509028-2509215)
chr1 (69-258)||(34307138-34307328)
chr1 (69-258)||(46901735-46901925)
chr1 (70-269)||(19258674-19258873)
chr1 (69-258)||(28647354-28647543)
chr1 (178-254)||(10146971-10147049)
chr1 (138-255)||(29099821-29099939)
chr1 (138-241)||(9642933-9643039)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (69-258)||(42162599-42162789)
chr8 (83-259)||(44081780-44081958)
chr8 (69-258)||(31318806-31318996)
chr8 (69-271)||(10203652-10203855)
chr8 (83-258)||(30432340-30432516)
chr8 (69-256)||(12665347-12665536)
chr8 (59-258)||(36189217-36189415)
chr8 (69-255)||(43186031-43186217)
chr8 (69-256)||(18184556-18184743)
chr8 (69-253)||(33726017-33726202)
chr8 (126-239)||(42668838-42668952)
chr8 (170-254)||(31547-31633)
chr8 (67-216)||(38845021-38845168)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (69-258)||(33732570-33732759)
chr2 (69-256)||(44958116-44958304)
chr2 (69-258)||(16089823-16090011)
chr2 (71-264)||(3830900-3831091)
chr2 (91-258)||(14572996-14573165)
chr2 (69-258)||(37498863-37499055)
chr2 (64-258)||(36315562-36315757)
chr2 (69-263)||(37914237-37914431)
chr2 (69-258)||(6376239-6376423)
chr2 (127-258)||(24137149-24137286)
chr2 (132-251)||(41188777-41188898)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (69-258)||(3986906-3987095)
chr6 (64-258)||(15345655-15345847)
chr6 (69-258)||(3118047-3118237)
chr6 (69-258)||(14022935-14023124)
chr6 (69-258)||(13697570-13697758)
chr6 (69-258)||(24208445-24208634)
chr6 (230-258)||(7674598-7674626)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (69-255)||(87163-87350)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 261 - 425
Target Start/End: Original strand, 3445720 - 3445884
Alignment:
Q  261 ttttatatttgtgtaaactcatattggctttgcttttgaattgtttagataaaaagattaggattagattaagattaggattagtgacttgttgacacct 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3445720 ttttatatttgtgtaaactcatattggctttacttttgaattgtttagataaaaagattaggattagattaagattaggattagtgacttgttgacacct 3445819  T
Q  361 ttttccaactcaagcaatattaaatattttcacattagccaggtgaggtggatctgaatcccccc 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3445820 ttttccaactcaagcaatattaaatattttcacattagccaggtgaggtggatctgaatcccccc 3445884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 3672465 - 3672275
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3672465 gaaaaagataggt-agataccctttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcacccttttt 3672367  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3672366 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 3672275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 28093096 - 28093286
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  28093096 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtatttttacatcatatcatcacccttttt 28093194  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28093195 catctctcctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 28093286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 6112820 - 6112631
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6112820 gaaaaagataggt-agacactctttttcatacacttcttatgtacactc-catgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcatccttttt 6112723  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6112722 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaatggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagct 6112631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 7217956 - 7217766
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  7217956 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatgtacaccctcatgtgttataggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 7217858  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
     ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7217857 tatctcttattttaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtaggtgttaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagct 7217766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 21390956 - 21391145
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||  | ||||    
T  21390956 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacaccttttatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatattcactcatttt 21391053  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21391054 catctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagct 21391145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 49244005 - 49243816
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    |||||||||| || ||||| | |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||   |||||    
T  49244005 gaaaaagatatgt-agacatcctttttcatacacctcttatgtacactc-catgtattaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacttttttt 49243908  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
     |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49243907 tatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 49243816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 44275896 - 44275707
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  44275896 gaaaaagatagat-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 44275799  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
     |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||  |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44275798 aatctcttctttcaatatttttggcacgtgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaatggtatatgccacctaaggtggtttatgtataagagct 44275707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 46192550 - 46192360
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacacc-ttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 167  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||| | | |||  |||||| || |||| || |||    
T  46192550 gaaaaagataggt-agacacccttttttgatacacctcttatgtacaccc-catgtaccaggggtattttaatcatttcacatcacattatcaccccttt 46192453  T
Q  168 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46192452 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtgattcatgtataagagct 46192360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 70 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 35545102 - 35544913
Alignment:
Q  70 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttg-agtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||| | ||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  35545102 aaaaagataggt-agacaccctttttcatacaccacttatgtacactc-catgtgttaggggtatttttagtaattttacatcatatcatcacccctttt 35545005  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
     || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35545004 tatatcttctttcaatgtttttgccacgtatcacaaatgtatgtggatgtaaaatggtgtataccacctaagatggttcatgtataagagct 35544913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 45829258 - 45829447
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacacc-ttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 167  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| | |||||||||||| ||| |   |||||||||| | | |||  |||||| || |||| || |||    
T  45829258 gaaaaagataggt-agacacccttttttgatacacct-ttatgtacaccc-catatgccaggggtattttaatcatttcacatcacattatcaccccttt 45829354  T
Q  168 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45829355 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgtcacctaaagtggttcatgtataagagct 45829447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 69 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 51038955 - 51038768
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcct-ttt 167  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  || ||| ||||||||||  ||||   || | ||||| |||||||  |||||| | ||||| ||  |||    
T  51038955 gaaaaagatagg-cagacaccttttttcatgtacatctcatgtacacccctatgtggcagagatattttagtaatttcacatcacaccatcacccccttt 51038857  T
Q  168 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 254  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||   ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  51038856 tcatctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaattgtgtgtgggtgtcaaagtttgtatgccacctaaggtggtccatatataag 51038768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 130 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 54849919 - 54849793
Alignment:
Q  130 ggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaat--gtgtgggtgtaaaagggtgta 227  Q
    ||||||| | |||||  |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||| |  |||||||| | |||| |||||    
T  54849919 ggtattttaataatttcacatcacatcatcatcctctctcatctcttctttcaatatttttgtcacttgtcacaactgcgtgtgggtatcaaagtgtgta 54849820  T
Q  228 tgccacctaaggtggttcatgtataag 254  Q
     || | |||||||||||||||||||||    
T  54849819 cgctatctaaggtggttcatgtataag 54849793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 83 - 254
Target Start/End: Original strand, 52191214 - 52191386
Alignment:
Q  83 agacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttca 182  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||  ||||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||   ||||| |||||||||   | | |||  ||||||||    
T  52191214 agacacccttttttatacacctctcgtgtacaccc-catatgttaggagtattttagtaatttcgcatcacatcatcatctcctcttatcctttctttca 52191312  T
Q  183 atgattttgccacgtgtcacaaat--gtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 254  Q
    ||| ||||| ||| |||||||| |  |||||| ||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  52191313 atgtttttgtcacatgtcacaattctgtgtggctgttaaaaggtatatgccacctaaggtggtccatgtataag 52191386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 67
Target Start/End: Original strand, 3445684 - 3445726
Alignment:
Q  25 tactctttgattagaatgcttaattccttttattatttttata 67  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3445684 tactcattgattagaatgcttaattccttttattaattttata 3445726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 213 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 43245564 - 43245522
Alignment:
Q  213 gtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 255  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  43245564 gtgtaaaagggtgtatgtcatctaagatggttcatgtataaga 43245522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 92 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 22894849 - 22894681
Alignment:
Q  92 ttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttg 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22894849 ttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgtttttg 22894750  T
Q  192 ccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22894749 ccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 22894681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 34749898 - 34750088
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    |||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  34749898 gaaaaagatagc-cagacatcctttttcatacacttcttatgtacacccctatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 34749996  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34749997 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 34750088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 44000180 - 43999990
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  44000180 gaaaaagataggt-agacactctttttcatacactttttatgtacgccctcatgtattagaggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 44000082  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44000081 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgacacctaaggtggttcatgtataagagct 43999990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 70 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 36749596 - 36749407
Alignment:
Q  70 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 169  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  36749596 aaaaagataggt-agacactctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattagaggtatttgagtaattttacatcatatcatcaccctttttc 36749498  T
Q  170 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  36749497 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgacatctaaggtggttcatgtataagagct 36749407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 51339784 - 51339971
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  51339784 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaca-tcatgtgttagaggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 51339881  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51339882 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaaggatgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagct 51339971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 69 - 263
Target Start/End: Original strand, 36370338 - 36370533
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  36370338 gaaaaagataggt-agatactctttttcatacactttttatatacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 36370436  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctatttt 263  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36370437 catctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgacacctaaggtggttcatgtataagagctctttt 36370533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 69 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 21559752 - 21559554
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  21559752 gaaaaagatagat-agacaccatttttcatacacctcttatgtacacccccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcattacccttttt 21559654  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctatttttat 266  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  21559653 catctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggtttatgtataagagctctttttat 21559554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 69 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 48200876 - 48200688
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48200876 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacactttttatgtacacccccatgtattatgggtatttgagtaattttacatcatatcatcatccttttt 48200778  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 256  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  || ||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  48200777 catctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatatatgtggatgtaaaaaggtgtatgccacctaagatgattcatgaataagag 48200688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 69 - 255
Target Start/End: Original strand, 46111944 - 46112131
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  46111944 gaaaaagataggt-agacaccatttttcatacaccttttatatacatccccatgtattaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 46112042  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 255  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  46112043 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaatggtgtatgtcacctaagatggttcatgtataaga 46112131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 69 - 263
Target Start/End: Original strand, 30735496 - 30735690
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttg-agtaattatacatcatatcatcatcctttt 167  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  30735496 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacaccacttatgtacactc-catgtgttaggggtatttttagtaatttaacatcatatcatcaccctttt 30735593  T
Q  168 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctatttt 263  Q
    | || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  30735594 t-atatcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacagatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatatataagagctctttt 30735690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 38231483 - 38231294
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagaca-ccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 167  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||| || ||| |||  |||| | || || | || |||    
T  38231483 gaaaaagataggt-agacatccttttttgatacacctcttatgtacaccc-catgtgtcaggggtagtttagtcatttcacattacattatta-ccattt 38231387  T
Q  168 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38231386 tcatatcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 38231294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 165 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 29460756 - 29460661
Alignment:
Q  165 ttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29460756 ttttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaaagtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 29460661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 165 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 29471608 - 29471513
Alignment:
Q  165 ttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29471608 ttttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaaagtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 29471513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 97 - 251
Target Start/End: Original strand, 20856182 - 20856334
Alignment:
Q  97 atacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacg 196  Q
    |||||| ||| |||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||     
T  20856182 atacacctctcatgtacaccc-catgtgtcaggggtattt-agtaattttatatcacatcatcatccttttt-atatctt-tttcaatgtttttgccaca 20856277  T
Q  197 tgtcacaaatgtgt--gggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtat 251  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20856278 tgtcacaaatgtgtatgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtat 20856334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 157 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 50966234 - 50966132
Alignment:
Q  157 atcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  50966234 atcatcctttttcatctcttctttcaatatttttgtcacgtgtcacaaatgtgaatagatgtaaaagggtgtatgccacctaagat-gttcatgtataag 50966136  T
Q  255 agct 258  Q
    ||||    
T  50966135 agct 50966132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 157 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 51069369 - 51069267
Alignment:
Q  157 atcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  51069369 atcatcctttttcatctcttctttcaatatttttgtcacgtgtcacaaatgtgaatagatgtaaaagggtgtatgccacctaagat-gttcatgtataag 51069271  T
Q  255 agct 258  Q
    ||||    
T  51069270 agct 51069267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 147 - 258
Target Start/End: Original strand, 39072350 - 39072463
Alignment:
Q  147 acatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgt--gtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtt 244  Q
    |||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
T  39072350 acatcacatcatcacccattttcatctcttcttttaatgtttatgccacatgtcacaaatgtatgtgggtgtaaaagggtgtatgtcatctaaggtgatt 39072449  T
Q  245 catgtataagagct 258  Q
    ||||||||| ||||    
T  39072450 catgtataatagct 39072463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 39467102 - 39467291
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| | ||||| ||||| |||||| ||  ||||||||| |||||| ||| || ||||| |||||||  | |||| ||| ||| || ||||    
T  39467102 gaaaaagataggt-acacacccttttttatacacctcccatgtacacc-tcatgtgttatggatattttagtaatttcatatcacatcctcacccctttt 39467199  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||| |||| ||||    
T  39467200 catctcttctttcaatatttttggcacatgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcatctatggtggtttatggataacagct 39467291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 69 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 29472999 - 29472901
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||  |||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  29472999 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacaccacttatgcacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcatccctttt 29472902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 53638269 - 53638157
Alignment:
Q  127 aggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggt 224  Q
    |||||||||| || |||| ||||||| ||||||| ||  | |||||||||||||| ||| |||| |||| |||||| |   ||||||||||| |||||||    
T  53638269 aggggtattttagcaattttacatcacatcatcaccccctctcatctcttctttccatgtttttaccacatgtcacgattgtgtgtgggtgttaaagggt 53638170  T
Q  225 gtatgccacctaa 237  Q
    |||||||||||||    
T  53638169 gtatgccacctaa 53638157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 168 - 252
Target Start/End: Original strand, 29820397 - 29820483
Alignment:
Q  168 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgt--gtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtata 252  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| || | |||||| |||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  29820397 tcatctcttcttttaatgtttttgctacatctcacaattgtatgtgggtgtcaaagtgtgtatgccacctaaggtggtctatgtata 29820483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 149; Significance: 2e-78; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 13347319 - 13347129
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  13347319 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcactcttttt 13347221  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13347220 catctattctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaaagct 13347129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 39371118 - 39370928
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  39371118 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 39371020  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39371019 catctcttctttcaatgtttttggcacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagct 39370928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 2237467 - 2237277
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  2237467 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccaagtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 2237369  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2237368 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataaaagct 2237277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 69 - 264
Target Start/End: Original strand, 40887942 - 40888138
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  40887942 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacacccccatctattagaggtattttagtaattttacatcatatcaccacccttttt 40888040  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctattttt 264  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  40888041 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagagtgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagctcttttt 40888138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 85 - 258
Target Start/End: Original strand, 9408054 - 9408229
Alignment:
Q  85 acaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaat 184  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9408054 acaccatttttcatacacttcttatgtacacccccatatattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcaccctttttcatctcttctttcaat 9408153  T
Q  185 gattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    | |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9408154 gtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaagggcgtatgtcacctgaggtggttcatgtataagagct 9408229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 69 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 14831735 - 14831555
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  14831735 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacttcttatgtacacccctacgtattaggggtatttgaataattttacatcatatcatcacccttttt 14831637  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatg 248  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14831636 catctcttctttcaatgtttttgccacgtatcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatg 14831555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 1815620 - 1815806
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |      ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  1815620 gaaaaagataggt-agacaccttttttcataaagaa---atgtacaccct-atgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccctttt 1815714  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  1815715 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtggatgtaaaagggtgtatgtcacctaagatggttcatgtataagagct 1815806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 83 - 258
Target Start/End: Original strand, 27553387 - 27553563
Alignment:
Q  83 agacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttca 182  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||| ||||||| || |||| | |||||| ||||||||||||    
T  27553387 agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccct-atgtgttaggagtattttagtaattttacatcagataatcaccatttttcttctcttctttca 27553485  T
Q  183 atgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  27553486 atgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaatggtatatgccacctaaaatggttcatgtataagagct 27553563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 69 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 31800748 - 31800595
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  31800748 gaaaaagatagg-cagacaccctttttcatacacctcttgtgtacaccc-catatgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccctttt 31800651  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagg 222  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  31800650 catcttttctttcaatatttttgccacgtgtcataaatgtgtgtgggtgtaaaagg 31800595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 157 - 258
Target Start/End: Original strand, 33404523 - 33404626
Alignment:
Q  157 atcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 254  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33404523 atcattctttttcatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagtgtgtatggcacctaaggtggttcatgtataag 33404622  T
Q  255 agct 258  Q
    ||||    
T  33404623 agct 33404626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 69 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 42683790 - 42683670
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||| | ||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  42683790 gaaaaagatagat-agacatcctttttcatacacctcttatgtacacccccatatattaggggtattttagtaattttacatcatatcaccatccttttt 42683692  T
Q  169 catctcttctttcaatgatttt 190  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  42683691 catctcttctttcaatgttttt 42683670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 119 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 17225459 - 17225320
Alignment:
Q  119 catgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgt 216  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||  |||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||  |||||||||    
T  17225459 catgtatcaggggtattttagtaatttcacatcacatcatcacctcttttcatctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtgggtgt 17225360  T
Q  217 aaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17225359 aaaa--gagtatgccacctaaagtggttcatgtataagagct 17225320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 19596068 - 19596257
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagaca-ccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 167  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| | | || |||||||||||||| ||||| | ||||||| || ||| |||  |||| | || |||| |  |||    
T  19596068 gaaaaagataggt-agacatccttttttgaaatacctcttatgtacaccc-catgtgtcaggggtagtttagtcatttcacattacattatca-ctattt 19596164  T
Q  168 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19596165 tcacctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgcgtggatgtaaaaaggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataacagct 19596257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 91 - 264
Target Start/End: Original strand, 4300565 - 4300739
Alignment:
Q  91 tttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgatttt 190  Q
    ||||| |||||  ||| ||||||||| |||||| |||||| ||||| | |||||  |||||| |||| || | ||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  4300565 ttttttatacatctctcatgtacacc-tcatgtgttagggatattttaataatttcacatcacatcaccaccattttttatctcttatttcaatgttttt 4300663  T
Q  191 gccacgtgtcacaaat--gtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctattttt 264  Q
    ||||  ||||||||||  |||||||||||||||| | |||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  4300664 gccatatgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaaggatatatgtcacctaaaatggttcatgtataagagctcttttt 4300739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 69 - 250
Target Start/End: Original strand, 41003851 - 41004031
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttt-tcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 167  Q
    |||||||||||  |||| |||||||| | |||||| ||| |||||||||| ||| | | |||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||    
T  41003851 gaaaaagataga-cagaaacctttttgttatacacctctcatgtacaccc-catatgtcagggatattt-agtaattttacatcacatcatcatcccttt 41003947  T
Q  168 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgt--gggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgta 250  Q
    | || |||| |||||||  ||||||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41003948 ttatatctt-tttcaatatttttgccacatgtcataaatgtgtatgagtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgta 41004031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 12164433 - 12164254
Alignment:
Q  82 cagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctct---tct 178  Q
    |||||||| ||||| || ||| |||||||||||||  ||||||  ||||| |||| |||||||  |||||| | ||||| ||| |  |||||||   |||    
T  12164433 cagacacccttttttatgcacctcttatgtacacctccatgtagcaggggcattttagtaatttcacatcacaccatcaccctctcccatctcttcttct 12164334  T
Q  179 ttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgta--aaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 256  Q
    ||||||| ||||||||| || ||||| |||||| | |||  ||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12164333 ttcaatgtttttgccacatgccacaactgtgtgtgagtattaaagaatgtgtgccacctaagatggttcatgtataagag 12164254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 130 - 255
Target Start/End: Original strand, 19124532 - 19124657
Alignment:
Q  130 ggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgta 227  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||   | ||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||||   ||||||||||| |||  |||||    
T  19124532 ggtattttagtaattttacatcatatcatcacattctttcatctcttcttt-aatgtttttgccacacgtcacaattgtgtgtgggtgtcaaa-tgtgta 19124629  T
Q  228 tgccacctaaggtggttcatgtataaga 255  Q
    ||||| ||||| | || |||||||||||    
T  19124630 tgccatctaagatagtccatgtataaga 19124657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 37505964 - 37505863
Alignment:
Q  167 ttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctattt 262  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||  |||  |||| |||||||||||| ||  |||| || | |||||||||||||| |||    
T  37505964 ttcatatcttctttcaatgattttgccacatgtcacaattatgtatgtatgtgtcaaagggtgtatgtcatataagatgatccatgtataagagcttttt 37505865  T
Q  263 tt 264  Q
    ||    
T  37505864 tt 37505863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 205 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 3725779 - 3725730
Alignment:
Q  205 atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 254  Q
    |||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3725779 atgtgtggttgttaaagagtatatgccacctaaggtggtccatgtataag 3725730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0062
Description:

Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 69 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 6909 - 6722
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  6909 gaaaaagataggt-agataccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattagggatatttaagtaattttacatcatatcatcacccttttt 6811  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 255  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6810 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 6722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 26972203 - 26972393
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  26972203 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 26972301  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26972302 catctctcctttcaatgtttttgccacgtgtcataaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 26972393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 36346565 - 36346754
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  36346565 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccctcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatca-ccttttt 36346662  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  36346663 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtctgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggtttatgtataagagct 36346754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 34108617 - 34108427
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  34108617 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacttcttatgtacactcccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 34108519  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34108518 catctcttcattcaatgtttttgtcatatgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagagct 34108427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 28307495 - 28307685
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  28307495 gaaaaagataggt-agacatcttttttcatacacctcttatgtacacccccatatgttaagggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 28307593  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  28307594 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcgcaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtagtttatgtataagagct 28307685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 7699883 - 7700073
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  7699883 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7699981  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  7699982 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagct 7700073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 7700081 - 7700271
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  7700081 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7700179  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  7700180 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagct 7700271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 7700279 - 7700469
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  7700279 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7700377  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  7700378 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagct 7700469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 7700477 - 7700667
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  7700477 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7700575  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  7700576 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagct 7700667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 70 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 30887890 - 30887701
Alignment:
Q  70 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 169  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  30887890 aaaaagatacgtaagacaccctttttcatacacttcttatatacaccc-catgtattagaggtatttaagtaattttacatcatatcatcaccctttttc 30887792  T
Q  170 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  30887791 atctcttcattcaatgtttttgctacgtgtcacaaatgtatgtgggtgtaaaagtgtgtatgccacctaagattgttcatgtataagagct 30887701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 45782660 - 45782850
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  45782660 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacactttttatgtacactcccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 45782758  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  45782759 catctcttctttcaatgtttttgtcacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaatgatgtatgccacctaaagtggttgatgtataagagct 45782850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 69 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 31148480 - 31148283
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||  |||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  31148480 gaaaaagataggt-agacactctttttcatacacctcttatacacaccc-catatgttaggcttattttagtaattttacatcatatcatcacccatttt 31148383  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctatttttat 266  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||    
T  31148382 catctcttctttcaatgtttttgccatgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataaaagccctttttat 31148283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 69 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 34828255 - 34828069
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||  |||||| |||||| ||| | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||    
T  34828255 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacaccacttatgcacaccc-catatgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcatcactttt 34828158  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 256  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  34828157 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaaggatgtatg-cacccaaggtggttcatgtataagag 34828069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 42220964 - 42221153
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttg-agtaattatacatcatatcatcatcctttt 167  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||||  |||||||||||||| || |||    
T  42220964 gaaaaagataggt-agacaccttttt-catacaccacttatgtacactc-catgtgttaggggtatttttagtaatttaacatcatatcatcaccccttt 42221060  T
Q  168 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42221061 ttatatcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaagtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 42221153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 5811164 - 5811353
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||||    
T  5811164 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctcccatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcctcacccctttt 5811261  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  5811262 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgaaaaaggatgtatgccacctatggtggtttatgtataatagct 5811353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 13108337 - 13108149
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| | | ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || |||     
T  13108337 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctttcatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcctcaccccttt- 13108241  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  13108240 catctcttctttcaacgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccgcctaaggtggtttatgtataacagct 13108149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 70 - 255
Target Start/End: Original strand, 21807324 - 21807509
Alignment:
Q  70 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 169  Q
    ||||||||||||  |||| | ||||| |||||||||| || ||||||| || || |||||||||||| |||||||  |||| | |||||||||| |||||    
T  21807324 aaaaagataggtt-gacaaccttttttatacacttctcatatacaccc-cacgtgttaggggtattttagtaatttcacataacatcatcatccattttc 21807421  T
Q  170 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 255  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| | |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21807422 atctcttctttcaatatttttgccacatatcacaaatttgtgtgggtgtaaaatggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataaga 21807509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 125 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 23980267 - 23980137
Alignment:
Q  125 ttaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagg 222  Q
    |||| ||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||    
T  23980267 ttagaggtattttagtaatttcacatcacatcctcaccccttttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagg 23980168  T
Q  223 gtgtatgccacctaaggtggttcatgtataa 253  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  23980167 gtgtatgccacctatggtggtttatgtataa 23980137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 117 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 15020423 - 15020283
Alignment:
Q  117 ctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgt 216  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||  |||||||||| ||| || ||| | ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  15020423 ctcatgtgttagggatattttagtaatttcacatcatatcttcaccccttt-cgtctcttctttcaatgtttttgccatatgtcacaaatgtgtgggtgt 15020325  T
Q  217 aaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  15020324 aaaaggttgtatgccacctatggtggtttatgtataacagct 15020283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 69 - 167
Target Start/End: Original strand, 29953572 - 29953669
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 167  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  29953572 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtagacttccatgtattagggatatttgagtaattttacatcatatcatcaccctttt 29953669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 69 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 36957618 - 36957450
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||| |||||| | | || |||||||  |||| || ||||||||| ||||||| ||||| | || ||||||| ||||    
T  36957618 gaaaaagataggt-agacacaattttttatacacctttcatatacaccc--atgtgttgggggtattttagtaattttacattacattatcatccatttt 36957522  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaag 238  Q
    ||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36957521 catctcttcttacaatatttttgtcacgtgtcacaaatatgtatggatgtaaaagggtgtatgccacctaag 36957450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 64 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 46475220 - 46475075
Alignment:
Q  64 tatacgaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtatta-ggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatc 162  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||| ||||||| | |||||| ||| ||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| |    
T  46475220 tataggaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctctcatgtacatc-tcatgtgttatggggtattttagtaatttcacatcacatcgtcacc 46475123  T
Q  163 ctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgt 210  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||    
T  46475122 ccttttcatctcttctttcaatgtttttgttacatgtcacaaatgtgt 46475075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 168 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 38321102 - 38321014
Alignment:
Q  168 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgt--gtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 254  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||  |||||||| |||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  38321102 tcatatcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaattgtatgtgggtgttaaaatgtgtatgccacctaagatggttaatgtataag 38321014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 132 - 224
Target Start/End: Original strand, 20086690 - 20086784
Alignment:
Q  132 tatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggt 224  Q
    ||||| |||||||  |||||| ||||||| || |||| ||||||||||| |||| ||||||||  |||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  20086690 tattttagtaatttcacatcacatcatcacccctttttatctcttcttttaatgtttttgccagatgtctcaaatgtatgtgggtgtaaaagggt 20086784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 166 - 254
Target Start/End: Original strand, 42950109 - 42950189
Alignment:
Q  166 tttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 254  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||||| | ||||||||||||| |        |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42950109 tttcatctcttttttcaatgtatttgccacatatcacaaatgtgtgtg--------ggtgtatgccacctaaggtggttcatgtctaag 42950189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 140; Significance: 4e-73; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 70 - 258
Target Start/End: Original strand, 39249864 - 39250053
Alignment:
Q  70 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 169  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  39249864 aaaaagataggt-agacaccttttttcatacacctcttatgtacacccccatgtattaggggtattttagtaattttacattatatcaccatcctttttc 39249962  T
Q  170 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39249963 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtatgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataagagct 39250053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 69 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 2509215 - 2509028
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  2509215 gaaaaagataggt-agacactttttttcatacacctcttatgtacaccctcatgtattagggatattttagtaattttacatcatatcaccacccttttt 2509117  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 255  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2509116 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaggatgtatgtcacctaaggtggttcatgtataaga 2509028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 34307138 - 34307328
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  34307138 gaaaaagataggt-agacaccttttttcatacacctcttatgtacactcccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 34307236  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34307237 catatcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagct 34307328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 46901735 - 46901925
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  46901735 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacatttcttatgtacaccgccatgtatcaggagtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 46901833  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46901834 catctcttcttttaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgttggtgtaaaatggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagagct 46901925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 70 - 269
Target Start/End: Original strand, 19258674 - 19258873
Alignment:
Q  70 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 169  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| |||||  ||| |||||||||| ||||| |||||  ||||| | |||||  |||||| |||| || || |||||    
T  19258674 aaaaagataggt-agacacccttttttatacatctctcatgtacaccc-catgtgttaggaatattttaataatttcacatcacatcaccaccccttttc 19258771  T
Q  170 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgt--gtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctatttttata 267  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||| ||||| ||    
T  19258772 atctcttttttcaatgtttttgccacatgtcacaaatatatgtgggtgtaaaaaggtgtatgccaccttagatggtttatgtataatagctcttttttta 19258871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 28647543 - 28647354
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||  ||| ||||||| || ||||| |||||  ||||| | |||||  |||||| |||| || || ||||    
T  28647543 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacatctctcatgtacatcc-catgtgttaggaatattttaataatttcacatcacatcaccacccctttt 28647446  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaat--gtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||  | ||||||||  |||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||    
T  28647445 catctattctttcaatgtttttgccaaatatcacaaatatgtgtgggtgtaaaaagatgtatgcaaccttaggtggttcatgtataatagct 28647354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 178 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 10147049 - 10146971
Alignment:
Q  178 tttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 254  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| ||||||  || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10147049 tttcactgtttttgccacatgtcacaattgtgtgtgggggtcaaagggtgtatgccacctaaggtggtccatgtataag 10146971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 138 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 29099939 - 29099821
Alignment:
Q  138 agtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg-ggtgtaaaagggtgtatgccaccta 236  Q
    |||||||  |||||| ||||||| || |||| || |||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||    |||| |||||||||| |||    
T  29099939 agtaatttcacatcacatcatcaccccttttaatttcttttttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtggacgtaaagagtgtatgccatcta 29099840  T
Q  237 aggtggttcatgtataaga 255  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  29099839 aggtggtttatgtataaga 29099821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 138 - 241
Target Start/End: Original strand, 9642933 - 9643039
Alignment:
Q  138 agtaattatacatcatatcatcatcctttt-tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacc 234  Q
    |||||||  |||||||||||||| ||  || ||||||||||||||| || ||||| || |||||||||  |||||||||||| ||| ||| ||||||| |    
T  9642933 agtaatttcacatcatatcatcacccccttctcatctcttctttcattgtttttgtcatgtgtcacaattatgtgtgggtgttaaaaggtatatgccatc 9643032  T
Q  235 taaggtg 241  Q
    |||||||    
T  9643033 taaggtg 9643039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 137; Significance: 3e-71; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 42162789 - 42162599
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  42162789 gaaaaagataggt-agacactctttttcatacactttttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 42162691  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42162690 catctcttctttcaatgtttttgtcacgtgtcacaaatgtgtttgggtgtaaaagggtgtatgacacctaaggtggttcatgtataagagct 42162599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 83 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 44081958 - 44081780
Alignment:
Q  83 agacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttca 182  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44081958 agacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacattatatcatcaccctttttcatctcttctttca 44081859  T
Q  183 atgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagcta 259  Q
    ||| |||| |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44081858 atgttttttccacgtgttacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataagagcta 44081780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 31318996 - 31318806
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  31318996 gaaaaagataggt-agacatcatttttcatacacttcttatatacacccccatgtattaggagtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 31318898  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31318897 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaaagttatatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 31318806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 69 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 10203855 - 10203652
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||| || |||||||    
T  10203855 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacatctcttatgtacaccctcatgtattagggatattttagtaattttatatcatatcaccacccttttt 10203757  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctatttttat 266  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |    
T  10203756 catctcttctttcaatatttttgtcacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaaggatgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagaactcttttttt 10203657  T
Q  267 atttg 271  Q
    |||||    
T  10203656 atttg 10203652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 83 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 30432516 - 30432340
Alignment:
Q  83 agacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttca 182  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  30432516 agacaccctttttcatacacctcttatgtacatcc-catatattatgggtattttagtaattttacatcatatcatcaccccttttcatctcttctttca 30432418  T
Q  183 atgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30432417 atgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtataaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagct 30432340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 69 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 12665536 - 12665347
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcc-tttt 167  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  12665536 gaaaaagataggt-agacatcctttttcgtacacctcttatgtataccctcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 12665438  T
Q  168 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 256  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12665437 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgttacaaatgtgtgtgagtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 12665347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 59 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 36189415 - 36189217
Alignment:
Q  59 atttttatacgaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcat 158  Q
    |||||| || ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||  ||||  ||||||||||| | ||||| || ||||||||||    
T  36189415 atttttttaggaaaaagataggt-agacaccctttttcatacaccacttatgtacacccatatgt--taggggtattttaataattttatatcatatcat 36189319  T
Q  159 catcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 256  Q
    ||  | ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36189318 cactccttttcatctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatgtatgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataagag 36189219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 69 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 43186217 - 43186031
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| | |||||    
T  43186217 gaaaaagataggt-agacatcatttttcatacacttcttatgtacaccct-atgtattaggggcatttgagtaattttatatcatatcatcacctttttt 43186120  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 255  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||  |||||||||| || |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  43186119 catcttttctttcaatgtttttgccacatatcacaaatgtgtgcaggtgtaaaagagtatatgccacctaaagtggttgatgtataaga 43186031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 69 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 18184743 - 18184556
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||||| || ||||    
T  18184743 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacaccttttatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaattttatatcatatcatcacccctttt 18184646  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 256  Q
    ||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  18184645 catctcttcattcaatgttttcaccacgtgtcacaaatatgtgtggatgtaaaagggtgtatgtcacttaaggtggttcatatataagag 18184556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 69 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 33726202 - 33726017
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcct-ttt 167  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||||||  |||    
T  33726202 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctcccatgtacact-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcgtcatccacttt 33726105  T
Q  168 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataa 253  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  33726104 tcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtttgtgggtgtaaaaaggtgtatgccacctaaagtggtttatgtataa 33726017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 126 - 239
Target Start/End: Original strand, 42668838 - 42668952
Alignment:
Q  126 taggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaaggg 223  Q
    ||||||||||  |||||||  |||||||| ||||| ||| | |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||   ||||||||||| |||| |    
T  42668838 taggggtattgtagtaatttcacatcataccatca-cctctctcatatcttcttttaatgtttttgccacgtgtcacaattgtgtgtgggtgtcaaagtg 42668936  T
Q  224 tgtatgccacctaagg 239  Q
    ||||||||||||||||    
T  42668937 tgtatgccacctaagg 42668952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 170 - 254
Target Start/End: Original strand, 31547 - 31633
Alignment:
Q  170 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 254  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||  ||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||| ||| ||||||    
T  31547 atctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaattgtatgtgggtgtcaaagtgtgtatgctacctaagatggtacatatataag 31633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 216
Target Start/End: Original strand, 38845021 - 38845168
Alignment:
Q  67 acgaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttt 166  Q
    ||||||||||||| | | ||||| ||||| ||||||   | ||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||   ||||| ||||||| || |     
T  38845021 acgaaaaagatagataa-acaccattttttatacacccttcatgtacacccttatgtgttagggttattttagtaatttctcatcacatcatcacccctc 38845119  T
Q  167 ttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgt 216  Q
    || |||| ||||||||||  |||| |||| |||||||| |||||| ||||    
T  38845120 tt-atcttttctttcaatattttttccacatgtcacaattgtgtgtgtgt 38845168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 33732759 - 33732570
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  33732759 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccc-catatattaggggtattttagtaattttacatcatatcaccacccttttt 33732662  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33732661 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 33732570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 69 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 44958304 - 44958116
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  44958304 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacacctcttatgtataccctcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 44958206  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 256  Q
     |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44958205 tatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 44958116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 16090011 - 16089823
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  16090011 gaaaaagataggt-agacaccttttttcatacacctcttatgtacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcacca-ccttttt 16089915  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16089914 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacttaaggtggttcatgtataagagct 16089823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Original strand, 3830900 - 3831091
Alignment:
Q  71 aaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttca 170  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| | ||||||| ||||||| || |||| |  ||||||    
T  3830900 aaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccc-catgtgttaggggtatattagtaattttacatcagataatcaccacttttca 3830997  T
Q  171 tctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctattttt 264  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  3830998 tctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagtgctcttttt 3831091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 91 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 14573165 - 14572996
Alignment:
Q  91 tttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgatttt 190  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  14573165 ttttacatacacctcttatgtacacccccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttccatctcttctttcaatgttttt 14573066  T
Q  191 gccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    || ||||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14573065 gctacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtggatgccacctaaggtggtttatgtataagagct 14572996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 37498863 - 37499055
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatc--cttt 166  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |  ||||    
T  37498863 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctcttatgtacatccccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcaccctcttt 37498961  T
Q  167 ttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||  |||| ||||| || ||||||||||    
T  37498962 ttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaaggatgtatgccagttaagatggttgatatataagagct 37499055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 64 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 36315757 - 36315562
Alignment:
Q  64 tatacgaaaaagataggtcagaca-ccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatc 162  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||| | | |||  |||||| || |||| |    
T  36315757 tataggaaaaagataggt-agacatccttttttgatacacctcttatgtacacc-tcatgtgtcaggggtattttaatcatttcacatcacattatcacc 36315660  T
Q  163 ctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
      |||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36315659 tctttttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 36315562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 69 - 263
Target Start/End: Original strand, 37914237 - 37914431
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacacc-ttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 167  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||  |||| ||||| | | |||  |||||| || |||| || |||    
T  37914237 gaaaaagataggt-agacacccttttttgatacacctcttatgtacaccc-catgtaccaggg-tattttaatcatttcacatcacattatcaccccttt 37914333  T
Q  168 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtggg--tgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctatttt 263  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  37914334 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataaaagctctttt 37914431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 6376239 - 6376423
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||  ||||||| | |||||| |||| ||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||||    
T  6376239 gaaaaagataggt-agacatccttttttatacacctcccatgtacatc-tcatgtgttagaggtattttagtaatttcacatcacatcctcacccatttt 6376336  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    |||||||||||||||||     ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  6376337 catctcttctttcaatg-----gccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctatggtggtttatgtataacagct 6376423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 127 - 258
Target Start/End: Original strand, 24137149 - 24137286
Alignment:
Q  127 aggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg------ggtgtaaaa 220  Q
    |||||||||| |||||||  |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||      ||||| |||    
T  24137149 aggggtattttagtaatttcacatcacatcctcatcccttttcatctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtgggtaggtgtcaaa 24137248  T
Q  221 gggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  24137249 gggtgtataccacctaaggtggtttatgtataacagct 24137286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 41188898 - 41188777
Alignment:
Q  132 tatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatg 229  Q
    ||||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| || | |||||||| ||||||||| ||||| |||| |||   | | ||||||||||||||    
T  41188898 tattttagtaattttacatcacatcatcatcccttttcatatcatttttcaatgtttttgccacatgtcataaatatgtatagatataaaagggtgtatg 41188799  T
Q  230 ccacctaaggtggttcatgtat 251  Q
     ||| ||| |||||||||||||    
T  41188798 tcacataaagtggttcatgtat 41188777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 125; Significance: 4e-64; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 3986906 - 3987095
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||    
T  3986906 gaaaaagataggt-agacatcatttttcatacatttattatgtataccc-catgtattaagggtatttgagtaattttacatcatattatcatccctttt 3987003  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3987004 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 3987095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 64 - 258
Target Start/End: Original strand, 15345655 - 15345847
Alignment:
Q  64 tatacgaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcc 163  Q
    |||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  | |||||||||||| |     
T  15345655 tataggaaaaaaataggt-agacatcttttttcatacacttcttatgtacaccct-atgtattaggggcatttgagtaatttgatatcatatcatcacct 15345752  T
Q  164 tttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15345753 tttttcatcttttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtatgggtgtaaaagagtatatgccacctaaggtggttgatgtataagagct 15345847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Original strand, 3118047 - 3118237
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| || |||||||    
T  3118047 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacatctcttatgtacactcccatgtattaggggtattttagtaattttacatcatgtcaccacccttttt 3118145  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
     |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3118146 tatctattctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatatataagagct 3118237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 14023124 - 14022935
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || || |    
T  14023124 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctcccatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcgtcaccccttgt 14023027  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  14023026 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataatagct 14022935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 13697758 - 13697570
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||| | | ||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||| | ||||| ||||||| || |||||||||||| || ||||    
T  13697758 gaaaaagataggt-agagatcatttttcatacattacttatgtacaccc-catgtgttagagatattttagtaattttatatcatatcatcacccgtttt 13697661  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgt-gggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||| || ||||| ||||| |||||||||||||    
T  13697660 catctcttctttcaatgtttttaccacgtatcacaaatgtgtatggtgtaaaagggtgcatgtcatctaagatggtttatgtataagagct 13697570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 69 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 24208634 - 24208445
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||| || |||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| |||||||    
T  24208634 gaaaaagataggt-agacatccttttttatacacctctcatttacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcctcacccttttt 24208537  T
Q  169 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||| | ||||| |||||||| ||||    
T  24208536 catctcttctttcaatgtttttgccacatatcacaaatgtgtgtgggtgtaaaatagtgtataccacctatgatggtttatgtataacagct 24208445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 230 - 258
Target Start/End: Original strand, 7674598 - 7674626
Alignment:
Q  230 ccacctaaggtggttcatgtataagagct 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7674598 ccacctaaggtggttcatgtataagagct 7674626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 69 - 255
Target Start/End: Original strand, 87163 - 87350
Alignment:
Q  69 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatat--catcatccttt 166  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| || || ||||  |||||   |||    
T  87163 gaaaaagataggt-agacaccttttttcatacaccttttatgtacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttatattatatatcatcactattt 87260  T
Q  167 ttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg-ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 255  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  87261 ttcatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggtgtacaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 87350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University