View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13968_high_6 (Length: 404)

Name: NF13968_high_6
Description: NF13968
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13968_high_6
NF13968_high_6
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (20-379)||(9440204-9440563)
chr8 (24-382)||(24594601-24594959)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (20-379)||(27874822-27875181)
chr6 (20-382)||(26977003-26977365)
chr6 (24-382)||(1472575-1472932)
chr6 (95-382)||(21965303-21965588)
chr6 (192-314)||(18967120-18967241)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (20-379)||(41722255-41722614)
chr5 (20-365)||(34355855-34356200)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (20-379)||(42269748-42270107)
chr4 (20-379)||(48697934-48698293)
chr4 (20-382)||(30946293-30946655)
chr4 (24-379)||(2002732-2003087)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (20-382)||(5819385-5819747)
chr3 (20-382)||(54544990-54545352)
chr3 (24-382)||(42588797-42589155)
chr3 (122-360)||(25880790-25881030)
chr3 (45-231)||(25880165-25880348)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (20-382)||(829324-829686)
chr2 (26-379)||(28714934-28715287)
chr2 (69-382)||(13841038-13841342)
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (20-382)||(28145-28507)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (24-368)||(2324231-2324575)
chr7 (45-382)||(7504873-7505210)
chr7 (89-382)||(22509834-22510124)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (51-171)||(34973410-34973530)
chr1 (289-382)||(41413690-41413783)
chr1 (285-382)||(34973589-34973686)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 9440563 - 9440204
Alignment:
Q  20 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9440563 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtc 9440464  T
Q  120 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9440463 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 9440364  T
Q  220 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9440363 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 9440264  T
Q  320 ggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgca 379  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9440263 ggaactcgggcacaagcaggaacaaattactgtgtattgtgacagtcagagtgccttgca 9440204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 24 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 24594959 - 24594601
Alignment:
Q  24 ggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggg 123  Q
    |||||| | |||||| ||| ||||||||||||| |||| || || |||||||||| || |||||| ||||||||| ||||||  || || | |||||  |    
T  24594959 ggtaaaaaacattgggatgttgttaagagaatcctgagatatataaaaggaaccttagatgttgcattatgtttcagaggattggaatttattgtcaaag 24594860  T
Q  124 gttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaa 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||| ||    
T  24594859 gttatgttgattcagattttgcaggtgatcttgataaaagaagatctactactggttatgtgttcacacttgcaggaggagcgataagttgattgtcaaa 24594760  T
Q  224 gttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatggaggaa 323  Q
     |||||| | || |||||||| || || |||||||| || || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||    
T  24594759 attacaatctgtcgtagctctatctactacagaagctgaatatatggcagctacacaagcttgcaaggaagctatttggatacaaagactaatggaagaa 24594660  T
Q  324 ctcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 382  Q
    ||||| ||||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24594659 ctcggccacagtcaacaacaaattgttgtgtattgtgacagtcagagtgcattgcacat 24594601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 27875181 - 27874822
Alignment:
Q  20 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27875181 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtc 27875082  T
Q  120 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27875081 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 27874982  T
Q  220 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27874981 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 27874882  T
Q  320 ggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgca 379  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27874881 ggaactcgggcacaagcaggaacaaattactgtgtattgtgacagtcagagtgccttgca 27874822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 26977365 - 26977003
Alignment:
Q  20 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26977365 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtc 26977266  T
Q  120 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26977265 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 26977166  T
Q  220 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 319  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  26977165 ccaagttacaaactgttgtagctctgtcaacgacagaagctgagtacatggcagctacccaagcatgcaaggaagctatctgggtgcaaaggttaatgga 26977066  T
Q  320 ggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 382  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26977065 ggaactcgggcacaagcaggagaaaattactgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 26977003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 24 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 1472932 - 1472575
Alignment:
Q  24 ggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggg 123  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || || |||||||||| || |||||| ||||||||| ||||||  || || |  ||||  |    
T  1472932 ggtaaagagcattgggatgctgttaagagaatcctgagatatataaaaggaaccttagatgttgcattatgtttcagaggattggaatttatcgtcaaag 1472833  T
Q  124 gttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaa 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1472832 gttatgttgattcagattttgcaggtgatcttgataaaagaagatctactactggttatgtgttcacacttgcaggaggagcagtaagttggttgtcaaa 1472733  T
Q  224 gttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatggaggaa 323  Q
     |||| ||  || |||||||| || || |||||||| || || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||    
T  1472732 attac-aattgtcgtagctctctctactacagaagctgaatatatggcagctacgcaagcttgcaaggaagctatttggatacaaagactaatggaagaa 1472634  T
Q  324 ctcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 382  Q
    |||| |||||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1472633 ctcgtgcacagtcaacaacaaattgttgtgtattgtgacagtcagagtgcattgcacat 1472575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 95 - 382
Target Start/End: Original strand, 21965303 - 21965588
Alignment:
Q  95 tttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgctt 194  Q
    ||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||  |||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  21965303 tttcggaggattaaagttaactatcaggggttatattgattcgaattttgcacttgatcatgataatagaaaatcaactattggatatgtgttcacgctt 21965402  T
Q  195 gcaggaggagcagtaagttggttgtccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaag 294  Q
     || || ||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||   ||||| | |||||||   |||||||| ||||     
T  21965403 ccaagatgagcagtaagttggttacccaagttacaaactattgtagctctgtcaacgtcaaaagcttcgtacaagacagctaccttagcatgcatggaaa 21965502  T
Q  295 ctatttggatgcaaaggttaatggaggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 382  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| ||||  |||| || ||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  21965503 ctatttggatgcgaaggttaattgagcaacttaggcataagcagcaacgaattattgtgtat--tgacagtcagagtaccttgcacat 21965588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 192 - 314
Target Start/End: Original strand, 18967120 - 18967241
Alignment:
Q  192 cttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaagg 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  18967120 cttgcaggaggagcagtaagttggttatccaagttacaa-ctgttgtagctctgtcaacgacagaagctgagtacattgcagctacccaagcatgcaatg 18967218  T
Q  292 aagctatttggatgcaaaggtta 314  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  18967219 aagctatttggatgcaaacgtta 18967241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 379
Target Start/End: Original strand, 41722255 - 41722614
Alignment:
Q  20 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41722255 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtc 41722354  T
Q  120 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41722355 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 41722454  T
Q  220 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41722455 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 41722554  T
Q  320 ggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgca 379  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41722555 ggaactcgggcacaagcaggaacaaattactgtgtattgtgacagtcagagtgccttgca 41722614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 20 - 365
Target Start/End: Original strand, 34355855 - 34356200
Alignment:
Q  20 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34355855 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaaccttaggtgttgcagtatgtttcggaggatcagagttaactgtc 34355954  T
Q  120 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34355955 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 34356054  T
Q  220 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 319  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34356055 ccaagttacaaactgttgtagctctgtcaacgacagaagctgagtacatggcagctacccaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 34356154  T
Q  320 ggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagt 365  Q
    ||||||||||||||| || ||  |||||| ||||||||||||||||    
T  34356155 ggaactcgggcacaagcaagagaaaattactgtgtattgtgacagt 34356200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 379
Target Start/End: Original strand, 42269748 - 42270107
Alignment:
Q  20 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42269748 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtc 42269847  T
Q  120 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42269848 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 42269947  T
Q  220 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42269948 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 42270047  T
Q  320 ggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgca 379  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42270048 ggaactcgggcacaagcaggaacaaattactgtgtattgtgacagtcagagtgccttgca 42270107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 48698293 - 48697934
Alignment:
Q  20 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48698293 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtc 48698194  T
Q  120 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48698193 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 48698094  T
Q  220 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48698093 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 48697994  T
Q  320 ggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgca 379  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48697993 ggaactcgggcacaagcaggaacaaattactgtgtattgtgacagtcagagtgccttgca 48697934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 30946655 - 30946293
Alignment:
Q  20 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30946655 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtc 30946556  T
Q  120 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30946555 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttacaggaggagcagtaagttggttgt 30946456  T
Q  220 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30946455 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 30946356  T
Q  320 ggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 382  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30946355 ggaactcgggcacaagcaggaacaaattactgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 30946293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 24 - 379
Target Start/End: Original strand, 2002732 - 2003087
Alignment:
Q  24 ggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggg 123  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || || |||||||||| || |||||| ||||||||| ||||||  || || | |||||  |    
T  2002732 ggtaaagagcattgggatgctgttaagagaatcctgagatatataaaaggaaccttagatgttgcattatgtttcagaggattggaatttattgtcaaag 2002831  T
Q  124 gttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaa 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2002832 gttatgttgattcagattttgcaggtgatcttgataaaagaagatctactactggttatgtgttcacacttgcaggaggagcagtaagttggttgtcaaa 2002931  T
Q  224 gttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatggaggaa 323  Q
     |||||| | || |||||||| || || |||||||| || || ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||    
T  2002932 attacaatctgtcgtagctctatctactacagaagctgaatatatggcagctatgcaagcttgcaaggaagctatttggatacaaagactaatggaagaa 2003031  T
Q  324 ctcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgca 379  Q
    ||||||||||  ||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  2003032 ctcgggcacagtcaacaacaaattgttgtgtattgtgacagttagagtgcattgca 2003087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 5819747 - 5819385
Alignment:
Q  20 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5819747 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtc 5819648  T
Q  120 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5819647 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 5819548  T
Q  220 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 319  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5819547 ccaagttacaaactgttgtagctctgtcaacgacagaagctgagtacatggcagctacccaagcatgcaaggaagctatctggatgcaaaggttaatgga 5819448  T
Q  320 ggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 382  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5819447 ggaactcgggcacaagcaggagaaaattactgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 5819385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 382
Target Start/End: Original strand, 54544990 - 54545352
Alignment:
Q  20 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54544990 tccgggtaaagagcattggaatgttgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtc 54545089  T
Q  120 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  54545090 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacacttgccggaggagcagtaagttggttgt 54545189  T
Q  220 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 319  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54545190 ccaagttacaaactgttgtagctctgtcaacgacagaagctgagtacatggcagctacccaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 54545289  T
Q  320 ggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 382  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  54545290 ggaactcgggcacaagcaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgcattgcacat 54545352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 24 - 382
Target Start/End: Original strand, 42588797 - 42589155
Alignment:
Q  24 ggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggg 123  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| || || |||||||||| || |||||| |||||| || ||||||  || || | |||||  |    
T  42588797 ggtaaagaacattgggatgctgttaagagaatcctgagatatataaaaggaaccttagatgttgcattatgtgtcagaggattggaatttattgtcaaag 42588896  T
Q  124 gttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaa 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  42588897 gttatgttgattcagattttgcaggtgatcttgataaaagaagatctactgctggttatgtgttcacacttgcaggaggagcggtaagttggttgtcaaa 42588996  T
Q  224 gttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatggaggaa 323  Q
     |||||| | || |||||||| || || |||||||| || || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||    
T  42588997 attacaatctgtcgtagctctatctactacagaagctgaatatatggcagctacgcaagcttgcaaggaagctatttggatacaaagactaatggaagaa 42589096  T
Q  324 ctcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 382  Q
    ||||||||||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  42589097 ctcgggcacagtcaacaacaaattgttgtgtattgtgacagtcatagtgcattgcacat 42589155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 122 - 360
Target Start/End: Original strand, 25880790 - 25881030
Alignment:
Q  122 gggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaa---tctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttg 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||   |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  25880790 gggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgataaaaaaaaaaaatctactaccggttatgtgttcatacttgcaggaggagcaataagttggttg 25880889  T
Q  219 tccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgg 318  Q
    || || |||||||  ||||| ||||| || || ||| | || || || || | | |||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  25880890 tcaaaattacaaattgttgtcgctctatctactacatatgctgaatatattgtacctacgcaagcttgctaggaagctatttggatacaaaggctaatgg 25880989  T
Q  319 aggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtg 360  Q
    | ||| || ||||||| ||  |||||||| ||||||||||||    
T  25880990 aagaa-tcaggcacaatcaacaacaaattgttgtgtattgtg 25881030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 45 - 231
Target Start/End: Original strand, 25880165 - 25880348
Alignment:
Q  45 gttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttg 144  Q
    |||||||||||| |||| || || ||||||||||||  |||||  |||||||||  |   || || || | ||||| ||||| |||| |||||||||||     
T  25880165 gttaagagaatcctgagatatataaaaggaacctcaaatgttgtattatgtttctaa---tcggaatttattgtcaagggttttgttaattcagatttta 25880261  T
Q  145 caggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaagttacaaa 231  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  25880262 taggtgatcgtgataaaagaatatctaataccggttatgtgttcacacttgcaagaggagcaataagttggttgtcaaaattacaaa 25880348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 20 - 382
Target Start/End: Original strand, 829324 - 829686
Alignment:
Q  20 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  829324 tccgggtaaagagcattggaatgttgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaaccccaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtc 829423  T
Q  120 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  829424 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcaggataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttat 829523  T
Q  220 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 319  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  829524 ccaagttacaaactgttgtagctctgtcaacgacagaagctgagtacatggcagctacccaagcatgcaaggaagctatctggatgcaaaggttaatgga 829623  T
Q  320 ggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 382  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  829624 ggaactcgggcacaagcaggagaaaattactgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 829686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 26 - 379
Target Start/End: Original strand, 28714934 - 28715287
Alignment:
Q  26 taaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggt 125  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  28714934 taaagagcattggaatgttgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcatgtgttgcaatatgtttcggaggatcagagttaattgtcatgggt 28715033  T
Q  126 tatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaagt 225  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||    
T  28715034 tatgttgattcagattttgccggtgatcatgatgaaagaaaatcttttactggttacgtgttcatgcttgcgagaggagcagtaagttggttatccaagt 28715133  T
Q  226 tacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatggaggaact 325  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28715134 tacaaactgttgtagctatgtcaacgtcagaagctgagtacatggcagctacccaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatggaggtact 28715233  T
Q  326 cgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgca 379  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  28715234 cgggcacaagcaggagcaaattactgtgtattgtgatagttatagtgccttgca 28715287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 69 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 13841342 - 13841038
Alignment:
Q  69 aaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaat 168  Q
    |||| ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | |||||    
T  13841342 aaagaaacctcaagtgttgcaatatgtttcggaggatcagagttaaatgacaagggttatgttgattcagattttacaagtgatcatgataatataaaat 13841243  T
Q  169 ctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacat 268  Q
       |||||| ||||||||||||| ||  | ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||     ||||||| ||||||||||| || | ||||||||    
T  13841242 ---ctactgattatgtgttcacgtttatacgaggagcggtaagttggttatccaagttagaa-----tgtagctttgtcaacgaca-aaactgagtacat 13841152  T
Q  269 ggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatggaggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcag 368  Q
    |||| || | || || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||||| | |||||||||||| | ||    
T  13841151 ggcatcttcccatgcttgcaaggaagttatttgaatgcaaaggttaatggaggaacttgggcacaaacaacatcaaattactatgtattgtgacaattag 13841052  T
Q  369 agtgccttgcacat 382  Q
    | |||||| |||||    
T  13841051 aatgcctttcacat 13841038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 20 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 28507 - 28145
Alignment:
Q  20 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28507 tccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcggatgttgcaatatgtttcagaggatcagagttaactgtc 28408  T
Q  120 aggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |    
T  28407 aggggttatgttgattcagattttgtaggtgatcatgataaaagaaaatctactactgattatgtgttcacactttcaggaggagcagtaagttggttat 28308  T
Q  220 ccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatgga 319  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  28307 ccaagttacaaactgttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggttgcaaaggtttatgga 28208  T
Q  320 ggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 382  Q
    |||||||| |||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28207 ggaactcgtgcacaagcaggattaaattactgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 28145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 24 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 2324575 - 2324231
Alignment:
Q  24 ggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggg 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  2324575 ggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgatgtatataaaaggaacctcaggtgttgcaatatgtttcggaggatcagagttaaccgttgggg 2324476  T
Q  124 gttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaa 223  Q
    | | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||| |||||    
T  2324475 gatttcttgagtcagattttgcaggtgatcatgataaaagaaaatctactactagttatgtgttcacacttgcaggaggagttgtaagttagttatccaa 2324376  T
Q  224 gttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatggaggaa 323  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2324375 gttacaaactgttgtagctttgtcaacgacagaagctaagtacatggcagctacccaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatggaggaa 2324276  T
Q  324 ctcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcag 368  Q
    ||||||||||| |||||  |||| | | ||||||||| |||||||    
T  2324275 ctcgggcacaagcaggagaaaatcactttgtattgtggcagtcag 2324231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 45 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 7505210 - 7504873
Alignment:
Q  45 gttaagagaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttg 144  Q
    |||||||||||| |||| || || |||||||||| || |||||| ||||||||| ||||||  || || | |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  7505210 gttaagagaatcctgagatatataaaaggaaccttagatgttgcattatgtttcagaggattggaatttattgtcaaaggttatgttgattcagattttg 7505111  T
Q  145 caggtgatcatgataaaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaagttacaaacggttgtagctct 244  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||   || ||||||||    
T  7505110 caggtgatcttgataaaagaagatctactactggttatgtgttcacacttgcaggaggagcggtaagttgattgtcaaaattacaatttgtcgtagctct 7505011  T
Q  245 gtcaacgacagaagcggagtacatggcagctactcaagcatgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatggaggaactcgggcacaaacaggaacaa 344  Q
     || || |||||||| || || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||| |||||  ||  |||||    
T  7505010 atctactacagaagctgaatatatggcagctacgcaagcttgcaaggaagctatttggatacaaagactaatggaagaactcgtgcacagtcaacaacaa 7504911  T
Q  345 attattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 382  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7504910 attgttgtgtattgtgacagtcagagtgcattgcacat 7504873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 89 - 382
Target Start/End: Original strand, 22509834 - 22510124
Alignment:
Q  89 gttatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgat--aaaagaaaatctactactggttatgtgt 186  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| || || ||||| |||||     |    
T  22509834 gttatgtttcggaggatcaaagttaaccattaggtgttatgttgattcagattttgaaggtgatcatgattgaaaaaaatatatactattggtt-----t 22509928  T
Q  187 tcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaagttacaaacggttgtagctctgtcaacgacagaagcggagtacatggcagc-tactcaagcat 285  Q
    ||||  ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||| | ||||   || ||||||| ||  |||| | |  |    
T  22509929 tcacatttgtaagaggagcagtaatttggttgtccaagttaccaattgttgaagctctgtcaacaagagaaattgaatacatggaagtatact-aggttt 22510027  T
Q  286 gcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatggaggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 382  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||  |  ||||||||| | |||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  22510028 gcaaggaagctatttggatgataaggttaatggaggaactcgcgcacaagtatcaacaaattactttgtattgtgatagtcagagtgtcttgcacat 22510124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 51 - 171
Target Start/End: Original strand, 34973410 - 34973530
Alignment:
Q  51 agaatcatgaggtacattaaaggaacctcaggtgttgcgttatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgcaggtg 150  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  34973410 agaattatgaggtacaataaaggaacctcaggtgttgcaatatgattcggaggatcaaatttaactgttaggggttatgtcgattcagattttgcagatg 34973509  T
Q  151 atcatgataaaagaaaatcta 171  Q
    ||||| |||||||||||||||    
T  34973510 atcataataaaagaaaatcta 34973530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 289 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 41413783 - 41413690
Alignment:
Q  289 aggaagctatttggatgcaaaggttaatggaggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 382  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||   |||| |||  ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  41413783 aggaagctattttgatgcaaatgttaattgaggaactcaaacacagacaataacaaattattgtatattgtgatagttagagtgtcttgcacat 41413690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 285 - 382
Target Start/End: Original strand, 34973589 - 34973686
Alignment:
Q  285 tgcaaggaagctatttggatgcaaaggttaatggaggaactcgggcacaaacaggaacaaattattgtgtattgtgacagtcagagtgccttgcacat 382  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  | ||||| ||  || | ||||||||||||| ||| ||| | |||| |||||||||    
T  34973589 tgcaaggaagctgtttggatgcaaaggttaatggagggacttagacacaagcatcaagacattattgtgtattatgaaagttaaagtgtcttgcacat 34973686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University