View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13975_low_1 (Length: 1002)

Name: NF13975_low_1
Description: NF13975
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13975_low_1
NF13975_low_1
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (15-450)||(14748589-14749024)
chr7 (15-453)||(14763635-14764073)
chr7 (615-728)||(14747777-14747889)
chr7 (243-388)||(14811659-14811804)
chr7 (243-388)||(15258654-15258799)
chr7 (937-971)||(14710495-14710529)
chr7 (253-290)||(14708660-14708697)
chr7 (789-822)||(14747750-14747783)
chr7 (253-290)||(14757478-14757515)
chr7 (243-292)||(14804337-14804386)
chr7 (243-292)||(15251331-15251380)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (15-453)||(17620693-17621131)
chr5 (15-453)||(17564526-17564964)
chr5 (243-388)||(17522376-17522521)
chr5 (937-971)||(17572898-17572932)
chr5 (937-971)||(17619780-17619814)
chr5 (253-290)||(17571020-17571057)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (15-451)||(15194077-15194513)
chr1 (15-451)||(15204762-15205198)
chr1 (15-451)||(15214495-15214931)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (24-429)||(24394079-24394484)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (613-720)||(30298049-30298155)
chr4 (613-720)||(30326916-30327022)
chr4 (775-819)||(30298161-30298205)
chr4 (775-819)||(30327028-30327072)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (937-971)||(12613301-12613335)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 15 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 14749024 - 14748589
Alignment:
Q  15 tcagatttaaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  14749024 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatgatgcat 14748925  T
Q  115 tctttgttaatgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaaca 214  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||  ||    
T  14748924 tcattgttaatgacaaattcagtagcaaactgtataaggtaaaaataggaactgtagttactcaaaaggaatcggaaccggagaaactaaaaattcggca 14748825  T
Q  215 aagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtc 314  Q
    |||| | | |||||| | |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14748824 aagagtggtggaggaccagaagccccagattgaagcagcaatagtgaggattatgaaatctaggaagcaacttgagcacaacaatcttatagctgaggtc 14748725  T
Q  315 acaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatg 414  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||    
T  14748724 acaaagcagttgcagtcgcgattccttgcaaatccaacagacataaagaaacggattgagtctctcattgaaagggactttttggagagagatgatagtg 14748625  T
Q  415 acagaaaactgtatcattatatttcttagaattggt 450  Q
    |||||||||||||||  ||| || ||||||||||||    
T  14748624 acagaaaactgtatctgtatcttgcttagaattggt 14748589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 15 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 14764073 - 14763635
Alignment:
Q  15 tcagatttaaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  || ||||  |||    
T  14764073 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgggtaaagatgttagcgaggatgacacat 14763974  T
Q  115 tctttgttaatgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaaca 214  Q
    ||| |||||||||||  || || || |||||||||||| |||||||||||| |||  |||| ||||||||||| |||| |||||||||| | |||| |||    
T  14763973 tctatgttaatgacagatttagcagtaaactgtataagataaaaataggaactgttgttgcacaaaaggaatcggaactggagaaactggacactcgaca 14763874  T
Q  215 aagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtc 314  Q
    || |   |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  14763873 aaaagaggaggaggatcggaagccccagattgaagcagcaatagtgaggattatgaaatccaggaagcaacttgagcacaacaatcttatggctgaggtc 14763774  T
Q  315 acaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatg 414  Q
    ||  ||||||||||||| | ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||| | ||||||  |  ||    
T  14763773 acgcagcagttgcagtcgcgattccttacaaatccaacggatgtaaagaaacggattgagtctctccttgagcgggaatttttggaaagagatactgttg 14763674  T
Q  415 acagaaaactgtatcattatatttcttagaattggtaag 453  Q
    |||||||||||||||  ||| || | |||||||||||||    
T  14763673 acagaaaactgtatcgatatcttgcctagaattggtaag 14763635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 615 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 14747889 - 14747777
Alignment:
Q  615 acttcttcagttgagtggttatataacatggtaaacaacttaaaaagttgaaataagatagtaggaagatactttcttacattcaactaatcagctatat 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14747889 acttcttcagttgagtggttatataacatgttaaacaacttaaaa-gttgacataagatagtaggaagatactttcttacattcaactaatcagctatat 14747791  T
Q  715 cttcttattgatta 728  Q
    ||||||||||||||    
T  14747790 cttcttattgatta 14747777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 243 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 14811804 - 14811659
Alignment:
Q  243 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttg 342  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||  | |||||| |||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||| ||||  |||||   ||||||     
T  14811804 attgaagcagcaatagtgaggattatgaaattcaagaagcagcttgatcataagaatattatagcagaggtgacaaaggagttaaagtcattgttccttc 14811705  T
Q  343 caaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaag 388  Q
      |||||||||||  |||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  14811704 ttaatccaacagagataaagaaaaggattgaatctcttattgaaag 14811659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 243 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 15258799 - 15258654
Alignment:
Q  243 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttg 342  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||  | |||||| |||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||| ||||  |||||   ||||||     
T  15258799 attgaagcagcaatagtgaggattatgaaattcaagaagcagcttgatcataagaatattatagcagaggtgacaaaggagttaaagtcattgttccttc 15258700  T
Q  343 caaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaag 388  Q
      |||||||||||  |||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  15258699 ttaatccaacagagataaagaaaaggattgaatctcttattgaaag 15258654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 937 - 971
Target Start/End: Original strand, 14710495 - 14710529
Alignment:
Q  937 tttgttccaaatgcattcttgtaatgctcttcata 971  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14710495 tttgttccaaatgcattcttgtaatgctcctcata 14710529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 253 - 290
Target Start/End: Original strand, 14708660 - 14708697
Alignment:
Q  253 caatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgat 290  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14708660 caatagtgaggattaagaaatctaggaagcaacttgat 14708697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 789 - 822
Target Start/End: Complemental strand, 14747783 - 14747750
Alignment:
Q  789 ttgattactaccctacttcatataaaataaatca 822  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14747783 ttgattactaccctacttcataaaaaataaatca 14747750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 253 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 14757515 - 14757478
Alignment:
Q  253 caatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgat 290  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14757515 caatagtgaggattaagaaatctaggaagcaacttgat 14757478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 243 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 14804386 - 14804337
Alignment:
Q  243 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatca 292  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  14804386 attgaagcagcaatagcgaggatcatgaagtttaggaagcagcttgatca 14804337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 243 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 15251380 - 15251331
Alignment:
Q  243 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatca 292  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  15251380 attgaagcagcaatagcgaggatcatgaagtttaggaagcagcttgatca 15251331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 15 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 17621131 - 17620693
Alignment:
Q  15 tcagatttaaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||  || |||| ||||    
T  17621131 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtcctgaggaaggagcctacgagtaaagatgttagcgaggatgacgcat 17621032  T
Q  115 tctttgttaatgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaaca 214  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  17621031 tctatgttaatgacaagttcagtagcaaactgtataagataaaaataggaactgtagttactcaaaaggaatctgaaccggagaaactaaaaactcgaca 17620932  T
Q  215 aagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtc 314  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||  || |||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  17620931 aagagttaaggaggagcggaagccgcagactgaggcagcagtagtgaggattatgaaatctagatagaaactagatcagaacaatcttatagctgaggtc 17620832  T
Q  315 acaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatg 414  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| | | |     
T  17620831 acaaagcagttgcggtcgcgattccttgcaaatccaacagaggtaaaaaaacagattgagtctctcattgagagggactttttggagagagataacagta 17620732  T
Q  415 acagaaaactgtatcattatatttcttagaattggtaag 453  Q
    |||||||||||||||  ||| || |||||| ||||||||    
T  17620731 acagaaaactgtatcggtatcttgcttagagttggtaag 17620693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 15 - 453
Target Start/End: Original strand, 17564526 - 17564964
Alignment:
Q  15 tcagatttaaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  || ||||  |||    
T  17564526 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgggtaaagatgttagcgaggatgacacat 17564625  T
Q  115 tctttgttaatgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaaca 214  Q
    ||| |||||||||||  || || || |||||||||||| |||||||||||| |||  |||| ||||||||||| |||| |||||||||| | |||| |||    
T  17564626 tctatgttaatgacagatttagcagtaaactgtataagataaaaataggaactgttgttgcacaaaaggaatcggaactggagaaactggacactcgaca 17564725  T
Q  215 aagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtc 314  Q
    || | | |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  17564726 aaaagtggaggaggatcggaagccccagattgaagcagcaatagtgaggattatgaaatccaggaagcaacttgagcacaacaatcttatggctgaggtc 17564825  T
Q  315 acaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatg 414  Q
    ||  ||||||||||||| | ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||| | ||||||  |  ||    
T  17564826 acgcagcagttgcagtcgcgattccttacaaatccaacggatgtaaagaaacggattgagtctctccttgagcgggaatttttggaaagagatcctgttg 17564925  T
Q  415 acagaaaactgtatcattatatttcttagaattggtaag 453  Q
    |||||||||||||||  ||| || | |||||||||||||    
T  17564926 acagaaaactgtatcgatatcttgcctagaattggtaag 17564964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 388
Target Start/End: Original strand, 17522376 - 17522521
Alignment:
Q  243 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttg 342  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||  | |||||| |||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||| ||||  |||||   ||||||     
T  17522376 attgaagcagcaatagtgaggattatgaaattcaagaagcagcttgatcataagaatattatagcagaggtgacaaaggagttaaagtcattgttccttc 17522475  T
Q  343 caaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaag 388  Q
      |||||||||||  |||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  17522476 ttaatccaacagaaataaagaaaaggattgagtctcttattgaaag 17522521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 937 - 971
Target Start/End: Original strand, 17572898 - 17572932
Alignment:
Q  937 tttgttccaaatgcattcttgtaatgctcttcata 971  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17572898 tttgttccaaatgcattcttgtaatgctcttcata 17572932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 937 - 971
Target Start/End: Complemental strand, 17619814 - 17619780
Alignment:
Q  937 tttgttccaaatgcattcttgtaatgctcttcata 971  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17619814 tttgttccaaatgcattcttgtaatgctcctcata 17619780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 253 - 290
Target Start/End: Original strand, 17571020 - 17571057
Alignment:
Q  253 caatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgat 290  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17571020 caatagtgaggattaagaaatctaggaagcaacttgat 17571057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 15 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 15194513 - 15194077
Alignment:
Q  15 tcagatttaaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcat 114  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  15194513 tcagatttgaagatgtgcctgcaatctttggctttggttaagggtaaaaatgtcctaaggaaggagcctatgaataattatgttagtgagattgatgcat 15194414  T
Q  115 tctttgttaatgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaaca 214  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  15194413 tctttgttaatgacaagttcagtagaaaattgtataaggtaaaaataggaagtgtagttgctgaaacggaacctgaaccggagaaactgaaaactcaaaa 15194314  T
Q  215 aagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtc 314  Q
    || | ||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||| ||||||| ||     
T  15194313 aaaagttgaggaggagcggaggccgcagattcaggcttcaatagtgaggattatgaaatctaggaagaaactggaacacaataatcttgtagctgaagta 15194214  T
Q  315 acaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatg 414  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||| | | ||    
T  15194213 acaaagcagttgcagtctcgattccttgcaaatccaacggaggtaaagaaacagattgagtctctaattgagagggtgtttttggagagagataacagtg 15194114  T
Q  415 acagaaaactgtatcattatatttcttagaattggta 451  Q
    |||||||| |||||| |||| || |||||||||||||    
T  15194113 acagaaaattgtatcgttatcttgcttagaattggta 15194077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 15 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 15205198 - 15204762
Alignment:
Q  15 tcagatttaaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcat 114  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  15205198 tcagatttgaagatgtgcctgcaatctttggctttggttaagggtaaagatgtcctacggaaggagcctatgaataattatgttagtgagattgatgcat 15205099  T
Q  115 tctttgttaatgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaaca 214  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  15205098 tctttgttaatgacaagttcagtagcaaattgtataaggtaaaaataggaagtgtagttgctgaaacggaacctgaaccggagaaactgaaaactcaaga 15204999  T
Q  215 aagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtc 314  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| |||||| ||||||| ||     
T  15204998 aagagttgaggaggagcggaggccgcagattcaggcttcaatagtgaggattatgaaatcaaggaagaaactggaacacaataatcttgtagctgaagta 15204899  T
Q  315 acaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatg 414  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||| | | ||    
T  15204898 acaaagcagttgcagtctcgattccttgcaaatccaacggaggtaaagaaacagattgagtctctaattgagagggtgtttttggagagagataacagtg 15204799  T
Q  415 acagaaaactgtatcattatatttcttagaattggta 451  Q
    |||| ||| |||||| |||| || |||||||||||||    
T  15204798 acaggaaattgtatcgttatcttgcttagaattggta 15204762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 15 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 15214931 - 15214495
Alignment:
Q  15 tcagatttaaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcat 114  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  15214931 tcagatttgaagatgtgcctgcaatctttggctttggttaagggtaaatatgtcctatggaaggagcctatgaataattatgttagtgagattgatgcat 15214832  T
Q  115 tctttgttaatgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaaca 214  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  15214831 tctttgttaatgacaagttcagtagtaaattgtataaggtaaaaataggaagtgtagttgctgaaacggaacctgaaccggagaaactgaaaactcaata 15214732  T
Q  215 aagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtc 314  Q
    || | ||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| |||||| ||||||| ||     
T  15214731 aatagttgaggaggagcggaggccgcagattcaggcttcaatagtgaggattatgaaatcaaggaagaaactggaacacaataatcttgtagctgaagta 15214632  T
Q  315 acaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatg 414  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||| | | ||    
T  15214631 acaaagcagttgcagtctcgattccttgcaaatccaacggaggtaaagaaacggattgagtctctaattgagagggtgtttttggagagagataacagtg 15214532  T
Q  415 acagaaaactgtatcattatatttcttagaattggta 451  Q
    |||||||| |||||| |||| || |||||||||||||    
T  15214531 acagaaaattgtatcgttatcttgcttagaattggta 15214495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 24 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 24394484 - 24394079
Alignment:
Q  24 aagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcattctttgtta 123  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| || || ||||||| |||| ||| |    
T  24394484 aagagatgtctgcaatcattggctttagttaagggaagaaatgtccttagaaaggagccgatgagtaaagatgttggtgaggatgatgctttctctgtca 24394385  T
Q  124 atgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaacaaagacttga 223  Q
    ||||||| |||||||| ||||| || ||| | |||||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||  ||  || | ||    
T  24394384 atgacaagttcagtagtaaactatacaaggttaaaataggaactgtagttgcacaaaaggaatccgaacctgagaaacaggaaactcggcagcgagtgga 24394285  T
Q  224 ggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcag 323  Q
    ||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24394284 ggaggacaggaagcctcagattgaggcggcaatagtgaggatcatgaaatctaggaggctacttgatcataacaatcttatagctgaagtcacaaagcag 24394185  T
Q  324 ttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatgacagaaaac 423  Q
    ||||||| ||  |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||| |||| |||||||| |||||||||     
T  24394184 ttgcagttacgtttccttgcaaatccaacagaggtcaagaaacgcattgagtctctcattgagcgggactttttggagagggatgataacgacagaaaaa 24394085  T
Q  424 tgtatc 429  Q
    ||||||    
T  24394084 tgtatc 24394079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 68; Significance: 8e-30; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 613 - 720
Target Start/End: Original strand, 30298049 - 30298155
Alignment:
Q  613 atacttcttcagttgagtggttatataacatggtaaacaacttaaaaagttgaaataagatagtaggaagatactttcttacattcaactaatcagctat 712  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30298049 atacttcttcagctgagtggttatgtaacatattaaacaacttaaaa-gctgaaataagataataggaagatactttcttacattcaactgatcagctat 30298147  T
Q  713 atcttctt 720  Q
    || |||||    
T  30298148 attttctt 30298155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 613 - 720
Target Start/End: Original strand, 30326916 - 30327022
Alignment:
Q  613 atacttcttcagttgagtggttatataacatggtaaacaacttaaaaagttgaaataagatagtaggaagatactttcttacattcaactaatcagctat 712  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30326916 atacttcttcagctgagtggttatgtaacatattaaacaacttaaaa-gctgaaataagataataggaagatactttcttacattcaactgatcagctat 30327014  T
Q  713 atcttctt 720  Q
    || |||||    
T  30327015 attttctt 30327022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 775 - 819
Target Start/End: Original strand, 30298161 - 30298205
Alignment:
Q  775 ttcagtggtatggcttgattactaccctacttcatataaaataaa 819  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  30298161 ttcagcggtatggcttgattactaccctgcttcatagaaaataaa 30298205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 775 - 819
Target Start/End: Original strand, 30327028 - 30327072
Alignment:
Q  775 ttcagtggtatggcttgattactaccctacttcatataaaataaa 819  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  30327028 ttcagcggtatggcttgattactaccctgcttcatagaaaataaa 30327072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 937 - 971
Target Start/End: Complemental strand, 12613335 - 12613301
Alignment:
Q  937 tttgttccaaatgcattcttgtaatgctcttcata 971  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12613335 tttgttccaaatgcattcttgtaatgctcctcata 12613301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University