View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13975_low_2 (Length: 735)

Name: NF13975_low_2
Description: NF13975
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13975_low_2
NF13975_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-715)||(2736894-2737592)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 630; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 2737592 - 2736894
Alignment:
Q  17 atgaaacacacatcaggagaaaccagattatattcaaaagggacgccaataacaagacccttcaaggaatatttagagatctgcatgaaaacagaggaaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2737592 atgaaacacacatcaggagaaaccagattatattcaaaagggacgccaataacaagacccttcaaggaatatttagagatctgcatgaaaacagaggaaa 2737493  T
Q  117 ttgtcatagcacatcttaggattattatgacttaaatagttaagagtagtaccaataatgaatgataaaaatataaatacacaatatacctatgcatacc 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||     
T  2737492 ttgtcatagcacatcttaggattattatgacttaaatagttaagagtagtaccaataatgaatgatcaaaataaagatacacaatatacctatgcatact 2737393  T
Q  217 gcacaacttataccatcataattgtgnnnnnnnttaaaccaaggctaagggttaacaaacaaaaaagtgaaacaagactacactaataattttttacttc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2737392 gcacaacttataccatcataattgtgaaaaaaattaaaccaaggctaagggttaacaaacaaaaaagtgaaacaagactacactaatgattttttacttc 2737293  T
Q  317 atagcatacttttgagagtaactagaatggatggaaagaagcaaacttgcactacagcaaaatctaagaggaagatacatcttagatgacaaaacaaata 416  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  2737292 atagcatacttttgagtgtaactagaatggatggaaagaagcaaacttgcactacagcaaaatctaagaggaagatacatattagataacaaaacaaata 2737193  T
Q  417 attgcaattcaagggtgtaaaactacaattcctcagataccaaacttataatttgggaatctacaacatttttacagtgtgctgctgccaagacatgtca 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2737192 attgcaattcaagggtgtaaaactacaattcctcagataccacacttataatttgggaatctacaacatttttacagtgtgctgctgccaagacatgtca 2737093  T
Q  517 cctaagataaaccagaaactctagagataaattcacagagtgcaactataaaactggatgcatgtagagacagagacattagctttaactattgacaagt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2737092 cctaagataaaccagaaactctagaaataaattcacagagtgcaactataaaactggatgcatgtagagacagagacattagctttaactattgacgagt 2736993  T
Q  617 gcaaagtatataatgaacataatagcaaattaagattttatattacgaaacacatggtcaatacactggcagttacattgaaagccagagactgacatc 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2736992 gcaaagtatataatgaacataatagcaaattaagattttatattacgaaacacatggtcaaaacactggcagttacattgaaagccagagactgacatc 2736894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University