View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13975_low_44 (Length: 383)

Name: NF13975_low_44
Description: NF13975
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13975_low_44
NF13975_low_44
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (13-377)||(2623442-2623806)
chr6 (13-377)||(2591898-2592262)
chr6 (13-366)||(2569008-2569361)
chr6 (13-370)||(2596567-2596924)
chr6 (13-370)||(2672383-2672740)
chr6 (13-370)||(2439959-2440316)
chr6 (13-368)||(2641223-2641578)
chr6 (27-368)||(2450686-2451027)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 13 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 2623806 - 2623442
Alignment:
Q  13 tcatcaactttatcatcatatgctccatatacaatattttcttttatggtaccaccaaacaatgttggttcttgactcacgagtgcaatgtgtttcctta 112  Q
    |||||||| | |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2623806 tcatcaacctgatcaccatatgatccatatgcaatattttcttttatggtaccaccaaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatgtgtttcctta 2623707  T
Q  113 atgaccttatattataagtttttatgtcccttccgtcaattgtcactatcccttgaagagaatcatagaacctctcaattagtcctatgatcgttgattt 212  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2623706 atgaccttagattataagtttttatgtctctgccatcaattgtcactatcccttcaagtggatcatagaacctctcaattagtcctatgatcgttgattt 2623607  T
Q  213 cccagaaccactttcccccatcaaacctgtcgattttccagcatcaattttaatcgagaatccttgaaaaatcatcacattaggtctagacggatatgca 312  Q
    |||||||||||||| ||| | || | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2623606 cccagaaccacttttccctaccagagctgtcgattttccagcatcaaatttaatcgaaaatccttgaaaaatcatcacattaggtctagacggatatgca 2623507  T
Q  313 aaatatacatcacaaaattcaatttttcctattaactttttagctttgtaaccttctatttcatc 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  2623506 aaatatacatcacaaaattcaatttttcctattaactttatagctttgtgaccttctatttcatc 2623442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 13 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 2592262 - 2591898
Alignment:
Q  13 tcatcaactttatcatcatatgctccatatacaatattttcttttatggtaccaccaaacaatgttggttcttgactcacgagtgcaatgtgtttcctta 112  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2592262 tcatcaaccttatcatcatatgatccatatgcaatattttctttgatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatgtgtttcctta 2592163  T
Q  113 atgaccttatattataagtttttatgtcccttccgtcaattgtcactatcccttgaagagaatcatagaacctctcaattagtcctatgatcgttgattt 212  Q
     |||||||| ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2592162 gtgaccttagattataaatttttatgtccctaccatcaattgtcactatccctttaagtggatcatagaacctctcaattagtcctatgatcgttgattt 2592063  T
Q  213 cccagaaccactttcccccatcaaacctgtcgattttccagcatcaattttaatcgagaatccttgaaaaatcatcacattaggtctagacggatatgca 312  Q
    ||||||||||||||| || | |||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2592062 cccagaaccactttctcctaccaacgctgttgattttccggcatcaattttaatcgagaatccttcaaaaatcatcacatttggtctagacggatatgca 2591963  T
Q  313 aaatatacatcacaaaattcaatttttcctattaactttttagctttgtaaccttctatttcatc 377  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2591962 aaataaacatcacaaaattcaatttttcctattaacttttcagctttgtaaccttctatttcatc 2591898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 13 - 366
Target Start/End: Original strand, 2569008 - 2569361
Alignment:
Q  13 tcatcaactttatcatcatatgctccatatacaatattttcttttatggtaccaccaaacaatgttggttcttgactcacgagtgcaatgtgtttcctta 112  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  2569008 tcatcaaccttatcatcgtaagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatgtgttccctta 2569107  T
Q  113 atgaccttatattataagtttttatgtcccttccgtcaattgtcactatcccttgaagagaatcatagaacctctcaattagtcctatgatcgttgattt 212  Q
    ||||||||| |||||| || |||||||| || || ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  2569108 atgaccttagattatatgtctttatgtctctaccatcaattgtcactatccctttaagtggatcatagaatctttcaataagtcctatgattgttgattt 2569207  T
Q  213 cccagaaccactttcccccatcaaacctgtcgattttccagcatcaattttaatcgagaatccttgaaaaatcatcacattaggtctagacggatatgca 312  Q
     ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2569208 tccagaaccactttcccctaccaaagctgtcgattttccagcatcaattttaatcgagaacccttgaaaaatcatcacattaggtctagccggatatgca 2569307  T
Q  313 aaatatacatcacaaaattcaatttttcctattaactttttagctttgtaacct 366  Q
    |||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||    
T  2569308 aaatgtacatcaaaaagttcaattattcctattaatttttcagctttgtaacct 2569361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 13 - 370
Target Start/End: Original strand, 2596567 - 2596924
Alignment:
Q  13 tcatcaactttatcatcatatgctccatatacaatattttcttttatggtaccaccaaacaatgttggttcttgactcacgagtgcaatgtgtttcctta 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  2596567 tcatcaactttatcatcatatgctccatatacaatattttcttttatggtaccaccaaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttcctta 2596666  T
Q  113 atgaccttatattataagtttttatgtcccttccgtcaattgtcactatcccttgaagagaatcatagaacctctcaattagtcctatgatcgttgattt 212  Q
    |||| | || |||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||    
T  2596667 atgatcgtagattatatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatccctttaaatggatcatagaatctctcaattagtcctataattgtcgattt 2596766  T
Q  213 cccagaaccactttcccccatcaaacctgtcgattttccagcatcaattttaatcgagaatccttgaaaaatcatcacattaggtctagacggatatgca 312  Q
     ||||||||||||||||| | |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||   |||||||||    
T  2596767 tccagaaccactttcccctaccaaagccgtcgattttcctgcatcaattttaatcgagaacccttgaaaaattgtaacattaggtctacctggatatgca 2596866  T
Q  313 aaatatacatcacaaaattcaatttttcctattaactttttagctttgtaaccttcta 370  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||    
T  2596867 aaatatacatcacgaagttcaatttttcctattaatttttcagctctgtaaccttcta 2596924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 13 - 370
Target Start/End: Original strand, 2672383 - 2672740
Alignment:
Q  13 tcatcaactttatcatcatatgctccatatacaatattttcttttatggtaccaccaaacaatgttggttcttgactcacgagtgcaatgtgtttcctta 112  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  2672383 tcatcaaccgtatcatcataagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagggcaatgtgtttcctca 2672482  T
Q  113 atgaccttatattataagtttttatgtcccttccgtcaattgtcactatcccttgaagagaatcatagaacctctcaattagtcctatgatcgttgattt 212  Q
    ||||||| | |||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  2672483 atgacctgagattatatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatccctttaagtgggtcatagaatctctcaattagtcctatgattgtcgattt 2672582  T
Q  213 cccagaaccactttcccccatcaaacctgtcgattttccagcatcaattttaatcgagaatccttgaaaaatcatcacattaggtctagacggatatgca 312  Q
     ||||||||||||||||| | |||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |    
T  2672583 tccagaaccactttcccctaccaaagccgttgattttcctgcatcaattttaatcgagaatccttgaaaaatcataacattaggtctagctggatatgaa 2672682  T
Q  313 aaatatacatcacaaaattcaatttttcctattaactttttagctttgtaaccttcta 370  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  2672683 aaatatacatcacgaagttcaatttttcctattaacttttcagcttggtaactttcta 2672740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 13 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 2440316 - 2439959
Alignment:
Q  13 tcatcaactttatcatcatatgctccatatacaatattttcttttatggtaccaccaaacaatgttggttcttgactcacgagtgcaatgtgtttcctta 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  2440316 tcatcaactttatcatcatatgctccatatacaatattttctcttatggtaccaccaaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttcctta 2440217  T
Q  113 atgaccttatattataagtttttatgtcccttccgtcaattgtcactatcccttgaagagaatcatagaacctctcaattagtcctatgatcgttgattt 212  Q
    |||| | || |||||||||||||||||| || || |||| |||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  2440216 atgatcgtagattataagtttttatgtctctaccatcaactgtcactatccctttaagtggatcatagaatctctcaattagtcctatgattgtcgattt 2440117  T
Q  213 cccagaaccactttcccccatcaaacctgtcgattttccagcatcaattttaatcgagaatccttgaaaaatcatcacattaggtctagacggatatgca 312  Q
     ||||||||||||||||| | |||| | || |||||||| || ||||||| ||| ||||| |||||||| | |||||||||||| |||| |||||||| |    
T  2440116 tccagaaccactttccccaaccaaagccgttgattttccggcgtcaatttcaatagagaacccttgaaagaccatcacattaggcctagccggatatgaa 2440017  T
Q  313 aaatatacatcacaaaattcaatttttcctattaactttttagctttgtaaccttcta 370  Q
    |||| ||| |||  |||| ||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||    
T  2440016 aaatgtacgtcatgaaatacaatttttcctatcaacttttcagctctgaaaccttcta 2439959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 13 - 368
Target Start/End: Original strand, 2641223 - 2641578
Alignment:
Q  13 tcatcaactttatcatcatatgctccatatacaatattttcttttatggtaccaccaaacaatgttggttcttgactcacgagtgcaatgtgtttcctta 112  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  2641223 tcatcaactttatcatcataggctccgtatgcaatattttcccttatggtaccaccaaacagtgttggttcttgacttacaagtgcaatgtgtttcctta 2641322  T
Q  113 atgaccttatattataagtttttatgtcccttccgtcaattgtcactatcccttgaagagaatcatagaacctctcaattagtcctatgatcgttgattt 212  Q
    | ||||||| ||||||||  ||||| ||    || ||||||||||||||||||| ||  | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2641323 acgaccttagattataagactttatatcttcaccatcaattgtcactatccctttaattggatcatagaatctctcaattagtcctatgattgttgattt 2641422  T
Q  213 cccagaaccactttcccccatcaaacctgtcgattttccagcatcaattttaatcgagaatccttgaaaaatcatcacattaggtctagacggatatgca 312  Q
    ||| |||||||||||||| | |||| | |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  2641423 ccctgaaccactttccccgaccaaagccgtcgattttccagcgtcgattttaattgagaacccttgaaagatcatcacattaggtctacccggatatgca 2641522  T
Q  313 aaatatacatcacaaaattcaatttttcctattaactttttagctttgtaaccttc 368  Q
    |||| |||||||  || ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  2641523 aaatctacatcaagaagttcaattttccctatcaaatttttggctttgtaaccttc 2641578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 27 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 2451027 - 2450686
Alignment:
Q  27 atcatatgctccatatacaatattttcttttatggtaccaccaaacaatgttggttcttgactcacgagtgcaatgtgtttccttaatgaccttatatta 126  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||| ||||    
T  2451027 atcatatgctccatatgcaatattctcccttatggtaccaccaaacaatgttggctcttgactcacaagtgaaatatgcttccttaatgaccttagatta 2450928  T
Q  127 taagtttttatgtcccttccgtcaattgtcactatcccttgaagagaatcatagaacctctcaattagtcctatgatcgttgatttcccagaaccacttt 226  Q
    ||||  ||||| || || || ||||| |||||||||||||  |  | |||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  2450927 taagactttatatcactaccatcaatcgtcactatcccttttattggatcataaaatctctcaattagtcctatgattgtcgattttccagaaccacttt 2450828  T
Q  227 cccccatcaaacctgtcgattttccagcatcaattttaatcgagaatccttgaaaaatcatcacattaggtctagacggatatgcaaaatatacatcaca 326  Q
    |||| | |||| | || ||||| ||  ||| ||||||||||||||| |||||||| || ||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||      
T  2450827 ccccgaccaaagccgttgatttaccgacattaattttaatcgagaacccttgaaagatgattgcattaggcctagacggatatgcaaaatgtacatcatg 2450728  T
Q  327 aaattcaatttttcctattaactttttagctttgtaaccttc 368  Q
    |||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||    
T  2450727 aaattcaatttttcctatcaacttttctactttgtaaccttc 2450686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University