View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13982_high_1 (Length: 934)

Name: NF13982_high_1
Description: NF13982
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13982_high_1
NF13982_high_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-926)||(43085355-43086281)
chr3 (747-906)||(43093328-43093487)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 866; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 866; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 926
Target Start/End: Complemental strand, 43086281 - 43085355
Alignment:
Q  1 ttgctatcttattctgtgatgatgcttgatatatgctannnnnnnnnnn-cctgtggaaattttgggatgaaagttacgttatacttgcttggttcaaca 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43086281 ttgctatcttattctgtgatgatgcttgatatatgctatattttttttttcctgtggaaattttgggatgaaagttacgttatacttgcttggttcaaca 43086182  T
Q  100 gaaacatgagaaggtggaaaatgaaatgtacttccttttcaatcttgtttaacaatcattttccaccaactcagcgcgtagtataaccagaactattaat 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43086181 gaaacatgagaaggtggaaaatgaaatgtacttcattttcaatcttgtttaacaatcattttccaccaactcagcgcgtagtataaccagaactattaat 43086082  T
Q  200 tggatttgtcgaattttacaatttatcatttggctttattttttggaatgttgtttcatagatatggattaatcaatttgttggcatgccttccttttca 299  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43086081 tggatttttcgaattttacaatttatcatttggctttattttttggaatgttgtttcatagatatggattaatcaatttgttggcatgccttccttttca 43085982  T
Q  300 aattaaatgttggccctttggaagtataaattattgtcgttaacctgtggccctttggaagtatagactattgtcatattcgttaacaggtggccttttg 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43085981 aattaaatgttggccctttggaagtataaattattgtcgttaacctgtggccctttggaagtatagactattgtcatattcgttaacaggtggccttttg 43085882  T
Q  400 aaagtaaagattattgtcgtattcgttagccgttaccaaatctaggattatgccatgcttctcaaaattgacactgcaattgagtaattggaataatatt 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43085881 aaagtaaagattattgtcgtattcgttagccgttaccaaatctaggattatgccatgcttctcaaaattgacactgcaattgagtaattggaataatatt 43085782  T
Q  500 taagtttcctcataaataataacgttattgattcaatttttataagttcctgaacattaattccttaacattgatcactaattcatttgccaatttctgg 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43085781 taagtttcctcataaataataacgttattgattcaatttttataagttcctgaacattaattccttgacattgatcactaattcatttgccaatttctgg 43085682  T
Q  600 acctacccgtgaagtaggtaaatttattgcctcctaaatgggtgtatatggtggtggtttgggatatttctcagttatatgaaaatttgagccttccctt 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43085681 acctacccgtgaagtaggtaaatttattgcctcctaaatgggtgtatatggtggtggtttgggatatttctcagttatatgaaaatttgagccttccctt 43085582  T
Q  700 ttatattcagtgcattgcctgggattacaagttaaaattgtcttttcatgcagctacaactctgacaagctggcatctacttgtcacattttgttccctt 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43085581 ttatattcagtgcattgcctgggattacaagttaaaattgtcttttcatgcagctacaactctgacaagctggcatctacttgtcacattttgttccctt 43085482  T
Q  800 catttggcactcaaaatgagattcttcgagcacaaggcttttgagcagaaagccgtagttggatttgggattttaaatggaatctcaattggacttttaa 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43085481 catttggcactcaaaatgagattcttcgagcacaaggcttttgagcagaaagccgtagttggatttgggattttaaatggaatctcaattggacttttaa 43085382  T
Q  900 atttgagcctagggttcatttcagtcg 926  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||    
T  43085381 atttgagcctagggttcaattctgtcg 43085355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 747 - 906
Target Start/End: Complemental strand, 43093487 - 43093328
Alignment:
Q  747 atgcagctacaactctgacaagctggcatctacttgtcacattttgttcccttcatttggcactcaaaatgagattcttcgagcacaaggcttttgagca 846  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  43093487 atgcagctacaacattgacaagttggcatcttcttgttacattttgttctcttcatgtggcactaaaaatgaaatttttcgagcacaagccttttgagca 43093388  T
Q  847 gaaagccgtagttggatttgggattttaaatggaatctcaattggacttttaaatttgag 906  Q
    |||||| ||  | |||||||| ||| ||||||||||||| |||||  | |||||||||||    
T  43093387 gaaagcagtgatgggatttggaattctaaatggaatctcgattgggttgttaaatttgag 43093328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University