View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13982_high_2 (Length: 874)

Name: NF13982_high_2
Description: NF13982
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13982_high_2
NF13982_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-752)||(14134030-14134797)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 752
Target Start/End: Original strand, 14134030 - 14134797
Alignment:
Q  10 agagagatgaacggaaagactattaaataaattagaatgttaatttgttcagtcatttaacctgataaatgcatggatgagtttagaatatcgtttgaat 109  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14134030 agagaaatgaacggaaaaactattaaataaattagaatgttaatttgtttagtcatttaacctgataaatgcatggatgagtttagaatatcgtttgaat 14134129  T
Q  110 tttctattaggtccaaatttctctttgaatcaaattt--------------aataaagagaatatgttattaaatannnnnnnatcacaaatcttaaggt 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||              | |||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||    
T  14134130 tttctattaggtccaaatttctctttgaatcaaatttggcataagcaaccaagtaaagagaatatgttattaaatatttctttatcacaaatcttaaggt 14134229  T
Q  196 attcgatttgtgtatcctctcacttataaattgctcaacattaatttttctatacaatgtgatacttctaacttatacttgccataacaatcttccttta 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14134230 attcgatttgtgtatcctctcacttataaattgctcaacattaatttttctatacaatgtgatacttctaacttatacttgccataacaatctttcttta 14134329  T
Q  296 agtgggagtccaccctttcatctaagtttactccccgtcattctgaagccttttcatatatatacacttgcaccgtcattatcagaaagtctttcaacac 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14134330 agtgggagtccaccctttcatctaagtttactccccctcattctgaagccttttcatatatatacacttgcaccgtcattatcagaaagtctttcaacac 14134429  T
Q  396 aagaagttggttcctttttgtaaccatttactctcataccactattggttaattagcaaagtccgaaagatcatcacaaattaaatcaacaggattcata 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14134430 aagaagttggttcctttttgtaaccatttactctcataccactattggttaattagcaaagtccgaaagatcatcacaaattaaatcaagaggattcata 14134529  T
Q  496 caaagaaacttttacatatctttacccaaaat-aaaaaaggagagcaagtggagctagtagttccaatttagatatatttattacaaatattctaatata 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14134530 caaagaaacttttacatatctttacccaaaataaaaaaaggagagcaagtggagctagtagttccaatttagatatatttattacaaatattctaatata 14134629  T
Q  595 taactttgcttattttgggaaactctcattcattaaatgatggaaaatacttttctccatgctgtgtaattgtccccaacaagatgtaaagtcatttcct 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14134630 taactttgcttattttgggaaactctcattcattaaatgatggaaaatacttttctccatgctgtgtaattgtccccaacaagatgtaaagtcatttcct 14134729  T
Q  695 agcagctaatgtaactca----------atattaacagagttataaaattgtgtccttataacatatg 752  Q
    ||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14134730 agcagctaatgtaactcaatattattctatattaacagagttataaaattgtgtccttataacatatg 14134797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University