View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13985_low_13 (Length: 416)

Name: NF13985_low_13
Description: NF13985
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13985_low_13
NF13985_low_13
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (24-396)||(26302211-26302583)
chr7 (12-396)||(26251238-26251622)
chr7 (36-396)||(26179497-26179857)
chr7 (12-393)||(26242790-26243171)
chr7 (21-393)||(26204284-26204656)
chr7 (12-396)||(26297838-26298222)
chr7 (57-394)||(26088217-26088554)
chr7 (57-394)||(26112005-26112342)
chr7 (29-393)||(26223930-26224293)
chr7 (57-394)||(26191700-26192037)
chr7 (57-393)||(26155623-26155959)
chr7 (57-396)||(19102920-19103259)
chr7 (90-396)||(26278167-26278470)
chr7 (36-393)||(26128981-26129338)
chr7 (57-396)||(26186677-26187022)
chr7 (48-393)||(26260298-26260643)
chr7 (62-390)||(26227412-26227740)
chr7 (125-370)||(26207914-26208159)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-396)||(44903643-44904027)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 396
Target Start/End: Original strand, 26302211 - 26302583
Alignment:
Q  24 cggagaagaactttggaaaagaaacagaattggtaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggca 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26302211 cggagaagaactttggaaaagaaacagaattggtaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggca 26302310  T
Q  124 tcctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagatgatgatgaagaa 223  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  26302311 tcctcatgctcagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagaaatgaggatgaagaa 26302410  T
Q  224 ggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaa 323  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||    
T  26302411 ggtttcctgcaagtatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaaaggctatatcatatggaattgggcaccgcagcttctaatattggatcaccctgcaa 26302510  T
Q  324 caggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcac 396  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26302511 caggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcac 26302583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 12 - 396
Target Start/End: Original strand, 26251238 - 26251622
Alignment:
Q  12 ataggggacacacggagaagaactttggaaaagaaacagaattggtaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcag 111  Q
    |||||||||||| |||||| | ||| |||||| | ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26251238 ataggggacacatggagaaaagcttaggaaaacagacagaattgcttaattggcttaactcgaagcaaaatgagtcagtattgtatgtaagttttggcag 26251337  T
Q  112 ccttgtttggcatcctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagat 211  Q
    ||||  | ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||  |||| |||||| ||||    
T  26251338 ccttactaggcttcctcatgctcagcttgtagaaattgcacatgggcttgaaaattcaggtcataattttatctgggttataaaaaaagatgataaagat 26251437  T
Q  212 gatgatgaagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattgg 311  Q
    || |||| |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  26251438 gaggatggagaaggttttttgcaaaaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaacaagggctatatcatctggaattgggcaccacaacttctgatattgg 26251537  T
Q  312 atcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcac 396  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26251538 atcaccctgcaacaggaggaattgtgactcattgtggttggaactcaactcttgaaagcttaaatgctggtttgccaatgatcac 26251622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 36 - 396
Target Start/End: Original strand, 26179497 - 26179857
Alignment:
Q  36 ttggaaaagaaacagaattggtaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatcctcatgccca 135  Q
    ||||||||||   ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||  ||| ||||| ||    
T  26179497 ttggaaaagaggaagaatggctaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattatatgtaagttttggtagccttgttaggtttccgcatgctca 26179596  T
Q  136 gcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagatgatgatgaagaaggtttcctgcaa 235  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||  ||  ||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||    
T  26179597 gcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaaactcaggtcaaaattttatctgggttataaaaaaatatgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaa 26179696  T
Q  236 gaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattg 335  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26179697 gaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatattagatcaccctgcaacaggagggattg 26179796  T
Q  336 tgactcactgttgttggaactcaattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcac 396  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||  | |||||||||||||||||    
T  26179797 tgactcactgtggttggaactcaattcttgaaagtgtgaactcgggtttgccaatgatcac 26179857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 12 - 393
Target Start/End: Original strand, 26242790 - 26243171
Alignment:
Q  12 ataggggacacacggagaagaactttggaaaagaaacagaattggtaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcag 111  Q
    ||||||||||||||||||| | | | |||||| | ||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26242790 ataggggacacacggagaaaagcataggaaaacagacagaattgctaaattggcttaacctgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcag 26242889  T
Q  112 ccttgtttggcatcctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagat 211  Q
    ||    | ||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||  |||| |||||| || |    
T  26242890 ccagactaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgctcacgggcttgaaaattcaggtcataattttatctgggttataaaaaaagatgataaagtt 26242989  T
Q  212 gatgatgaagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattgg 311  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| || || |||||||||||||    
T  26242990 gaggatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaacaagggctatatcatatgggactgggcaccgcaacttctgatattgg 26243089  T
Q  312 atcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgat 393  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26243090 atcacccagcaacaagaggaattgtgactcactgtggttggaactcaattcttgaaagcttgaattctggtttgccaatgat 26243171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 21 - 393
Target Start/End: Original strand, 26204284 - 26204656
Alignment:
Q  21 acacggagaagaactttggaaaagaaacagaattggtaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttg 120  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||  | |    
T  26204284 acacggaaaagaacattggaaaagatcaagaattggtaaattggcttaattctaaggaaaacgagtctgtgttgtatgtaagttttggaagccttactag 26204383  T
Q  121 gcatcctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagatgatgatgaa 220  Q
    || | ||||||  ||| |||  ||||| || || || ||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||  || || | |||| |||||||| ||||    
T  26204384 gctttctcatgaacagattgctgaaatagctcatggtcttgaaaattctggtcataatttcatttgggttgttagagaaaaggataaagatgatggtgaa 26204483  T
Q  221 gaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctg 320  Q
    |||||||| |||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26204484 gaaggttttctgatagattttgagaaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctg 26204583  T
Q  321 caacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgat 393  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26204584 caacaggaggaattgtgactcactgtggttggaactcaattcttgaaagcttgaattctggtttgccaatgat 26204656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 396
Target Start/End: Original strand, 26297838 - 26298222
Alignment:
Q  12 ataggggacacacggagaagaactttggaaaagaaacagaattggtaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcag 111  Q
    ||||||||||||  ||||| | ||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26297838 ataggggacacattgagaaaagcttaggaaaacatacagaattgctaaattggcttaattcgaaggaaaatgaatctgtattgtatgtaagttttggcag 26297937  T
Q  112 ccttgtttggcatcctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagat 211  Q
    | ||  | ||| |||| |||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||  ||   |||||| ||||    
T  26297938 ctttactaggcttccttatgctcagcttgtagaaattgttcatgggcttgaaaattcaggtcataattttatctgggttataaaaagggatgatacagat 26298037  T
Q  212 gatgatgaagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattgg 311  Q
    || |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| || || |||||||||||||    
T  26298038 gaggatggagaaggttttctgcaagaatttgaggaaaggattaaagaaagcagcaagggctatatcatatgggactgggcaccgcaacttctgatattgg 26298137  T
Q  312 atcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcac 396  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298138 accaccctgcaacaggaggaattgtgactcattgtggttggaactcaactctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcac 26298222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 57 - 394
Target Start/End: Original strand, 26088217 - 26088554
Alignment:
Q  57 taaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatcctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgg 156  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  || ||| |  | |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  26088217 taaattggcttaactcaaaggaaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaattaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacgg 26088316  T
Q  157 gcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagatgatgatgaagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaa 256  Q
     || |||||||||||||||| |||||| ||||| ||| | |||||||| || |||||   |||| |   |||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  26088317 tctcgaaaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaa 26088416  T
Q  257 gaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaact 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26088417 gaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcatcctgcaacaggagggattgtgactcactgtggttggaact 26088516  T
Q  357 caattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatc 394  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26088517 cgattcttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatc 26088554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 57 - 394
Target Start/End: Original strand, 26112005 - 26112342
Alignment:
Q  57 taaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatcctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgg 156  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  || ||| |  | |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  26112005 taaattggcttaactcaaaggaaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaattaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacgg 26112104  T
Q  157 gcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagatgatgatgaagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaa 256  Q
     || |||||||||||||||| |||||| ||||| ||| | |||||||| || |||||   |||| |   |||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  26112105 tctcgaaaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaa 26112204  T
Q  257 gaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaact 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26112205 gaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcatcctgcaacaggagggattgtgactcactgtggttggaact 26112304  T
Q  357 caattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatc 394  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26112305 cgattcttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatc 26112342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 29 - 393
Target Start/End: Original strand, 26223930 - 26224293
Alignment:
Q  29 aagaactttggaaaagaaacagaattggtaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatcctc 128  Q
    |||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||  | ||| | |||    
T  26223930 aagaacattggaaaagatcaagaattggtaaattggcttaattctaaggaaaacgagtctgtgttgtatgtaagttttggaagccttactaggctttctc 26224029  T
Q  129 atgcccagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagatgatgatgaagaaggttt 228  Q
    |||  ||| |||  ||||| || || || ||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||  || || | |||| |||||||| ||||||||||||    
T  26224030 atgaacagattgctgaaatagctcatggtcttgaaaattctggtcataatttcatttgggttgttagagaaaaggataaagatgatggtgaagaaggttt 26224129  T
Q  229 cctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacagga 328  Q
     |||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26224130 tctgataga-tttgagaaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacagga 26224228  T
Q  329 gggattgtgactcactgttgttggaactcaattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgat 393  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26224229 ggaattgtgactcactgtggttggaactcaattcttgaaagcttgaattctggtttgccaatgat 26224293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 57 - 394
Target Start/End: Original strand, 26191700 - 26192037
Alignment:
Q  57 taaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatcctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgg 156  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||  |   | |||   ||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  26191700 taaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtactttatgtaagctttggaagtttaactaggctaactcatgctcagcttgtagaaattgcacatgg 26191799  T
Q  157 gcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagatgatgatgaagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaa 256  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| | ||| ||||||  |||||   |||| |  ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||    
T  26191800 gcttgaaaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaatgatatggatgagagtgaaaacagtttcctacaagattttgagggaaggatgaaa 26191899  T
Q  257 gaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaact 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  26191900 gaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttcagatattggatcaccctgcaacaggtggaattgtgactcactgtggttggaact 26191999  T
Q  357 caattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatc 394  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192000 cgattcttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatc 26192037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 57 - 393
Target Start/End: Original strand, 26155623 - 26155959
Alignment:
Q  57 taaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatcctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgg 156  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||   | ||| |  | |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  26155623 taaattggcttaacacaaagcaaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacgg 26155722  T
Q  157 gcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagatgatgatgaagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaa 256  Q
     || |||||||||||||||| |||||| ||||| ||| | ||| | || || |||||   |||| |   |||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  26155723 tctcgaaaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagcgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaa 26155822  T
Q  257 gaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaact 356  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26155823 gaaagcaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgtggttggaact 26155922  T
Q  357 caattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgat 393  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26155923 caactctcgaaagcttgaattctggtttgccaatgat 26155959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 57 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 19103259 - 19102920
Alignment:
Q  57 taaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatcctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgg 156  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||   | ||| |    |||  ||| |||||||||| ||||||||    
T  19103259 taaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgaaaatgatcagattgtagaaatcgcacacgg 19103160  T
Q  157 gcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagatgatgatgaagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaa 256  Q
     ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| | ||| |||| ||||||||   |||| |  |||| || ||||| ||||||| ||||||||||    
T  19103159 tcttgaaaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaatgagagagatgagagtgaaaacagttttctacaagattttgaggcaaggatgaaa 19103060  T
Q  257 gaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaact 356  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19103059 gaaagcaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccgcaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgtggttggaact 19102960  T
Q  357 caattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcac 396  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  19102959 caattctcgaaagcttgaattcgggtttgccaatgatcac 19102920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 90 - 396
Target Start/End: Original strand, 26278167 - 26278470
Alignment:
Q  90 tattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatcctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggt 189  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  26278167 tattgtatgtaagctttggcagccttattaggcttcctcatgctcagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcataattttatctgggt 26278266  T
Q  190 cgtacgaaaatatgatagagatgatgatgaagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgg 289  Q
      ||   ||| || ||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  26278267 tata---aaaaataataaagatgaggatggagaaggtttcctgcaagaatttgagaaaaggatgaaagaaagcaacaagggctacatcatatgggattgg 26278363  T
Q  290 gccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaa 389  Q
    || ||||| || |||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||||||||    
T  26278364 gcaccacaactgctgatattggaataccctgcaatcggagggattgtgactcattgtggttggaactcaactcttgaaagcgtaaatgctggtttgccaa 26278463  T
Q  390 tgatcac 396  Q
    |||||||    
T  26278464 tgatcac 26278470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 36 - 393
Target Start/End: Original strand, 26128981 - 26129338
Alignment:
Q  36 ttggaaaagaaacagaattggtaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatcctcatgccca 135  Q
    ||||||||||  |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || ||   | ||| |  | |||| ||    
T  26128981 ttggaaaagaggcagactggttaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctca 26129080  T
Q  136 gcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagatgatgatgaagaaggtttcctgcaa 235  Q
    | ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||| ||| | ||| | || || |||||   |||| |   |||||| |||    
T  26129081 gattgtagaaattgcacacggtctcgaaaattcaggtcataattttatatgggttgtaaggaaaaaggagagcgatgagagtgaaaacaatttccttcaa 26129180  T
Q  236 gaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattg 335  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| | |||||| ||||    
T  26129181 gattttgaggaaaggatgaaagaaagaaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagctccttatattggatcaccctgccataggaggaattg 26129280  T
Q  336 tgactcactgttgttggaactcaattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgat 393  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26129281 tgactcattgtggttggaactcaactctcgaaagcttaaatgctggtttgccaatgat 26129338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 57 - 396
Target Start/End: Original strand, 26186677 - 26187022
Alignment:
Q  57 taaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatcctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgg 156  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||| ||  |   | ||| |  | |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  26186677 taaattggcttaactcaaagcaaattgagtccgtactgtatttaagttttggaagtgtaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacgg 26186776  T
Q  157 gcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtac-------gaaaatatgatagagatgatgatgaagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaag 249  Q
     ||||||||||||| ||||| |||||| ||||| |||        | ||| | || ||||||||   |||| |   |||||| ||||| |||||| ||||    
T  26186777 tcttgaaaattcagatcataattttatctgggttgtaacttataaggaaaaaggaaagagatgagagtgaaaacactttcctacaagattttgag-aaag 26186875  T
Q  250 gatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgt 349  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26186876 aatgaaagaaagcaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgt 26186975  T
Q  350 tggaactcaattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcac 396  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||  | |||||||||||||||||    
T  26186976 tggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgccaatgatcac 26187022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 48 - 393
Target Start/End: Original strand, 26260298 - 26260643
Alignment:
Q  48 cagaattggtaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatcctcatgcccagcttgtagaaat 147  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || |  ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |   | ||| | || |||| ||| |||| |||||    
T  26260298 cagaattgttaaattggcttaactctaaccctaatgattctgtgttgtatgtaagttttggaagcttgactaggctttcttatgctcaggttgttgaaat 26260397  T
Q  148 tgcacacgggcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagatgatgatgaagaaggtttcctgcaagaatttgaggaa 247  Q
     || || || ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||  | ||| | ||  |||  || |   ||||  |||| || || || |||||| ||    
T  26260398 agctcatggacttgaaaattcaggtcataatttcatttgggttgttaggaaaaaagacggaggcgaagtcaaagacagttttcttcatgattttgagcaa 26260497  T
Q  248 aggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgtt 347  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26260498 aggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagctccttatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgtg 26260597  T
Q  348 gttggaactcaattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgat 393  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||    
T  26260598 gatggaactcaattcttgaaagcttgaactcgggtttgccaatgat 26260643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 62 - 390
Target Start/End: Original strand, 26227412 - 26227740
Alignment:
Q  62 tggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatc-ctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgggctt 160  Q
    |||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||    |  || ||||| ||||| |||||||||| || || || |||    
T  26227412 tggcttaattcaaagccgaatgattctgtgttgtatgtaagttttggaagc-ttgacaagactctctcattcccagattgtagaaatagctcatggtctt 26227510  T
Q  161 gaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagatgatgatgaagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaa 260  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| ||  | ||| | ||| |||| |  || ||||| || || ||  | || ||| || |||||||||||||||    
T  26227511 gaaaattcaggtcataatttcatttgggttgttaggaaaaaagatggagaaggagacgaagacgggtttcttgatgattttaagcaaaggatgaaagaaa 26227610  T
Q  261 gcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaat 360  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| | |||||||||||||| |||| | |||||||| ||| |||||||||||||    
T  26227611 acaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacaacttctcatattaggtcaccctgcaacagcaggggtagtgactcattgtggttggaactcaat 26227710  T
Q  361 tctcgaaagcttgaatgctggtttgccaat 390  Q
    ||| |||||||||| || | ||||||||||    
T  26227711 tcttgaaagcttgagtgttagtttgccaat 26227740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 125 - 370
Target Start/End: Original strand, 26207914 - 26208159
Alignment:
Q  125 cctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagatgatgatgaagaag 224  Q
    |||||||| ||| |||||||||| || || || || |||||||| ||||||| ||| |||||||| ||  | ||| | ||| |||| |  | |||||| |    
T  26207914 cctcatgctcagattgtagaaatagctcatggtctggaaaattccggtcataatttcatttgggttgttaggaaaaaagatggagaaggaggtgaagatg 26208013  T
Q  225 gtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaac 324  Q
    |||| ||  |||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  |||||||||||    
T  26208014 gttttcttgaagattttaagcaaaggatgaaagaaaacaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacagcttctcatattaggccaccctgcaac 26208113  T
Q  325 aggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctcgaaagc 370  Q
    ||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  26208114 aggagggatagtgactcattgtggttggaattcaattcttgaaagc 26208159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 12 - 396
Target Start/End: Original strand, 44903643 - 44904027
Alignment:
Q  12 ataggggacacacggagaagaactttggaaaagaaacagaattggtaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcag 111  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||| |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  44903643 ataggggacacgtggagaagaacgttgaaaaagagagagaattgctaaattggcttaactcaaagcaaaatgagtctgtgttgtatgtaagttttggaag 44903742  T
Q  112 ccttgtttggcatcctcatgcccagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagagat 211  Q
    ||||  |  || |  |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||| | ||| ||||||||||     
T  44903743 ccttactaagctttttcatgctcagcttgtagaaattgcacatgggcttgaaaagtcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaatgatagagac 44903842  T
Q  212 gatgatgaagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattgg 311  Q
    ||  | || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  44903843 gagaacgaggaaggtttcctgcaagattttgaggaaagggtgaaagaaagcaacaagggctatatcatatggaattgggcaccgcagcttctcatattgg 44903942  T
Q  312 atcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcac 396  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| | | || ||||||||||||||||||    
T  44903943 atcaccctgcaacaggaggaattgtgactcactgtggttggaactcaactcttgaaagcattagtgttggtttgccaatgatcac 44904027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University