View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13989_high_8 (Length: 340)

Name: NF13989_high_8
Description: NF13989
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13989_high_8
NF13989_high_8
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (39-324)||(11049765-11050050)
chr5 (20-314)||(10609751-10610045)
chr5 (16-324)||(10742572-10742880)
chr5 (78-324)||(10563058-10563304)
chr5 (16-324)||(10718768-10719076)
chr5 (141-324)||(10749010-10749193)
chr5 (136-324)||(10765105-10765293)
chr5 (161-254)||(10548894-10548987)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (70-324)||(12930307-12930561)
chr6 (70-324)||(12956109-12956363)
chr6 (16-324)||(12905217-12905525)
chr6 (70-324)||(12946672-12946926)
chr6 (16-324)||(12897596-12897904)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (16-324)||(17925276-17925584)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 39 - 324
Target Start/End: Original strand, 11049765 - 11050050
Alignment:
Q  39 ttctaagttgttataagcaaatgaaaaatcggttaagcttgaaagattccctatgaatgaagggattcctccggttaatttatttttccaaatgggcaat 138  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  11049765 ttctaagttgttatacacaaatgaaaaatcggttaagcttgaaagattccctatgaatgaagggattcctccagttaatttatttttccaaatggccaat 11049864  T
Q  139 gattgaagttttttcaacgaggcaatttcaattggtatttttccatttaaattgttccctcccaaatacaaatctttgagattggagcaatatgtgaggt 238  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  11049865 gattgaagttttttcaaagagccaatttcatttggtatcttgccaattaaattgttccctcccaaatacaagtctttaagattggagcaatgtgtgaggt 11049964  T
Q  239 ttgtaggaatttctcctacaagagagttattgctaagtaaaagttgttgcaattgtatcaacttacccaactcctgtggaatttct 324  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  11049965 ttgtaggaatttctcctgcaagagagttattgctgagtaaaagttgttccaattgtagcaaccgacccaactcttgtggaatttct 11050050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 10610045 - 10609751
Alignment:
Q  20 tttcttgtggaatatctctttctaagttgttataagcaaatgaaaaatcggttaagcttgaaagattccctatgaatgaagggattcctccggttaattt 119  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||  ||| || |||||||   ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  10610045 tttcttgtggaatatccccttctaagttgtttgaagtaactgaaaaacgcgttaagcatgaaagattccctacgaatgaaggaattcctccggttaattt 10609946  T
Q  120 atttttccaaatgggcaatgattgaagttttttcaacgaggcaatttcaattggtatttttccatttaaattgttccctcccaaatacaaatctttgaga 219  Q
     ||||||||||||| ||   ||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||| | |||||||| |||||||||   || |||||||||    
T  10609945 gtttttccaaatggtcacatattgaagctttttcaaagagccaatttcaatcggtattttgccaatcaaattgtttcctcccaaacgtaactctttgaga 10609846  T
Q  220 ttggagcaatatgtgaggtttgtaggaatttctcctacaagagagttattgctaagtaaaagttgttgcaattgtatcaacttacccaactcctg 314  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | ||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  10609845 ttggagcaatgtgtcaggtttgtaggaatttctcctgcaaaagagttattgatgagataaagttgttgcaattgtagcaactgacccaactcctg 10609751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 16 - 324
Target Start/End: Original strand, 10742572 - 10742880
Alignment:
Q  16 catatttcttgtggaatatctctttctaagttgttataagcaaatgaaaaatcggttaagcttgaaagattccctatgaatgaagggattcctccggtta 115  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||  ||| ||  ||||||    |||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||    
T  10742572 catatttcttgtggaatatccccttctaagttgtttgaaggaaccgaaaaaagcattaaacttgaaagattccctatggatgaagagattcctccagtta 10742671  T
Q  116 atttatttttccaaatgggcaatgattgaagttttttcaacgaggcaatttcaattggtatttttccatttaaattgttccctcccaaatacaaatcttt 215  Q
    | || || |||||||    |||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||| |||||   |   ||||    
T  10742672 aattgttattccaaacactcaatgattgaagttttttcaaatagccaatttcaattggtattttgccaatcaacttgttccctgccaaagttatgacttt 10742771  T
Q  216 gagattggagcaatatgtgaggtttgtaggaatttctcctacaagagagttattgctaagtaaaagttgttgcaattgtatcaacttacccaactcctgt 315  Q
     ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||    
T  10742772 cagatttgagcaatatgtcaagtttgtaggaatttcacctgcaaaagagttattagtaagaaaaagttgttgcaattgtagcaactgacccaactcttgt 10742871  T
Q  316 ggaatttct 324  Q
    |||||||||    
T  10742872 ggaatttct 10742880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 78 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 10563304 - 10563058
Alignment:
Q  78 tgaaagattccctatgaatgaagggattcctccggttaatttatttttccaaatgggcaatgattgaagttttttcaacgaggcaatttcaattggtatt 177  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||| || ||     ||| | | ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  10563304 tgaaaggttccctatggatgaagggatccctccagttaaattgttaccaaaaaggtggaatgaatgaagctttttcaaagagccaatttcaattggtatt 10563205  T
Q  178 tttccatttaaattgttccctcccaaatacaaatctttgagattggagcaatatgtgaggtttgtaggaatttctcctacaagagagttattgctaagta 277  Q
    || ||| | || |||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||  ||||||||    ||      
T  10563204 ttcccaatcaatttgttccctcccaaaatcaagtctatgagattggagcaatatgtcaagtttgtaggaatttctcctacaaacgagttattaaggagat 10563105  T
Q  278 aaagttgttgcaattgtatcaacttacccaactcctgtggaatttct 324  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||    
T  10563104 aaaggtgttgcagttgtagcaactgacccaactccggtgggatttct 10563058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 324
Target Start/End: Original strand, 10718768 - 10719076
Alignment:
Q  16 catatttcttgtggaatatctctttctaagttgttataagcaaatgaaaaatcggttaagcttgaaagattccctatgaatgaagggattcctccggtta 115  Q
    ||||||||| |||||||| |||  |||||||||||||||| ||  ||||   |   ||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  10718768 catatttctggtggaataactccgtctaagttgttataaggaaccgaaagtccccataaacatgaaagatttcccatgaatgaagggattcctccagtta 10718867  T
Q  116 atttatttttccaaatgggcaatgattgaagttttttcaacgaggcaatttcaattggtatttttccatttaaattgttccctcccaaatacaaatcttt 215  Q
    | || ||||| | ||||| ||    ||||||  ||||||| ||| ||| ||| | ||||| ||| ||| | |  || ||||||  |||  | || |||||    
T  10718868 aattgttttttccaatggccagaatttgaagccttttcaaagagccaacttctactggtaatttgccaatgagcttattcccttgcaaggataactcttt 10718967  T
Q  216 gagattggagcaatatgtgaggtttgtaggaatttctcctacaagagagttattgctaagtaaaagttgttgcaattgtatcaacttacccaactcctgt 315  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||    
T  10718968 gagattggagcaatacgtcaggtttgtaggaattttacctgcaaaagagttattgttaagataaagttgttgcaattgtagcaacttgcccaactcatgt 10719067  T
Q  316 ggaatttct 324  Q
    |||||||||    
T  10719068 ggaatttct 10719076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 141 - 324
Target Start/End: Original strand, 10749010 - 10749193
Alignment:
Q  141 ttgaagttttttcaacgaggcaatttcaattggtatttttccatttaaattgttccctcccaaatacaaatctttgagattggagcaatatgtgaggttt 240  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||| ||  ||  |||||||||||||||||||||| | ||||    
T  10749010 ttgaagctttttcaaagagccaatttcaattggtattttgccaatcacattgttccctcccacatttaagcctttgagattggagcaatatgtcaagttt 10749109  T
Q  241 gtaggaatttctcctacaagagagttattgctaagtaaaagttgttgcaattgtatcaacttacccaactcctgtggaatttct 324  Q
    | ||||||||||||| | |  ||||||||| | ||   ||||||||||||||||| ||||  ||||||||| | ||| ||||||    
T  10749110 gaaggaatttctcctgcgaacgagttattgatgagatcaagttgttgcaattgtagcaaccgacccaactcttctgggatttct 10749193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 136 - 324
Target Start/End: Original strand, 10765105 - 10765293
Alignment:
Q  136 aatgattgaagttttttcaacgaggcaatttcaattggtatttttccatttaaattgttccctcccaaatacaaatctttgagattggagcaatatgtga 235  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||  | || |||||||||||||||  ||| ||| |||||||||||||||| || |    
T  10765105 aatgaatgaaggtttttcaaagagccaatttcaattagtattttccctgtcaatttgttccctcccaaaatcaagtctatgagattggagcaatacgtca 10765204  T
Q  236 ggtttgtaggaatttctcctacaagagagttattgctaagtaaaagttgttgcaattgtatcaacttacccaactcctgtggaatttct 324  Q
     |||| ||||||||||||||  ||  ||||||||    ||  |||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  10765205 agtttataggaatttctcctgtaaacgagttattaaggagataaagttgttgcagttgtagcaactgaccgaactcctgtggaatttct 10765293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 161 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 10548987 - 10548894
Alignment:
Q  161 caatttcaattggtatttttccatttaaattgttccctcccaaatacaaatctttgagattggagcaatatgtgaggtttgtaggaatttctcc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||  | || | ||| || ||| | |||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  10548987 caatttcaattggtatttttccaatcaaattgttccctctcaaggataagtatttaaggttgaaacaatttgtcaagtttgtaggaatttctcc 10548894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 70 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 12930561 - 12930307
Alignment:
Q  70 gttaagcttgaaagattccctatgaatgaagggattcctccggttaatttatttttccaaatgggcaatgattgaagttttttcaacgaggcaatttcaa 169  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| |  || |||| ||  |  | || |||||| |||||||| ||| |||||||||    
T  12930561 gttaagcatgaaagatttcctataaatgaagggattccttcggttaaatggttattcccaacagatattgcttgaagctttttcaaagagccaatttcaa 12930462  T
Q  170 ttggtatttttccatttaaattgttccctcccaaatacaaatctttgagattggagcaatatgtgaggtttgtaggaatttctcctacaagagagttatt 269  Q
    |||||||||| ||||| | || ||||||   |||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||| |||||    
T  12930461 ttggtattttaccattgagatggttcccattcaaatacaataatttgagattggagcaatatgtcaggtttgtaggaatctcacctacaaaagaattatt 12930362  T
Q  270 gctaagtaaaagttgttgcaattgtatcaacttacccaactcctgtggaatttct 324  Q
    | | || | ||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12930361 ggtgagaataagatgttgcaaatgtagcaactgacccaactcctgtggaatttct 12930307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 70 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 12956363 - 12956109
Alignment:
Q  70 gttaagcttgaaagattccctatgaatgaagggattcctccggttaatttatttttccaaatgggcaatgattgaagttttttcaacgaggcaatttcaa 169  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || ||| ||||||  | || |  |||||| |||||||| ||| | ||||||     
T  12956363 gttaagcttgaaagatttcctatgaatgaagggattccaccagttaacttgtttctccaaacagtcattctttgaagctttttcaaagagccgatttcag 12956264  T
Q  170 ttggtatttttccatttaaattgttccctcccaaatacaaatctttgagattggagcaatatgtgaggtttgtaggaatttctcctacaagagagttatt 269  Q
    |||||||||| ||||| | || ||||||   |||| ||||   ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| || ||||||| |||||||||    
T  12956263 ttggtattttaccattgagatggttcccattcaaaaacaataatttgagattggagcaatatgtcaagtttgttggaatctcacctacaaaagagttatt 12956164  T
Q  270 gctaagtaaaagttgttgcaattgtatcaacttacccaactcctgtggaatttct 324  Q
    ||| ||  ||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12956163 gctgagagaaagtcgttgcaaatgtagcaactgacccaactcctgtggaatttct 12956109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 12905525 - 12905217
Alignment:
Q  16 catatttcttgtggaatatctctttctaagttgttataagcaaatgaaaaatcggttaagcttgaaagattccctatgaatgaagggattcctccggtta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||  || || ||||||  || || ||| | |   ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  12905525 catatttcttgtggaatatctccctcaaaattgttaccagaaactgatagacgtgttaagcttgaaatatttcctatgaatgaagggattccaccggtta 12905426  T
Q  116 atttatttttccaaatgggcaatgattgaagttttttcaacgaggcaatttcaattggtatttttccatttaaattgttccctcccaaatacaaatcttt 215  Q
    | || ||| ||||||    || || |||||| |||||||| ||| | |||||| |||||||||| ||| | | || ||||||   |||||||||    ||    
T  12905425 acttgtttctccaaacactcattgtttgaagctttttcaaagagccgatttcagttggtattttaccaatgagatggttcccattcaaatacaataactt 12905326  T
Q  216 gagattggagcaatatgtgaggtttgtaggaatttctcctacaagagagttattgctaagtaaaagttgttgcaattgtatcaacttacccaactcctgt 315  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||| || | |||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||     
T  12905325 gagattggagcaatatgtcaggtttgtaggaatctcacctacaaaagaattattgctgagaataagttgttgcaaatgtagcaactgacccaaatcctga 12905226  T
Q  316 ggaatttct 324  Q
    |||||||||    
T  12905225 ggaatttct 12905217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 70 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 12946926 - 12946672
Alignment:
Q  70 gttaagcttgaaagattccctatgaatgaagggattcctccggttaatttatttttccaaatgggcaatgattgaagttttttcaacgaggcaatttcaa 169  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| || ||||||  ||  | || || |||||  || ||||| ||| | ||||||     
T  12946926 gttaagcttgaaagatttccaatgaatgaagggattcctccgattaaattgtttttcgcaacagtcattgcttgaaccttcttcaaagagccgatttcag 12946827  T
Q  170 ttggtatttttccatttaaattgttccctcccaaatacaaatctttgagattggagcaatatgtgaggtttgtaggaatttctcctacaagagagttatt 269  Q
    |||||||||| ||  | | || |||||| | |||| |||||  |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||| ||| |||||||||    
T  12946826 ttggtattttaccgatgagatggttcccactcaaaaacaaaaatttgagtttggaacaatatgtcaggtttgtaggaatctcacctgcaaaagagttatt 12946727  T
Q  270 gctaagtaaaagttgttgcaattgtatcaacttacccaactcctgtggaatttct 324  Q
    | | || |||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12946726 gttgagaaaaagttgttgcaaatgtagcaactgacccaactcctgtggaatttct 12946672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 16 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 12897904 - 12897596
Alignment:
Q  16 catatttcttgtggaatatctctttctaagttgttataagcaaatgaaaaatcggttaagcttgaaagattccctatgaatgaagggattcctccggtta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||  || || ||||| | || || ||| | |   ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  12897904 catatttcttgtggaatatctccctcaaaattgttttcagaaactgacagacgtgttaagcttgaaagatttccaatgaatgaagggattcctccggtta 12897805  T
Q  116 atttatttttccaaatgggcaatgattgaagttttttcaacgaggcaatttcaattggtatttttccatttaaattgttccctcccaaatacaaatcttt 215  Q
    | || || |||| ||    || ||||||||| |||||||| ||| | | |||| |||||||||| ||| | | || ||||||   |||||||||    ||    
T  12897804 aattgttattccgaacaaacattgattgaagctttttcaaagagccgaattcagttggtattttaccaatgagatggttcccattcaaatacaataactt 12897705  T
Q  216 gagattggagcaatatgtgaggtttgtaggaatttctcctacaagagagttattgctaagtaaaagttgttgcaattgtatcaacttacccaactcctgt 315  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||| |||||| | || | ||| |||||||| |||| ||||| |||||| |||||     
T  12897704 gagattggagcaatatgtcaggtttgtaggaatctcacctacaaaagaattattggtgagaataaggtgttgcaaatgtagcaactgacccaaatcctga 12897605  T
Q  316 ggaatttct 324  Q
    |||||||||    
T  12897604 ggaatttct 12897596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 324
Target Start/End: Original strand, 17925276 - 17925584
Alignment:
Q  16 catatttcttgtggaatatctctttctaagttgttataagcaaatgaaaaatcggttaagcttgaaagattccctatgaatgaagggattcctccggtta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||  || || ||||||  ||||  ||| | |   ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17925276 catatttcttgtggaatatctccctcaaaattgttaagagcagctgatagacgtgttaagcatgaaagatttcctatgaatgaagggattcctccagtta 17925375  T
Q  116 atttatttttccaaatgggcaatgattgaagttttttcaacgaggcaatttcaattggtatttttccatttaaattgttccctcccaaatacaaatcttt 215  Q
    | || || | |  ||  | ||  | ||||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||| ||| | | || |||||| | |||| ||||   |||    
T  17925376 aattgttatgcgcaacagtcatggcttgaagttttttcaaagagccgatttcagttggtattttaccaatgagatggttcccactcaaaaacaataattt 17925475  T
Q  216 gagattggagcaatatgtgaggtttgtaggaatttctcctacaagagagttattgctaagtaaaagttgttgcaattgtatcaacttacccaactcctgt 315  Q
    |||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||| || |||||||| ||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  17925476 gagattagaacaatatgtcaggtttgtaggaatctcacctacaaaagaattattgctgagaaaaagttgctgcaaatgtagcaactgacccaactcctgt 17925575  T
Q  316 ggaatttct 324  Q
    |||||||||    
T  17925576 ggaatttct 17925584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University