View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13993_low_2 (Length: 726)

Name: NF13993_low_2
Description: NF13993
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13993_low_2
NF13993_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (12-708)||(41274523-41275219)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 677; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 677; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 708
Target Start/End: Original strand, 41274523 - 41275219
Alignment:
Q  12 atgaatattattataaaaatactagataactatgaatttaaaatgtaaatttcttatttggttagggagattgttgatctctcctacaaaattgtatgtg 111  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41274523 atgaatattgttataaaaatactagataactatgaatttaaaatgtaaatttcttatttggttagggagattgttgatctctcctacaaaattgtatgtg 41274622  T
Q  112 ataggggtttgaacattgaagaatcttactgatgcatgaatggtatttgtgcctagctagtaaagtaatatattaacttgttctccatatattattgttt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41274623 ataggggtttgaacattgaagaatcttactgatgcatgaatggtatttgtgcctagctagtaaagtaatatattaacttgttctccatatattattgttt 41274722  T
Q  212 tgttattaatatttgaagctaaattgaatgattaatcaagggattgaatggcaatagttatgtacttgagttatttggtaattgaatggcattgtgctgt 311  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41274723 tggtattaatatttgaagctaaattgaatgattaatcaagggattgaatggcaatagttatgtacttgagttatttggtaattgaatggcattgtgctgt 41274822  T
Q  312 tgcaggaacttggcattgagaaactgtcatttgaatttctttctaaacactgattctgcaaacttggtatgggagttgtgactgtttctagttcagctgc 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41274823 tgcaggaacttggcattgagaaactgtcatttgaatttctttctaaacactgattcggcaaacttggtatgggagttgtgactgtttctagttcagctgc 41274922  T
Q  412 tcggactccactaggattgaatgcaaagttttcaactcaccatccggtattgcagagaccgttaacggtagcatttaaaggagataaacaaaatgacaca 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41274923 tcggactccactaggattgaatgcaaagttttcaactcaccatccggtattgaagagaccgttaacggtagcatttaaaggagataaacaaaatgacaca 41275022  T
Q  512 gcgttggttgcgactcaagagaaaattcctacgcaagttaaaccagccaagacgcacaagaaaaggatagcaaaaacgaataaactacctaagaaaccaa 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41275023 gcgttggttgcgactcaagagaaaattcctacgcaagttaaaccagccaagacgcacaagaaaaggatagcaaaaacgaataaactacctaagaaaccaa 41275122  T
Q  612 gagccgtctgcactgaggaaacttttccatcttcattggatgtggattataacgaagctgctgccatacttgaaaatatatacaaacttagcccgac 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41275123 gagccgtctgcactgaggaaacttttccatcttcattggatgtggattataatgaagctgctgccatacttgaaaatatatacaaacttagcccgac 41275219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University