View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13995_low_3 (Length: 668)

Name: NF13995_low_3
Description: NF13995
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13995_low_3
NF13995_low_3
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (27-617)||(30304426-30305016)
chr7 (19-617)||(30286758-30287356)
chr7 (52-617)||(30291792-30292357)
chr7 (19-322)||(30299930-30300232)
chr7 (19-262)||(30315647-30315890)
chr7 (311-617)||(30315339-30315651)
chr7 (463-617)||(30299216-30299370)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (118-259)||(46810441-46810582)
chr1 (459-610)||(46810184-46810335)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 523; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 30305016 - 30304426
Alignment:
Q  27 catacatgcataatatttgatcactcattaaaaagctcccaaaattgaagaaataggctccctttttctctggcttcgaccttcttccctttccctttgt 126  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30305016 catacttgcataatatttgatcactcattaaaaagctcccaaaattgaagaaataggctccctttgtctctggcttcgaccttcttccctttccctttgt 30304917  T
Q  127 tgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagcctctcaacatcttgagctgatccagggaatgctacctctttcactggtctct 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30304916 tgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagactctcaacatcttgagctgatccagggaatgctagctctttcactggtctct 30304817  T
Q  227 ctatttggcttatcacattgtcctcctcaccttcaaatttccaatcacacaaaaaataaacatatcttaattagctttttcttattcaattaagtagaag 326  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30304816 gaatttggcttatcacattgtcctcctcaccttcaaatttccaatcacacaaaaaataaacatatcttaattagctttttcttattcaattaagtagaag 30304717  T
Q  327 caaatcttttaattaatgttaacatgtcattnnnnnnnnnnnnttactaacatatgctacattcaatttaatttaattttggtaggaaactattgtaatt 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30304716 caaatcttttaattaatgttaacatgtcattaaaaataaaaaattactaacatatgctacattcaatttaatttaattttggtaggaaactattgtaatt 30304617  T
Q  427 aggccatacagaaagagactgagtgagaatacagtataccagcaaggaagctcctctggttgttctcagcattgataccaaatccaagcaaagagagatc 526  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30304616 aggccatacagaaagagactgagtgagaatacagtataccagcaaggaagctcctctggttgttctcagcattgataccaaatccaagcaaagagagatc 30304517  T
Q  527 cgacgaagcttttacgacatttggataacctgctggaattacataaacatcacctggagacaacctagccctgtacctttgcacctgttgg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30304516 cgacgaagcttttacgacatttggataacctgctggaattacataaacatcacctggagtcaacctagccctgtacctttgcacttgttgg 30304426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 30287356 - 30286758
Alignment:
Q  19 ccttacagcatacatgcataatatttgatcactcattaaaaagctcccaaaattgaagaaataggctccctttttctctggcttcgaccttcttcccttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30287356 ccttacagcatacatgcataacatttgatcactcattaaaaagctcccaaaattgaagaaataggctccctttgtctctggcttcgaccttcttcccttt 30287257  T
Q  119 ccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagcctctcaacatcttgagctgatccagggaatgctacctctttcac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287256 ccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagactctcaacatcttgagctgatccagggaatgctacctctttcac 30287157  T
Q  219 tggtctctctatttggcttatcacattgtcctcctcaccttcaaatttccaatcacacaaaaaataaacatatcttaattagctttttcttattcaatta 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287156 tggtctctctatttggcttatcacattgtcctcctcaccttcaaatttccaatcacacaaaaaataaacatatcttaattagctttttcttattcaatta 30287057  T
Q  319 agtagaagcaaatcttttaattaatgttaacatgtcattnnnnnnnnnnnnttactaacatatgctacattcaatttaatttaattttggtaggaaacta 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287056 agtagaagcaaatcttttaattaatgttaacatgtcattaaaaataaaaaattactaacatatgctacattcaatttaatttaattttggtaggaaacta 30286957  T
Q  419 ttgtaattaggccatacagaaagagactgagtgagaatacagtataccagcaaggaagctcctctggttgttctcagcattgataccaaatccaagcaaa 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30286956 ttgtaattaggccatacagaaagagactgagtgagaatacagtataccagcaaggaagttcctttgattgttctccgcattgataccaaatccaagcaaa 30286857  T
Q  519 gagagatccgacgaagcttttacgacatttggataacctgctggaattacataaacatcacctggagacaacctagccctgtacctttgcacctgttgg 617  Q
    ||||||||||| |||||  |||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  30286856 gagagatccgaagaagcagttacgacaattggatgacctgccggaattacataaacatcacctggagacaacctagccctatacctttgtacttgttgg 30286758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 52 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 30292357 - 30291792
Alignment:
Q  52 cattaaaaagctcccaaaattgaagaaataggctccctttttctctggcttcgaccttcttccctttccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaag 151  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30292357 cattaaaacgttcccgaaattgaagaaataggctccctttttctctggcttcgaccttcttccctttccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaag 30292258  T
Q  152 attgtctctgattctttagtagcctctcaacatcttgagctgatccagggaatgctacctctttcactggtctctctatttggcttatcacattgtcctc 251  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  30292257 attgtctctgattctttagtagactctcaacatcttgagctgatccagggaatgctagctctttcactggtctctgaatttggcttatcacattgtcctc 30292158  T
Q  252 ctcaccttcaaatttccaatcacacaaaaaataaacatatcttaattagctttttcttattcaattaagtagaagcaaatcttttaattaatgttaacat 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30292157 ctcaccttcaaatttccaatcacacaaaaaataaacatatcttaattagctttttcttattcaattaagtagaagcaaatcttttaattaatgttaacat 30292058  T
Q  352 gtcattnnnnnnnnnnnnttactaacatatgctacattcaatttaatttaattttggtaggaaactattgtaattaggccatacagaaagagactgagtg 451  Q
    ||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30292057 gtcattaaaaataaaaaattactaacatatgctacattcaatttaatttaattttggtaggaaactattgtaattaggccatacagaaagagactgagtg 30291958  T
Q  452 agaatacagtataccagcaaggaagctcctctggttgttctcagcattgataccaaatccaagcaaagagagatccgacgaagcttttacgacatttgga 551  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30291957 agaatacagtataccagcaaggaagctcctctggttgttctcagcattgataccaaatccaagcaaagagagatccgacgaagcttttacgacatttgga 30291858  T
Q  552 taacctgctggaattacataaacatcacctggagacaacctagccctgtacctttgcacctgttgg 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30291857 taacctgctggaattacataaacatcacctggagtcaacctagccctgtacctttgcacttgttgg 30291792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 19 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 30300232 - 30299930
Alignment:
Q  19 ccttacagcatacatgcataatatttgatcactcattaaaaagctcccaaaattgaagaaataggctccctttttctctggcttcgaccttcttcccttt 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30300232 ccttacagcatacaagcataatatttgatcactcattaaaatactcccaaaattgaagatataagctccctttgtctctggcttcgaccttcttcccttt 30300133  T
Q  119 ccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagcctctcaacatcttgagctgatccagggaatgctacctctttcac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30300132 ccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagactctcaacatcttgagctgatccagggaatgctacctctttcac 30300033  T
Q  219 tggtctctctatttggcttatcacattgtcctcctcaccttcaaatttccaatcacacaaaaaataaacatatcttaattagctttttcttattcaatta 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||    
T  30300032 tggtctctctatttggcttatcacattgtcttcctcaccttcaaatttgaaatcacaca-aaaataaacatatcttaattagattttactcattcattta 30299934  T
Q  319 agta 322  Q
    ||||    
T  30299933 agta 30299930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 19 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 30315890 - 30315647
Alignment:
Q  19 ccttacagcatacatgcataatatttgatcactcattaaaaagctcccaaaattgaagaaataggctccctttttctctggcttcgaccttcttcccttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30315890 ccttacagcatacatgcataacatttgatcactcattaaaaagctcccaaaattgaagaaataggctccctttgtctctggcttcgaccttcttcccttt 30315791  T
Q  119 ccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagcctctcaacatcttgagctgatccagggaatgctacctctttcac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30315790 ccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagactctcaacatcttgagctgatccagggaatgctacctctttcac 30315691  T
Q  219 tggtctctctatttggcttatcacattgtcctcctcaccttcaa 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30315690 tggtctctctatttggcttatcacattgtcttcctcaccttcaa 30315647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 311 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 30315651 - 30315339
Alignment:
Q  311 ttcaattaagtagaagcaaatcttttaattaatgttaacatgtcattnnnnnnnnnnnnttactaacatatgctacattcaatttaatttaattttggta 410  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||            | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30315651 ttcaattaagtagaaccaaatattttaaataatgttaacatgtcattaaaaataaaaaataactaatataggctacattcaatttaatttaattttggta 30315552  T
Q  411 ggaaactattgtaattaggccatacagaa----agagactgagtgagaatacagtata--ccagcaaggaagctcctctggttgttctcagcattgatac 504  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||    |||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  30315551 gaaaactattgtaattaggccatacagaaggaaagagaccgagtgagaatatagtatataccagcaaggaagttcctctgattgttctcagcattgatac 30315452  T
Q  505 caaatccaagcaaagagagatccgacgaagcttttacgacatttggataacctgctggaattacataaacatcacctggagacaacctagccctgtacct 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30315451 caaatccaagcaaagagagatccgaggaagcctttacgacaattggatgacctgcgggaattacataaacatcacctggagacaacctagccctatacct 30315352  T
Q  605 ttgcacctgttgg 617  Q
    ||| || ||||||    
T  30315351 ttgtacttgttgg 30315339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 463 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 30299370 - 30299216
Alignment:
Q  463 taccagcaaggaagctcctctggttgttctcagcattgataccaaatccaagcaaagagagatccgacgaagcttttacgacatttggataacctgctgg 562  Q
    |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||| |||||| |||||| ||    
T  30299370 tacctgcaaggaagttcctctcgttgttctcagcattgataccaaatccaagcaaagagagatccgaggaagcgctaacgacagttggatgacctgccgg 30299271  T
Q  563 aattacataaacatcacctggagacaacctagccctgtacctttgcacctgttgg 617  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  30299270 aattacatacacatcacctggagacaacctagctctgtacctttgcacttgttgg 30299216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 86; Significance: 9e-41; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 118 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 46810582 - 46810441
Alignment:
Q  118 tccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagcctctcaacatcttgagctgatccagggaatgctacctctttca 217  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||| |    
T  46810582 tccctttgttgaggttgagcatttgcaaagtaagattgtctttggttctttattagcctatcaacctcttcagcagatccagggaatgcaacctctttta 46810483  T
Q  218 ctggtctctctatttggcttatcacattgtcctcctcacctt 259  Q
    |||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  46810482 ctggcctttctatttgacttatcacattgtcatcctcacctt 46810441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 459 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 46810335 - 46810184
Alignment:
Q  459 agtataccagcaaggaagctcctctggttgttctcagcattgataccaaatccaagcaaagagagatccgacgaagcttttacgacatttggataacctg 558  Q
    |||||||| ||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||| ||| ||||| |||| | |   ||| | |||||    
T  46810335 agtatacctgcaagaaagtttctctgattgttctcagcattgataccaaagccaaggaaattgagattcgaggaagcatttatggctactgggtgacctg 46810236  T
Q  559 ctggaattacataaacatcacctggagacaacctagccctgtacctttgcac 610  Q
    | ||||||| |  ||| || |||||||||| ||||||  ||||||| |||||    
T  46810235 ccggaattataacaacgtcgcctggagacagcctagcgttgtacctctgcac 46810184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University