View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13997_low_8 (Length: 496)

Name: NF13997_low_8
Description: NF13997
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13997_low_8
NF13997_low_8
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (7-480)||(13064786-13065259)
chr1 (171-473)||(30367845-30368147)
chr1 (179-473)||(13086260-13086557)
chr1 (158-473)||(13101153-13101468)
chr1 (175-315)||(13069917-13070057)
chr1 (179-482)||(13271730-13272036)
chr1 (176-315)||(13007511-13007650)
chr1 (158-315)||(19727464-19727621)
chr1 (175-482)||(13244259-13244569)
chr1 (362-481)||(13094544-13094663)
chr1 (168-473)||(13204612-13204917)
chr1 (218-322)||(12963692-12963796)
chr1 (158-313)||(13214132-13214287)
chr1 (175-481)||(19278906-19279215)
chr1 (168-481)||(13129973-13130286)
chr1 (175-481)||(13080603-13080912)
chr1 (158-473)||(13161674-13161989)
chr1 (362-473)||(13007353-13007464)
chr1 (362-473)||(13070104-13070215)
chr1 (168-318)||(13094707-13094857)
chr1 (362-462)||(19727317-19727417)
chr1 (362-481)||(12963803-12963922)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (179-320)||(31396420-31396562)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 480
Target Start/End: Original strand, 13064786 - 13065259
Alignment:
Q  7 agagaagaaactcaaagtagctcaagagagtcttgacaaattcttgcatgaatgcatactatccaaacttgaagagcaaaaccgattcagcagcactaga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13064786 agagaagaaactcaaagtagctcaagaaagtcttgacaaattcttgcatgaatgcatactatccaaacttgaagagcaaaacagattcagcagcactaga 13064885  T
Q  107 gaagtggaggattccgattgtgacttgataaaagacattctgaaaggagcgggaaaagggaaaatgagtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatc 206  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13064886 gaagtggaagattccgactgtgacttgataaaagagatactgaaaggaacgggaaaagggaaaacgagtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatc 13064985  T
Q  207 tattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatgtcatcctgttgtggaagccaagattattcaagagat 306  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13064986 tattgttagcgggaaacggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatgtcatcctgttgtggaagccaagattattcaagagat 13065085  T
Q  307 gaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgattacttcaattgtggaaaaacttgataaactagtttacctccacggagctatatgtgaagcctta 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13065086 gaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgattacttcaattgtggaaaagcttgataaactaatttacctccacggagctatatgtgaagcctta 13065185  T
Q  407 aggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttcctagtggagtccatgt 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13065186 aggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttcctagtggagtccatgt 13065259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 171 - 473
Target Start/End: Original strand, 30367845 - 30368147
Alignment:
Q  171 tgagtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatg 270  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||| |||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||      
T  30367845 tgagtgagaagtatcttagagacaatgcactctctcttttgttagcaggtaatggcacacttagttcaagtctcagttggtttttctggcttgtttcaac 30367944  T
Q  271 tcatcctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgattacttcaattgtggaaaaacttgataaa 370  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||  |  |||| || | ||| |||||||| |||||||  ||||||||     
T  30367945 tcatcctattgtggaagccaaaattattcaagagatcaaagataattgtgtatcaaaacatgagaattggataacttcaatggtggaaagccttgataag 30368044  T
Q  371 ctagtttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttcctagtg 470  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| || | ||| | |||||| |||||||| | ||||  |    |||||||||| |||||||||| |||||||    
T  30368045 ctagtctacctccatggagctatatgtgaatccatgaggttgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtg 30368144  T
Q  471 gag 473  Q
    |||    
T  30368145 gag 30368147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 179 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 13086557 - 13086260
Alignment:
Q  179 aagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatgtcatcctg 278  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||| ||    || |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||        
T  13086557 aagtatattagagacactgcattcaatctcttagctgcaggaagtggaacagttagttcaggtctaagttggttctcttggcttgtttcaactcatttca 13086458  T
Q  279 ttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgattact---tcaattgtggaaaaacttgataaactagt 375  Q
    | |||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||  |||| || || ||| | |||   | ||  || ||||| ||| ||||||||||    
T  13086457 tagtggaagctaaaataattcaagagataaaagataattgtctatcacatgaggataatttggtcactaatttaagagttgaaaagcttaataaactagt 13086358  T
Q  376 ttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttcctagtggag 473  Q
     ||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  |  |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13086357 gtaccttcatggagctatatgtgaagcattgaggctttatcctcctgtaccatttcagcacaagtgtgcaatcaaagctgatatactacctagtggag 13086260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 158 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 13101468 - 13101153
Alignment:
Q  158 ggaaaagggaaaatgagtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttctttt 257  Q
    ||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||| || | ||| ||| || ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| || |    
T  13101468 ggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgtaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctctcagttggtttttct 13101369  T
Q  258 ggcttgtttcatgtcatcctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgattacttcaattgtgga 357  Q
    ||||||||||   ||||||| ||||||||||||| || |||||||| || |||||||| ||||   |  | || || ||   |||| |||| |  |  ||    
T  13101368 ggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcagattccttcgagagatga 13101269  T
Q  358 aaaacttgataaactagtttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgat 457  Q
      | |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |  | | |||||||| | |||    
T  13101268 gtatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatatgttcaatcaaatccgat 13101169  T
Q  458 atacttcctagtggag 473  Q
    ||||||||||||||||    
T  13101168 atacttcctagtggag 13101153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 175 - 315
Target Start/End: Original strand, 13069917 - 13070057
Alignment:
Q  175 tgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatgtcat 274  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||  ||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||    
T  13069917 tgagaagtatcttagagacaatgcactctctctctttttagcaggaaatggcacagttacttcaggtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcat 13070016  T
Q  275 cctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataa 315  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  13070017 cctattgtggaagccaaaattattcaagaaataaaagataa 13070057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 179 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 13272036 - 13271730
Alignment:
Q  179 aagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatgtcatcctg 278  Q
    |||||| |||||||||||||| ||| ||| |||   || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||     
T  13272036 aagtatattagagacactgcattcactctcttggctgcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatccta 13271937  T
Q  279 ttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgat---tacttcaattgtggaaaaacttgataaactagt 375  Q
     ||||||||| ||  ||||||||||||| |||||| |||||||| |  | || || || |||||   || || || ||| |||||  ||||||| ||  |    
T  13271936 atgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagatcattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagctgat 13271837  T
Q  376 ttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttcctagtggagtc 475  Q
    |||||| || | ||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||  | || || |||| |||| | ||  |||||||||| |||||||||  |    
T  13271836 ttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacac 13271737  T
Q  476 catgttg 482  Q
    |||||||    
T  13271736 catgttg 13271730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 176 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 13007650 - 13007511
Alignment:
Q  176 gagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatgtcatc 275  Q
    ||||||||||||||||||| ||   ||| ||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||    
T  13007650 gagaagtatcttagagacaatgtcctcactctctttttagcaggaaatggcacaattagttcaggtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcatc 13007551  T
Q  276 ctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataa 315  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  13007550 ctattgtggaagccaaaattattcaagaaatcaaagataa 13007511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 158 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 19727621 - 19727464
Alignment:
Q  158 ggaaaagggaaaatgagtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttctttt 257  Q
    ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||| |  | ||| ||| || ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  19727621 ggaaagggggaaatgaatgagaagtatcttagagacaatttactcactctctttttagcaggaaatggcccagttagtacaggtctcagttggttttttt 19727522  T
Q  258 ggcttgtttcatgtcatcctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataa 315  Q
    ||||||||||   ||||||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  19727521 ggcttgtttcgactcatcctattgtcgaagccaaaattattcaagaaatcaaagataa 19727464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 175 - 482
Target Start/End: Original strand, 13244259 - 13244569
Alignment:
Q  175 tgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatgtcat 274  Q
    |||||||||| | ||||||||||| || ||||| ||    || |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  13244259 tgagaagtatatcagagacactgcggtaaatctcttcggtgcaggaaatggaacaattagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcat 13244358  T
Q  275 cctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgat---tacttcaattgtggaaaaacttgataaac 371  Q
    ||| ||| |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| |  | || || || || ||   || || ||  ||||||||  ||||||| |    
T  13244359 cctattggggaagcgaaaattattcaagagatcaaagataattgtctaacacaagaggagaatttaatcaataatttaaacgtggaaaagattgataagc 13244458  T
Q  372 tagtttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttcctagtgg 471  Q
    | |||||||| || ||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||| |  |  |  |||| ||||  || |||||| |||||||||| ||||||||    
T  13244459 ttgtttaccttcatggagccatatgtgaaaccttgaggctatatcctcctctggcatttcagcacaagtgcgctatcaaatctgatatactacctagtgg 13244558  T
Q  472 agtccatgttg 482  Q
    ||  |||||||    
T  13244559 agaacatgttg 13244569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 362 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 13094663 - 13094544
Alignment:
Q  362 cttgataaactagtttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatac 461  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| |  | |||||||||| |||||||||    
T  13094663 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatctgatatac 13094564  T
Q  462 ttcctagtggagtccatgtt 481  Q
    | |||||||||  |||||||    
T  13094563 tacctagtggataccatgtt 13094544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 168 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 13204917 - 13204612
Alignment:
Q  168 aaatgagtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttc 267  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||  | || ||  ||| || ||||| |||| |||  ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  13204917 aaatgagtgggaagtttcttagagacgatacactctctctcttcttagcaggaagtggtccagctagttcaggtctaagttggtttttttggcttgtttc 13204818  T
Q  268 atgtcatcctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgattacttcaattgtggaaaaacttgat 367  Q
       ||||||| ||||||||||||| || |||||||| || |||||||| ||||   |  | || || ||   |||| |||| |  |  ||  | ||||||    
T  13204817 cactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcagattccttcgagagatgagtatcttgat 13204718  T
Q  368 aaactagtttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttccta 467  Q
    || ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| |  | |||||||||| | |||||||| ||||    
T  13204717 aagctagtgtaccttcatggagctatatgtgaagccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatactaccta 13204618  T
Q  468 gtggag 473  Q
    ||||||    
T  13204617 gtggag 13204612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 218 - 322
Target Start/End: Original strand, 12963692 - 12963796
Alignment:
Q  218 ggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatgtcatcctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataatt 317  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||    
T  12963692 ggaagtggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaaactaaaattattcaagagattaaagataatt 12963791  T
Q  318 gtcta 322  Q
     ||||    
T  12963792 ttcta 12963796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 158 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 13214287 - 13214132
Alignment:
Q  158 ggaaaagggaaaatgagtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttctttt 257  Q
    ||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||| |||  ||| ||| || ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||| || |    
T  13214287 ggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcgatcactctctttttagcaggaaatggcccagttcgttcaggtctcatttggtttttct 13214188  T
Q  258 ggcttgtttcatgtcatcctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagat 313  Q
    |||||||||||  ||||| | |||||||||| || ||||||||||| || ||||||    
T  13214187 ggcttgtttcaactcatcttattgtggaagctaaaattattcaagaaataaaagat 13214132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 175 - 481
Target Start/End: Original strand, 19278906 - 19279215
Alignment:
Q  175 tgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatgtcat 274  Q
    ||||| |||| |||||||||||||  ||||||| |||   || || ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||  ||||    
T  19278906 tgagatgtatattagagacactgctctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcat 19279005  T
Q  275 cctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgattac---ttcaattgtggaaaaacttgataaac 371  Q
    ||| |||| ||||| || |||||||||||||| || | ||| ||| || |  | || || || ||||| ||   ||  | |||| || | |||||||| |    
T  19279006 cctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataatttgatcacaaattttagtgtgaaagagcttgataagc 19279105  T
Q  372 tagtttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttcctagtgg 471  Q
    ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | || || |||| |||| | ||  | |||||||| ||||||||    
T  19279106 tagtttatcttcatggagctatatgtgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatatactacctagtgg 19279205  T
Q  472 agtccatgtt 481  Q
    || |||||||    
T  19279206 agaccatgtt 19279215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 168 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 13130286 - 13129973
Alignment:
Q  168 aaatgagtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttc 267  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||| | | | | || || || ||||||||  || ||||||||| |||||||||||| || |||||| ||||    
T  13130286 aaatcagtgagaagtatcttagagatactgcatttactatgttttttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttc 13130187  T
Q  268 atgtcatcctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgattacttcaat---tgtggaaaaactt 364  Q
    |  | ||||| |||||||||  || || ||||||||||| |||||||||||  || |  | || |  ||   ||||||||  |    ||||||    |||    
T  13130186 aacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggttaacacaagagggtaatcggattactttgaggcatgtggat---ctt 13130090  T
Q  365 gataaactagtttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttc 464  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |  | | |||||||| |||||||||| |    
T  13130089 gataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatctgttcaatcaaatctgatatactac 13129990  T
Q  465 ctagtggagtccatgtt 481  Q
    ||||||||  |||||||    
T  13129989 ctagtggataccatgtt 13129973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 175 - 481
Target Start/End: Original strand, 13080603 - 13080912
Alignment:
Q  175 tgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatgtcat 274  Q
    ||||| |||| ||||||| ||| || ||||||| ||| | || |||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||||   |||    
T  13080603 tgagaggtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggtttttttggctggtttcaacgcat 13080702  T
Q  275 cctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgat---tacttcaattgtggaaaaacttgataaac 371  Q
    |||   || || |  || |||||||||||||| |||||||||||| ||    | ||||| || || ||   || || |  ||||||| | |||||||| |    
T  13080703 cctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataattgtttaaaacacgatgagaattttatcgctaatttaggtgtggaagagcttgataagc 13080802  T
Q  372 tagtttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttcctagtgg 471  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||| |  |  |||| |||| ||| |||||| | |||| ||||||||||||    
T  13080803 tagtttaccttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtgg 13080902  T
Q  472 agtccatgtt 481  Q
    || |||||||    
T  13080903 agaccatgtt 13080912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 158 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 13161989 - 13161674
Alignment:
Q  158 ggaaaagggaaaatgagtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttctttt 257  Q
    ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| | |  |||| || ||||||||  || ||||||||| |||||||||||| || |    
T  13161989 ggaaagggggaaatcagtgagaagtatcttagagatactgcactcactatggtgtttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttct 13161890  T
Q  258 ggcttgtttcatgtcatcctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgattacttcaattgtgga 357  Q
    ||||  |||||  | ||||| |||||||||  || || ||||||||||| ||||||||||| ||| |  | || || ||   ||||| ||  |  |  |     
T  13161889 ggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagaggataatcggattattttgagggatgt 13161790  T
Q  358 aaaacttgataaactagtttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgat 457  Q
        |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| | ||||| |  | |||||||||| | |||    
T  13161789 ggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatccacctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgat 13161690  T
Q  458 atacttcctagtggag 473  Q
    ||||| ||||||||||    
T  13161689 atactacctagtggag 13161674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 362 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 13007464 - 13007353
Alignment:
Q  362 cttgataaactagtttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatac 461  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||| |  | |||||||||  | |||||||    
T  13007464 cttgataagctagtgtacctccatggagctctatgtgaagccatgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaattccgatatac 13007365  T
Q  462 ttcctagtggag 473  Q
    | ||||||||||    
T  13007364 tacctagtggag 13007353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 362 - 473
Target Start/End: Original strand, 13070104 - 13070215
Alignment:
Q  362 cttgataaactagtttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatac 461  Q
    |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| | ||||| |  | |||||||||| | |||||||    
T  13070104 cttgataatctagtgtaccttcatggagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatac 13070203  T
Q  462 ttcctagtggag 473  Q
    | ||||||||||    
T  13070204 tacctagtggag 13070215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 168 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 13094857 - 13094707
Alignment:
Q  168 aaatgagtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttc 267  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| | | | |  | || || |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| || |||||| ||||    
T  13094857 aaatcagtgagaagtatcttagagacactgcatttactatgatatttgccggaaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttc 13094758  T
Q  268 atgtcatcctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattg 318  Q
    |  | ||||| |||||||||  || || ||||||||||| | |||||||||    
T  13094757 aacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcagagataattg 13094707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 362 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 19727417 - 19727317
Alignment:
Q  362 cttgataaactagtttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatac 461  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| |  | |||||||||| || ||||||    
T  19727417 cttgataagctagtgtacctccacggagatctatgttaagccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatctcatatac 19727318  T
Q  462 t 462  Q
    |    
T  19727317 t 19727317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 362 - 481
Target Start/End: Original strand, 12963803 - 12963922
Alignment:
Q  362 cttgataaactagtttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatac 461  Q
    |||||||| || ||||| || || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||  | || || |||| |||||| ||| | ||||||     
T  12963803 cttgataagcttgtttatcttcatggagctatttgtgaagctttaaggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgcaattaaatcagatatat 12963902  T
Q  462 ttcctagtggagtccatgtt 481  Q
    | |||||||||| |||||||    
T  12963903 tacctagtggagaccatgtt 12963922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 179 - 320
Target Start/End: Original strand, 31396420 - 31396562
Alignment:
Q  179 aagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaatggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttg-tttcatgtcatcct 277  Q
    |||||||||||||||| ||   ||  ||| |||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| || ||||||| |||||  |||||||    
T  31396420 aagtatcttagagacaatgtgctctctcttttgttagcaggaaatggcacaattagttcaagtctcggttggtttttctggcttgttttcaactcatcct 31396519  T
Q  278 gttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtc 320  Q
      |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||    
T  31396520 aatgtggaagccaaaattattcaagagattcaagataactgtc 31396562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University