View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13999_low_18 (Length: 404)

Name: NF13999_low_18
Description: NF13999
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13999_low_18
NF13999_low_18
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-390)||(14304982-14305371)
chr2 (1-390)||(14321373-14321762)
chr2 (1-390)||(14283224-14283613)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-386)||(25886055-25886440)
chr8 (1-390)||(44349899-44350288)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 390
Target Start/End: Original strand, 14304982 - 14305371
Alignment:
Q  1 agattaaccaatgagaatatatcatctattttcaaactaagctccaacttttcttcaccgacagttatcaatcgaacaatggccgaagcagcaaacaaag 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  14304982 agattaaccaatgagaatatgtcatctattctcaaactaagctccaacttttcttcacggacagttatcaatcgaacaatagccgaaacagcaaacaaag 14305081  T
Q  101 tagcaatcacaaagtttgctatccaatagattcttagtgataaagggtgtttggaagatttgaactttttctcatgtaccattagtatcactatgactat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  14305082 tagcaatcacaaagtttgctatccaatagattcttagtgataaagggtgtttggaagatttgaactttttctcatgtaacattagaatcactataactat 14305181  T
Q  201 gttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaagaaagtttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305182 gttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaagaaaggttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaa 14305281  T
Q  301 cttatagccaaaagggtagttaccaaaaaggctagtttgaacaaaaaggtgattttatagtcagaatctttctcttgcagaagtggtttt 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305282 cttatagccaaaagggtagttaccaaaaaggctagtttgaacaaaaaggtgattttatagtcagaatctttctcttgcagaagtggtttt 14305371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 390
Target Start/End: Original strand, 14321373 - 14321762
Alignment:
Q  1 agattaaccaatgagaatatatcatctattttcaaactaagctccaacttttcttcaccgacagttatcaatcgaacaatggccgaagcagcaaacaaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  14321373 agattaaccaatgagaatatatcatctattttcaaactaagctccaacttttcttcaccgacagttatcaatcgaacaatagctgaagcagcaaacaaag 14321472  T
Q  101 tagcaatcacaaagtttgctatccaatagattcttagtgataaagggtgtttggaagatttgaactttttctcatgtaccattagtatcactatgactat 200  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14321473 ttgcaattacaaagtttgctatccaatagattcttagtgataaagggtgtttggaagatttgaactttttctcatgtaccattagtatcactatcactat 14321572  T
Q  201 gttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaagaaagtttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14321573 gttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaagaaagtttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaa 14321672  T
Q  301 cttatagccaaaagggtagttaccaaaaaggctagtttgaacaaaaaggtgattttatagtcagaatctttctcttgcagaagtggtttt 390  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  14321673 cttatagccaaaagggtagttaccaaaaaggctagtttgaaccaaaaggtgattctatagtcagaatctttgtcctgcagaagtggtttt 14321762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 390
Target Start/End: Original strand, 14283224 - 14283613
Alignment:
Q  1 agattaaccaatgagaatatatcatctattttcaaactaagctccaacttttcttcaccgacagttatcaatcgaacaatggccgaagcagcaaacaaag 100  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||| || ||||||| ||||||||| || |||||||  |||||||    
T  14283224 agattaaccaaagagaatatgtcatctattctcaaattaagctccaactttgtttcaccaacggttatcattcgaacaatagctgaagcagtgaacaaag 14283323  T
Q  101 tagcaatcacaaagtttgctatccaatagattcttagtgataaagggtgtttggaagatttgaactttttctcatgtaccattagtatcactatgactat 200  Q
     |||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||| |||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14283324 aagcaatcacaaagtttgctgcccaataaattctaagtggtaaagggtgtgtggaagctttcaactttatctcatgtaccattagaatcactatgactat 14283423  T
Q  201 gttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaagaaagtttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283424 gttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaagaaaggttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaa 14283523  T
Q  301 cttatagccaaaagggtagttaccaaaaaggctagtttgaacaaaaaggtgattttatagtcagaatctttctcttgcagaagtggtttt 390  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  14283524 cttatagccaaaagggtagttaacaaaaaggctagtttgaaccaaaaggtgattctatagtcagaatcgttcttttgcagaagtggtttt 14283613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 386
Target Start/End: Original strand, 25886055 - 25886440
Alignment:
Q  1 agattaaccaatgagaatatatcatctattttcaaactaagctccaacttttcttcaccgacagttatcaatcgaacaatggccgaagcagcaaacaaag 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| || |||| | || |||  | ||| | ||  || |||  |||||||||||    
T  25886055 agattaaccaatgagaatatgtcatctattctcaaactaagttccaacttctcctcactggcatttacaattcggaaaacagctgaaatagcaaacaaag 25886154  T
Q  101 tagcaatcacaaagtttgctatccaatagattcttagtgataaagggtgtttggaagatttgaactttttctcatgtaccattagtatcactatgactat 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || || ||    
T  25886155 aagcaatcacaaagtttgctatccaatagattcttagtgataaagggtgtttggaagatttgaactttttctcatgtaacattagaatcacaatcacaat 25886254  T
Q  201 gttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaagaaagtttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaa 300  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25886255 gttgactactgcttgaaacaaccgaaaaggtgcttctatttgtttccatgaagaaaggttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaa 25886354  T
Q  301 cttatagccaaaagggtagttaccaaaaaggctagtttgaacaaaaaggtgattttatagtcagaatctttctcttgcagaagtgg 386  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| |||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25886355 gttatagccaaaagggtagttaccaacaaggttagcttgaaccaaagagtgactctatagtcagaatctttctctttcagaagtgg 25886440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 390
Target Start/End: Original strand, 44349899 - 44350288
Alignment:
Q  1 agattaaccaatgagaatatatcatctattttcaaactaagctccaacttttcttcaccgacagttatcaatcgaacaatggccgaagcagcaaacaaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||| |||| |  | |||  | ||| | ||  || |||  |||||||||||    
T  44349899 agattaaccaatgagaatatatcatctattctcaaactaagttccattttttcctcactggtatttacaattcggaaaacagctgaaatagcaaacaaag 44349998  T
Q  101 tagcaatcacaaagtttgctatccaatagattcttagtgataaagggtgtttggaagatttgaactttttctcatgtaccattagtatcactatgactat 200  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||| |||||    
T  44349999 aagcaatcacaaagtttactatccaatagattcttagggataaagggtgtttggaagatttgaacttttcctcgtgtaacattagaatcactattactat 44350098  T
Q  201 gttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaagaaagtttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaa 300  Q
    ||||  ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  44350099 gttgactacagcttgaaacaaccgaaaaggtgcttctatttgtttccatgaagaaaggttattggtttgagtaaaagccaatattcctagaacagtttaa 44350198  T
Q  301 cttatagccaaaagggtagttaccaaaaaggctagtttgaacaaaaaggtgattttatagtcagaatctttctcttgcagaagtggtttt 390  Q
     |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||  |||| | |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  44350199 gttatagccaaaatggtagttaccaacaagggtagtttgaaccaaagagtgactctatagttagagtctttctctttcagaagtggtttt 44350288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University