View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13999_low_4 (Length: 708)

Name: NF13999_low_4
Description: NF13999
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13999_low_4
NF13999_low_4
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (12-694)||(14879705-14880387)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 626; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 14880387 - 14879705
Alignment:
Q  12 catcatcaaggcaagtatgtgatcttcttctacatgtatccaagaacaaaaaagtggagtttgacaagatgaagatggattcgtacaactgaaattattt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14880387 catcatcaaggcaagtatgtgatcttcttctacatgtatcctagaacaaaaaagtggagtttgacaagatgaagatggattcgtacaactgaaattattt 14880288  T
Q  112 ctcctttggattgatgaaaaagtggctttaaataacattgatttttactggcttttgtttaatgtttctgttcttgattttatttagttattgtagtatt 211  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14880287 ctcctttggattgatgagaaagtggctttaaataacattgatttttactggcttttgtttaatgtttctgttcttgattttatttagttattgtagtatt 14880188  T
Q  212 tcaatttatatgtcattccaatactacttgaatatggaggtttatgaatataaaggttatatgatattgcatattttccattctgttttcacctaatatt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14880187 tcaatttatatgtcattccaatactacttgaatatggagctttatgaatataaaggttatatgatattgcatattttccattctgttttcacctaatatt 14880088  T
Q  312 catattgttgattagtatatctattcatatagttccaagcaaaaaccttttacatgcattggaaaatttatgtgtatgcttaattggtatgtatgtctnn 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  14880087 catattgttgattagtatatctattcatatagttccaagcaaaaaccttttacatccattgtaaaatttatgtgtatgcttaattggtatgtatgtctaa 14879988  T
Q  412 nnnnntcagtcaaatttaagaaaactattttagtaaaccacttacacattctagagaaatcaaatcaaatattgtattcttgattaatgttattatttat 511  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14879987 aaaaatcagtcaaatttaagaaaactattttagtaaaccacttacacattctagagaaatcaaatcaaatattgtattcttggttaatgttattatttat 14879888  T
Q  512 ttattaaattaaccattgatgcaatgagtttggccttctgtcgtgtatctattcgagtgcatttggatgagggtgattgctttataatcccctcaaagtc 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14879887 ttattaaattaaccattgatgcaatgagcttggccttctgtcgtgtatctattcgagtgcatttggatgagggtgattgctttataatcccctcaaagtc 14879788  T
Q  612 ttcgaccgattgagttgtaactcttgatggagatttttcgttagtaaaatcttattggattgtaatcctcggcggtttccttt 694  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14879787 ttcgaccgattgagttgtaattcttgatggagatttttcgttagtaaaatcttattggattgtaatcctcggcggttaccttt 14879705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University