View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14002_low_1 (Length: 528)

Name: NF14002_low_1
Description: NF14002
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14002_low_1
NF14002_low_1
[»] scaffold0477 (2 HSPs)
scaffold0477 (126-510)||(2149-2533)
scaffold0477 (13-131)||(1059-1171)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (126-510)||(4651132-4651516)
chr6 (13-131)||(4650042-4650154)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (126-510)||(19082740-19083130)
chr5 (297-400)||(6531811-6531914)
chr5 (166-220)||(6531916-6531970)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (126-510)||(40109047-40109437)
chr3 (48-131)||(11483846-11483929)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (126-508)||(16148524-16148912)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (126-510)||(36757904-36758291)
chr4 (74-131)||(47503648-47503705)
chr4 (90-131)||(28336564-28336605)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (126-510)||(23303147-23303537)
chr1 (24-131)||(49129959-49130066)
chr1 (310-394)||(15014917-15015001)


Alignment Details
Target: scaffold0477 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0477
Description:

Target: scaffold0477; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 126 - 510
Target Start/End: Original strand, 2149 - 2533
Alignment:
Q  126 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2149 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttatttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 2248  T
Q  226 aacgtaatggcaagtaacttataggaatctcgaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaaatgctt 325  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||    
T  2249 aacgtaatggcaagtaacttattggaatctcaaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacaacgaaaaataccccaaaactcaaaatgctt 2348  T
Q  326 ggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcacttctacatgattttcttcacaaatc 425  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2349 ggaactgaaaccaaccacatcaccatcccataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcacttctacatgattttcttcacaaatc 2448  T
Q  426 ttgtattgagttgccctctcaaactcctcctgaaacttcttgaaagcatattttgtgaaaatattgtaaactttctcctctaaag 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2449 ttgtattgagttgccctctcaaactcctcctgaaacttcttgaaagcatattttgtgaaaatattgtaaactttctcctttaaag 2533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0477; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 13 - 131
Target Start/End: Original strand, 1059 - 1171
Alignment:
Q  13 cacagaccagcatttaatgagtcccc-attagcttgcaaagcactctttggttaagtactttggagggaaattagcatagcaattagggctaagcaattg 111  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||| ||||||    
T  1059 cacacaccagcatttaatgagtcccccattagcttgcaaagcactctttggttaagtactttagagggaaattagca-------tagggctaaacaattg 1151  T
Q  112 cttgacctaattagttttta 131  Q
    ||| |||||||||| |||||    
T  1152 ctttacctaattagctttta 1171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 126 - 510
Target Start/End: Original strand, 4651132 - 4651516
Alignment:
Q  126 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4651132 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttatttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 4651231  T
Q  226 aacgtaatggcaagtaacttataggaatctcgaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaaatgctt 325  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||    
T  4651232 aacgtaatggcaagtaacttattggaatctcaaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacaacgaaaaataccccaaaactcaaaatgctt 4651331  T
Q  326 ggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcacttctacatgattttcttcacaaatc 425  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4651332 ggaactgaaaccaaccacatcaccatcccataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcacttctacatgattttcttcacaaatc 4651431  T
Q  426 ttgtattgagttgccctctcaaactcctcctgaaacttcttgaaagcatattttgtgaaaatattgtaaactttctcctctaaag 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4651432 ttgtattgagttgccctctcaaactcctcctgaaacttcttgaaagcatattttgtgaaaatattgtaaactttctcctttaaag 4651516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 13 - 131
Target Start/End: Original strand, 4650042 - 4650154
Alignment:
Q  13 cacagaccagcatttaatgagtcccc-attagcttgcaaagcactctttggttaagtactttggagggaaattagcatagcaattagggctaagcaattg 111  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||| ||||||    
T  4650042 cacacaccagcatttaatgagtcccccattagcttgcaaagcactctttggttaagtactttagagggaaattagca-------tagggctaaacaattg 4650134  T
Q  112 cttgacctaattagttttta 131  Q
    ||| |||||||||| |||||    
T  4650135 ctttacctaattagctttta 4650154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 126 - 510
Target Start/End: Original strand, 19082740 - 19083130
Alignment:
Q  126 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 225  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  19082740 tttttaattaagtctactgtattctccacattctcaataggttctccttcactaagcatcatatttacttcaaccggtctttgaaattcatcacgacacc 19082839  T
Q  226 aacgtaatggcaagtaacttataggaatctcgaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaaatgctt 325  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19082840 aacgtaatggcaagtaacttgttggaatctcaaaacaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaagtgctt 19082939  T
Q  326 ggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcac------ttctacatgattttcttca 419  Q
    | ||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      |||||||||||||||||||    
T  19082940 gcaactacaactaacaacatcaccatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctccttgtaatatttcacagtaaattctacatgattttcttca 19083039  T
Q  420 caaatcttgtattgagttgccctctcaaactcctcctgaaacttcttgaaagcatattttgtgaaaatattgtaaactttctcctctaaag 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19083040 caaatcttgtattgagttgccctctcaaactcctcctgaaacttcttgaaagcatattttgtgaaaatattgtaaacttgctcctctaaag 19083130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 297 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 6531914 - 6531811
Alignment:
Q  297 caaagaataccccaaaactcaaaatgcttggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatt 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6531914 caaagaataccccaaaactcaaaatgctcacaactacaaccaacaacatcacaatcccataagactttatgcttttgtgaatgttgctccttgtaatatt 6531815  T
Q  397 tcac 400  Q
    ||||    
T  6531814 tcac 6531811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 166 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 6531970 - 6531916
Alignment:
Q  166 gtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacg 220  Q
    ||||| ||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  6531970 gtcctacttcactaagcatgacatttactttgactggtctttgaaattcatcacg 6531916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 126 - 510
Target Start/End: Original strand, 40109047 - 40109437
Alignment:
Q  126 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 225  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  40109047 tttttaattaagtctactgtattctccacattctcaataggttctccttcactaagcatcatatttacttcaaccggtctttgaaattcatcacgacacc 40109146  T
Q  226 aacgtaatggcaagtaacttataggaatctcgaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaaatgctt 325  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40109147 aacgtaatggcaagtaacttgttggaatctcaaaacaatctttatgaaagaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaagtgctt 40109246  T
Q  326 ggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcac------ttctacatgattttcttca 419  Q
    | | ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      |||||||||||||||||||    
T  40109247 gcagctacaaccaaccacatcaccatcccataagactttatgcttttgtgaatgttgctccttgtaatatttcacagtaaattctacatgattttcttca 40109346  T
Q  420 caaatcttgtattgagttgccctctcaaactcctcctgaaacttcttgaaagcatattttgtgaaaatattgtaaactttctcctctaaag 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40109347 caaatcttgtattgagttgccctctcaaactcctcctgaaacttcttgaaagcatattttgtgaaaatattgtaaacttgctcctctaaag 40109437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 48 - 131
Target Start/End: Original strand, 11483846 - 11483929
Alignment:
Q  48 caaagcactctttggttaagtactttggagggaaattagcatagcaattagggctaagcaattgcttgacctaattagttttta 131  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11483846 caaaacactctttggttaagtactttggagggaaattagcatagcaattagggctaagcaattgcttgacctaattagctttta 11483929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 126 - 508
Target Start/End: Original strand, 16148524 - 16148912
Alignment:
Q  126 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 225  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  16148524 tttttaattaagtccactgtattctccacattctcaataggccctccttcactaagcatcatatttacttcaaccggtctttgaaattcatcacgacacc 16148623  T
Q  226 aacgtaatggcaagtaacttataggaatctcgaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaaatgctt 325  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16148624 aacgtaatggcaagtaacttgttggaatctcaaaacaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaagtgctt 16148723  T
Q  326 ggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcac------ttctacatgattttcttca 419  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      |||||||||||||||||||    
T  16148724 gcaactacaaccaaccacatcaccatcccataagactttatgcttttgtgaatgttgctccttgtaatatttcacagtaaattctacatgattttcttca 16148823  T
Q  420 caaatcttgtattgagttgccctctcaaactcctcctgaaacttcttgaaagcatattttgtgaaaatattgtaaactttctcctctaa 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  16148824 caaatcttgtattgagttgccctctcaaactcctcctgaaacttcttgaaagcatattttgagaaaatattgtaaacttgctcctctaa 16148912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 126 - 510
Target Start/End: Original strand, 36757904 - 36758291
Alignment:
Q  126 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 225  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  36757904 tttttaattaagtctactgtattctccacattctcaataggttctccttcactaagcatcatatttacttcaaccggtctttgaaattcatcacgacacc 36758003  T
Q  226 aacgtaatggcaagtaacttataggaatctcgaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaaatgctt 325  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36758004 aacgtaatggcaagtaacttgttggaatctcaaaacaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaagtgctt 36758103  T
Q  326 ggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcac------ttctacatgattttcttca 419  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||      |||||||||||||||||||    
T  36758104 gcaactacaaccaaccacatcaccatcccataagactttatgcttttgtgaatgttgctccttgcaatatttcacagtaaattctacatgattttcttca 36758203  T
Q  420 caaatcttgtattgagttgccctctcaaactcctcctgaaacttcttgaaagcatattttgtgaaaatattgtaaactttctcctctaaag 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36758204 caaatcttgtattgagttgccctctcaaa---ctcctgaaacttcttgaaagcatattttgtgaaaatattgtaaacttgctcctctaaag 36758291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 74 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 47503705 - 47503648
Alignment:
Q  74 ggagggaaattagcatagcaattagggctaagcaattgcttgacctaattagttttta 131  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  47503705 ggagggaaattatcatagcaattagggttaagcaattgcttgacttaattagctttta 47503648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 90 - 131
Target Start/End: Original strand, 28336564 - 28336605
Alignment:
Q  90 agcaattagggctaagcaattgcttgacctaattagttttta 131  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28336564 agcaattagggttaagcaattgcttgacctaattagctttta 28336605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 126 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 23303537 - 23303147
Alignment:
Q  126 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 225  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  23303537 tttttaattaagtctactgtattctccatattctcaataggccctccttcactaagcatcatatttacttcaaccggtctttgaaattcatcacgacacc 23303438  T
Q  226 aacgtaatggcaagtaacttataggaatctcgaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaaatgctt 325  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23303437 aacgtaatggcaagtaacttgttggaatctcaaaacaatctttatgaatgaatattgtcaatacatgatgacaaagaataccccaaaactcaaagtgctt 23303338  T
Q  326 ggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcac------ttctacatgattttcttca 419  Q
    | | ||| ||| ||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      |||||||||||||||||||    
T  23303337 gcatctacaactaactacatcaccatctcattagactttatgcttttgtgaatgttgctccttgtaatatttcacagtaaattctacatgattttcttca 23303238  T
Q  420 caaatcttgtattgagttgccctctcaaactcctcctgaaacttcttgaaagcatattttgtgaaaatattgtaaactttctcctctaaag 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23303237 caaatcttgtattgagttgccctctcaaactcctcctgaaacttcttgaaagcatattttgtgaaaatattgtaaacttgctcctctaaag 23303147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 24 - 131
Target Start/End: Original strand, 49129959 - 49130066
Alignment:
Q  24 atttaatgagtccccattagcttgcaaagcactctttggttaagtactttggagggaaattagcatagcaattagggctaagcaattgcttgacctaatt 123  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||  || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49129959 atttaatgagttcccattagcttgcaatgcactctttggtttagtgtttaggagggaaattagcatagtaattagggctaagcaattgcttgacctaatt 49130058  T
Q  124 agttttta 131  Q
    || |||||    
T  49130059 agctttta 49130066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 310 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 15015001 - 15014917
Alignment:
Q  310 aaaactcaaaatgcttggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaata 394  Q
    |||||||||||||||| |||||| | |||||| |||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||| |||||  ||||||||    
T  15015001 aaaactcaaaatgcttagaactacatccaaccgcatcaccatcccataagactttgtgctttagtgaatcttgcttcttgtaata 15014917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University