View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14006_high_2 (Length: 628)

Name: NF14006_high_2
Description: NF14006
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14006_high_2
NF14006_high_2
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (6-610)||(34725488-34726092)
chr8 (6-610)||(34729545-34730152)
chr8 (313-610)||(38610387-38610677)
chr8 (313-610)||(38795172-38795462)
chr8 (182-529)||(34720424-34720769)
chr8 (17-136)||(34720082-34720201)
chr8 (169-257)||(38610305-38610393)
chr8 (169-257)||(38795090-38795178)
chr8 (6-83)||(38610139-38610216)
chr8 (6-83)||(38794923-38795000)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (372-525)||(23481164-23481315)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (287-395)||(38496055-38496163)
chr3 (51-107)||(38496485-38496541)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 557; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 557; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 610
Target Start/End: Original strand, 34725488 - 34726092
Alignment:
Q  6 agaacgttcttgagaaatggatttagtcgcatatgaatcccactgattggttgacagaagagagagagcacaagtaaagtcttgtgtagcatttgtatca 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34725488 agaatgttcttgagaaatggatttagtcgcatatgaatcccactgattggttgacagaagagagagagcacaagtaaagtcttgtgtagcatttgtatca 34725587  T
Q  106 gaaaagttcatgaaatcttctacacctgcaagagttnnnnnnnntcagcacaaaaatgtggcaaacctggattaacactcttggttgcaaggattttgga 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34725588 gaaaagttcatgaaatcttctacacctgcaagagttaaaaaaaatcagcacaaaaatgtggcaaacctggattaacactcttggttgcaaggattttgga 34725687  T
Q  206 tgtaaaatggaaattggagtcatgagaaagcatagtgacagtacttggtgtgtcaatgttgtcttttgaaggcttcatgagaaaatcttttgcttggggg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  34725688 tgtaaaatggaaattggagtcatgagaaagcatagtgacagtacttggtgtgtcaatgttgtcttttgaaggcttcaagagaaaatcttttgcttggggg 34725787  T
Q  306 agcttgctgttgtgcatgttttgccaggctaaatttgtagcagtcttggaattagcaaatggactcatctgttgcttcccatctgcagaaccaaaatata 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34725788 agcttgctgttgtgcatgttttgccaggctaaatttgtagcagtcttggaattagtaaatggactcatctgttgcttcccatctgcagaaccaaaatata 34725887  T
Q  406 ttagaagatagaagacaacagtaaaatttgaatcattttgaaatgaatgacttgcaattaactataataaacctataaatcaaccaaaagtggatgttct 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34725888 ttagaagatagaagacaacagtaaaatttgaatcattgtgaaatgaatgacttgcaattaactataataaacctataaatcaaccaaaagtggatgttct 34725987  T
Q  506 ctggtctaagttttgactaatagcaatttgaagttgtatttttactaaatcagtttttaacgaatggcgcactcatacaaatctagttagtaaagacttc 605  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34725988 ctggtctaagttttgactaacagcaatttgaagttgtatttttactaaatcaggttttaacgaatggcgcactcatacaaatctagttagtaaagacttc 34726087  T
Q  606 ggctt 610  Q
    |||||    
T  34726088 ggctt 34726092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 6 - 610
Target Start/End: Original strand, 34729545 - 34730152
Alignment:
Q  6 agaacgttcttgagaaatggatttagtcgcatatgaatcccactgattggttgacagaagagagagagcacaagtaaagtcttgtgtagcatttgtatca 105  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||    
T  34729545 agaatgttctagagacatggatttagtcgcatatgaatcccatggattggttgacagaagagagagagcacaaataaagtcttgttcatcatttgtatca 34729644  T
Q  106 gaaaagttcatgaaatcttctacacctgcaagagttnnnnnnnntcagcacaa-aaatgtggca-aacctggattaacactcttggttgcaaggattttg 203  Q
    |||| | | |||||||||||||||||||||| ||||        ||||||||| ||| |||  | ||||| |||  | ||||||||||||||| | ||||    
T  34729645 gaaacggtaatgaaatcttctacacctgcaa-agttataaaaaatcagcacaataaacgtgaaataacctcgatcgatactcttggttgcaagaactttg 34729743  T
Q  204 gatgtaaaatggaaattggagtcatgagaaagcatagtgacagtacttggtgtgtcaatgttgtcttttgaaggcttcatgagaaaatcttttgcttggg 303  Q
    ||||||||||||| | |||| |||| ||||| |||||||||||||| | |||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34729744 gatgtaaaatggacaatggaatcatcagaaaacatagtgacagtaccttgtgtgttagcgttgtcttttgcaggcttcaagagaaaatcttttgcttggg 34729843  T
Q  304 ggagcttgctgttgtgcatgttttgccaggctaaatttgtagcagtcttggaattagcaaatggactcatctgttgcttcccatctgcagaaccaaaata 403  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  34729844 ggagcttgctgttctgcatgttttgccaggctaaatttgtagcagtctttgaattagcaaatggactcatctgttgctttccatctgcggaaccaaaata 34729943  T
Q  404 tattagaagatagaagacaacagtaaaatttgaatcattttgaaatgaatgacttgcaattaactataataaacctataaatcaaccaaaagtggatgtt 503  Q
    ||||||||| || |||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  34729944 tattagaagttataagagagcagtaaaatttgaatcattgagaaatgaatgacttgcaattaactacaacaaacctacaaaacaactaaaagtggatgtt 34730043  T
Q  504 ctctggtctaagttttgactaatagc--aatttgaagttgtatttttactaaatcagtttttaacgaatggcgcactcatacaaatctagttagtaaaga 601  Q
    || || |||| |||| |||||| |||  ||||| ||||||| || |||| ||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  34730044 ctttgatctatgtttcgactaacagcaaaatttaaagttgttttattacaaaatcaggttttaaagaatggcatactcatacaaatctagttagtaaaga 34730143  T
Q  602 cttcggctt 610  Q
    |||| ||||    
T  34730144 cttcagctt 34730152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 9e-78
Query Start/End: Original strand, 313 - 610
Target Start/End: Original strand, 38610387 - 38610677
Alignment:
Q  313 tgttgtgcatgttttgccaggctaaatttgtagcagtcttggaattagcaaatggactcatctgttgcttcccatctgcagaaccaaaatatattagaag 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38610387 tgttgtgcatgttttgccaggctaaatatgtagcagtctttgaattagcaaatggactcatctgttgctttccatctgcagaaccgaaatatattagaag 38610486  T
Q  413 atagaagacaacagtaaaatttgaatcattttgaaatgaatgacttgcaattaactataataaacctataaatcaaccaaaagtggatgttctctggtct 512  Q
    | |||||| || ||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||        | ||| ||||||||||||||| |||| ||||||    
T  38610487 acagaagagaatagtaaaatttgcatcatcgcgaaatgaatgacttgcaattaactata--------acaaaacaaccaaaagtggatcttctttggtct 38610578  T
Q  513 aagttttgactaatagc--aatttgaagttgtatttttactaaatcagtttttaacgaatggcgcactcatacaaatctagttagtaaagacttcggctt 610  Q
    || |||||||||| | |  ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  38610579 aacttttgactaacaacaaaatgtcaagttgtatttttactaaatcaggttttaaag-atggcatactcgtaaaaatctagttagtaaagacttcggctt 38610677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 313 - 610
Target Start/End: Original strand, 38795172 - 38795462
Alignment:
Q  313 tgttgtgcatgttttgccaggctaaatttgtagcagtcttggaattagcaaatggactcatctgttgcttcccatctgcagaaccaaaatatattagaag 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38795172 tgttgtgcatgttttgccaggctaaatatgtagcagtctttgaattagcaaatggactcatctgttgctttccatctgcagaaccgaaatatattagaag 38795271  T
Q  413 atagaagacaacagtaaaatttgaatcattttgaaatgaatgacttgcaattaactataataaacctataaatcaaccaaaagtggatgttctctggtct 512  Q
    | |||||| || ||||||||||| || ||   |||||||||||||||||||||||||||        | ||| ||||||||||||||| |||| ||||||    
T  38795272 acagaagagaatagtaaaatttgcataatcgcgaaatgaatgacttgcaattaactata--------acaaaacaaccaaaagtggatcttctttggtct 38795363  T
Q  513 aagttttgactaatagc--aatttgaagttgtatttttactaaatcagtttttaacgaatggcgcactcatacaaatctagttagtaaagacttcggctt 610  Q
    || |||||||||| | |  ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  38795364 aacttttgactaacaacaaaatgtcaagttgtatttttactaaatcaggttttaaag-atggcatactcgtaaaaatctagttagtaaagacttcggctt 38795462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 182 - 529
Target Start/End: Original strand, 34720424 - 34720769
Alignment:
Q  182 actcttggttgcaaggattttggatgtaaaatggaaattggagtcatgagaaagcatagtgacagtacttggtgtgtcaatgttgtcttttgaaggcttc 281  Q
    |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| || ||| |||| ||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||| |  ||||    
T  34720424 actcttggtttcaaggactttagatgtaaaatggacatcggaatcatcagatagcatagtgacaaaacttggtgtgccaatgttgacttttgcatacttc 34720523  T
Q  282 atgagaaaatcttttgcttgggggagcttgctgttgtgcatgttttgccaggctaaatttgtagcagtcttggaattagcaaatggactcatctgttgct 381  Q
    | | |||||||||||  | |||||| || |||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  34720524 aagggaaaatcttttattcgggggaactcgctgttttgtatgttttgcaaggctaaatttatagcagtctttgaataggcaaatggattcatctgttgct 34720623  T
Q  382 tcccatctgcagaaccaaaatatattagaagatagaagacaacagtaaaatttgaatcattttgaaatgaatgacttgcaattaactataataaacctat 481  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  ||| | | ||||||| || || ||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||||  ||    
T  34720624 tcccatctgcagaactaaactatattagaagataagagagagcggtaaaatgtgcatgattgtgaaatgaatgatttgtaagtaactataataaac--at 34720721  T
Q  482 aaatcaaccaaaagtggatgttctctggtctaagttttgactaatagc 529  Q
    |||||||| |||| ||| || ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  34720722 aaatcaactaaaattggctgctctttggtataagttttgactaatagc 34720769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 136
Target Start/End: Original strand, 34720082 - 34720201
Alignment:
Q  17 gagaaatggatttagtcgcatatgaatcccactgattggttgacagaagagagagagcacaagtaaagtcttgtgtagcatttgtatcagaaaagttcat 116  Q
    |||||| |||||| || ||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||| ||| | ||    
T  34720082 gagaaacggatttggttgcatatgaatcccacggactggttgacagaagagaggaagcacaagtaaaatcttccgtagcatctgtatcagagaagctaat 34720181  T
Q  117 gaaatcttctacacctgcaa 136  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  34720182 gaaatcttctacacctgcaa 34720201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 169 - 257
Target Start/End: Original strand, 38610305 - 38610393
Alignment:
Q  169 aacctggattaacactcttggttgcaaggattttggatgtaaaatggaaattggagtcatgagaaagcatagtgacagtacttggtgtg 257  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38610305 aacctggattgatactcttggttgcaaggactttggatgtaaaatggacattgaaatcaacagaaagcatagtgacagtacttgttgtg 38610393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 169 - 257
Target Start/End: Original strand, 38795090 - 38795178
Alignment:
Q  169 aacctggattaacactcttggttgcaaggattttggatgtaaaatggaaattggagtcatgagaaagcatagtgacagtacttggtgtg 257  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38795090 aacctggattgatactcttggttgcaaggactttggatgtaaaatggacattgaaatcaacagaaagcatagtgacagtacttgttgtg 38795178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 83
Target Start/End: Original strand, 38610139 - 38610216
Alignment:
Q  6 agaacgttcttgagaaatggatttagtcgcatatgaatcccactgattggttgacagaagagagagagcacaagtaaa 83  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||    
T  38610139 agaatgttctagagacatggatttaatcgcatatgaatcccacggattgattgacagaagtgaaagagcacaagtaaa 38610216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 83
Target Start/End: Original strand, 38794923 - 38795000
Alignment:
Q  6 agaacgttcttgagaaatggatttagtcgcatatgaatcccactgattggttgacagaagagagagagcacaagtaaa 83  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||    
T  38794923 agaatgttctagagacatggatttaatcgcatatgaatcccacggattgattgacagaagtgaaagagcacaagtaaa 38795000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 372 - 525
Target Start/End: Original strand, 23481164 - 23481315
Alignment:
Q  372 atctgttgcttcccatctgcagaaccaaaatatattagaagatagaagacaacagtaaaatttgaatcattttgaaatgaatgacttgcaattaactata 471  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||   ||||||||| ||| |  |||||||||| | |||||  ||||| ||    
T  23481164 atctgttgcttctcatctgcagaactaaaatatattagaagatagatgagaatgataaaatttgcatcgtcgtgaaatgaataatttgcacgtaactgta 23481263  T
Q  472 ataaacctataaatcaaccaaaagtggatgttctctggtctaagttttgactaa 525  Q
    ||||||  |||||||||| |||| ||| || ||| |||| ||||||||||||||    
T  23481264 ataaac--ataaatcaactaaaattggctgctctttggtataagttttgactaa 23481315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 287 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 38496163 - 38496055
Alignment:
Q  287 aaaatcttttgcttgggggagcttgctgttgtgcatgttttgccaggctaaatttgtagcagtcttggaattagcaaatggactcatctgttgcttccca 386  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| | |||| |||||||||| || | |||| | |  ||||||||| | |||   |||| |||||    
T  38496163 aaaatctttggtttgggggagcttgctgttgggcatgtctggccatgctaaatttgaagtattctttggaaaagcaaatgggcccattgcttgcctccca 38496064  T
Q  387 tctgcagaa 395  Q
    |||||||||    
T  38496063 tctgcagaa 38496055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 51 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 38496541 - 38496485
Alignment:
Q  51 attggttgacagaagagagagagcacaagtaaagtcttgtgtagcatttgtatcaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   |||  |||||||||||| ||| ||||||    
T  38496541 attggttgacagaagagagagagcacggttaacatcttgtgtagcacttggatcaga 38496485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University