View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1400_low_5 (Length: 409)

Name: NF1400_low_5
Description: NF1400
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1400_low_5
NF1400_low_5
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (33-400)||(1509662-1510019)
chr5 (38-309)||(1478543-1478814)
chr5 (38-309)||(1482737-1483008)
chr5 (38-309)||(1487214-1487485)
chr5 (41-309)||(1499787-1500055)
chr5 (89-309)||(1505572-1505792)
chr5 (80-271)||(1492754-1492945)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (41-309)||(24163097-24163365)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (85-309)||(44129165-44129389)
chr1 (85-305)||(44133370-44133590)
chr1 (85-303)||(44141792-44142010)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (38-309)||(46706295-46706566)
chr7 (85-309)||(5289004-5289228)
chr7 (85-309)||(5310988-5311212)
chr7 (85-309)||(5315702-5315926)
chr7 (85-309)||(5303087-5303311)
chr7 (85-309)||(5284899-5285123)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (38-265)||(37862741-37862968)
chr3 (197-255)||(37858725-37858783)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 33 - 400
Target Start/End: Original strand, 1509662 - 1510019
Alignment:
Q  33 tcaaaaacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaat 132  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1509662 tcaaaaacattgattaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctctgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaat 1509761  T
Q  133 tattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgta 232  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1509762 tattgaccaagttgagcaaaaattagccttaaaacctgaaa-gatgaaggc---------aattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgta 1509851  T
Q  233 ttgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggggctttgaacctagacttaccatt 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1509852 ttgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggaattaagaccattggtgaaggacttgaatgggggctttggacctagacttaccatt 1509951  T
Q  333 gaaacagttgttctttgcattgtagccatataagattctttgataatttactttttattaagtattat 400  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1509952 gaaacagttgttcttcgcagtgtagccatataagattctttgataatttactttttattaagtattat 1510019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 38 - 309
Target Start/End: Original strand, 1478543 - 1478814
Alignment:
Q  38 aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattg 137  Q
    ||||||||||||||| || | ||||| || |||||||||||||||| |||||| || ||||| || |||||||||||||||| |||| |||||||| | |    
T  1478543 aacattgataaagcattggtcgaggctttccaaccattaaacatctctgattataattcaatcttctggattgctcacccaggtggacccgcaattctag 1478642  T
Q  138 gccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgtt 237  Q
     |||||||||  |||| |||  ||||||||||||||| ||||||| ||||| | || | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  1478643 accaagttgaagaaaagttaggcttaaaacctgaaaaaatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagcgcatgtgtattgtt 1478742  T
Q  238 catcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 309  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||| |||||    
T  1478743 catcttggatgagatgagaaagaaatcggctcaagagggacttaaaaccacaggtgaaggccttgactgggg 1478814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 38 - 309
Target Start/End: Original strand, 1482737 - 1483008
Alignment:
Q  38 aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattg 137  Q
    ||||||||||||||| |||| || || || |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||| |||    
T  1482737 aacattgataaagcattgatcgatgctttccaaccattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttg 1482836  T
Q  138 gccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgtt 237  Q
      |||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||| | |||||   || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1482837 atcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaaaagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattgtt 1482936  T
Q  238 catcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 309  Q
     |||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||| |||||    
T  1482937 tatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaagaggggcttaagaccacaggagaagggcttgattgggg 1483008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 38 - 309
Target Start/End: Original strand, 1487214 - 1487485
Alignment:
Q  38 aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattg 137  Q
    ||||| ||||||| |||  || ||||||| |||||||||  ||||| |||||||||  |||| ||||||||||  |||||||  ||| | |||||| | |    
T  1487214 aacatcgataaagaactagttaaggcattccaaccattaggcatctctgattacaatgcaattttttggattgtccacccaggcggacctgcaattttgg 1487313  T
Q  138 gccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgtt 237  Q
     ||| ||||| ||||| ||| | || ||||| ||||||||||||| ||||| | || | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  1487314 accatgttgaacaaaagttagctttgaaaccggaaaagatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcttgtgtattgtt 1487413  T
Q  238 catcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 309  Q
     || || || || |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||| |||||||    
T  1487414 tatattggatgaaatgagaaagagatcagctcaagagggacttgagaccacaggagaaggacttaaatgggg 1487485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 41 - 309
Target Start/End: Original strand, 1499787 - 1500055
Alignment:
Q  41 attgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggcc 140  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||   |||| |||||| |||||||| |||||||||||||| || | |||  | |||||| | |  |    
T  1499787 attgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccgggtggtcctgcaattctagatc 1499886  T
Q  141 aagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcat 240  Q
    || |||||||||| |||  ||| ||| |||||||| ||| ||||  || | || | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  1499887 aaattgagcaaaagttaggcttgaaagctgaaaagttgagggtcgttagggaagtgcttagtgaatatggtaatatgtctagtgcatctgtattgttcat 1499986  T
Q  241 cttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 309  Q
    |||  | |||||||||| ||||||  |||||||  ||||||||||||| | ||||||||  ||||||||    
T  1499987 cttgaatgagatgagaaggaaatcgactcaagatcgacttaagaccacaggtgaaggacaagaatgggg 1500055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 89 - 309
Target Start/End: Original strand, 1505572 - 1505792
Alignment:
Q  89 tacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcacta 188  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||| | |||  | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| | |||||    
T  1505572 tacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggccctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccacta 1505671  T
Q  189 agtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccac 288  Q
       || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||    
T  1505672 gagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcagctcaagatggattgaagactac 1505771  T
Q  289 tgatgaaggacttgaatgggg 309  Q
     |  ||||||| |||||||||    
T  1505772 cggagaaggacatgaatgggg 1505792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 80 - 271
Target Start/End: Original strand, 1492754 - 1492945
Alignment:
Q  80 atctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatga 179  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||| | |||||| | | |||||| |||||||| ||| ||||||| || ||||||||||    
T  1492754 atctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattttagaccaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatga 1492853  T
Q  180 aggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaa 271  Q
      | |||   | |  | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||| |||||    
T  1492854 gagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaa 1492945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 41 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 24163365 - 24163097
Alignment:
Q  41 attgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggcc 140  Q
    |||||||||||| || |||||||||| |||||||||   |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||| |||||||| | | |     
T  24163365 attgataaagcattgtttgaggcattccaaccattaggtatctctgattacaactcaatcttttggattgctcactctggtggacccgcaattctagaca 24163266  T
Q  141 aagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcat 240  Q
    || ||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||  | |||||   |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  24163265 aaattgaggaaaagttagccttgaaacctgaaaagatgagtgccactagaaaaatgcttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattattcat 24163166  T
Q  241 cttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 309  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||    
T  24163165 cttagatgagatgagaaacaaatcggctcaagatggactaaagaccacaggagaagggcttgaatgggg 24163097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 89; Significance: 9e-43; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 85 - 309
Target Start/End: Original strand, 44129165 - 44129389
Alignment:
Q  85 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 184  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | |||| | |||||| | |  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | |    
T  44129165 tgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagcc 44129264  T
Q  185 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 284  Q
    || |   || | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  44129265 accagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcttgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaagatggactgaaga 44129364  T
Q  285 ccactgatgaaggacttgaatgggg 309  Q
    |||| |  ||||||||||| |||||    
T  44129365 ccacgggagaaggacttgagtgggg 44129389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 85 - 305
Target Start/End: Original strand, 44133370 - 44133590
Alignment:
Q  85 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 184  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | |||| | |||||| | |  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | |    
T  44133370 tgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagcc 44133469  T
Q  185 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 284  Q
    || |   || | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||    
T  44133470 accagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcctgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaagatggattgaaga 44133569  T
Q  285 ccactgatgaaggacttgaat 305  Q
    |||| |  |||||||||||||    
T  44133570 ccacaggagaaggacttgaat 44133590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 85 - 303
Target Start/End: Original strand, 44141792 - 44142010
Alignment:
Q  85 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 184  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | |||| | |||||| | |  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | |    
T  44141792 tgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagcc 44141891  T
Q  185 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 284  Q
    || |   || | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||    
T  44141892 accagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcctgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaagatggattgaaga 44141991  T
Q  285 ccactgatgaaggacttga 303  Q
    |||| |  |||||||||||    
T  44141992 ccacgggagaaggacttga 44142010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 38 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 46706566 - 46706295
Alignment:
Q  38 aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattg 137  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||| || ||||||||    || | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||  | |||||| | |    
T  46706566 aacattgataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggccctgcaattttag 46706467  T
Q  138 gccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgtt 237  Q
      ||||| |||||||| ||| |||| || |||||||||||||  | |||||   || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  46706466 atcaagtagagcaaaagttagccttgaagcctgaaaagatgagagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtt 46706367  T
Q  238 catcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 309  Q
     |||||||| || ||||||||||||||| ||||||| || || ||||| || |  |||||||||||||||||    
T  46706366 tatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactcaagatggtctgaagacaacaggagaaggacttgaatgggg 46706295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 85 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 5289228 - 5289004
Alignment:
Q  85 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 184  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||| | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |      
T  5289228 tgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtggagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgca 5289129  T
Q  185 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 284  Q
    ||||   || | || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| |   ||| ||| | ||||    
T  5289128 actagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaaccatagacggattgaaga 5289029  T
Q  285 ccactgatgaaggacttgaatgggg 309  Q
    | ||||  |||||||||||||||||    
T  5289028 caactggagaaggacttgaatgggg 5289004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 85 - 309
Target Start/End: Original strand, 5310988 - 5311212
Alignment:
Q  85 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 184  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||| | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |      
T  5310988 tgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgca 5311087  T
Q  185 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 284  Q
    ||||   || | || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||| | ||| | ||||    
T  5311088 actagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaacggattgaaga 5311187  T
Q  285 ccactgatgaaggacttgaatgggg 309  Q
    | || |  ||||||||||| |||||    
T  5311188 caacgggagaaggacttgagtgggg 5311212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 85 - 309
Target Start/End: Original strand, 5315702 - 5315926
Alignment:
Q  85 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 184  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||| | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |      
T  5315702 tgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtggagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgca 5315801  T
Q  185 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 284  Q
    ||||   || | || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| || |||| ||| | ||||    
T  5315802 actagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcgtgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactaaagacggattgaaga 5315901  T
Q  285 ccactgatgaaggacttgaatgggg 309  Q
    | || |  |||||||||||||||||    
T  5315902 caacgggagaaggacttgaatgggg 5315926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 85 - 309
Target Start/End: Original strand, 5303087 - 5303311
Alignment:
Q  85 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 184  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||| | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| | || || |||||||||||||| |      
T  5303087 tgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttatcattgaagcctgaaaagatgaatgca 5303186  T
Q  185 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 284  Q
    ||||   || | || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| || |||| ||  | ||||    
T  5303187 actagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactaaagatgggttgaaga 5303286  T
Q  285 ccactgatgaaggacttgaatgggg 309  Q
    | ||||  |||||||||||||||||    
T  5303287 caactggagaaggacttgaatgggg 5303311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 85 - 309
Target Start/End: Original strand, 5284899 - 5285123
Alignment:
Q  85 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 184  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||| | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| |||| || |||||||||||||| |      
T  5284899 tgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttagccttgaagcctgaaaagatgaatgca 5284998  T
Q  185 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 284  Q
    || |   || | || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||| ||||| | ||| | ||||    
T  5284999 accagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaacggattgaaga 5285098  T
Q  285 ccactgatgaaggacttgaatgggg 309  Q
    | || |  |||||||||||||||||    
T  5285099 caacgggagaaggacttgaatgggg 5285123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000009; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 38 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 37862968 - 37862741
Alignment:
Q  38 aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattg 137  Q
    |||||||| ||||| ||  ||||||||||||| || || || ||||  |||||||| || || |||||||| || ||||||| |||| | |||||| |||    
T  37862968 aacattgagaaagctcttgttgaggcatttcagcctttgaatatctcggattacaattccatcttttggatcgcgcacccaggtggaccagcaattcttg 37862869  T
Q  138 gccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgtt 237  Q
     ||||||||| |  ||||||  |||||| || || || ||| | | ||||    |  | ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  | ||    
T  37862868 accaagttgaactcaaattaggcttaaagccagagaaaatgcaagccactcgacatgtacttagcgaatatggtaacatgtcaagtgcgtgtgtgctatt 37862769  T
Q  238 catcttagacgagatgagaaagaaatca 265  Q
    |||||| || |||||||| | |||||||    
T  37862768 catcttggatgagatgaggatgaaatca 37862741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 197 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 37858783 - 37858725
Alignment:
Q  197 cttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgag 255  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||    
T  37858783 cttagcgagtatggtaacatgtcaagtgcatgtgtgttattcatcttggatgagatgag 37858725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University